genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.123.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   

This is table  123  of  195  ( 23297 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21157441--21157558	17	7.2	16	80	11	125	81	0	1	16	0.82
21157441--21157558	6	20.5	6	79	14	124	81	0	1	16	0.82
21157845--21157872	13	2.2	13	100	0	56	0	0	7	92	0.37
21157876--21158160	41	7.1	42	85	9	416	35	22	18	22	1.96
21157927--21157990	32	2.0	32	87	0	92	42	15	20	21	1.89
21159418--21159490	16	4.2	17	76	13	60	8	19	0	72	1.09
21159425--21159490	20	3.7	18	76	13	64	7	19	0	72	1.08
21160327--21160389	23	2.7	23	95	5	108	55	23	7	12	1.63
21161195--21161544	57	6.0	57	88	4	468	33	12	9	44	1.73
21161195--21161541	176	2.0	175	91	1	570	33	12	9	44	1.74
21161552--21161620	6	11.5	6	73	16	54	79	1	4	14	0.95
21161566--21161620	17	3.2	17	84	5	76	81	1	3	12	0.89
21161607--21161646	17	2.4	16	84	8	53	72	0	5	22	1.04
21162694--21162806	6	19.0	6	78	12	101	79	0	3	16	0.86
21162694--21162806	39	2.9	39	81	11	126	79	0	3	16	0.86
21162693--21162802	33	3.3	32	80	15	127	79	0	3	17	0.88
21163385--21163437	26	2.0	26	85	0	70	26	26	16	30	1.97
21164998--21165050	26	2.0	26	96	0	97	26	28	18	26	1.98
21165898--21165950	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
21168537--21168589	26	2.0	26	89	7	81	24	24	22	28	2.00
21170290--21170342	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
21171186--21171238	26	2.0	26	100	0	106	26	22	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21169678--21189725	899	22.5	894	84	5	24115	25	24	23	25	2.00
21172108--21172160	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
21173879--21173930	25	2.0	26	92	3	88	28	25	19	26	1.98
21174915--21174956	17	2.5	17	84	0	57	16	26	40	16	1.90
21176553--21176605	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
21177457--21177506	26	1.9	26	87	0	73	24	24	20	32	1.98
21178334--21178392	26	2.3	26	88	5	95	30	27	16	25	1.97
21179230--21179282	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
21180129--21180181	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
21181038--21181087	26	1.9	26	87	0	73	24	24	20	32	1.98
21181914--21181972	26	2.3	26	88	5	95	30	27	16	25	1.97
21183710--21183760	25	2.0	26	88	3	77	27	25	21	25	1.99
21184612--21184662	26	2.0	26	88	0	75	29	25	17	27	1.98
21186361--21186413	26	2.0	26	92	0	88	24	24	20	30	1.99
21187240--21187292	26	2.0	26	92	0	88	26	26	18	28	1.98
21188058--21188123	26	2.5	26	95	0	114	28	25	19	25	1.99
21188960--21189012	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
21188986--21191874	717	4.1	712	87	4	3966	26	23	23	26	2.00
21191986--21192038	26	2.0	26	96	0	97	26	26	18	28	1.98
21192880--21192932	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
21191122--21196859	902	6.5	898	84	5	7083	25	24	24	25	2.00
21194685--21194736	26	2.0	26	96	0	95	28	25	19	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21196417--21196469	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
21197958--21198010	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
21197080--21199519	881	2.7	881	84	6	3120	26	23	24	25	2.00
21201254--21201306	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
21202154--21202206	26	2.0	26	96	0	97	26	24	22	26	2.00
21203048--21203100	26	2.0	26	92	0	88	28	20	20	30	1.98
21201174--21204975	900	4.2	895	88	2	5255	24	25	24	25	2.00
21205899--21205949	26	2.0	26	96	0	93	25	25	19	29	1.99
21205025--21206688	891	1.8	899	87	3	2465	26	25	23	25	2.00
21205925--21207413	727	2.1	707	86	3	2048	26	24	22	25	2.00
21207593--21209748	721	3.0	708	87	4	2990	26	24	23	25	2.00
21209852--21209902	26	2.0	26	96	0	93	25	25	19	29	1.99
21210556--21210581	12	2.2	12	100	0	52	0	65	26	7	1.20
21211456--21211508	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
21213360--21213412	26	2.0	26	88	0	79	30	24	16	28	1.97
