genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.168.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   

This is table  168  of  195  ( 23297 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27948086--27948311	42	5.2	42	76	9	184	23	12	17	46	1.82
27948089--27948311	93	2.5	92	79	7	237	23	12	17	45	1.83
27948181--27948318	42	3.3	42	87	1	197	23	12	17	46	1.82
27949346--27949381	15	2.4	14	86	13	54	80	0	2	16	0.83
27949374--27949697	179	1.8	180	81	6	415	44	7	10	37	1.67
27954851--27954890	9	4.2	9	87	9	53	70	17	10	2	1.27
27957535--27957573	4	9.8	4	100	0	78	48	0	0	51	1.00
27966185--27966248	27	2.4	27	97	0	119	29	31	3	35	1.73
27975486--27975510	13	1.9	13	100	0	50	32	12	8	48	1.69
27976829--27976873	21	2.1	22	87	4	65	24	0	4	71	1.05
27978848--27978872	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
27979881--27979906	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
27985815--27985858	13	3.4	13	75	12	54	61	0	0	38	0.96
27985801--27985857	26	2.2	25	87	3	78	57	0	1	40	1.09
27989429--27989518	33	2.8	32	78	13	96	64	4	1	30	1.20
27989444--27989522	29	2.7	30	84	7	99	67	1	1	30	1.07
27990274--27990363	21	4.3	21	88	5	128	32	26	23	17	1.97
27994622--27994661	18	2.2	18	86	8	55	45	17	7	30	1.76
27998428--27998473	20	2.3	20	80	0	56	67	0	0	32	0.91
27999543--27999577	16	2.2	16	89	0	52	48	0	2	48	1.16
28006652--28006693	18	2.3	18	100	0	84	21	9	21	47	1.79
28006660--28006699	18	2.2	18	90	0	62	17	17	17	47	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28012113--28012151	2	20.0	2	94	5	71	48	0	0	51	1.00
28015713--28015744	16	2.0	16	100	0	64	31	12	12	43	1.80
28018708--28018784	29	2.7	29	79	0	91	57	7	6	28	1.52
28019515--28019600	42	2.0	42	97	0	163	38	8	2	51	1.45
28021179--28021230	19	2.8	18	85	8	68	53	5	0	40	1.25
28021213--28021244	13	2.6	12	90	9	55	50	0	0	50	1.00
28021281--28021396	21	6.0	20	74	16	84	59	6	0	34	1.22
28021304--28021398	20	4.8	19	73	12	77	63	5	0	31	1.17
28021341--28021365	12	2.1	12	100	0	50	76	0	0	24	0.80
28021763--28021795	11	2.9	12	91	8	52	48	0	0	51	1.00
28025189--28025232	2	22.0	2	90	0	70	47	2	2	47	1.27
28026498--28026524	14	1.9	14	100	0	54	44	3	0	51	1.19
28026541--28026588	24	2.0	24	91	0	78	45	8	4	41	1.53
28032469--28032509	20	2.0	21	85	4	57	2	9	7	80	0.99
28034011--28034070	29	2.1	29	100	0	120	61	6	3	28	1.37
28036212--28036236	10	2.5	10	100	0	50	40	8	0	52	1.31
28044255--28044379	60	2.1	60	96	0	232	39	16	7	36	1.77
28048849--28048901	27	2.0	27	85	7	72	81	0	11	7	0.88
28055053--28055135	2	41.5	2	100	0	166	50	0	49	0	1.00
28058155--28058278	63	2.0	63	90	0	194	35	6	11	46	1.65
28060904--28060949	21	2.1	22	84	4	58	34	0	0	65	0.93
28063604--28063675	36	2.0	36	91	0	117	55	4	16	23	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28067307--28067402	34	2.8	34	84	6	115	35	13	13	37	1.84
28067729--28067931	99	2.1	97	89	3	309	23	12	21	42	1.87
28067817--28068072	131	1.9	132	89	3	399	23	12	20	43	1.85
28067948--28068362	98	4.2	99	84	0	519	23	13	22	41	1.89
28067729--28068183	230	2.0	229	87	4	657	23	13	21	42	1.88
28067947--28068362	197	2.1	197	87	0	591	23	13	22	41	1.89
28067947--28068430	197	2.5	196	83	2	524	23	13	21	41	1.88
28069039--28069088	21	2.5	19	81	9	64	80	8	8	4	1.03
28070362--28070392	14	2.2	14	94	0	53	70	3	0	25	1.02
28076290--28076329	20	2.0	21	90	5	64	40	2	27	30	1.70
28077470--28077525	26	2.2	25	84	15	71	41	3	5	50	1.43
28078525--28078638	59	2.0	59	88	8	175	54	3	7	34	1.47
28079026--28079073	23	2.1	22	81	11	53	58	4	10	27	1.49
28079694--28079729	16	2.3	16	90	4	56	55	2	0	41	1.14
28096301--28096347	19	2.5	19	86	13	62	46	0	0	53	1.00
