genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.177.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   

This is table  177  of  195  ( 23297 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29830755--29830821	23	2.9	23	86	4	91	49	0	0	50	1.00
29830802--29830831	15	2.0	15	93	0	51	43	0	0	56	0.99
29839647--29839676	6	5.0	6	91	0	51	66	13	16	3	1.37
29843224--29843275	15	3.6	15	77	17	56	44	1	1	51	1.23
29844950--29845018	18	3.9	18	71	3	59	36	34	2	26	1.71
29845392--29845443	23	2.3	23	86	3	70	46	0	1	51	1.12
29846151--29846242	45	2.0	45	97	0	175	34	20	10	33	1.88
29851854--29851896	11	3.9	11	100	0	86	27	25	0	46	1.53
29853635--29853688	30	1.9	28	82	14	67	74	1	20	3	1.07
29854588--29854624	19	1.9	19	88	0	56	43	2	0	54	1.14
29854739--29854825	34	2.6	34	85	3	113	42	8	9	40	1.66
29854833--29854860	13	2.2	13	100	0	56	39	7	0	53	1.28
29856107--29856148	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
29856977--29857016	10	4.2	10	82	17	50	72	0	0	27	0.85
29859053--29859414	60	5.8	60	76	14	329	49	5	10	34	1.60
29859256--29859422	61	2.8	60	86	8	214	49	5	10	35	1.60
29863293--29863363	11	6.1	11	80	9	54	73	0	12	14	1.11
29863307--29863363	6	9.5	6	87	12	82	70	0	15	14	1.18
29863295--29863351	17	3.2	18	78	12	64	73	0	12	14	1.09
29863314--29863397	18	5.7	14	75	19	50	71	0	19	9	1.13
29864147--29864190	23	1.9	23	86	9	63	43	4	25	27	1.74
29864512--29864728	79	2.7	79	87	2	292	40	10	12	36	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29864524--29864761	79	3.0	78	85	3	289	39	11	12	36	1.79
29864668--29864707	21	1.9	21	89	0	62	40	7	12	40	1.71
29865142--29865295	45	3.3	45	81	7	175	24	14	16	44	1.85
29865173--29865308	45	3.0	45	82	5	184	22	13	18	46	1.83
29865129--29865308	90	2.0	93	86	5	260	23	13	17	45	1.83
29865507--29865559	25	2.2	25	83	10	65	13	5	1	79	0.99
29867017--29867057	18	2.2	19	86	8	57	14	17	9	58	1.62
29867103--29867274	60	2.8	61	80	8	190	52	4	9	33	1.55
29867256--29867295	19	2.1	19	100	0	80	42	10	0	47	1.37
29867260--29867301	19	2.3	19	91	4	68	45	7	0	47	1.30
29868655--29868705	19	2.7	21	80	19	60	58	0	41	0	0.98
29868647--29868828	60	2.7	71	79	19	260	54	2	36	7	1.40
29868689--29868844	60	2.6	60	97	1	296	54	3	33	8	1.49
29883692--29883770	29	2.7	29	84	5	88	59	1	2	36	1.19
29887371--29887417	24	2.0	24	83	8	60	42	2	0	55	1.12
29888486--29888633	64	2.3	64	81	5	174	46	10	9	33	1.71
29888688--29888748	32	2.0	31	81	12	74	62	0	0	37	0.96
29888746--29888797	11	4.2	12	78	9	52	76	5	11	5	1.13
29891270--29891320	26	2.0	25	84	3	66	25	1	1	70	1.08
29891279--29891321	5	8.4	5	80	14	52	23	2	0	74	0.93
29897458--29897571	21	5.2	21	81	7	97	29	22	18	28	1.97
29897487--29897540	21	2.6	21	100	0	108	33	25	18	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29897543--29897826	153	1.9	153	84	5	387	25	17	16	40	1.91
29897688--29898044	110	3.2	109	83	6	400	22	16	18	41	1.90
29898005--29898099	43	2.2	45	84	7	124	27	12	18	41	1.87
29898005--29898099	22	4.3	23	75	15	92	27	12	18	41	1.87
29897895--29898370	153	3.1	153	83	2	571	24	18	18	39	1.92
29898158--29898246	23	4.0	22	78	10	101	26	20	20	32	1.97
29898311--29898375	21	3.0	21	80	8	69	30	20	16	32	1.95
29898207--29898502	130	2.2	133	83	5	377	25	19	16	38	1.92
29898441--29898556	22	5.2	23	83	5	130	27	20	19	31	1.97
29898448--29898556	45	2.4	45	81	6	123	26	21	21	31	1.98
29898361--29898841	176	2.7	176	80	5	531	24	19	17	37	1.93
29898672--29898733	22	2.8	22	87	2	79	24	19	20	35	1.96
29898662--29898733	23	3.2	22	82	5	81	27	16	18	37	1.92
29898793--29898844	22	2.3	23	83	6	79	25	17	21	36	1.94
29898689--29899125	109	4.0	110	83	3	493	22	19	17	39	1.92
