genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.37.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  37  of  195  ( 23297 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7907372--7907404	3	10.7	3	93	6	57	66	0	33	0	0.92
7909553--7909592	19	2.2	18	86	8	55	72	5	7	15	1.24
7911378--7911408	16	2.0	15	93	6	53	90	3	6	0	0.55
7919705--7919896	61	3.2	60	77	12	178	43	17	2	36	1.61
7919932--7920235	129	2.4	127	82	5	326	41	9	4	43	1.59
7920480--7920526	19	2.5	19	89	0	67	46	19	4	29	1.68
7921909--7921951	18	2.4	18	84	0	59	44	0	0	55	0.99
7921961--7921994	13	2.6	13	95	0	59	41	8	0	50	1.34
7922788--7922817	16	1.9	15	93	6	51	53	0	3	43	1.17
7923001--7923139	6	23.5	6	83	7	124	26	1	6	65	1.25
7924186--7924234	23	2.2	23	89	10	75	8	10	4	77	1.10
7924349--7924439	21	4.7	21	73	20	81	36	3	5	54	1.40
7924351--7924459	19	5.7	19	72	19	66	34	4	6	54	1.47
7924526--7924570	15	2.9	15	80	6	54	28	6	11	53	1.61
7924526--7924602	16	4.8	16	76	7	66	32	6	11	49	1.65
7924525--7924615	34	2.8	32	77	14	87	31	7	10	49	1.66
7927477--7927532	22	2.6	21	80	8	58	78	1	14	5	1.00
7927477--7927550	34	2.2	33	83	7	87	75	1	16	6	1.08
7928609--7928653	23	2.0	23	86	0	63	22	17	15	44	1.86
7929452--7929501	6	8.3	6	93	0	64	28	0	6	66	1.15
7929540--7929585	24	2.0	22	83	8	56	73	4	4	17	1.15
7930696--7930826	20	6.6	20	68	18	85	34	6	9	49	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7930704--7930838	40	3.3	40	82	5	164	33	6	9	50	1.61
7930794--7930852	25	2.3	26	82	8	68	32	3	10	54	1.51
7930833--7930872	20	2.0	21	85	5	55	40	5	7	47	1.54
7930895--7930944	26	2.0	25	84	4	64	24	10	16	50	1.75
7930928--7930985	18	3.2	18	76	7	64	31	3	6	58	1.41
7930939--7931018	18	4.6	17	75	10	63	30	5	11	53	1.57
7931468--7931511	9	4.7	9	80	8	52	47	0	0	52	1.00
7931469--7931511	19	2.3	19	92	8	70	48	0	0	51	1.00
7931478--7931534	16	3.4	16	73	4	51	54	0	0	45	0.99
7931521--7931597	31	2.5	32	82	6	95	44	3	12	38	1.62
7931966--7932027	23	2.7	23	90	5	90	43	1	0	54	1.09
7941142--7941173	17	1.9	16	93	6	55	90	3	6	0	0.53
7944575--7944814	118	2.0	118	95	0	435	17	26	27	28	1.98
7944744--7944928	100	1.9	100	83	4	248	22	23	25	28	1.99
7944843--7945011	83	2.0	83	96	2	313	23	21	25	28	1.99
7945450--7945632	100	1.8	100	85	2	260	21	21	25	32	1.98
7945627--7945657	15	2.1	15	93	0	53	19	38	25	16	1.92
7946090--7946271	100	1.8	100	85	0	256	21	20	26	31	1.98
7944926--7946761	638	2.9	621	88	3	2755	24	22	22	30	1.99
7956972--7957010	2	19.5	2	94	0	60	51	5	0	43	1.24
7957045--7957069	13	1.9	13	100	0	50	80	0	12	8	0.92
7965435--7965476	20	2.0	20	86	13	59	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7965465--7965518	14	3.7	15	76	11	58	48	0	1	50	1.11
7965455--7965524	30	2.3	30	80	0	86	42	0	1	55	1.08
7965492--7965543	22	2.5	22	93	6	90	50	0	0	50	1.00
7972533--7972588	24	2.3	24	100	0	112	53	3	7	35	1.46
7972680--7973345	217	3.0	212	79	6	586	54	4	8	32	1.51
7972960--7973002	20	2.2	20	91	8	70	72	2	4	20	1.14
7973137--7973191	19	2.9	18	81	8	56	60	7	1	30	1.35
7972728--7973386	218	3.0	218	78	6	572	54	4	8	32	1.50
7974031--7974067	18	2.1	18	89	0	56	48	0	8	43	1.32
7974510--7974568	11	5.4	11	80	13	68	57	1	0	40	1.09
7974511--7974577	22	3.0	22	80	4	73	62	1	0	35	1.04
7974528--7974586	22	2.7	22	75	12	59	66	0	0	33	0.92
7981178--7981220	12	3.9	11	82	11	52	76	0	20	2	0.89
7984820--7984874	26	2.1	26	89	0	83	60	1	3	34	1.25
7986083--7986126	21	2.1	21	83	8	54	34	2	2	61	1.21
7986616--7986736	34	3.6	34	85	2	136	30	13	19	37	1.89
