genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.105.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   

This is table  105  of  195  ( 23297 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18660962--18661046	35	2.4	34	81	12	93	69	3	3	23	1.20
18661006--18661057	27	1.9	27	88	7	79	69	3	0	26	1.06
18661259--18661322	1	64.0	1	77	0	65	1	0	9	89	0.56
18661260--18661322	26	2.4	26	87	12	94	1	0	9	88	0.57
18661259--18661319	19	3.3	18	91	8	97	1	0	9	88	0.58
18661329--18661501	41	4.1	42	88	5	244	34	24	17	23	1.96
18661948--18662011	31	2.1	30	94	2	110	31	25	10	32	1.90
18662728--18662792	24	2.9	22	78	17	71	9	18	0	72	1.11
18662723--18662792	23	3.0	23	78	12	72	10	20	0	70	1.16
18662728--18662792	25	2.7	23	84	11	71	9	18	0	72	1.11
18665511--18665542	15	2.1	16	94	5	57	50	6	25	18	1.70
18668797--18668868	17	4.3	15	78	16	63	79	2	6	11	1.03
18668809--18668880	6	12.3	6	75	10	60	80	1	5	12	0.94
18668812--18668879	11	6.2	11	78	11	68	80	1	5	11	0.94
18668812--18668880	17	4.1	16	80	12	77	81	1	5	11	0.93
18671087--18671247	59	2.7	59	91	3	245	33	14	6	45	1.69
18671298--18671339	17	2.5	17	85	11	59	78	2	9	9	1.05
18671288--18671365	22	3.6	22	75	13	54	76	1	7	14	1.05
18671285--18671351	17	4.1	16	75	9	57	79	1	7	11	1.00
18672329--18672407	30	2.6	31	83	15	94	70	2	1	25	1.07
18672304--18672378	33	2.1	37	85	9	104	72	4	2	21	1.14
18672338--18672418	27	2.9	27	80	10	85	70	3	0	25	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18672964--18673016	26	2.0	26	92	0	88	28	22	22	26	1.99
18677228--18677280	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
18672990--18698590	890	28.4	896	78	9	19981	25	24	24	25	2.00
18679016--18679069	26	2.1	26	96	0	99	27	20	25	25	1.99
18679914--18679966	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
18682573--18682625	26	2.0	26	100	0	106	30	20	26	22	1.98
18686134--18686186	26	2.0	26	92	0	88	28	20	22	28	1.99
18687927--18687979	26	2.0	26	96	0	97	26	16	24	32	1.97
18688031--18688344	171	1.8	171	84	2	432	19	29	32	19	1.96
18688031--18688368	172	2.0	171	83	1	426	19	29	32	18	1.96
18688901--18688934	11	3.1	11	91	0	59	8	23	44	23	1.81
18689013--18689065	26	2.0	26	88	0	79	30	18	26	24	1.98
18689905--18689957	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
18690795--18690847	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
18690980--18691030	26	2.0	26	96	0	93	29	19	27	23	1.98
18691865--18691917	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
18692765--18692817	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
18690951--18698590	903	8.6	891	84	5	8760	25	24	24	25	2.00
18693663--18693715	26	2.0	26	88	0	79	26	16	24	32	1.97
18695410--18695462	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
18698219--18699050	460	1.8	463	89	2	1334	25	19	24	30	1.98
18699400--18699452	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18699958--18700796	435	1.9	436	89	1	1288	27	27	23	20	1.99
18701625--18701677	26	2.0	26	88	0	79	28	22	22	26	1.99
18704336--18704388	26	2.0	26	92	0	88	32	24	16	26	1.97
18705234--18705286	26	2.0	26	92	0	88	24	22	26	26	2.00
18700390--18708531	883	9.1	888	77	9	6767	25	23	24	25	2.00
18700390--18708531	880	9.1	879	76	10	6538	25	23	24	25	2.00
18707904--18707976	26	2.8	26	95	0	128	28	16	27	27	1.97
18710038--18710090	26	2.0	26	88	0	79	26	16	24	32	1.97
18709795--18712993	929	3.5	896	84	5	4088	25	24	25	24	2.00
18711836--18711908	26	2.8	26	89	0	119	27	20	23	28	1.99
18712760--18712812	26	2.0	26	96	0	97	26	16	28	28	1.97
18712787--18713134	158	2.2	159	80	4	371	22	28	27	21	1.99
18715516--18715568	26	2.0	26	88	0	79	28	16	24	30	1.97
18714799--18718234	906	3.8	898	86	3	4535	25	23	24	26	2.00
18718842--18718891	26	1.9	26	95	0	91	30	20	26	24	1.98
18719737--18719789	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
