genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.133.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   

This is table  133  of  195  ( 23297 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22433489--22433812	84	3.9	83	78	7	289	30	14	17	37	1.90
22433535--22433815	84	3.4	84	79	7	302	30	13	18	38	1.88
22434401--22434434	17	2.0	17	94	0	59	11	2	11	73	1.20
22434401--22434434	16	2.0	18	88	11	54	11	2	11	73	1.20
22440410--22440461	18	2.9	17	81	13	61	3	13	3	78	1.02
22445566--22445595	14	2.1	14	93	0	51	66	0	16	16	1.25
22449591--22449621	16	1.9	16	93	0	53	74	0	0	25	0.82
22449594--22449639	23	2.0	24	91	4	76	71	0	2	26	0.97
22449863--22450197	43	7.8	41	75	12	241	43	17	13	25	1.86
22449878--22450232	84	4.1	84	82	6	410	44	16	13	25	1.84
22449877--22450243	129	2.8	128	83	8	442	43	17	13	25	1.85
22453194--22453229	19	1.9	19	94	5	65	13	16	16	52	1.74
22458529--22458586	30	1.9	30	85	0	80	37	22	10	29	1.87
22459922--22459962	19	2.2	19	95	0	73	14	31	21	31	1.94
22461717--22461764	24	2.0	25	83	4	62	18	27	6	47	1.72
22461854--22461888	18	1.9	18	88	11	54	85	2	2	8	0.79
22463362--22463471	33	3.3	33	82	8	116	33	16	14	35	1.89
22463653--22463681	15	1.9	15	100	0	58	13	27	13	44	1.82
22463706--22463772	23	2.7	25	86	13	86	35	17	14	31	1.91
22463735--22463866	44	3.2	40	75	14	117	32	18	13	34	1.90
22463756--22463860	42	2.5	42	82	3	120	30	19	15	35	1.92
22464023--22464061	18	2.2	18	90	0	60	30	20	7	41	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22464662--22464742	33	2.4	33	91	2	126	33	18	18	29	1.95
22464840--22464873	18	2.0	16	88	11	50	76	0	20	2	0.92
22465972--22466028	25	2.3	25	87	0	87	54	8	28	8	1.61
22469830--22470062	33	6.9	34	73	10	158	39	20	12	28	1.88
22470014--22470299	66	4.3	66	76	8	244	35	15	16	32	1.91
22470038--22470306	132	2.0	132	81	8	316	35	14	16	33	1.89
22470038--22470306	33	8.2	33	76	8	199	35	14	16	33	1.89
22470045--22470323	99	2.8	97	78	10	289	33	15	17	33	1.91
22472187--22472304	62	1.9	62	84	10	161	40	9	12	37	1.76
22472187--22472329	62	2.3	63	81	4	157	40	13	11	34	1.80
22472410--22472541	62	2.1	62	81	2	149	36	12	16	34	1.87
22472582--22472722	62	2.3	61	86	3	194	33	11	14	40	1.82
22472969--22473012	23	2.0	23	90	4	72	65	0	0	34	0.93
22484275--22484544	138	1.9	141	86	4	384	33	15	15	35	1.89
22496628--22496800	94	1.8	94	91	0	283	26	17	13	42	1.87
22500432--22500481	26	1.9	26	87	0	73	18	20	22	40	1.92
22500737--22500766	15	1.9	16	93	6	53	26	0	0	73	0.84
22500904--22500929	13	2.0	13	100	0	52	84	0	0	15	0.62
22502565--22502607	16	2.7	15	85	10	50	30	2	0	67	1.03
22504162--22504937	371	2.1	370	93	1	1322	23	25	34	17	1.96
22505688--22505717	15	1.9	15	93	6	51	16	0	6	76	0.99
22505842--22506034	51	3.8	51	84	4	230	35	13	16	34	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22505831--22506034	102	2.0	103	83	6	263	35	12	16	35	1.86
22506981--22507051	32	2.2	32	92	0	115	32	11	18	38	1.86
22507013--22507095	41	2.0	41	88	0	121	30	12	21	36	1.90
22507544--22507706	83	2.0	83	82	2	202	28	10	23	38	1.88
22508494--22508537	16	2.8	15	83	10	61	0	6	11	81	0.86
22516103--22516155	20	2.5	22	84	9	74	32	15	20	32	1.93
22516273--22516321	20	2.4	19	80	12	53	48	24	4	22	1.67
22516283--22516320	20	1.9	20	88	0	58	47	23	5	23	1.72
22517265--22517297	17	1.9	17	93	0	57	6	12	0	81	0.85
22517257--22517299	18	2.3	19	84	15	63	4	16	0	79	0.90
22517685--22517709	7	3.6	7	100	0	50	12	0	12	76	1.04
22518237--22518290	3	18.0	3	100	0	108	66	0	0	33	0.92
22518787--22518881	3	31.7	3	97	0	181	32	1	0	66	0.99
22524564--22524597	7	5.0	7	92	7	61	26	0	0	73	0.83
