genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.149.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   

This is table  149  of  195  ( 23297 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25002459--25002540	3	27.3	3	77	18	82	62	4	0	32	1.17
25002463--25002548	21	4.3	20	81	12	97	60	5	0	33	1.21
25002460--25002548	24	3.9	23	77	16	96	60	5	0	33	1.20
25004373--25004405	16	2.0	17	94	5	59	57	0	0	42	0.98
25004930--25004965	18	2.0	18	88	0	54	22	19	13	44	1.86
25013651--25013695	3	15.0	3	85	0	63	62	4	2	31	1.27
25014955--25015067	51	2.2	52	85	9	151	13	16	14	55	1.69
25015056--25015089	16	2.2	16	89	5	52	2	0	11	85	0.71
25026374--25026423	22	2.2	23	85	3	66	82	6	6	6	0.97
25026437--25026463	14	1.9	14	100	0	54	59	0	3	37	1.15
25027073--25027107	17	1.9	19	88	11	56	74	5	2	17	1.14
25027996--25028256	60	4.3	60	70	9	190	29	13	13	42	1.83
25030102--25030156	12	4.3	12	84	8	56	25	1	14	58	1.47
25030102--25030150	14	3.8	13	84	7	55	24	0	16	59	1.37
25030100--25030155	13	4.3	13	80	8	51	25	1	14	58	1.45
25030099--25030155	26	2.2	26	87	0	78	26	1	14	57	1.46
25030306--25030361	3	19.0	3	75	17	55	30	1	1	66	1.12
25032536--25032579	13	3.3	13	87	3	61	22	2	15	59	1.48
25032536--25032596	14	4.6	13	76	13	54	22	1	21	54	1.54
25032704--25032771	24	2.8	23	78	12	66	29	2	0	67	1.05
25032713--25032780	32	2.0	34	86	8	95	32	2	0	64	1.08
25032945--25033006	30	2.1	30	100	0	124	43	9	16	30	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25037979--25038020	22	1.9	22	90	0	66	38	11	7	42	1.69
25048372--25048410	20	2.0	20	84	0	51	58	12	7	20	1.58
25049103--25049131	15	1.9	15	100	0	58	51	6	13	27	1.66
25050899--25050923	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
25051590--25051637	25	2.0	25	91	4	80	37	2	10	50	1.49
25051690--25051726	19	2.1	19	85	10	51	32	5	10	51	1.60
25052689--25052722	4	8.5	4	93	0	59	23	0	2	73	0.97
25055034--25055083	3	16.7	3	95	0	91	64	2	0	34	1.05
25060159--25060199	19	2.2	18	86	4	55	85	2	4	7	0.81
25061307--25061425	35	3.4	35	75	9	125	19	19	10	50	1.76
25064677--25064719	16	2.6	16	77	7	50	11	6	0	81	0.87
25067060--25067112	26	2.0	26	96	0	97	30	20	0	49	1.50
25068748--25068787	18	2.2	18	86	8	55	12	7	2	77	1.07
25074365--25074399	17	2.0	18	88	5	54	62	5	0	31	1.18
25077283--25077308	9	2.9	9	100	0	52	11	19	0	69	1.18
25077662--25077695	16	2.1	17	88	5	52	70	0	29	0	0.87
25081285--25081322	20	1.9	20	94	0	67	36	15	7	39	1.77
25082051--25082082	15	2.1	15	94	0	55	84	6	0	9	0.78
25090824--25090882	23	2.5	24	75	8	59	71	3	20	5	1.20
25094490--25094514	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
25097973--25098012	21	1.9	21	84	0	53	70	2	5	22	1.19
25101883--25101991	54	2.0	54	96	0	200	33	8	24	33	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25101909--25101993	25	3.2	25	68	28	77	32	7	25	34	1.83
25104400--25104434	18	1.9	18	88	0	52	42	11	25	20	1.85
25108429--25108513	38	2.2	39	83	6	102	21	10	16	51	1.74
25109098--25109135	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
25109138--25109193	11	4.7	11	80	14	51	1	19	0	78	0.84
25109139--25109190	20	2.6	19	79	11	59	1	19	0	78	0.84
25122936--25123275	99	3.4	99	83	2	441	27	12	21	38	1.89
25122922--25123275	49	7.2	49	84	4	417	28	12	21	38	1.89
25122922--25123271	148	2.4	147	84	5	420	28	12	21	38	1.89
25123291--25123379	46	1.9	47	88	4	137	25	14	24	34	1.94
25123872--25123905	13	2.6	13	90	9	52	76	2	2	17	1.04
25126677--25126721	21	2.1	21	84	8	56	66	2	15	15	1.35
25130370--25130858	244	2.0	244	100	0	978	22	29	21	26	1.99
25139843--25139891	17	2.8	18	73	20	59	57	6	10	26	1.55
25140775--25140805	11	2.7	12	90	10	55	58	0	0	41	0.98
