genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   

This is table  76  of  195  ( 23297 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14864270--14864330	32	1.9	31	87	9	88	80	4	4	9	1.01
14864665--14864704	20	2.0	20	90	0	62	12	15	30	42	1.83
14865222--14865293	27	2.5	29	80	15	78	72	4	1	22	1.10
14865491--14865530	7	5.7	7	82	11	55	0	0	12	87	0.54
14865491--14865530	20	2.1	19	95	4	71	0	0	12	87	0.54
14865537--14865741	41	4.9	40	79	13	209	35	24	17	23	1.95
14865538--14865741	84	2.4	81	83	11	234	35	24	16	23	1.95
14866992--14867056	10	6.1	10	71	18	51	7	13	0	78	0.95
14867024--14867065	19	2.3	18	80	15	50	9	14	0	76	1.02
14872936--14873096	60	2.7	59	90	2	236	34	14	6	45	1.70
14873137--14873196	10	6.2	9	79	12	66	81	0	6	11	0.86
14873129--14873180	19	2.8	18	82	5	59	80	0	5	13	0.88
14873137--14873196	19	3.1	18	80	7	66	81	0	6	11	0.86
14873555--14873593	20	2.0	20	90	10	62	15	15	25	43	1.86
14874212--14874299	20	4.3	20	68	22	58	75	2	3	19	1.06
14874818--14874870	26	2.0	26	96	0	97	32	22	18	26	1.97
14877309--14877361	26	2.0	26	92	0	88	28	15	24	32	1.95
14874844--14878447	895	4.1	885	85	5	4559	25	24	24	25	2.00
14878305--14878654	171	2.0	171	85	2	470	20	30	32	17	1.95
14880162--14880213	26	2.0	26	92	0	86	34	15	23	26	1.94
14884471--14884526	26	2.2	26	93	0	94	26	21	25	26	1.99
14885352--14885404	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14889511--14889562	26	2.0	25	88	3	77	26	19	26	26	1.99
14887141--14891354	907	4.6	902	84	5	5090	25	23	24	26	2.00
14890837--14890905	27	2.6	27	90	0	102	24	8	11	55	1.64
14891606--14891658	26	2.0	26	89	7	81	28	16	24	30	1.97
14892510--14892562	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
14891478--14895443	878	4.5	894	86	3	5127	25	24	25	25	2.00
14895164--14895216	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
14903979--14904028	26	1.9	26	91	0	82	30	20	24	26	1.98
14905775--14905827	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
14903116--14909722	901	7.4	894	84	4	8020	25	24	24	25	2.00
14907569--14907621	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
14908454--14908503	26	1.9	26	95	0	91	28	18	26	28	1.98
14909329--14909381	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
14909717--14912582	904	3.2	898	85	4	3743	25	23	24	26	2.00
14911890--14911941	26	2.0	26	88	0	77	28	17	25	28	1.97
14912705--14912755	26	2.0	26	100	0	102	27	19	25	27	1.99
14914169--14914218	26	1.9	26	95	0	91	30	20	26	24	1.98
14915069--14915143	39	1.9	39	91	0	123	30	25	24	20	1.98
14913301--14916224	900	3.2	898	82	5	3568	25	23	25	25	2.00
14913300--14916225	911	3.2	895	83	5	3661	25	23	25	25	2.00
14919375--14919690	171	1.8	171	86	0	461	20	30	30	17	1.96
14919375--14919725	172	2.0	171	84	3	456	20	30	31	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14921235--14921287	26	2.0	26	88	0	79	28	18	22	30	1.98
14921824--14921876	26	2.0	26	92	0	88	26	15	24	33	1.95
14922728--14922780	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
14923458--14923510	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
14924346--14924398	26	2.0	26	96	0	97	28	22	26	22	1.99
14926129--14926181	26	2.0	26	88	0	79	30	16	24	28	1.97
14928811--14928863	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
14923098--14932442	902	10.4	899	85	3	11967	25	23	24	25	2.00
14933999--14934057	26	2.3	26	88	5	86	25	16	28	28	1.97
14934789--14934841	26	2.0	26	96	0	97	26	22	24	26	2.00
14933394--14934929	784	2.0	782	88	2	2314	25	23	23	27	2.00
14936546--14936598	26	2.0	26	96	0	97	30	22	22	24	1.99
14937413--14937465	26	2.0	26	88	0	79	32	20	22	24	1.98
14934152--14940648	886	7.3	886	83	6	7431	25	24	24	25	2.00
14939199--14939251	26	2.0	26	89	7	81	30	20	18	30	1.97
