genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   

This is table  4  of  195  ( 23297 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
749262--749287	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
754082--754117	5	7.2	5	93	0	54	52	0	5	41	1.24
754963--755171	86	2.4	88	80	5	235	44	9	3	42	1.54
755889--755921	17	1.9	17	88	11	50	24	15	0	60	1.35
756112--756142	16	1.9	16	93	0	53	74	0	6	19	1.03
756655--756696	15	2.8	16	82	7	52	59	0	40	0	0.97
761489--761534	3	16.7	3	80	17	55	73	2	0	23	0.94
761480--761536	8	7.1	8	86	5	80	77	1	0	21	0.86
761480--761554	16	4.7	15	85	9	80	77	1	2	18	0.96
761473--761552	24	3.3	24	80	16	85	75	1	5	18	1.06
762251--762401	63	2.4	63	79	2	169	36	8	24	30	1.85
762743--762788	22	2.1	22	87	0	65	32	8	15	43	1.77
762757--762812	28	2.0	29	92	3	96	30	7	19	42	1.78
762816--762909	41	2.2	41	80	12	102	40	12	10	36	1.78
763021--763081	31	2.0	31	81	12	72	44	8	8	39	1.64
763211--763588	41	9.1	41	79	3	344	22	15	18	44	1.86
763624--763671	10	4.8	10	80	7	53	85	4	4	6	0.83
763624--763671	20	2.4	20	82	6	62	85	4	4	6	0.83
768118--768172	21	2.6	21	97	0	101	38	5	10	45	1.63
768118--768175	10	5.6	10	90	8	89	37	5	10	46	1.60
768348--768378	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
768617--768641	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
771032--771236	78	2.8	73	82	7	243	33	11	17	38	1.85
774872--774910	21	1.9	19	85	10	51	56	0	0	43	0.99
779197--779236	16	2.7	14	81	11	53	75	0	12	12	1.06
779406--779492	42	2.1	42	82	4	104	45	8	1	44	1.40
784991--785024	14	2.4	14	90	9	52	0	2	8	88	0.62
784991--785026	15	2.4	14	86	13	54	0	2	8	88	0.59
785443--785490	3	16.7	3	87	8	73	29	0	2	68	1.01
786850--786878	1	29.0	1	100	0	58	100	0	0	0	0.00
787249--787291	18	2.4	18	88	0	59	58	6	6	27	1.50
788011--788054	19	2.4	19	82	14	56	52	0	0	47	1.00
788613--788659	19	2.5	19	78	0	58	44	0	0	55	0.99
788975--789045	16	4.5	15	80	7	70	40	2	7	49	1.45
788975--789044	31	2.3	31	85	5	88	41	2	7	48	1.45
799204--799240	2	18.5	2	100	0	74	51	0	48	0	1.00
812230--812262	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
813759--813951	69	2.6	70	75	14	192	31	11	17	38	1.86
813759--813947	80	2.5	72	78	13	181	30	12	17	39	1.87
815239--815283	22	2.0	23	91	4	74	42	0	0	57	0.98
815239--815284	21	2.1	22	88	4	67	43	0	0	56	0.99
818722--818911	95	2.0	95	90	0	299	33	5	20	40	1.76
819336--819362	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
821567--821610	23	2.0	23	86	4	63	52	2	4	40	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
826639--826685	19	2.5	19	73	13	51	44	0	2	53	1.12
826802--826844	20	2.1	21	86	4	61	60	0	4	34	1.17
827356--827388	13	2.6	13	90	4	50	48	0	3	48	1.17
827627--827700	14	5.4	14	67	22	50	48	0	4	47	1.20
827946--827988	21	2.0	21	86	0	59	37	23	16	23	1.94
828975--829050	20	3.9	20	75	13	86	50	9	3	36	1.53
829057--829091	18	1.9	18	94	0	61	51	14	5	28	1.65
829205--829238	15	2.4	14	90	5	50	58	5	0	35	1.22
829185--829246	24	2.6	24	82	7	72	58	6	1	33	1.34
829259--829337	28	2.8	27	70	14	70	58	10	2	29	1.44
829391--829432	21	2.0	22	90	4	68	57	7	4	30	1.47
829443--829475	16	2.1	16	88	11	50	63	12	0	24	1.28
829517--829620	20	5.6	19	75	13	92	50	8	8	31	1.63
829516--829600	40	2.2	39	79	6	102	50	9	8	31	1.64
829619--829658	20	2.0	20	95	0	71	55	7	0	37	1.29
831483--831527	18	2.5	18	82	10	56	31	0	2	66	1.04