25141050--25141105	10	5.8	10	81	8	53	28	10	5	55	1.56
25141054--25141101	9	5.1	9	85	5	51	27	12	6	54	1.61
25141049--25141110	29	2.1	29	87	0	88	27	9	8	54	1.61
25159799--25159828	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
25160451--25160507	30	1.9	30	85	0	78	29	10	8	50	1.67
25160902--25160957	27	2.1	27	83	6	69	16	1	32	50	1.55
25160930--25161006	24	3.1	24	76	10	66	16	0	35	48	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25160930--25161175	13	18.2	13	68	19	87	15	0	37	45	1.50
25161016--25161183	7	24.7	7	68	14	75	14	0	39	45	1.50
25161064--25161183	27	4.5	27	80	6	136	15	0	40	44	1.52
25161132--25161190	27	2.2	27	87	0	82	10	0	40	49	1.37
25161198--25161284	13	6.5	13	67	15	61	20	1	34	43	1.60
25163114--25163139	13	2.0	13	100	0	52	38	15	7	38	1.76
25163100--25163249	67	2.2	67	79	2	158	52	13	7	27	1.67
25165994--25166035	21	2.0	21	100	0	84	38	14	14	33	1.86
25171123--25171456	112	3.0	112	96	0	605	27	14	12	45	1.81
25173748--25173786	17	2.1	18	86	13	53	46	0	5	48	1.24
25176046--25176594	275	2.0	275	99	0	1080	30	9	16	43	1.80
25185748--25186423	123	5.7	119	74	7	492	18	20	16	44	1.86
25185743--25186380	241	2.7	240	85	1	796	18	20	16	44	1.86
25186753--25186874	3	40.7	3	91	0	154	31	6	1	60	1.32
25187288--25187314	10	2.7	10	100	0	54	14	0	7	77	0.97
25188717--25188947	3	75.7	3	69	19	88	29	3	0	66	1.13
25188767--25188851	23	3.8	22	80	9	73	32	7	0	60	1.24
25188729--25188889	24	7.3	23	74	13	101	32	4	0	63	1.14
25188750--25188851	46	2.2	46	81	6	109	31	5	0	62	1.19
25188848--25188894	20	2.3	20	89	7	69	34	2	0	63	1.06
25188825--25188885	31	2.0	31	83	6	79	36	3	0	60	1.13
25188724--25188936	17	10.9	20	69	19	96	30	4	0	64	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25189749--25189816	5	12.8	5	79	17	75	16	5	0	77	0.95
25189748--25189817	11	6.5	11	75	15	74	15	5	0	78	0.93
25189748--25189817	16	4.3	16	81	3	95	15	5	0	78	0.93
25189745--25189824	33	2.4	34	79	8	101	16	5	1	77	1.01
25189820--25190115	58	5.1	56	77	13	237	42	5	11	40	1.63
25189838--25190115	57	4.8	58	81	9	291	42	5	12	39	1.65
25200566--25200624	15	4.2	14	73	20	52	76	0	15	8	1.01
25200566--25200627	26	2.3	27	86	2	81	74	0	17	8	1.06
25201636--25201926	41	7.0	41	82	7	309	25	17	19	38	1.93
25201641--25201924	126	2.2	126	84	5	367	25	17	19	38	1.93
25202125--25202165	6	6.7	6	84	15	57	17	0	0	82	0.66
25202133--25202183	9	5.7	9	77	9	59	25	0	0	74	0.82
25202125--25202167	16	2.8	16	86	13	63	18	0	0	81	0.69
25202133--25202183	19	2.7	18	84	9	57	25	0	0	74	0.82
25202142--25202184	17	2.6	17	85	3	52	27	0	0	72	0.85
25202127--25202183	26	2.2	25	84	9	71	24	0	0	75	0.80
25202156--25202244	46	1.9	46	84	8	119	30	6	1	61	1.29
25202170--25202244	20	3.3	22	72	22	57	30	8	1	60	1.34
25202995--25203140	10	13.5	10	69	26	70	21	2	2	73	1.09
25203072--25203139	5	12.8	5	79	14	66	17	4	0	77	0.92
25203071--25203140	10	6.5	11	82	11	83	17	4	0	78	0.90
25203071--25203147	6	13.7	6	82	8	67	16	3	1	77	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25202993--25203146	14	11.9	12	66	23	57	20	2	3	73	1.10
25203002--25203147	18	7.4	18	68	25	75	21	2	3	73	1.09
25203171--25203329	58	2.7	56	83	7	183	38	6	12	42	1.68
25214772--25214815	19	2.3	19	80	0	52	40	2	18	38	1.63
25215088--25215132	23	2.0	23	100	0	90	40	4	28	26	1.75
25217527--25217594	20	3.3	20	76	13	75	33	4	14	47	1.65
25219181--25219211	3	10.3	3	100	0	62	0	32	0	67	0.91
25220703--25220761	2	30.0	2	96	3	111	0	49	0	50	1.00
25222234--25222271	18	2.2	18	85	4	51	44	0	7	47	1.32
25228459--25228493	17	2.1	17	94	5	63	34	14	28	22	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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