21214854--21214906	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
21214309--21218485	892	4.7	890	85	4	5440	25	25	24	25	2.00
21218247--21218645	185	2.2	185	86	1	541	20	28	28	22	1.99
21218594--21218643	26	1.9	26	91	0	82	26	24	20	30	1.98
21219484--21219536	26	2.0	26	88	0	79	30	24	16	28	1.97
21218432--21222385	895	4.4	896	86	4	5363	24	25	24	24	2.00
21221273--21221325	26	2.0	26	85	7	72	32	22	16	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21222159--21222211	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
21222386--21225699	910	3.6	906	88	2	4763	26	25	23	24	2.00
21224774--21224826	26	2.0	26	85	0	70	30	26	15	28	1.96
21225500--21225867	159	2.3	159	86	0	493	18	27	30	23	1.97
21225841--21225892	26	2.0	26	96	0	95	28	26	17	26	1.97
21226629--21226916	159	1.8	159	81	3	364	22	30	25	21	1.99
21227615--21227667	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
21229200--21229250	26	1.9	27	92	4	86	27	27	15	29	1.96
21228608--21231495	891	3.2	892	86	3	4024	25	24	23	25	2.00
21231009--21231058	26	1.9	26	100	0	100	24	26	22	28	1.99
21231851--21231903	26	2.0	26	88	0	79	26	24	18	30	1.98
21232751--21232829	26	3.0	26	98	0	149	27	25	20	26	1.99
21233255--21233305	26	1.9	27	88	4	77	56	17	3	21	1.57
21233686--21233738	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
21235405--21235454	26	1.9	26	91	0	82	30	26	16	28	1.96
21234213--21237145	897	3.3	892	86	3	3817	25	25	24	24	2.00
21240462--21240511	26	1.9	26	100	0	100	22	28	22	28	1.99
21242284--21242333	26	1.9	26	100	0	100	24	28	20	28	1.99
21239928--21244828	893	5.5	894	86	4	6287	25	25	24	25	2.00
21245737--21245789	26	2.0	26	92	0	88	28	24	20	26	1.99
21246631--21246683	26	2.0	26	92	0	88	28	20	20	30	1.98
21244913--21248552	901	4.1	899	86	2	4794	25	25	24	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21249612--21250970	727	1.9	718	86	2	1936	28	24	21	25	1.99
21251119--21253315	720	3.1	711	88	4	3155	26	24	23	25	2.00
21253427--21253477	26	2.0	26	96	0	93	25	25	19	29	1.99
21255030--21255081	26	2.0	25	92	3	86	26	23	21	28	1.99
21254134--21258651	879	5.1	875	86	7	5584	25	25	24	24	2.00
21264844--21264895	26	2.0	26	100	0	104	26	19	26	26	1.99
21265758--21265810	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
21266653--21266731	26	3.0	26	96	0	149	27	20	25	26	1.99
21266909--21266933	8	3.1	8	100	0	50	28	24	48	0	1.52
21267597--21267649	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
21269527--21269552	12	2.2	12	100	0	52	11	26	61	0	1.30
21270200--21270252	26	2.0	26	96	0	97	28	20	26	24	1.99
21270378--21271050	366	1.8	369	88	1	1030	23	20	23	31	1.98
21272317--21272370	26	2.0	27	92	3	92	31	18	24	25	1.97
21273187--21273247	26	2.4	26	86	5	81	29	16	26	27	1.97
21270752--21274056	882	3.8	872	85	6	4208	25	23	24	25	2.00
21274807--21274859	26	2.0	26	88	0	79	30	16	24	28	1.97
21275440--21275538	6	17.0	6	75	14	75	19	3	0	77	0.89
21275440--21275538	17	5.8	17	68	15	62	19	3	0	77	0.89
21275445--21275539	11	8.5	11	78	15	97	20	3	0	76	0.91
21275444--21275508	16	4.1	15	78	20	69	18	1	0	80	0.80
21276153--21276183	11	2.8	11	95	0	53	16	32	32	19	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21276630--21276697	27	2.5	27	83	7	75	16	2	1	79	0.93
21276652--21276697	14	3.0	15	84	9	58	15	2	0	82	0.76
21276822--21277209	59	6.7	58	88	4	511	45	7	12	34	1.71
21278036--21278099	23	2.7	23	92	2	110	12	6	25	56	1.59
21278938--21279016	21	3.6	21	78	11	79	70	0	20	8	1.13
21278942--21278978	19	1.9	19	89	10	58	70	0	21	8	1.13
21278982--21279017	8	4.5	8	85	0	54	72	0	16	11	1.12
21278939--21279016	16	4.8	16	78	13	70	71	0	19	8	1.11
21280261--21280396	42	3.3	42	95	1	247	23	18	22	35	1.96
21280376--21280417	21	2.0	21	95	0	75	26	14	21	38	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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