genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.157.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   

This is table  157  of  195  ( 23297 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26198162--26198311	31	4.8	33	71	14	115	34	2	3	60	1.24
26198163--26198296	49	2.9	46	82	9	141	35	1	3	58	1.25
26198176--26198293	46	2.6	46	82	5	134	35	1	4	58	1.28
26199104--26199212	45	2.5	42	79	15	114	16	6	4	72	1.22
26210842--26210947	57	1.9	56	86	3	133	22	18	16	42	1.89
26211130--26211253	56	2.2	56	80	0	140	25	24	13	37	1.92
26212420--26212451	13	2.5	13	94	0	55	6	3	9	81	0.97
26224022--26224074	25	2.2	24	82	3	61	24	7	3	64	1.37
26225058--26225124	8	8.2	8	74	12	57	14	0	2	82	0.79
26225073--26225226	23	6.7	22	71	18	73	16	3	5	75	1.12
26225076--26225226	5	28.4	5	67	23	53	16	3	5	74	1.13
26225146--26225218	6	11.7	6	70	18	51	13	6	1	78	1.02
26225074--26225229	12	12.8	12	68	20	67	16	3	5	75	1.12
26225251--26225714	119	3.8	119	85	9	568	46	6	11	35	1.67
26225252--26225714	61	7.7	58	84	8	538	46	6	11	35	1.67
26225252--26225714	62	7.7	59	82	10	530	46	6	11	35	1.67
26228868--26228899	15	2.1	16	94	5	57	18	18	6	56	1.62
26233239--26233593	189	1.9	184	81	6	428	36	12	5	45	1.66
26235280--26235326	23	2.0	23	100	0	94	25	17	4	53	1.62
26235316--26235538	43	5.3	43	83	4	256	45	14	14	25	1.83
26235316--26235538	84	2.6	85	83	3	270	45	14	14	25	1.83
26235682--26235728	24	1.9	25	86	4	69	38	8	10	42	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26235796--26235933	66	2.1	66	80	2	152	34	16	12	36	1.86
26235959--26236117	25	7.0	21	71	17	113	38	15	8	37	1.78
26235962--26236119	46	3.4	46	83	0	208	37	15	9	37	1.80
26237294--26237342	14	3.6	14	75	20	50	4	18	0	77	0.92
26237272--26237335	16	4.1	15	84	9	67	6	21	0	71	1.07
26237286--26237356	10	7.0	10	74	7	63	4	15	0	80	0.86
26237285--26237356	15	4.7	15	79	8	65	4	16	0	79	0.89
26237286--26237359	16	4.4	16	78	9	76	4	16	0	79	0.87
26240241--26240275	16	2.1	17	89	5	54	54	11	8	25	1.64
26244912--26244956	17	2.6	17	96	0	81	42	0	0	57	0.98
26253293--26253331	2	20.0	2	94	5	71	48	0	0	51	1.00
26253371--26253419	20	2.4	21	86	3	64	16	0	4	79	0.88
26253369--26253428	26	2.3	26	81	10	70	15	1	3	80	0.93
26253391--26253457	31	2.2	31	79	17	77	16	2	4	76	1.08
26254307--26254354	13	3.5	14	81	10	55	70	0	4	25	1.04
26258706--26258740	18	1.9	18	88	11	54	74	0	0	25	0.82
26259078--26259119	5	8.4	5	82	10	50	0	16	4	78	0.91
26260037--26260066	6	5.2	6	96	4	53	16	0	13	70	1.18
26264969--26265011	17	2.5	17	76	3	50	27	4	16	51	1.64
26265641--26265679	8	4.4	9	81	18	55	76	0	12	10	1.01
26265644--26265668	10	2.5	10	100	0	50	84	0	8	8	0.79
26266928--26266962	18	1.9	18	100	0	70	37	17	11	34	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26266967--26267018	18	2.9	17	72	8	50	23	9	17	50	1.75
26266987--26267148	54	3.1	53	81	9	154	26	9	17	45	1.80
26266987--26267252	18	15.0	18	69	13	124	30	12	15	42	1.83
26267021--26267166	52	2.8	53	80	8	138	28	10	17	43	1.82
26267245--26267353	37	3.0	35	79	6	110	35	15	9	39	1.79
26267268--26267384	18	6.6	18	70	8	78	35	12	9	42	1.75
26267341--26267439	36	2.8	36	82	3	110	31	7	12	49	1.67
26267362--26267425	18	3.5	18	75	10	58	34	7	12	45	1.71
26267865--26267958	18	5.4	17	74	15	75	28	3	7	60	1.39
26267885--26267941	6	9.7	6	90	1	71	24	0	10	64	1.24
26270269--26270328	17	3.5	17	83	0	66	65	10	0	25	1.24
26270286--26270344	17	3.3	18	81	13	61	62	8	0	28	1.24
26270718--26270743	10	2.6	10	100	0	52	42	0	0	57	0.98
26270930--26270996	9	7.0	10	74	14	52	28	1	4	65	1.21
26270928--26270996	10	7.3	9	75	15	50	30	1	4	63	1.22
26271283--26271317	2	18.0	2	94	5	63	0	0	48	51	1.00