14940089--14940139	26	2.0	26	88	0	75	27	13	25	33	1.94
14940799--14942532	717	2.5	706	86	3	2351	25	22	23	27	2.00
14942532--14942562	8	3.9	8	100	0	62	51	0	0	48	1.00
14944165--14944215	26	2.0	26	96	0	93	29	19	27	23	1.98
14945935--14945987	26	2.0	26	96	0	97	26	20	24	28	1.99
14943436--14951871	860	9.5	891	82	7	9661	25	23	24	26	2.00
14951206--14951256	26	2.0	26	92	0	84	27	21	19	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14953616--14953668	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
14956238--14956290	26	2.0	26	96	0	97	28	20	26	24	1.99
14957136--14957186	26	2.0	24	92	7	84	27	17	27	27	1.98
14957143--14957194	26	2.0	26	92	0	86	28	17	25	28	1.97
14955516--14958070	904	2.8	895	87	3	3482	25	24	24	25	2.00
14960005--14960048	8	5.8	8	91	2	65	6	13	0	79	0.92
14960006--14960076	6	10.1	7	76	21	51	7	14	0	78	0.94
14960013--14960060	19	2.3	23	86	13	68	4	12	0	83	0.79
14960003--14960066	15	4.2	16	80	13	64	4	14	0	81	0.85
14960005--14960066	8	8.0	8	85	10	58	4	12	0	82	0.82
14960030--14960064	12	2.8	12	95	4	61	0	8	0	91	0.42
14960031--14960066	11	3.1	11	92	8	54	0	11	0	88	0.50
14963968--14964259	59	5.0	59	86	7	425	34	11	8	45	1.71
14963968--14964259	116	2.5	118	92	3	475	34	11	8	45	1.71
14964268--14964309	22	1.9	22	90	9	68	71	0	11	16	1.14
14964292--14964404	4	27.8	4	72	21	60	73	3	3	19	1.13
14964280--14964337	17	3.5	17	77	15	59	75	1	8	13	1.10
14964269--14964350	39	2.1	39	82	8	96	75	1	8	14	1.09
14964306--14964352	21	2.2	21	82	17	62	80	2	6	10	0.96
14964330--14964404	11	6.9	11	77	10	57	72	4	1	22	1.10
14965238--14965298	25	2.4	25	79	12	72	72	3	4	19	1.18
14965377--14965417	20	2.0	20	85	9	55	70	4	0	24	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14965383--14965441	9	6.4	9	80	18	52	71	5	0	23	1.06
14966809--14966861	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
14966835--14969635	688	4.0	718	87	3	3873	26	24	22	26	2.00
14968707--14968759	27	2.0	26	82	7	63	50	13	9	26	1.71
14970684--14970736	26	2.0	26	96	0	97	28	22	18	30	1.98
14971582--14971660	26	3.0	26	92	3	133	27	22	21	27	1.99
14969091--14976092	898	7.8	903	84	4	8426	25	24	23	25	2.00
14972986--14973037	26	2.0	27	84	3	70	61	7	7	23	1.49
14975877--14976251	159	2.4	159	89	0	545	18	30	28	22	1.97
14976225--14976277	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
14977927--14977979	26	2.0	26	88	0	79	28	22	18	30	1.98
14977335--14979585	900	2.5	892	87	3	3097	26	23	23	26	2.00
14979559--14979611	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
14980450--14980502	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
14983108--14990533	902	8.3	897	83	7	8834	25	24	25	25	2.00
14986654--14986705	25	2.0	26	96	3	97	26	19	26	26	1.99
14987555--14987604	26	1.9	26	100	0	100	30	20	26	24	1.98
14986164--14990533	901	4.9	890	84	6	5570	25	24	24	25	2.00
14988445--14990533	900	2.3	899	88	2	3017	24	25	26	23	2.00
14990601--14990647	17	2.6	19	80	10	53	12	6	2	78	1.02
14990613--14990656	23	1.9	23	86	9	63	9	9	0	81	0.87
14990757--14990811	25	2.3	24	87	9	78	30	0	0	69	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14990757--14990825	11	6.0	11	75	18	52	27	0	1	71	0.95
14990757--14990827	16	4.4	16	75	15	67	28	0	1	70	0.96
14991389--14991426	20	1.9	20	94	0	67	21	28	15	34	1.94
14991818--14991875	11	4.9	12	77	8	57	10	3	1	84	0.81
14991818--14991885	17	4.0	17	77	9	68	11	4	1	82	0.88
14991814--14991890	15	4.8	16	73	20	54	12	5	1	80	0.94
14991896--14992247	60	5.9	60	89	3	509	44	8	12	34	1.73
14996722--14997012	119	2.4	121	85	8	401	23	18	22	36	1.95
14996723--14997014	41	7.1	41	86	6	398	22	18	22	35	1.95
14997021--14997049	11	2.6	11	100	0	58	93	6	0	0	0.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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