genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.112.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   

This is table  112  of  195  ( 23297 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19649864--19649919	26	2.2	26	90	0	85	32	21	17	28	1.96
19648985--19653096	903	4.6	902	88	2	5866	26	24	24	24	2.00
19651669--19651721	26	2.0	26	85	0	70	28	24	20	26	1.99
19652561--19652613	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
19652495--19654025	721	2.1	711	81	6	1750	25	24	24	25	2.00
19654157--19654209	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
19655049--19655102	26	2.0	27	86	10	76	27	24	18	29	1.98
19655948--19656000	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
19653096--19660618	864	8.5	900	84	5	8989	25	24	24	25	2.00
19656853--19656905	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
19657740--19657792	26	2.0	26	92	0	88	28	24	20	26	1.99
19660381--19660433	26	2.0	26	88	0	79	24	26	18	30	1.98
19661990--19662042	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
19662016--19664076	685	2.9	693	83	6	2501	27	23	23	26	2.00
19664421--19665715	679	1.9	679	87	4	1896	28	23	21	26	1.99
19665828--19665877	25	2.0	26	88	4	75	32	24	14	30	1.94
19665669--19666026	183	2.0	183	83	6	456	23	26	26	24	2.00
19666879--19666931	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
19667243--19669650	896	2.7	875	83	5	2997	26	24	23	25	2.00
19670472--19670524	26	2.0	26	88	0	79	26	18	22	32	1.97
19671372--19671424	26	2.0	26	92	7	90	26	24	22	26	2.00
19669605--19673054	894	3.8	896	88	2	4887	25	24	24	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19672266--19672318	26	2.0	26	92	0	88	28	24	20	26	1.99
19673866--19673915	25	2.0	26	92	4	84	28	30	16	26	1.96
19674760--19674809	26	1.9	26	95	0	91	26	24	20	30	1.98
19673013--19677231	888	4.8	889	86	3	5428	26	24	23	25	2.00
19675645--19675697	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
19678972--19679024	26	2.0	26	92	0	88	24	24	20	30	1.99
19681584--19681636	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
19682478--19682530	26	2.0	26	92	0	88	26	24	18	30	1.98
19684234--19684313	26	3.1	26	88	0	115	26	23	20	30	1.98
19685177--19685229	26	2.0	26	88	0	79	26	26	16	30	1.97
19683835--19691250	901	8.3	902	85	4	9206	26	24	23	25	2.00
19686078--19686130	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
19686972--19687024	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
19688771--19688823	26	2.0	26	96	0	97	26	26	18	28	1.98
19690785--19691726	476	2.0	475	87	1	1348	32	23	17	26	1.97
19691895--19691947	26	2.0	26	89	7	81	30	24	16	28	1.97
19692796--19692848	26	2.0	26	85	7	72	32	22	16	28	1.96
19694581--19694630	26	1.9	26	91	0	82	26	26	20	28	1.99
19691260--19715519	900	26.7	899	73	11	15109	25	24	24	25	2.00
19695310--19695727	185	2.3	182	83	4	516	23	28	26	21	1.99
19696544--19696593	26	1.9	26	91	0	82	26	26	20	28	1.99
19698218--19698270	26	2.0	26	85	0	70	26	26	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19699118--19699170	26	2.0	26	92	0	88	24	24	22	28	2.00
19700895--19700947	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
19691260--19695534	897	4.8	885	85	3	5133	26	24	23	25	2.00
19701782--19701834	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
19702680--19702732	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
19704467--19704517	26	2.0	26	88	0	75	27	27	13	31	1.94
19704808--19704860	26	2.0	26	92	7	90	32	26	15	26	1.95
19704280--19704930	342	1.9	342	84	5	877	19	26	27	25	1.99
19705697--19705749	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
19706575--19706627	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
19707486--19707538	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
19708389--19708440	26	2.0	25	88	3	77	26	23	21	28	1.99
19709300--19709371	26	2.8	26	100	0	144	26	23	19	30	1.98
19711958--19712010	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
19712856--19712907	26	2.0	25	96	3	95	26	26	19	26	1.99