29899023--29899065	22	2.0	22	90	0	68	34	18	18	27	1.95
29899186--29899252	22	3.0	22	97	0	125	32	17	20	28	1.96
29899482--29899520	21	1.9	21	84	5	53	58	0	0	41	0.98
29899471--29899529	31	2.0	29	83	6	73	59	0	0	40	0.97
29899522--29899563	14	2.8	15	78	10	50	78	4	9	7	1.08
29902003--29902152	63	2.4	63	82	7	164	38	18	10	34	1.84
29902097--29902234	65	2.2	64	85	5	181	38	17	7	36	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29902121--29902243	65	1.9	64	88	3	185	37	17	6	39	1.75
29909996--29910070	26	3.0	25	92	3	132	36	17	18	28	1.94
29912612--29912673	26	2.4	26	100	0	124	22	46	0	30	1.52
29917947--29917994	22	2.2	22	82	17	57	50	0	0	50	1.00
29922404--29922432	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
29926959--29926994	17	2.0	18	89	10	56	63	0	0	36	0.94
29927821--29927866	3	15.7	3	90	4	76	30	2	0	67	1.03
29930477--29930570	45	2.1	46	86	7	131	27	6	8	57	1.53
29931982--29932257	44	6.3	44	82	3	270	45	15	13	25	1.83
29932007--29932264	132	2.0	132	88	1	383	44	15	13	25	1.84
29932225--29932292	28	2.4	28	87	2	91	44	11	14	29	1.81
29932181--29932330	72	2.1	73	84	1	194	46	12	12	29	1.78
29932254--29932415	44	3.9	42	74	11	136	47	12	12	27	1.77
29932298--29932421	40	3.0	39	77	10	115	50	13	12	23	1.75
29932650--29932719	32	2.2	33	89	2	106	37	20	11	31	1.88
29937260--29937372	58	1.9	58	92	0	190	20	19	23	36	1.95
29945470--29945533	29	2.1	29	85	5	83	20	0	18	60	1.36
29945987--29946034	8	5.9	8	82	4	51	79	0	0	20	0.74
29950087--29950150	4	16.8	4	73	23	50	76	3	1	18	1.00
29950091--29950158	14	4.6	14	79	15	75	76	4	1	17	1.03
29950087--29950168	40	2.1	38	80	15	87	75	6	1	17	1.06
29952735--29952759	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29958664--29958710	3	16.3	3	86	8	71	65	2	0	31	1.04
29958668--29958706	20	2.0	20	94	0	69	69	2	0	28	1.02
29959425--29959473	23	2.1	23	92	0	80	46	20	2	30	1.62
29959674--29959712	19	2.1	19	85	9	53	28	2	2	66	1.18
29961939--29961975	17	2.2	17	90	9	58	32	2	0	64	1.07
29963054--29963091	20	1.9	20	84	10	51	39	5	0	55	1.23
29965323--29965432	51	2.2	51	80	8	125	30	10	10	50	1.69
29966779--29966805	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
29967063--29967145	42	2.0	42	85	4	114	48	16	10	24	1.78
29967496--29967547	22	2.4	22	78	9	63	40	11	5	42	1.65
29967674--29967723	20	2.5	20	93	0	82	30	12	20	38	1.88
29977779--29977916	71	1.9	71	95	0	249	40	6	16	36	1.75
29977903--29978016	50	2.4	46	78	12	131	46	6	19	28	1.73
29977910--29978007	50	2.0	50	89	0	151	45	6	20	27	1.74
29979078--29979225	52	2.9	51	89	3	226	29	11	8	50	1.68
29979578--29979620	8	4.9	9	91	8	63	20	0	0	79	0.74
29979575--29979619	9	5.5	8	89	10	65	20	0	0	80	0.72
29979575--29979619	17	2.8	16	90	10	65	20	0	0	80	0.72
29979575--29979626	18	3.1	16	81	13	59	17	0	1	80	0.80
29987321--29987381	18	3.6	18	74	17	76	37	26	11	24	1.89
29993651--29993686	15	2.4	15	90	0	54	33	2	16	47	1.61
29996992--29997024	16	2.1	16	94	0	57	45	0	9	45	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29997461--29997503	22	2.0	21	82	13	52	44	6	4	44	1.52
30008104--30008178	35	2.1	36	95	4	136	18	24	14	42	1.88
30015750--30015785	18	2.0	18	89	10	56	75	2	16	5	1.12
30024754--30025028	121	2.2	122	75	8	263	43	3	12	41	1.58
30025521--30025677	61	2.6	61	81	5	156	43	4	10	41	1.58
30025913--30025978	28	2.3	27	82	14	80	50	1	6	42	1.36
30026024--30026200	51	3.5	49	75	19	150	49	3	10	36	1.53
30026196--30026371	89	2.0	89	93	1	300	39	7	9	43	1.67
30028116--30028164	8	6.1	8	78	0	53	61	0	0	38	0.96
30029895--30029958	30	2.1	30	83	11	78	39	26	9	25	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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