genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   

This is table  7  of  195  ( 23297 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1354428--1354461	2	17.0	2	93	0	59	52	0	0	47	1.00
1355293--1355347	25	2.2	26	84	15	71	45	1	3	49	1.30
1364325--1364391	30	2.4	28	81	18	70	50	5	16	26	1.68
1369122--1369168	23	2.1	23	96	4	87	6	12	8	72	1.27
1369127--1369178	22	2.3	23	86	3	70	7	9	7	75	1.21
1370195--1370249	2	27.5	2	100	0	110	49	0	0	50	1.00
1375823--1375875	2	26.5	2	84	7	63	50	5	0	43	1.25
1376974--1377024	26	1.9	27	84	4	68	43	1	1	52	1.23
1379098--1379153	24	2.3	24	90	0	94	26	8	3	60	1.43
1391286--1391333	21	2.3	21	78	7	53	47	4	0	47	1.21
1392112--1392141	15	2.0	15	93	0	51	0	6	16	76	0.99
1408079--1408223	59	2.4	62	82	10	176	24	10	8	56	1.60
1408491--1408530	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
1408839--1408873	18	1.9	18	88	11	54	74	0	5	20	1.02
1409268--1409323	2	28.0	2	100	0	112	50	50	0	0	1.00
1409707--1409736	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
1410315--1410347	2	16.5	2	93	0	57	51	3	0	45	1.16
1410645--1410711	27	2.5	27	92	0	116	52	8	0	38	1.33
1420249--1420305	21	2.6	21	83	8	69	49	0	0	50	1.00
1422429--1422467	13	2.9	13	84	3	51	2	12	0	84	0.72
1422615--1422662	25	1.9	25	86	0	69	52	0	2	45	1.12
1422746--1422798	26	2.0	26	96	0	97	24	16	11	47	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1423261--1423455	56	3.4	56	76	8	144	49	6	9	34	1.61
1423348--1423735	61	6.4	60	74	8	250	49	5	7	38	1.53
1424545--1424698	68	2.2	71	91	4	251	27	17	20	34	1.95
1424663--1424733	35	2.0	35	88	0	106	32	15	22	29	1.95
1424717--1425066	100	3.5	100	87	4	515	33	11	14	40	1.82
1424979--1425430	85	5.0	85	72	14	322	32	12	15	39	1.85
1424995--1425139	42	3.4	42	72	12	143	30	13	15	40	1.87
1424879--1425430	185	3.0	185	85	3	724	33	12	14	40	1.83
1425072--1425259	100	1.9	100	86	0	268	31	11	14	41	1.82
1425188--1425340	79	1.9	79	86	0	216	30	13	14	42	1.83
1425259--1425480	101	2.2	102	90	0	338	31	13	14	40	1.85
1425433--1425818	199	2.0	193	84	3	502	31	15	14	38	1.88
1425831--1425864	2	17.0	2	93	0	59	52	0	0	47	1.00
1425680--1429244	793	4.5	770	81	9	3597	35	10	11	42	1.74
1427771--1427826	28	2.0	28	85	0	76	32	5	5	57	1.44
1425632--1428979	782	4.3	773	82	9	3189	35	10	11	43	1.75
1428962--1428986	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
1427263--1429244	782	2.5	780	81	8	2375	36	9	11	42	1.74
1429268--1429298	16	2.0	15	93	6	53	38	3	0	58	1.15
1429266--1429312	18	2.6	18	75	18	53	42	2	0	55	1.12
1433916--1434299	186	2.1	187	84	6	503	39	18	6	34	1.77
1437491--1437529	19	2.1	19	100	0	78	46	0	15	38	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1442103--1442154	17	3.1	17	74	0	59	80	11	1	5	0.96
1442880--1442942	19	3.4	18	74	18	58	66	6	1	25	1.24
1443271--1443338	22	3.1	21	87	8	93	52	23	0	23	1.47
1443278--1443347	15	4.8	14	73	15	52	55	21	0	22	1.43
1443377--1443415	16	2.4	17	86	4	53	53	15	0	30	1.42
1445398--1445440	10	4.1	10	80	11	50	86	2	11	0	0.67
1445397--1445439	22	1.9	23	95	4	79	86	2	11	0	0.67
1446805--1446865	4	15.2	4	81	6	70	24	21	3	50	1.63
1446813--1446865	20	2.7	20	91	5	81	26	20	1	50	1.58
1448690--1448734	18	2.5	18	92	0	72	35	11	13	40	1.80
1449310--1449349	15	2.5	15	84	8	53	77	12	2	7	1.07
1449680--1449728	23	2.1	23	88	7	73	77	0	18	4	0.92
1450598--1451157	32	17.3	32	72	11	315	30	17	15	36	1.91
1450598--1451157	65	8.6	65	78	7	473	30	17	15	36	1.91
1451515--1451576	26	2.4	26	97	0	115	43	11	11	33	1.76
1451901--1452184	132	2.2	131	81	2	327	26	18	15	39	1.91
