genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.128.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   

This is table  128  of  195  ( 23297 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21738635--21739034	185	2.2	185	83	1	507	24	26	27	22	2.00
21739711--21739763	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
21740603--21740655	26	2.0	26	96	0	97	26	20	24	28	1.99
21741506--21741556	26	2.0	26	100	0	102	27	19	27	25	1.99
21738801--21743277	888	5.0	898	85	3	5833	25	24	24	25	2.00
21745482--21745534	26	2.0	26	89	7	81	26	18	24	30	1.98
21746376--21746428	26	2.0	26	88	0	79	32	18	24	24	1.97
21747275--21747331	26	2.2	26	93	0	96	28	19	22	29	1.98
21743900--21749830	899	6.7	897	83	5	7191	26	23	24	26	2.00
21749030--21749082	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
21750298--21750350	26	2.0	26	96	0	97	26	18	28	26	1.98
21751195--21751247	26	2.0	26	92	0	88	28	22	24	24	2.00
21752087--21752159	26	2.8	26	97	0	137	31	20	21	26	1.98
21753870--21753922	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
21754924--21754976	26	2.0	26	88	0	79	26	16	24	32	1.97
21755805--21755857	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
21754146--21757471	906	3.8	879	85	4	4189	25	23	24	27	2.00
21756695--21756747	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
21758899--21758950	26	2.0	25	92	3	86	26	17	26	28	1.97
21760219--21760287	27	2.6	27	92	0	111	24	8	13	53	1.67
21760987--21761039	26	2.0	26	96	0	97	30	18	22	28	1.98
21761013--21764756	869	4.3	869	87	2	5146	24	24	25	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21771013--21771063	26	2.0	26	92	0	84	29	11	27	31	1.92
21775458--21775510	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
21777047--21777097	26	2.0	26	88	0	75	29	25	17	27	1.98
21777596--21777646	26	2.0	26	100	0	102	25	27	19	27	1.99
21778492--21778544	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
21781129--21781182	26	2.1	26	96	0	99	27	27	18	25	1.98
21783820--21785790	713	2.8	711	89	2	2943	27	23	22	26	2.00
21786236--21786288	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
21786811--21786863	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
21786354--21789760	903	3.8	898	87	2	4780	25	24	24	25	2.00
21789520--21789572	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
21791246--21791295	25	2.0	26	96	4	93	28	28	16	28	1.97
21792983--21793035	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
21789755--21796381	900	7.6	880	82	7	7686	25	25	24	24	2.00
21794760--21794812	26	2.0	26	88	0	79	30	24	18	26	1.98
21795613--21795665	26	2.0	26	85	0	70	24	20	22	32	1.98
21795956--21798501	693	3.6	704	84	6	3359	26	24	22	26	2.00
21801366--21801418	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
21802272--21802324	26	2.0	26	85	0	70	30	22	16	30	1.96
21804080--21804130	26	2.0	26	92	0	84	25	23	19	31	1.98
21800489--21810655	903	11.1	902	78	8	9074	25	24	23	25	2.00
21806043--21806095	26	2.0	26	96	0	97	30	24	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21806948--21807000	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
21805874--21810655	894	5.3	893	85	3	6151	25	25	24	25	2.00
21809636--21809685	26	1.9	26	91	0	82	28	26	18	28	1.98
21811674--21811726	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
21812575--21812627	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
21814508--21814560	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
21815405--21815455	25	2.0	26	96	3	95	27	25	19	27	1.99
21816298--21816350	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
21813637--21816547	895	3.2	890	87	3	4007	25	24	24	25	2.00
21817898--21817950	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
21819691--21819743	26	2.0	26	92	0	88	30	24	18	26	1.98
21820561--21820611	26	2.0	26	96	0	93	25	25	19	29	1.99
21819832--21822309	892	2.8	890	85	4	3152	26	24	23	26	2.00
21821458--21821510	26	2.0	26	92	0	88	28	22	20	28	1.99
