genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.156.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   

This is table  156  of  195  ( 23297 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26035735--26035800	28	2.3	27	80	10	87	31	19	9	39	1.83
26036465--26036492	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
26039765--26039821	23	2.5	23	91	8	91	52	3	0	43	1.18
26045460--26045502	21	2.0	21	90	0	68	44	6	23	25	1.78
26047378--26047403	7	3.7	7	100	0	52	73	0	0	26	0.84
26047589--26047675	33	2.5	35	76	14	92	43	3	2	50	1.31
26048671--26048695	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
26048576--26048804	120	1.9	120	95	0	413	31	11	14	42	1.81
26050226--26050376	51	3.0	51	95	0	275	27	19	17	35	1.94
26058366--26058427	7	8.5	8	87	8	73	80	9	0	9	0.90
26058366--26058440	7	10.4	7	84	7	62	81	8	2	8	0.96
26058366--26058440	14	5.2	14	80	6	71	81	8	2	8	0.96
26058388--26058453	22	3.0	22	80	10	57	84	3	7	4	0.84
26058388--26058450	7	9.3	7	88	10	51	85	3	6	4	0.81
26058424--26058450	6	4.5	6	100	0	54	85	0	14	0	0.61
26058770--26058842	29	2.4	31	80	13	80	47	1	5	45	1.34
26058823--26058885	5	12.4	5	74	15	58	61	0	0	38	0.96
26058824--26058872	7	7.0	7	78	17	57	67	0	0	32	0.91
26058829--26058883	12	4.5	12	80	10	58	63	0	0	36	0.95
26066156--26066185	11	2.7	11	94	0	51	26	10	13	50	1.73
26069508--26069552	22	2.2	20	84	8	54	22	2	2	73	1.05
26069599--26069632	12	2.8	12	91	8	52	23	0	0	76	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26073325--26073357	17	1.9	17	88	11	50	0	3	12	84	0.72
26073547--26073859	121	2.6	121	76	7	321	37	13	11	38	1.81
26078544--26078639	32	3.0	32	83	4	131	48	5	17	28	1.68
26083280--26083309	14	2.1	14	100	0	60	60	0	40	0	0.97
26084362--26084395	3	11.3	3	100	0	68	0	32	0	67	0.91
26085399--26085457	28	2.1	28	84	6	75	59	5	5	30	1.41
26087773--26087803	16	1.9	16	93	0	53	35	41	9	12	1.76
26089075--26089236	61	2.7	62	81	8	183	41	7	8	43	1.62
26089701--26089975	60	4.4	60	79	9	257	41	10	10	37	1.75
26089687--26089929	124	2.0	124	86	4	339	41	10	10	37	1.74
26089701--26089968	63	4.3	60	78	8	245	41	10	10	37	1.74
26090951--26090987	16	2.2	17	90	4	58	70	0	0	29	0.88
26091991--26092020	15	2.0	15	93	0	51	26	3	0	70	1.03
26098245--26098275	12	2.6	12	100	0	62	87	0	12	0	0.55
26100238--26100428	104	1.8	104	84	2	258	37	14	10	37	1.82
26100340--26100815	126	3.8	124	78	3	459	36	15	12	35	1.85
26100685--26100932	104	2.4	103	77	9	268	35	14	14	35	1.87
26101382--26101487	56	1.9	56	83	11	137	57	5	0	36	1.22
26103385--26103454	23	2.9	23	82	6	86	10	4	18	67	1.36
26103386--26103444	12	5.1	11	78	10	64	8	1	20	69	1.23
26104473--26104702	64	3.7	63	73	9	193	40	8	12	38	1.73
26104048--26104778	378	1.9	377	79	6	825	38	10	11	39	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26104059--26104828	126	6.1	125	74	7	520	38	10	12	38	1.77
26105299--26105338	20	2.0	20	85	0	53	25	12	20	42	1.86
26108633--26108676	22	2.0	22	90	0	70	43	11	11	34	1.77
26109451--26109607	45	3.5	45	80	6	183	34	8	25	31	1.86
26110159--26110202	22	2.0	22	95	0	79	20	9	20	50	1.75
26110161--26110208	22	2.2	22	88	0	69	25	8	18	47	1.76
26113555--26113590	15	2.4	16	86	13	58	72	0	0	27	0.85
26113709--26113766	28	2.0	28	86	3	80	36	3	10	50	1.54
26113718--26113772	28	2.0	28	85	7	67	40	0	7	52	1.29
26119357--26119381	13	1.9	13	100	0	50	88	0	0	12	0.53
26120635--26120687	28	1.9	27	81	11	63	52	3	0	43	1.19
26121777--26121830	24	2.2	24	78	12	58	55	18	1	24	1.52
26122202--26122269	34	2.0	34	100	0	136	17	17	14	50	1.79
26123550--26123584	18	2.1	17	89	10	54	37	0	5	57	1.23
26124631--26124661	11	2.9	11	95	4	55	45	0	0	54	0.99