1452039--1452294	109	2.3	110	81	5	270	26	18	15	39	1.90
1452319--1452647	110	3.0	109	79	4	306	24	17	16	41	1.89
1452067--1452751	351	2.0	350	82	2	847	25	17	16	41	1.89
1452615--1452670	22	2.5	22	82	5	60	35	23	12	28	1.91
1453143--1453174	15	2.1	15	94	0	55	59	0	0	40	0.97
1453282--1453312	16	1.9	16	93	0	53	22	48	12	16	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1453749--1453783	14	2.6	14	90	4	54	74	22	0	2	0.95
1454412--1454448	8	4.5	8	93	6	65	21	0	0	78	0.75
1454411--1454448	17	2.2	17	100	0	76	21	0	0	78	0.74
1454870--1454918	21	2.3	22	82	10	57	55	20	2	22	1.54
1455015--1455052	16	2.4	16	90	0	58	52	18	0	28	1.45
1458494--1458626	44	3.1	43	86	4	187	42	19	13	24	1.88
1459186--1459466	22	12.9	22	85	7	324	39	14	8	37	1.76
1459186--1459466	43	6.4	43	83	7	334	39	14	8	37	1.76
1459189--1459466	112	2.6	110	83	7	336	39	14	8	37	1.76
1459189--1459489	65	4.6	64	82	9	324	40	14	8	37	1.76
1464913--1464963	24	2.1	25	85	3	68	41	7	7	43	1.63
1465053--1465087	9	3.9	9	85	14	54	80	0	0	20	0.72
1465053--1465095	5	9.2	5	85	10	56	79	2	0	18	0.85
1465894--1466146	123	2.1	123	95	1	454	26	13	9	50	1.72
1467917--1468070	68	2.2	71	91	4	251	27	17	20	34	1.95
1468035--1468105	35	2.0	35	88	0	106	32	15	22	29	1.95
1468089--1468438	100	3.5	101	85	4	483	33	11	14	40	1.81
1468353--1468526	85	2.1	84	92	3	287	35	12	14	37	1.84
1468452--1468783	173	1.9	174	87	1	488	31	13	12	42	1.82
1468629--1468847	101	2.2	102	88	0	323	31	12	14	41	1.83
1468800--1469185	199	2.0	193	83	3	493	31	15	14	38	1.87
1469194--1469223	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1470240--1470282	19	2.3	19	88	8	61	39	0	0	60	0.97
1471010--1471054	17	2.6	18	79	13	58	28	0	4	66	1.11
1469046--1472005	773	3.7	771	82	8	3143	35	10	10	43	1.73
1468995--1475206	822	7.7	794	72	15	3961	34	10	10	43	1.74
1471805--1471848	21	2.1	21	82	0	52	38	2	2	56	1.24
1471931--1472120	59	3.3	59	90	4	314	23	12	8	54	1.66
1471969--1472133	30	5.7	30	67	15	121	27	12	8	51	1.68
1471983--1472120	27	4.9	27	64	18	82	24	12	8	54	1.65
1471964--1472133	57	3.0	57	77	13	179	27	11	8	52	1.66
1472132--1472194	30	2.1	31	84	3	83	25	11	12	50	1.73
1471136--1472916	917	2.0	903	85	5	2413	33	11	10	44	1.75
1472731--1472767	17	2.2	17	100	0	74	32	0	0	67	0.91
1472740--1472805	34	1.9	34	82	14	82	42	0	0	57	0.98
1472756--1472811	18	3.2	18	73	14	55	46	0	0	53	1.00
1473139--1475206	794	2.6	788	82	8	2283	35	10	11	43	1.74
1474853--1474879	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
1475160--1475190	16	2.0	15	93	6	53	38	3	0	58	1.15
1475158--1475204	18	2.6	18	75	18	53	42	2	0	55	1.12
1479816--1480201	186	2.1	188	84	6	507	39	18	6	34	1.78
1480398--1480458	26	2.3	26	80	0	68	40	14	3	40	1.62
1483392--1483430	19	2.1	19	100	0	78	46	0	15	38	1.46
1486493--1486527	17	2.0	17	88	5	52	20	0	5	74	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1486937--1486986	24	2.1	24	85	7	66	42	8	8	42	1.63
1490670--1490967	44	6.8	44	75	8	209	45	16	10	26	1.80
1490670--1490927	87	2.9	88	82	6	301	45	16	11	25	1.81
1490680--1490995	87	3.7	86	79	6	284	44	17	10	27	1.81
1490878--1490996	43	2.8	43	84	3	145	43	16	8	31	1.78
1493085--1493118	17	2.0	17	100	0	68	35	23	11	29	1.90
1496858--1496904	26	1.9	24	83	12	60	57	4	29	8	1.48
1501919--1502656	367	2.0	366	98	0	1422	34	17	16	31	1.92
1506134--1506162	13	2.1	14	93	6	51	55	0	10	34	1.34
1506179--1506221	21	2.0	21	86	0	59	65	2	6	25	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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