genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.145.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   

This is table  145  of  195  ( 23297 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24451530--24451635	53	2.0	53	94	0	185	31	18	13	36	1.89
24455902--24456068	90	1.9	90	87	0	244	25	16	11	47	1.79
24459205--24459380	91	2.0	90	82	7	216	35	10	18	35	1.85
24459692--24460110	84	5.0	84	77	5	258	40	14	18	26	1.89
24459698--24460103	169	2.4	168	80	2	465	40	14	18	26	1.89
24460971--24461157	100	1.9	100	86	5	270	26	12	21	39	1.89
24463125--24463191	32	2.1	32	88	2	100	46	22	7	23	1.77
24463568--24463607	21	1.9	21	94	0	71	20	22	2	55	1.56
24464627--24464662	14	2.5	14	90	4	54	75	0	5	19	1.00
24476491--24476913	215	2.0	213	93	1	731	38	12	16	33	1.86
24477075--24477123	25	2.0	25	84	8	64	32	12	16	38	1.86
24477190--24477391	41	4.9	41	79	3	172	31	13	14	40	1.85
24477190--24477395	42	5.0	41	77	10	154	31	13	15	39	1.86
24478960--24479468	121	4.3	117	74	13	396	47	7	9	35	1.64
24482669--24482754	32	2.7	32	85	1	120	23	9	22	45	1.81
24482669--24482773	32	3.3	32	84	4	115	23	9	20	45	1.80
24484695--24484729	16	2.2	16	90	10	54	11	20	5	62	1.48
24488388--24488790	59	6.9	58	83	7	476	34	12	6	46	1.67
24490591--24490630	20	2.0	20	90	0	62	32	20	25	22	1.98
24491230--24491335	35	3.1	34	71	16	85	66	6	0	27	1.17
24491527--24491601	1	75.0	1	81	0	87	1	0	8	90	0.50
24491519--24491600	7	11.9	7	83	14	100	1	0	9	89	0.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24491527--24491600	13	5.5	13	92	6	121	1	0	8	90	0.51
24491519--24491601	20	4.1	20	87	7	123	1	0	9	89	0.55
24491520--24491601	42	2.0	41	95	2	146	1	0	9	89	0.55
24491608--24491819	41	5.1	41	90	4	347	34	24	18	22	1.96
24491608--24491819	81	2.6	81	90	6	336	34	24	18	22	1.96
24491794--24491845	26	2.0	26	100	0	104	34	19	15	30	1.93
24491715--24491926	107	2.0	107	95	2	381	36	22	16	24	1.94
24491672--24492043	148	2.4	152	90	7	563	38	21	17	22	1.93
24491823--24492043	40	5.4	40	93	5	356	39	20	17	22	1.92
24493296--24493335	7	6.1	7	80	16	50	10	12	0	77	0.99
24493278--24493335	25	2.3	25	87	0	80	10	12	3	74	1.19
24493295--24493332	18	2.1	18	95	0	67	7	10	0	81	0.87
24497169--24497510	59	5.9	58	82	7	415	34	13	7	45	1.70
24499154--24499192	18	2.2	17	90	4	60	17	33	7	41	1.79
24500476--24500628	43	3.6	42	85	6	175	29	13	15	41	1.85
24500891--24500934	12	3.7	12	81	0	61	25	2	6	65	1.28
24500892--24500934	18	2.4	18	92	0	68	25	2	6	65	1.30
24500891--24500935	6	7.5	6	84	0	54	26	2	6	64	1.30
24500894--24500945	24	2.2	24	86	3	70	23	3	7	65	1.35
24503531--24503647	43	2.7	43	76	1	119	47	11	15	25	1.80
24517308--24517388	19	4.5	16	75	22	56	32	3	9	54	1.51
24517315--24517427	39	2.9	39	90	1	172	34	4	8	52	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24517307--24517438	59	2.2	58	85	5	176	34	4	8	53	1.52
24517315--24517430	20	5.9	20	88	3	164	34	4	8	52	1.52
24517309--24517438	20	6.6	21	85	9	159	34	4	8	52	1.53
24517900--24517930	13	2.4	13	94	0	53	64	0	0	35	0.94
24523765--24524181	209	2.0	207	90	2	658	33	8	27	31	1.86
24526024--24526125	35	2.9	35	84	5	118	33	12	7	46	1.71
24538170--24538210	21	1.9	22	85	5	57	53	2	7	36	1.42
24546280--24546315	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
24547630--24547670	22	1.9	21	85	5	55	56	12	4	26	1.56
24548622--24548705	30	2.9	28	77	12	73	70	3	2	23	1.15
24548661--24548708	18	2.6	18	86	6	60	70	2	2	25	1.09
24548934--24549001	30	2.3	31	79	7	86	48	30	1	19	1.58
24548946--24549043	14	6.9	14	74	12	74	52	28	1	18	1.52
24550196--24550523	165	2.0	165	96	0	602	36	7	12	43	1.71
24555287--24555321	8	4.1	8	89	10	52	85	0	2	11	0.69
24555289--24555332	9	4.9	9	84	15	56	86	0	4	9	0.70