22524768--22524857	5	18.2	5	69	24	50	73	3	3	20	1.12
22524768--22524872	42	2.5	41	80	14	117	72	3	4	19	1.18
22526547--22526651	37	2.8	38	80	2	122	39	18	8	34	1.81
22527110--22527171	6	10.7	6	80	13	60	27	0	6	66	1.16
22527110--22527170	17	3.5	18	82	14	83	27	0	6	65	1.17
22528512--22528700	105	1.8	105	84	2	263	40	11	6	41	1.67
22533911--22534013	44	2.3	44	84	0	134	27	17	17	37	1.92
22534318--22534436	46	2.6	47	77	6	125	34	6	19	39	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22534379--22534488	45	2.4	45	81	4	114	27	10	20	41	1.84
22534409--22534484	22	3.4	22	67	7	55	23	9	22	44	1.81
22534976--22535035	18	3.4	18	73	11	52	35	20	11	33	1.88
22535007--22535102	18	5.4	18	76	9	63	39	16	8	35	1.79
22535058--22535106	17	2.8	17	78	6	53	32	14	10	42	1.79
22535530--22535609	6	13.7	6	84	5	65	26	0	8	65	1.22
22535511--22535608	12	8.3	12	76	12	78	27	1	7	64	1.26
22535511--22535608	18	5.6	18	75	17	91	27	1	7	64	1.26
22536589--22536643	25	2.3	25	81	12	62	14	9	3	72	1.23
22539079--22539126	18	2.9	17	79	14	57	79	2	14	4	0.98
22539075--22539133	17	3.2	20	72	20	65	81	1	13	3	0.90
22539088--22539134	21	2.2	22	78	17	55	78	2	14	4	0.99
22539657--22539696	18	2.4	17	91	8	64	80	5	10	5	1.02
22539668--22539719	16	3.1	16	83	10	52	78	3	11	5	1.05
22540051--22540107	30	1.9	30	89	7	89	78	1	15	3	0.96
22540049--22540107	14	4.1	14	74	20	52	79	1	15	3	0.94
22540054--22540106	28	2.0	27	85	14	74	79	1	15	3	0.96
22540051--22540109	29	2.0	28	84	12	75	77	1	15	5	1.01
22541775--22541844	10	7.0	11	70	23	57	81	0	12	5	0.86
22541778--22541839	19	3.3	19	90	4	99	80	0	12	6	0.89
22542021--22542090	32	2.2	32	82	7	79	34	15	20	30	1.93
22542281--22542333	23	2.3	23	86	0	70	32	20	16	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22542759--22542897	43	3.2	43	79	2	154	28	19	17	35	1.94
22543281--22543376	42	2.3	42	81	3	122	35	16	11	36	1.85
22543649--22543742	45	2.1	46	82	6	111	32	11	13	41	1.81
22543870--22543927	25	2.3	25	85	5	73	70	10	5	13	1.31
22543921--22543976	8	6.8	8	78	15	51	78	0	8	12	0.96
22543888--22543934	24	2.0	24	83	8	60	74	8	4	12	1.19
22543946--22544000	24	2.3	24	87	6	76	76	5	10	7	1.15
22543946--22544000	8	6.9	8	91	6	67	76	5	10	7	1.15
22543955--22544000	8	5.8	8	97	0	74	78	6	10	4	1.08
22543955--22544028	8	8.8	8	84	12	60	79	5	12	2	1.00
22545298--22545381	29	2.9	29	68	7	71	22	13	14	50	1.77
22548055--22548091	15	2.4	16	82	8	51	32	18	10	37	1.86
22548841--22548880	20	2.1	19	85	4	53	35	12	20	32	1.90
22550058--22550090	12	2.9	12	91	8	52	75	9	0	15	1.03
22564748--22565122	191	2.0	192	86	6	539	24	24	8	42	1.81
22565047--22565883	423	2.0	422	88	3	1252	29	17	9	42	1.82
22577859--22577897	20	2.0	20	90	5	62	25	0	5	69	1.09
22578909--22578997	20	4.2	20	69	25	67	23	0	3	73	0.99
22578948--22578994	12	3.9	12	75	10	51	29	0	2	68	1.02
22579172--22579510	50	6.9	50	75	7	257	39	21	10	28	1.87
22580270--22580309	16	2.3	18	87	8	57	10	15	0	75	1.05
22590941--22590983	17	2.5	17	77	7	52	23	2	4	69	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22590959--22590998	21	2.0	21	90	5	64	25	0	5	70	1.08
22593295--22593351	14	3.9	14	73	15	53	61	1	0	36	1.07
22594276--22594355	20	4.0	21	76	9	71	26	0	2	71	0.99
22594267--22594332	33	2.0	33	82	8	82	22	1	4	71	1.13
22599797--22599842	17	2.7	17	83	9	58	52	2	0	45	1.13
22602899--22602934	2	18.0	2	100	0	72	50	0	50	0	1.00
22603876--22603925	12	4.2	12	76	16	50	50	0	0	50	1.00
22603873--22603937	25	2.7	25	75	13	73	50	0	0	49	1.00
22603858--22603936	36	2.3	34	80	10	97	50	0	0	49	1.00
22618114--22618322	111	1.9	109	81	10	255	49	6	7	36	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195