26275872--26275912	21	1.9	22	85	5	57	43	2	9	43	1.50
26276669--26276709	22	1.9	22	85	5	57	31	2	12	53	1.51
26282727--26283112	212	1.8	212	83	3	508	36	27	5	30	1.80
26286921--26286952	10	2.8	12	81	18	50	71	0	0	28	0.86
26286972--26287031	25	2.4	25	88	5	86	48	1	0	50	1.11
26287050--26287091	21	2.0	21	86	9	59	73	2	2	21	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26287452--26287576	53	2.4	53	81	8	139	38	1	2	57	1.21
26289426--26289481	20	2.8	20	97	0	103	8	21	16	53	1.69
26290087--26290129	12	3.7	12	79	14	54	69	11	0	18	1.17
26290083--26290129	23	2.0	23	91	8	76	65	12	0	21	1.25
26290083--26290162	13	5.9	13	70	13	63	61	13	0	25	1.33
26290089--26290149	30	2.1	29	87	3	86	63	13	0	22	1.28
26290447--26290676	73	3.2	73	62	19	185	30	8	9	51	1.63
26290407--26290687	141	2.0	141	100	0	562	31	9	9	48	1.70
26293284--26293339	17	3.3	17	76	0	58	48	37	5	8	1.58
26293361--26293425	33	2.0	33	84	6	87	49	38	6	6	1.53
26297073--26297106	10	3.8	9	92	7	52	32	0	0	67	0.91
26303490--26303559	23	3.0	23	76	12	61	47	2	0	50	1.16
26303661--26303700	18	2.4	17	87	8	55	20	7	5	67	1.34
26304093--26304122	13	2.3	13	94	0	51	46	0	0	53	1.00
26305837--26305905	31	2.2	33	84	7	90	30	4	8	56	1.49
26306074--26306108	11	3.1	11	91	4	52	5	8	5	80	1.03
26317584--26317662	28	2.7	29	80	7	72	50	1	1	46	1.17
26317821--26317917	9	10.9	9	68	17	51	22	7	2	68	1.25
26317814--26317892	25	3.0	24	81	15	86	25	7	2	64	1.33
26319179--26319246	33	2.0	34	81	13	79	50	13	2	33	1.56
26319245--26319289	19	2.4	19	80	0	54	55	8	4	31	1.51
26319317--26319359	18	2.4	18	80	0	50	79	6	6	6	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26319971--26320045	37	1.9	38	82	17	93	54	20	6	18	1.65
26320452--26320518	12	5.4	13	75	13	52	67	11	0	20	1.22
26320460--26320520	17	3.3	18	86	9	79	65	11	0	22	1.24
26328246--26328302	30	1.9	30	96	0	105	54	0	7	38	1.28
26328250--26328361	30	3.8	29	80	5	102	58	1	1	38	1.19
26329337--26329389	25	2.0	27	82	7	65	28	5	5	60	1.42
26334024--26334063	17	2.3	18	86	4	55	17	17	7	57	1.62
26344859--26344915	1	57.0	1	76	0	51	87	7	1	3	0.71
26344859--26344915	22	2.6	23	86	5	82	87	7	1	3	0.71
26346617--26346712	41	2.3	41	89	3	140	36	18	12	32	1.89
26346953--26346993	21	2.0	21	90	0	64	26	19	24	29	1.98
26346954--26347033	23	3.6	23	81	5	85	26	21	21	31	1.98
26347026--26347309	87	3.3	86	84	1	343	20	19	19	41	1.91
26347201--26347405	109	1.9	108	88	1	311	21	20	18	39	1.93
26347310--26347492	86	2.1	87	90	1	287	20	21	18	39	1.93
26347114--26347520	195	2.1	195	89	3	622	21	20	19	38	1.93
26347483--26347573	22	4.1	22	87	2	128	26	25	19	28	1.99
26347630--26347702	23	3.2	23	84	3	94	26	20	20	32	1.97
26347505--26347969	132	3.5	132	81	6	514	21	21	20	36	1.95
26347396--26347687	154	1.9	154	90	4	464	21	22	20	35	1.96
26347637--26347703	22	3.0	22	86	2	89	25	22	20	31	1.98
26347749--26347787	18	2.2	18	95	0	69	20	23	12	43	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26347787--26347829	22	2.0	22	95	0	77	25	25	20	27	1.99
26347905--26347978	22	3.4	22	82	14	91	28	21	17	32	1.96
26347905--26347991	22	4.0	22	69	8	61	27	21	18	32	1.97
26347946--26348536	109	5.4	107	81	5	510	23	18	17	40	1.91
26347946--26348525	219	2.7	217	79	5	632	23	18	17	40	1.91
26348733--26348764	12	2.7	12	95	0	55	53	0	0	46	1.00
26348789--26348836	22	2.2	21	85	3	60	83	0	6	10	0.81
26350347--26350419	33	2.2	33	95	0	128	49	32	0	17	1.47
26350363--26350458	16	5.9	16	77	11	97	44	37	1	16	1.55
26350358--26350459	33	3.1	32	85	5	125	47	35	0	16	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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