21823049--21823099	26	1.9	27	96	4	95	29	19	27	23	1.98
21823408--21823460	26	2.0	26	85	7	72	26	16	26	30	1.97
21824295--21824347	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
21823362--21827575	895	4.7	890	86	2	5400	25	23	24	26	2.00
21826084--21826136	26	2.0	26	96	0	97	24	20	26	28	1.99
21827049--21828145	570	1.9	563	86	2	1563	25	20	26	27	1.99
21828445--21828497	26	2.0	26	100	0	106	30	20	22	26	1.98
21828795--21828819	12	2.1	12	100	0	50	44	16	24	16	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21829141--21830604	714	2.1	710	87	3	2165	26	23	22	26	2.00
21831060--21831112	26	2.0	26	100	0	106	30	20	22	26	1.98
21831807--21831859	26	2.0	26	96	0	97	28	16	24	30	1.97
21832694--21832746	26	2.0	26	96	0	97	26	15	26	32	1.95
21831146--21833851	887	3.0	888	87	2	3819	25	23	25	25	2.00
21833587--21833639	26	2.0	26	92	0	88	28	18	26	26	1.98
21833353--21834338	501	2.0	499	85	2	1350	23	28	28	19	1.98
21835871--21835923	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
21836056--21836108	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
21835868--21836262	185	2.1	185	87	1	551	23	27	28	21	1.99
21836940--21836992	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
21836079--21837703	889	1.8	870	89	2	2360	25	23	25	25	2.00
21838414--21838466	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
21839298--21839350	26	2.0	26	96	0	97	26	22	24	26	2.00
21840071--21840104	17	2.0	17	94	0	59	20	41	23	14	1.89
21841086--21841138	26	2.0	26	92	0	88	30	20	22	26	1.98
21837866--21844526	874	7.5	875	84	5	7907	25	23	24	26	2.00
21845132--21845182	26	2.0	26	88	0	75	33	17	19	29	1.95
21844910--21847802	902	3.3	887	83	6	3627	25	24	24	25	2.00
21847821--21847851	12	2.6	12	94	0	53	12	25	61	0	1.32
21849616--21849672	26	2.2	25	81	9	62	21	7	19	52	1.69
21850804--21850855	26	2.0	26	96	0	95	28	19	25	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21851701--21851753	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
21850144--21855273	899	5.8	884	83	6	5891	25	23	24	26	2.00
21854359--21854412	26	2.1	26	96	0	99	27	18	27	25	1.98
21857701--21857753	26	2.0	26	92	0	88	32	22	20	24	1.98
21858604--21858654	26	2.0	26	100	0	102	27	19	27	25	1.99
21855241--21860360	901	5.8	892	86	5	6023	25	24	24	25	2.00
21861949--21862004	26	2.2	26	96	0	103	25	19	25	30	1.98
21860328--21864670	907	4.8	896	84	4	5340	25	23	24	26	2.00
21862851--21862903	26	2.0	26	88	0	79	28	22	22	26	1.99
21863900--21869658	717	8.1	711	88	4	8233	26	23	24	26	2.00
21869632--21869684	26	2.0	26	92	0	88	28	18	22	30	1.98
21869988--21870929	489	1.9	489	89	2	1462	27	20	20	31	1.98
21870477--21873288	871	3.2	875	82	7	3255	25	23	24	26	2.00
21872791--21872841	26	2.0	26	96	0	93	25	19	27	27	1.99
21872446--21874110	823	2.0	823	84	5	2179	24	24	25	24	2.00
21875413--21875465	26	2.0	26	96	0	97	26	16	24	32	1.97
21876313--21876363	26	2.0	26	96	0	93	29	19	25	25	1.99
21877143--21877195	26	2.0	26	96	0	97	26	20	24	28	1.99
21878043--21878094	26	2.0	26	92	0	86	25	23	25	26	2.00
21877053--21879000	905	2.2	898	85	2	2609	26	24	24	25	2.00
21878947--21878999	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
21881208--21881260	26	2.0	26	92	0	88	30	18	24	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21882112--21882164	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
21882850--21882902	26	2.0	26	96	0	97	26	20	24	28	1.99
21882138--21892728	902	11.8	898	85	5	13054	25	23	24	25	2.00
21889074--21889123	25	2.0	26	96	4	93	28	16	28	28	1.97
21889974--21890052	26	3.0	26	96	0	149	26	18	26	27	1.98
21888193--21892728	927	5.0	910	85	5	5681	25	24	24	25	2.00
21890901--21890953	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
21891798--21891850	26	2.0	26	92	0	88	26	18	24	30	1.98
21894825--21894866	17	2.6	16	80	3	57	4	9	4	80	0.99
21894861--21894902	3	14.0	3	81	18	52	28	0	2	69	1.01

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195