831851--831880	11	2.7	11	89	0	51	73	6	0	20	1.05
832019--832091	31	2.4	31	97	0	137	12	21	41	24	1.88
832852--832912	12	4.8	12	75	20	52	16	0	3	80	0.84
832852--832921	26	2.6	27	80	10	72	18	0	4	77	0.93
833181--833649	47	9.9	48	81	4	463	37	21	12	29	1.89
833181--833649	141	3.3	141	81	6	561	37	21	12	29	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
837723--837803	35	2.2	35	82	10	92	27	1	3	67	1.14
837719--837856	10	12.9	11	67	19	69	29	2	2	65	1.19
845001--845055	1	55.0	1	87	0	74	1	0	5	92	0.44
845002--845055	21	2.6	21	93	0	90	1	0	5	92	0.44
845001--845055	26	2.2	24	93	6	92	1	0	5	92	0.44
846718--846786	27	2.6	27	100	0	138	23	18	24	33	1.97
847432--847456	12	2.1	12	100	0	50	8	16	60	16	1.58
847632--847692	3	20.3	3	93	0	104	37	0	0	62	0.96
849238--849284	15	3.3	15	73	11	53	38	2	0	59	1.09
849658--849696	10	3.9	10	89	0	60	41	0	10	48	1.37
851683--851708	1	26.0	1	100	0	52	0	0	0	100	0.00
852430--852469	16	2.5	16	87	0	53	10	20	0	70	1.16
853335--853391	26	2.3	25	80	17	66	24	8	7	59	1.52
854354--854383	2	15.0	2	92	0	51	46	0	0	53	1.00
856671--856762	47	2.0	47	88	0	139	52	8	13	26	1.69
867247--867305	18	3.2	18	80	2	73	83	0	6	10	0.82
867248--867288	8	4.9	8	85	11	55	85	0	2	12	0.70
868299--868684	43	9.1	43	84	3	480	23	12	17	46	1.82
868299--868684	85	4.6	84	84	4	474	23	12	17	46	1.82
869169--869243	32	2.4	32	76	8	91	25	8	12	54	1.64
869519--869555	15	2.5	15	86	0	56	18	56	16	8	1.64
870089--870182	49	1.9	50	85	8	131	51	11	11	25	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
878317--878352	5	7.2	5	93	0	54	52	0	5	41	1.24
880096--880128	17	1.9	17	88	11	50	24	15	0	60	1.35
881589--881739	53	2.8	53	83	5	180	50	7	13	27	1.69
885727--885765	4	9.8	4	91	0	60	79	0	2	17	0.84
885725--885769	8	5.6	8	89	0	54	82	0	2	15	0.77
885723--885770	12	3.8	12	80	5	51	81	0	2	16	0.79
886493--886648	63	2.5	62	75	7	152	34	8	25	31	1.87
886986--887033	22	2.2	22	96	0	87	31	8	14	45	1.74
887002--887057	28	2.0	29	96	3	105	28	7	21	42	1.79
887460--887822	41	8.7	41	78	6	295	23	14	16	46	1.83
887457--887788	82	4.0	81	79	5	330	23	13	17	45	1.83
887699--887825	40	3.0	40	75	10	121	26	14	16	42	1.86
888843--888875	13	2.5	13	86	13	50	21	0	0	78	0.75
888942--888996	26	2.1	26	83	12	69	41	1	9	47	1.46
889278--889403	55	2.3	55	77	4	137	57	7	11	23	1.59
889336--889454	61	1.9	62	85	8	163	58	5	10	25	1.52
890774--890831	28	2.1	28	100	0	116	65	3	6	24	1.33
892588--892613	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
895331--895482	72	2.1	73	87	1	216	34	11	17	36	1.86
895331--895535	78	2.8	73	84	4	259	33	11	17	38	1.85
897400--897523	62	2.0	62	100	0	248	37	22	11	29	1.89
899040--899144	52	2.0	52	85	7	142	40	6	23	28	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
903449--903510	27	2.3	27	83	5	81	80	9	0	9	0.90
903449--903509	11	5.8	11	70	18	58	80	9	0	9	0.91
904647--904711	3	21.7	3	100	0	130	32	0	0	67	0.91
905214--905565	30	11.6	29	73	13	219	46	29	1	22	1.60
905434--905502	7	9.6	7	72	12	50	47	31	1	18	1.58
905562--905619	29	2.0	29	89	0	89	51	22	0	25	1.48
916369--916408	11	3.6	11	100	0	80	75	7	0	17	1.03
916359--916409	22	2.3	22	86	0	75	74	5	3	15	1.16
916369--916408	5	7.4	5	84	15	53	75	7	0	17	1.03
917621--917712	34	2.7	34	78	9	91	18	16	11	53	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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