24555921--24555962	12	3.7	12	81	12	61	80	2	11	4	0.95
24555920--24555972	22	2.3	24	87	9	83	83	3	9	3	0.90
24555921--24555972	23	2.3	23	93	3	88	82	3	9	3	0.91
24557888--24557919	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
24558798--24558822	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
24560937--24561040	6	15.4	7	71	16	53	25	2	1	69	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24560960--24561021	6	10.0	6	79	10	54	22	0	0	77	0.77
24560960--24560998	13	3.0	13	88	7	53	17	0	0	82	0.68
24560960--24561048	19	4.6	19	71	8	72	24	1	1	73	0.98
24561756--24561798	20	2.1	21	86	4	61	58	0	0	41	0.98
24565236--24565260	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
24565477--24565506	15	2.0	15	93	0	51	23	0	0	76	0.78
24565590--24565634	19	2.5	18	89	7	65	46	0	0	53	1.00
24565589--24565649	27	2.3	27	85	2	79	49	0	0	50	1.00
24572679--24572719	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
24572691--24572755	21	3.1	21	77	16	55	63	0	0	36	0.95
24572750--24572805	19	3.0	19	77	12	62	82	3	12	1	0.88
24574199--24574299	17	6.3	17	82	7	106	48	30	1	18	1.59
24574207--24574261	15	3.5	15	90	5	74	49	25	1	23	1.60
24574358--24574459	29	3.5	28	73	15	80	48	30	0	20	1.57
24579176--24579217	1	42.0	1	85	0	57	92	7	0	0	0.37
24579175--24579217	11	4.0	11	87	6	70	90	9	0	0	0.45
24581776--24581858	37	2.2	37	82	0	94	19	20	13	46	1.82
24581870--24581912	22	2.0	22	95	0	77	30	18	16	34	1.93
24581979--24582021	22	2.0	22	90	0	68	25	18	20	34	1.96
24581852--24582204	109	3.2	109	83	4	426	23	19	16	40	1.91
24582015--24582404	197	2.0	197	84	4	511	22	19	17	41	1.90
24582284--24582326	22	2.0	22	85	0	59	30	20	16	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24582394--24582437	22	2.0	22	86	0	61	27	20	18	34	1.96
24582190--24582728	219	2.5	219	81	4	595	22	18	17	41	1.91
24582197--24582728	110	4.9	107	80	6	528	22	19	17	40	1.91
24582635--24582832	88	2.2	88	81	1	218	21	18	17	42	1.89
24582306--24583155	417	2.0	417	83	3	1059	21	19	18	40	1.92
24582804--24582853	22	2.2	23	82	3	66	26	16	20	38	1.92
24582539--24583155	198	3.0	198	75	12	508	21	20	18	40	1.92
24582723--24583303	110	5.3	110	83	3	675	21	20	18	39	1.93
24582716--24583306	219	2.7	221	83	1	774	21	19	18	39	1.93
24583030--24583072	22	2.0	22	85	0	59	27	23	18	30	1.98
24583133--24583178	23	2.0	23	91	0	74	23	23	23	28	2.00
24584114--24584171	17	3.6	17	76	23	63	48	25	0	25	1.52
24584141--24584170	7	4.1	7	95	4	51	53	16	0	30	1.44
24584148--24584216	31	2.2	30	85	10	86	47	27	1	23	1.60
24584164--24584255	16	5.8	16	79	3	96	45	30	4	19	1.70
24584244--24584292	22	2.2	22	81	3	53	44	22	2	30	1.64
24584293--24584335	22	2.0	22	81	9	52	48	25	2	23	1.62
24584316--24584426	30	3.7	30	70	17	79	47	27	0	23	1.57
24596810--24596973	24	7.0	22	69	25	90	76	1	2	20	0.97
24596810--24596971	5	31.0	5	77	18	122	75	1	2	20	0.98
24596810--24596971	11	15.5	10	76	19	122	75	1	2	20	0.98
24596977--24597001	13	1.9	13	100	0	50	16	32	32	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24597750--24597829	41	2.0	41	85	9	110	68	3	6	21	1.27
24597804--24597877	38	2.0	39	84	7	100	63	2	5	28	1.30
24597837--24598028	8	24.4	8	71	19	70	66	1	3	28	1.18
24597830--24597897	14	4.4	14	74	15	55	63	1	4	30	1.23
24597826--24598028	22	8.7	25	71	19	111	66	1	3	28	1.17
24597755--24597976	4	54.5	4	65	18	68	66	2	3	27	1.22
24597864--24597943	24	3.3	24	81	11	92	66	2	1	30	1.13
24597946--24598043	22	4.5	22	79	12	85	70	2	3	24	1.12
24597946--24598043	43	2.2	44	82	8	119	70	2	3	24	1.12
24598232--24598572	41	8.1	41	80	7	328	39	20	14	24	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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