genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.134.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   

This is table  134  of  195  ( 23297 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22618480--22618514	16	2.2	16	95	5	63	77	2	5	14	1.07
22618471--22618519	21	2.4	20	82	3	53	77	2	4	16	1.01
22624736--22624990	22	11.7	22	68	14	91	43	17	8	30	1.78
22624900--22624983	44	1.9	44	85	0	114	51	11	8	28	1.68
22625078--22625158	22	3.7	22	80	1	92	41	19	2	35	1.65
22627282--22627347	26	2.5	26	80	9	71	22	3	3	71	1.14
22629827--22629858	13	2.5	13	100	0	64	75	0	0	25	0.81
22629835--22629876	6	6.8	6	83	5	57	73	0	0	26	0.83
22629835--22629876	18	2.3	19	95	4	77	73	0	0	26	0.83
22629818--22629876	12	4.8	12	87	6	57	74	0	0	25	0.82
22629968--22630022	12	4.3	14	78	19	50	61	1	0	36	1.06
22631856--22631913	17	3.4	16	83	4	62	79	0	3	17	0.87
22631854--22631939	9	9.6	9	73	24	58	76	0	4	18	0.95
22632463--22632489	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
22633336--22633512	88	2.0	88	98	0	345	37	10	16	35	1.82
22634948--22635001	25	2.2	25	83	6	65	38	0	1	59	1.08
22634948--22635001	12	4.3	13	71	15	51	38	0	1	59	1.08
22634907--22635002	37	2.6	36	76	14	90	36	1	1	61	1.10
22635022--22635064	3	14.3	3	100	0	86	67	0	0	32	0.91
22643422--22643446	13	1.9	13	100	0	50	28	0	0	72	0.86
22644708--22644748	20	2.0	20	85	4	55	70	7	0	21	1.11
22646573--22646628	27	2.1	27	96	0	103	33	14	3	48	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22648366--22648438	34	2.2	34	90	2	112	19	10	13	56	1.67
22649356--22649430	39	1.9	39	89	2	116	21	16	17	45	1.85
22650144--22650189	16	2.8	17	80	6	58	28	10	10	50	1.71
22653006--22653350	17	19.9	18	69	12	109	36	8	18	35	1.83
22653006--22653134	36	3.6	36	75	3	100	39	10	19	30	1.86
22653001--22653140	18	7.8	18	74	1	66	38	10	18	32	1.85
22653158--22653435	17	16.4	17	71	3	130	37	7	17	37	1.78
22653208--22653266	8	6.9	9	71	11	52	42	3	15	38	1.63
22653158--22653290	68	2.0	68	83	5	171	36	8	18	37	1.80
22653254--22653384	50	2.6	51	79	1	138	38	8	16	36	1.79
22653304--22653438	68	2.0	68	82	0	162	38	7	17	37	1.77
22653389--22653471	34	2.4	34	81	0	85	38	3	19	38	1.69
22654281--22654366	18	4.8	18	76	0	82	39	9	19	31	1.84
22654376--22654415	17	2.3	18	86	4	55	35	10	20	35	1.86
22654376--22654439	17	3.7	17	74	12	51	32	7	20	39	1.81
22654432--22654524	17	5.5	17	76	5	80	36	12	12	37	1.82
22654432--22654564	34	3.9	33	75	6	106	36	11	16	36	1.85
22654535--22654741	17	12.2	17	70	6	107	38	5	17	37	1.74
22654704--22654738	8	4.2	8	92	7	61	40	0	22	37	1.55
22654980--22655144	45	3.6	45	75	3	134	40	15	9	34	1.81
22664408--22664515	7	15.4	7	72	16	82	17	1	37	42	1.60
22664408--22664483	34	2.3	32	88	6	107	19	1	36	42	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22664480--22664528	24	2.0	24	84	0	62	16	4	40	38	1.67
22667200--22667590	49	7.9	49	76	9	230	42	9	14	34	1.77
22667145--22667605	148	3.1	147	80	6	489	42	10	13	33	1.79
22667200--22667608	48	8.3	49	77	8	269	42	9	13	33	1.77
22668116--22668186	29	2.6	27	82	8	90	19	25	2	52	1.60
22668538--22668570	15	2.2	15	94	0	57	24	18	24	33	1.97
22671312--22671341	15	2.0	15	100	0	60	33	6	20	40	1.78
22671528--22671614	44	2.0	44	93	0	147	25	20	9	44	1.81
22679426--22679505	25	3.2	25	83	0	106	50	7	13	28	1.69
22680678--22680717	13	2.9	13	82	13	53	20	0	37	42	1.52
22685346--22685425	32	2.5	32	95	2	142	23	18	6	51	1.69
22688996--22689061	4	17.0	4	76	20	61	69	1	0	28	0.97
22688997--22689059	19	3.5	20	75	16	66	69	1	0	28	0.97
22689729--22689789	32	1.9	32	93	3	106	34	6	22	36	1.81
22689933--22689973	20	2.0	20	85	0	55	73	4	9	12	1.24
22691737--22691818	43	1.9	43	87	0	119	52	19	13	14	1.74