19713756--19713808	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
19704623--19715519	845	12.2	891	83	6	12015	25	24	24	25	2.00
19714590--19714642	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
19715312--19715673	159	2.3	154	83	3	422	20	28	28	22	1.99
19715647--19715699	26	2.0	26	92	0	88	30	26	15	28	1.96
19717737--19717789	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
19716977--19719684	883	3.1	872	84	5	3583	25	25	24	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19719844--19719896	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
19719691--19725939	904	7.0	902	84	4	7575	25	24	23	25	2.00
19721651--19721703	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
19725207--19726688	718	2.1	706	85	5	1977	27	23	22	26	2.00
19726585--19726617	16	2.1	16	94	0	57	0	69	24	6	1.10
19726795--19726847	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
19728562--19728609	25	1.9	25	100	0	96	29	29	16	25	1.97
19729468--19729520	26	2.0	26	100	0	106	26	22	20	30	1.98
19725910--19736672	891	12.0	896	85	5	13071	25	24	24	25	2.00
19731239--19731288	26	1.9	26	91	0	82	26	28	20	26	1.99
19733034--19733086	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
19735713--19735765	26	2.0	26	88	0	79	26	24	18	30	1.98
19737117--19737166	26	1.9	26	95	0	91	22	22	22	34	1.97
19738159--19738210	26	2.0	26	100	0	104	26	26	19	26	1.99
19738856--19738887	8	4.0	8	95	0	55	0	65	25	9	1.22
19739054--19739106	26	2.0	26	89	7	81	32	26	16	24	1.97
19740364--19740393	4	7.5	4	92	0	51	0	70	26	3	1.03
19741467--19741517	26	2.0	26	96	0	93	27	23	19	29	1.98
19739350--19746497	901	7.8	881	72	12	4065	25	25	24	24	2.00
19742118--19742526	208	2.0	208	94	0	710	17	32	27	22	1.96
19742574--19742626	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
19742707--19742737	11	2.8	11	95	0	53	25	32	25	16	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19744307--19744359	26	2.0	26	92	0	88	24	24	20	30	1.99
19745208--19745258	26	2.0	25	88	7	77	29	27	15	27	1.96
19743416--19746497	901	3.4	898	86	2	4161	25	24	24	25	2.00
19746109--19746159	26	2.0	26	92	0	84	25	25	19	29	1.99
19747652--19747704	26	2.0	26	92	7	90	30	26	16	26	1.97
19748122--19748174	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
19747601--19748508	470	1.9	470	88	2	1349	22	24	26	26	2.00
19749043--19749095	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
19752107--19752159	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
19749521--19754253	896	5.3	890	85	5	5918	25	24	24	25	2.00
19752997--19753049	26	2.0	26	89	7	81	30	24	15	30	1.95
19755865--19755917	26	2.0	26	88	0	79	30	24	16	28	1.97
19754377--19757684	863	3.7	885	82	6	3732	26	24	23	25	2.00
19759300--19759352	26	2.0	26	89	7	81	32	26	15	26	1.95
19757803--19760311	889	2.8	895	82	6	3059	26	25	23	25	2.00
19760189--19760241	26	2.0	26	100	0	106	26	22	20	30	1.98
19761632--19761682	26	2.0	26	96	0	93	29	23	17	29	1.97
19763438--19763490	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
19763050--19763638	316	1.9	316	87	2	869	19	27	30	22	1.98
19764341--19764393	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
19763464--19770280	877	7.8	876	83	6	7965	26	24	23	25	2.00
19768707--19768759	26	2.0	26	92	0	88	26	24	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19769562--19771050	706	2.1	709	88	2	2208	27	24	22	25	2.00
19770222--19779994	903	10.9	861	70	14	4442	25	24	24	25	2.00
19772928--19772980	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
19773836--19773888	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
19774188--19774237	26	1.9	26	91	0	82	30	26	14	30	1.94
19775746--19775796	26	2.0	25	88	3	75	27	23	17	31	1.97
19776644--19776696	26	2.0	26	85	7	72	33	20	18	26	1.96
19774892--19780019	903	5.8	894	82	7	5716	26	24	24	25	2.00
19779700--19779752	26	2.0	26	92	0	88	50	13	11	24	1.73
19781743--19781795	26	2.0	26	88	0	79	32	26	13	28	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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