28100933--28100962	10	3.1	10	95	4	53	63	0	0	36	0.95
28101301--28101339	21	1.9	20	84	5	51	33	5	2	58	1.33
28101509--28101540	14	2.4	13	94	5	55	68	3	0	28	1.04
28102475--28102556	29	2.8	31	75	20	86	53	2	0	43	1.13
28107514--28107555	21	2.0	21	100	0	84	33	14	19	33	1.91
28107516--28107566	21	2.7	19	85	14	63	37	13	15	33	1.87
28116160--28116691	59	8.7	56	82	12	517	33	13	7	45	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28116436--28116480	22	2.1	21	84	8	56	26	2	8	62	1.37
28116537--28116705	64	2.7	66	82	12	207	32	13	6	47	1.68
28116160--28116700	123	4.4	116	83	13	589	33	13	7	45	1.71
28117159--28117204	20	2.3	20	92	3	76	23	21	28	26	1.99
28117336--28117383	25	1.9	25	87	8	71	41	18	8	31	1.80
28117708--28117765	24	2.4	26	75	16	70	67	5	5	22	1.31
28117708--28117779	24	2.8	26	73	26	66	68	5	5	20	1.31
28117814--28117975	6	26.2	6	72	20	106	64	5	0	29	1.20
28117814--28117975	9	17.4	9	76	16	106	64	5	0	29	1.20
28118159--28118290	13	9.8	13	77	16	76	6	0	8	85	0.74
28118190--28118290	1	101.0	1	78	0	103	0	0	9	89	0.54
28118160--28118290	35	3.7	35	83	8	147	5	0	8	86	0.71
28118190--28118291	37	2.8	37	85	11	147	0	0	10	88	0.57
28118299--28118541	41	5.9	41	94	3	411	37	23	17	22	1.94
28119780--28119847	20	3.4	20	84	8	77	4	10	0	85	0.73
28119780--28119848	30	2.3	30	87	7	104	4	11	0	84	0.77
28119798--28119845	10	4.9	10	87	2	71	2	8	0	89	0.56
28119798--28119862	32	2.2	30	83	10	80	4	12	0	83	0.80
28119798--28119847	1	50.0	1	81	0	55	2	8	0	90	0.54
28123664--28124217	57	9.7	57	91	6	871	35	12	7	44	1.70
28123664--28124225	113	4.9	114	93	5	878	34	12	7	45	1.71
28123664--28124217	170	3.2	169	91	7	867	35	12	7	44	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28124680--28124718	19	2.0	20	95	5	71	25	20	25	28	1.99
28124831--28124878	25	1.9	25	87	8	71	41	18	8	31	1.80
28125309--28125458	6	24.2	6	72	21	82	63	6	0	29	1.25
28125309--28125458	9	16.1	9	74	18	82	63	6	0	29	1.25
28126678--28126739	15	3.9	17	68	20	53	62	1	0	35	1.05
28129728--28129798	35	2.0	36	94	5	126	59	8	12	19	1.59
28135924--28135970	22	2.1	22	84	7	60	40	0	0	59	0.97
28137143--28137185	20	2.2	19	87	4	59	74	2	4	18	1.10
28141685--28141733	2	24.5	2	100	0	98	0	51	0	48	1.00
28148716--28148745	2	15.0	2	92	0	51	3	0	50	46	1.18
28154198--28154250	26	2.0	26	81	0	61	49	9	1	39	1.46
28155545--28155580	17	2.1	17	89	0	54	63	19	0	16	1.30
28156679--28156913	17	13.6	18	69	12	82	38	10	12	38	1.78
28156672--28156917	105	2.4	105	81	1	262	39	10	12	37	1.77
28156884--28156913	16	1.9	15	93	6	51	33	10	10	46	1.71
28157000--28157058	18	3.3	18	80	4	75	44	11	5	38	1.63
28157003--28157057	17	3.2	17	81	2	65	43	12	5	38	1.66
28157330--28157529	46	4.3	46	75	9	158	38	18	8	35	1.80
28157359--28157550	46	4.2	46	75	11	126	38	18	8	34	1.81
28163566--28163639	23	3.1	24	75	9	71	63	10	6	18	1.48
28166093--28166141	21	2.4	20	83	10	55	8	8	8	75	1.19
28166179--28166241	6	10.2	6	74	6	54	65	9	0	25	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28167089--28167132	22	1.9	24	81	9	56	38	4	6	50	1.50
28167242--28167440	101	1.9	103	86	8	282	42	13	7	36	1.72
28167572--28167608	15	2.4	16	86	8	51	27	0	0	72	0.84
28168801--28168844	18	2.3	20	80	7	56	50	0	0	50	1.00
28168880--28168943	20	2.9	23	73	23	66	54	0	1	43	1.09
28168889--28168927	20	2.0	19	95	5	69	61	0	0	38	0.96
28168821--28168934	58	1.9	59	85	5	160	52	0	3	43	1.18
28173795--28173848	22	2.5	22	90	0	81	29	0	37	33	1.58
28186300--28186346	2	23.5	2	78	8	51	46	6	2	44	1.40
28186358--28186659	147	2.0	150	82	11	370	40	6	6	45	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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