22695843--22695889	23	2.0	23	100	0	94	12	8	12	65	1.46
22696053--22696606	278	2.0	278	95	0	1002	29	15	17	37	1.91
22697783--22697807	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
22701911--22702024	21	5.6	20	67	15	63	49	17	7	26	1.72
22701888--22702332	41	11.0	41	82	7	457	52	13	5	28	1.62
22701970--22702361	61	6.5	62	75	12	248	53	12	5	28	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22701993--22702361	62	6.1	61	76	12	307	53	12	5	28	1.59
22702080--22702173	27	3.3	27	68	17	82	57	11	3	27	1.49
22702409--22702462	20	2.7	20	85	0	63	53	9	5	31	1.56
22702490--22702553	32	2.0	33	84	3	85	51	9	7	31	1.62
22702526--22702563	20	2.0	18	90	10	58	47	10	7	34	1.67
22703488--22703795	42	7.2	43	77	7	270	40	17	13	28	1.87
22703488--22703793	83	3.6	86	77	11	279	40	17	13	28	1.87
22703609--22703708	48	2.1	48	94	0	173	47	16	12	25	1.80
22704159--22704209	22	2.3	22	77	12	59	39	7	21	31	1.82
22705714--22705751	18	2.2	18	85	4	51	13	18	2	65	1.37
22712247--22712639	41	9.6	41	83	4	404	51	12	6	30	1.64
22712255--22712639	124	3.1	123	83	6	485	51	12	5	29	1.63
22712247--22712563	165	1.9	161	85	3	438	50	13	6	29	1.66
22712303--22712691	120	3.2	120	78	14	324	52	12	5	29	1.62
22712688--22712780	20	4.6	20	80	1	87	51	7	6	34	1.56
22712702--22712780	41	2.0	41	82	2	97	49	8	6	35	1.59
22712762--22712822	16	3.8	16	72	10	52	54	11	6	27	1.61
22713467--22713513	20	2.3	21	89	7	71	74	4	0	21	0.99
22714329--22714435	30	3.5	29	75	10	81	23	2	28	45	1.67
22715129--22715174	22	2.0	24	87	8	69	30	0	10	58	1.32
22715338--22715416	8	9.2	8	70	22	54	78	3	3	13	1.03
22715353--22715424	34	2.2	33	79	18	78	77	2	5	13	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22715874--22715912	20	2.0	20	85	10	53	46	30	5	17	1.70
22716272--22716305	9	3.8	9	85	14	52	88	0	2	8	0.62
22716328--22716361	3	11.3	3	87	0	50	64	2	2	29	1.22
22716764--22717369	239	2.5	237	81	5	663	44	13	23	18	1.86
22716676--22717369	120	5.8	120	78	5	602	44	13	23	19	1.85
22716785--22717368	237	2.5	239	80	5	657	44	13	23	18	1.86
22717495--22717551	17	3.4	17	78	4	62	36	10	19	33	1.86
22717533--22717740	69	3.0	68	79	4	213	38	12	18	29	1.89
22722668--22722722	17	3.2	17	82	12	67	27	0	16	56	1.40
22722683--22722722	18	2.1	20	90	9	66	27	0	15	57	1.38
22722902--22722959	25	2.3	25	87	0	80	72	3	1	22	1.09
22722912--22722949	17	2.4	16	86	8	51	71	2	0	26	1.00
22722943--22722984	8	5.4	8	81	13	52	71	0	2	26	0.98
22722943--22722985	23	1.9	22	86	13	61	69	0	2	27	1.00
22723873--22723904	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
22723903--22723964	3	20.7	3	96	0	115	67	30	0	1	1.00
22726434--22726458	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
22726812--22726838	12	2.2	12	100	0	54	59	0	0	40	0.98
22727044--22727069	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
22727720--22727761	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
22728835--22728860	5	5.2	5	100	0	52	42	0	0	57	0.98
22728885--22728927	19	2.3	19	84	8	52	62	0	4	32	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22732416--22732543	6	21.2	6	76	4	60	33	2	6	57	1.36
22733498--22733545	25	1.9	25	87	8	71	27	0	4	68	1.07
22733503--22733540	20	1.9	20	88	0	58	28	0	2	68	1.03
22736274--22736308	16	2.2	16	90	10	54	20	0	0	80	0.72
22737132--22737471	43	8.0	43	77	10	235	42	18	13	25	1.87
22737132--22737473	44	8.0	43	79	9	294	42	18	14	24	1.87
22737176--22737471	127	2.3	129	82	5	345	42	18	14	25	1.87
22737602--22737652	15	3.5	14	76	10	57	39	11	7	41	1.71
22737605--22737966	179	2.0	179	97	1	690	33	14	14	37	1.87
22738180--22738273	41	2.3	41	85	5	120	41	14	9	34	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195