7992156--7992406	124	2.0	124	87	1	360	37	18	10	32	1.86
7994799--7995620	372	2.2	371	84	2	1060	36	11	10	40	1.77
7994782--7995603	186	4.4	186	80	2	893	36	12	10	39	1.78
7995511--7995732	115	1.9	113	87	3	320	39	12	11	36	1.79
7996609--7996710	12	8.1	12	78	14	80	21	3	28	46	1.69
7996651--7996718	25	2.8	25	88	2	102	17	4	32	45	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8007532--8007571	20	2.0	20	95	0	71	50	10	12	27	1.72
8010287--8010438	63	2.4	63	87	0	214	39	11	10	38	1.75
8012168--8012214	15	3.1	16	77	20	55	51	4	0	44	1.21
8014024--8014084	16	3.9	16	78	16	56	77	1	1	19	0.95
8014034--8014085	6	8.5	6	77	12	52	76	1	1	19	0.97
8014023--8014084	23	2.7	23	83	13	76	77	1	1	19	0.94
8015265--8015298	15	2.4	15	90	9	54	26	0	2	70	1.01
8015265--8015305	15	2.8	15	82	10	50	29	0	2	68	1.03
8027465--8027562	48	2.0	48	96	0	178	28	15	15	40	1.87
8032152--8032203	24	2.1	25	82	10	63	40	0	0	59	0.97
8032406--8032453	17	2.8	17	80	0	60	43	6	2	47	1.40
8032836--8032883	21	2.4	20	82	6	62	50	0	2	47	1.12
8041275--8041304	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
8041677--8041725	21	2.6	18	78	12	53	63	4	4	28	1.31
8042229--8042267	20	2.0	20	89	0	60	41	2	7	48	1.45
8042420--8042461	14	3.0	14	92	0	66	66	2	0	30	1.04
8042418--8042462	20	2.3	19	85	14	56	66	2	0	31	1.04
8042556--8042602	16	2.9	16	71	22	53	70	0	12	17	1.17
8042719--8042889	77	2.2	77	82	6	206	52	3	10	33	1.53
8043107--8043139	16	2.1	16	88	11	50	48	3	0	48	1.17
8047725--8047831	48	2.2	48	82	12	139	50	0	13	36	1.41
8048020--8048192	78	2.2	77	84	8	226	52	4	9	34	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8048181--8048210	10	3.0	10	90	0	51	56	13	0	30	1.37
8049115--8049162	25	2.0	25	87	4	71	68	2	0	29	1.01
8053589--8053658	26	2.8	25	76	18	74	55	2	0	41	1.14
8054422--8054467	10	4.4	10	83	5	56	65	0	0	34	0.93
8054427--8054471	16	2.8	16	86	0	63	64	0	0	35	0.94
8054422--8054479	6	10.5	6	73	17	54	67	0	0	32	0.91
8056598--8056631	17	2.1	17	88	5	52	67	14	11	5	1.39
8062016--8062054	20	2.0	20	90	5	62	35	25	10	28	1.89
8062501--8062685	101	1.8	101	82	6	241	49	5	8	37	1.56
8067498--8067540	9	4.6	9	80	11	50	81	4	4	9	0.97
8069053--8069113	32	1.9	32	82	0	77	18	19	13	49	1.79
8069153--8069231	32	2.4	32	78	17	83	18	16	13	50	1.78
8069455--8069507	27	2.0	27	88	0	79	24	16	16	41	1.89
8069488--8069558	33	2.2	33	82	5	81	26	18	14	40	1.88
8069593--8069682	32	2.8	32	75	12	85	26	18	8	45	1.79
8070036--8070067	16	1.9	17	93	6	57	34	9	0	56	1.32
8071040--8071337	53	5.6	55	67	16	162	48	8	7	35	1.62
8071057--8071320	103	2.5	101	79	10	248	48	9	7	35	1.63
8073667--8073714	22	2.2	22	78	14	55	56	6	8	29	1.53
8075239--8075276	18	2.1	18	85	9	51	34	21	5	39	1.76
8078590--8078673	37	2.3	37	85	0	114	46	1	4	47	1.31
8078795--8079215	73	5.8	71	74	8	269	33	9	8	48	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8080560--8080613	16	3.3	16	80	12	58	37	7	16	38	1.77
8080805--8080835	16	1.9	16	93	0	53	51	6	3	38	1.44
8093044--8093202	57	2.7	57	83	8	185	49	6	9	34	1.62
8093176--8093229	27	2.0	27	96	0	99	55	11	5	27	1.57
8093441--8093480	20	2.0	20	95	0	71	40	22	20	17	1.92
8097257--8097321	9	7.4	9	70	6	53	80	0	15	4	0.88
8097247--8097313	24	2.8	23	76	10	64	80	0	13	5	0.88
8097266--8097315	23	2.2	23	89	10	77	80	0	14	6	0.90
8098401--8098457	21	2.6	21	86	5	78	38	7	14	40	1.73
8098558--8098683	35	3.6	35	77	6	121	28	17	12	41	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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