26125208--26125255	21	2.2	22	92	3	80	50	0	0	50	1.00
26126586--26126650	31	2.1	30	82	2	76	44	0	4	50	1.22
26127273--26127323	23	2.2	23	92	0	84	37	7	13	41	1.74
26130178--26131099	459	2.0	459	97	0	1727	37	19	13	29	1.89
26133517--26133541	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
26136669--26136718	21	2.4	21	90	9	84	52	0	0	48	1.00
26136772--26136815	17	2.6	18	89	7	65	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26136786--26136817	12	2.8	12	95	4	57	53	0	0	46	1.00
26145647--26145755	44	2.4	45	83	14	136	28	6	5	59	1.45
26146185--26146224	17	2.4	17	83	8	55	85	2	0	12	0.71
26147576--26147955	57	6.7	56	81	8	401	37	13	5	43	1.67
26147973--26148082	5	21.6	5	70	18	59	76	2	6	14	1.10
26147968--26148068	10	10.6	9	75	14	71	77	2	6	12	1.09
26147972--26148029	31	1.9	31	86	10	84	77	1	6	13	1.05
26148426--26148474	19	2.5	19	83	3	53	34	16	10	38	1.82
26148739--26148766	11	2.5	11	100	0	56	0	17	0	82	0.68
26148909--26148983	13	5.4	14	70	20	50	72	4	2	21	1.14
26148910--26148992	17	4.3	20	74	21	79	69	4	3	21	1.22
26148955--26148994	11	3.5	12	75	25	50	62	5	5	27	1.37
26148934--26148994	22	3.0	21	82	17	76	65	4	4	24	1.32
26149099--26149159	11	5.0	12	70	18	54	81	3	0	14	0.80
26149099--26149157	6	9.7	6	75	14	50	81	3	0	15	0.82
26149741--26150396	115	5.7	115	86	4	826	35	12	6	45	1.69
26149741--26150395	57	11.4	57	86	4	843	35	12	6	45	1.69
26149741--26150405	172	3.8	173	88	2	899	35	12	6	45	1.68
26150422--26150515	5	18.8	5	75	18	81	79	2	3	14	0.95
26150422--26150515	17	5.6	16	79	13	91	79	2	3	14	0.95
26150421--26150504	30	2.9	30	86	10	106	79	2	3	14	0.96
26150422--26150515	11	8.4	11	78	15	86	79	2	3	14	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26150422--26150515	49	1.9	49	87	8	138	79	2	3	14	0.95
26150587--26150619	17	1.9	17	93	0	57	21	33	24	21	1.97
26151454--26151493	11	3.5	12	75	25	50	62	5	5	27	1.37
26151427--26151493	22	3.0	22	80	12	84	64	5	4	25	1.36
26151630--26151680	14	3.8	13	84	7	57	84	0	3	11	0.75
26151636--26151678	19	2.3	19	88	8	61	86	0	4	9	0.71
26151642--26151670	7	4.3	7	95	4	51	89	0	0	10	0.48
26151858--26152068	42	5.1	41	86	1	242	34	20	18	25	1.96
26151858--26152068	83	2.5	82	82	3	253	34	20	18	25	1.96
26163481--26163925	116	3.9	114	84	4	551	37	12	6	43	1.68
26163486--26163925	57	7.7	57	82	8	493	36	12	6	44	1.69
26163943--26164076	5	26.8	5	72	19	61	73	3	3	18	1.13
26163943--26164037	11	8.2	11	73	17	59	76	2	5	15	1.05
26163943--26164037	17	5.8	16	72	15	61	76	2	5	15	1.05
26164547--26164596	26	2.0	23	85	11	64	56	18	4	22	1.58
26164861--26164895	4	8.8	4	87	12	54	74	0	0	25	0.82
26164863--26164915	9	6.3	9	82	8	51	69	3	1	24	1.15
26164861--26164895	11	2.9	12	91	8	54	74	0	0	25	0.82
26164862--26164946	38	2.2	40	83	10	104	67	4	3	24	1.26
26164909--26164948	11	3.5	12	75	25	50	62	5	5	27	1.37
26164883--26164948	22	3.0	22	80	13	82	63	6	4	25	1.37
26165029--26165125	8	12.2	8	68	18	51	78	2	4	15	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26165071--26165127	15	3.8	15	75	15	55	80	0	5	14	0.87
26165077--26165131	15	3.7	14	81	11	58	81	0	7	10	0.86
26174161--26174202	21	2.0	22	81	13	52	28	9	14	47	1.75
26178035--26178090	20	2.7	21	86	5	87	26	1	10	60	1.40
26186222--26186279	26	2.2	27	93	3	100	41	31	10	17	1.83
26186821--26186855	2	18.0	2	94	5	63	51	0	0	48	1.00
26193232--26193754	262	2.0	262	98	0	1019	16	33	24	24	1.96
26195115--26195247	63	2.1	61	83	5	160	43	9	12	34	1.74
26195642--26195872	63	3.7	63	73	9	177	42	12	14	29	1.83
26198162--26198304	3	50.7	3	73	16	101	34	2	3	59	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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