18719082--18720561	747	2.0	748	89	1	2286	26	22	23	27	2.00
18720484--18720536	26	2.0	26	100	0	106	30	20	22	26	1.98
18719763--18723412	868	4.1	883	82	7	4275	25	23	25	26	2.00
18723471--18723521	26	2.0	26	92	0	84	27	19	29	23	1.98
18724361--18724413	26	2.0	26	92	0	88	26	18	28	26	1.98
18725250--18725302	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18723449--18726031	890	2.9	889	87	2	3655	25	24	24	25	2.00
18726493--18726535	18	2.3	18	84	4	50	20	6	18	53	1.67
18730561--18730613	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
18730925--18730977	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
18736816--18736868	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
18738617--18738669	26	2.0	26	92	0	88	28	15	24	32	1.95
18739523--18739575	26	2.0	26	92	0	88	26	24	20	28	1.99
18743947--18743998	25	2.0	26	92	3	88	26	23	23	26	2.00
18744833--18744885	26	2.0	26	96	0	97	26	22	24	26	2.00
18731026--18747660	876	18.7	885	84	5	17879	25	24	24	25	2.00
18747438--18747490	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
18747464--18747839	159	2.4	159	82	1	432	23	30	27	18	1.98
18749388--18749440	26	2.0	26	96	0	97	26	22	24	26	2.00
18747665--18751033	853	3.8	882	84	6	4123	25	23	25	25	2.00
18750235--18750287	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
18751847--18751899	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
18751132--18757242	898	6.9	894	82	6	7001	25	23	24	25	2.00
18754542--18754593	26	2.0	26	88	7	79	28	15	25	30	1.96
18756268--18756318	26	2.0	26	88	7	77	31	21	21	25	1.98
18757160--18757212	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
18757572--18757627	26	2.2	26	100	0	112	26	19	25	28	1.99
18759345--18759397	26	2.0	26	88	0	79	26	20	22	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18760239--18760291	26	2.0	26	96	0	97	26	22	24	26	2.00
18759530--18761051	741	2.1	737	89	1	2296	26	23	23	26	2.00
18760982--18761032	26	2.0	26	88	0	75	29	15	25	29	1.96
18760272--18762848	891	2.9	873	85	5	3411	25	23	25	26	2.00
18763491--18763543	26	2.0	26	92	0	88	24	20	24	30	1.99
18764142--18764512	185	2.0	190	84	5	495	20	28	29	22	1.98
18765478--18765530	26	2.0	26	88	0	79	30	18	24	26	1.98
18767251--18767303	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
18768152--18768202	26	2.0	26	100	0	102	27	15	27	29	1.96
18769271--18769300	4	7.5	4	92	0	51	0	23	73	3	0.98
18764333--18771819	901	8.4	901	84	5	9160	25	24	24	25	2.00
18771696--18771748	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
18773401--18773479	26	3.0	26	96	3	142	27	22	22	26	1.99
18772531--18775567	933	3.4	901	84	5	3621	24	24	25	25	2.00
18774334--18774386	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
18775613--18775665	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
18776940--18776994	27	2.2	26	83	9	69	20	5	20	54	1.63
18777403--18777453	26	2.0	26	100	0	102	27	19	23	29	1.98
18778295--18778347	26	2.0	26	92	7	90	28	22	22	26	1.99
18780083--18780134	26	2.0	26	92	0	86	30	19	21	28	1.97
18775573--18786677	891	12.4	899	81	7	12187	25	24	25	25	2.00
18780982--18781032	26	2.0	26	88	0	75	25	13	29	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18782665--18782717	26	2.0	26	88	0	79	26	20	28	24	1.99
18784566--18784615	26	1.9	26	91	0	82	32	18	26	24	1.97
18785459--18785511	26	2.0	26	88	0	79	30	18	24	26	1.98
18786359--18786411	26	2.0	26	88	0	79	28	20	22	28	1.99
18784365--18786677	900	2.6	897	87	2	3399	25	25	25	23	2.00
18786746--18786794	20	2.5	19	83	6	62	8	8	2	81	0.94
18786762--18786808	9	5.4	9	79	5	53	2	10	0	87	0.63
18786763--18786800	19	2.0	20	89	5	60	2	10	0	86	0.66
18786762--18786808	23	2.1	23	88	7	71	2	10	0	87	0.63
18786759--18786800	20	2.1	20	91	8	68	4	9	0	85	0.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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