genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.170.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   

This is table  170  of  195  ( 23297 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28377352--28377410	24	2.5	24	88	5	84	50	11	3	33	1.56
28377377--28377426	19	2.7	19	76	14	59	54	12	4	30	1.55
28377602--28377662	22	2.9	22	81	11	74	50	11	4	32	1.60
28377587--28377662	20	3.7	21	80	11	77	51	11	5	31	1.61
28377531--28377644	55	2.1	55	89	0	174	55	12	5	27	1.58
28377587--28377648	22	2.9	23	81	13	71	54	11	3	30	1.51
28378567--28378774	42	5.0	43	83	5	273	39	21	12	27	1.88
28378566--28378767	83	2.4	84	85	7	284	38	21	12	27	1.90
28380216--28380259	17	2.6	17	85	7	54	11	4	2	81	0.92
28386583--28386608	13	2.0	13	100	0	52	15	0	0	84	0.62
28386721--28386761	14	2.8	15	85	14	59	39	0	12	48	1.41
28386721--28386761	13	2.9	14	89	10	57	39	0	12	48	1.41
28386795--28386840	24	1.9	24	95	0	83	28	4	10	56	1.53
28386941--28386982	19	2.2	20	91	4	68	78	2	4	14	1.01
28387686--28387750	3	22.3	3	75	12	55	60	1	1	36	1.16
28388475--28388673	69	2.9	68	78	4	220	40	11	18	30	1.86
28388531--28388823	155	1.9	155	85	2	401	40	11	18	29	1.86
28388412--28388925	224	2.3	224	83	2	638	40	12	18	29	1.87
28388738--28388861	35	3.6	34	68	13	92	35	14	20	29	1.92
28388707--28388899	69	2.8	69	92	0	332	38	12	19	29	1.89
28389104--28389147	10	4.7	10	74	25	51	31	0	0	68	0.90
28390536--28390613	14	5.4	14	75	4	57	3	8	5	82	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28390526--28390615	28	3.3	26	77	13	92	3	11	6	78	1.05
28390943--28390972	11	2.7	11	89	0	51	0	10	0	90	0.47
28392000--28392034	14	2.5	13	86	13	52	14	0	2	82	0.77
28392329--28392369	21	2.0	21	90	0	64	21	0	7	70	1.11
28393684--28394039	21	15.8	21	72	12	237	36	8	14	40	1.77
28393662--28393993	67	4.9	67	85	2	389	37	8	14	39	1.76
28393662--28394041	46	8.4	45	70	14	178	38	8	14	39	1.76
28393870--28394003	71	1.9	71	90	0	214	35	8	14	40	1.78
28394122--28394248	65	2.0	63	84	6	166	38	13	14	33	1.85
28394493--28394805	132	2.4	132	83	4	391	22	12	18	47	1.81
28394493--28394805	44	7.1	44	81	4	328	22	12	18	47	1.81
28394936--28395009	36	2.1	36	82	5	87	27	25	24	22	2.00
28395030--28395098	13	5.6	13	76	19	60	18	1	2	76	0.98
28395030--28395098	5	13.6	5	77	19	72	18	1	2	76	0.98
28395406--28395458	23	2.2	24	87	9	74	26	3	3	66	1.26
28395406--28395458	24	2.3	23	86	3	70	26	3	3	66	1.26
28395944--28396016	4	18.0	4	75	13	51	16	0	8	75	1.03
28395944--28395997	18	3.1	18	80	17	60	18	0	5	75	0.98
28395921--28396016	45	2.2	45	83	10	119	15	0	9	75	1.05
28395934--28396029	45	2.2	44	79	5	104	18	0	11	69	1.17
28399517--28399554	16	2.3	17	86	4	51	23	2	5	68	1.23
28399572--28399653	35	2.3	36	80	2	94	23	2	8	65	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28400170--28400216	20	2.4	19	79	10	51	53	10	2	34	1.48
28400813--28400947	18	7.0	20	67	25	76	46	11	4	37	1.61
28400928--28400975	18	2.9	16	75	22	53	50	12	6	31	1.65
28401052--28401107	24	2.3	24	88	8	87	53	10	3	32	1.53
28401080--28401131	19	2.8	19	72	13	54	55	9	3	30	1.50
28401251--28401301	24	2.1	25	85	7	70	58	11	3	25	1.50
28401306--28401367	22	2.9	21	88	9	90	51	9	6	32	1.60
28401306--28401367	20	3.0	19	80	17	54	51	9	6	32	1.60
28408949--28409041	27	3.3	28	79	10	77	30	10	30	29	1.91
28408945--28409112	54	3.1	54	81	10	173	29	10	30	29	1.90
28408970--28409117	27	5.5	26	78	6	125	29	8	31	31	1.87
28413304--28413386	32	2.5	33	84	5	98	38	6	8	46	1.59
28413308--28413386	33	2.5	32	83	4	97	39	6	8	45	1.61
28416302--28416343	9	4.7	9	91	5	59	21	0	9	69	1.17
28416302--28416355	19	2.9	19	83	10	67	24	0	9	66	1.20
28416974--28417011	20	1.9	20	94	0	67	31	26	18	23	1.97
28417338--28417411	27	2.7	27	83	10	80	13	4	2	79	0.98
28417488--28417834	59	5.7	60	86	8	472	46	8	12	33	1.71
28417483--28417848	125	3.0	123	87	7	537	46	9	11	32	1.71
28421645--28421709	30	2.2	29	81	10	78	80	0	15	4	0.88
28421638--28421671	1	34.0	1	87	0	50	94	0	5	0	0.32
28421638--28421711	22	3.5	22	78	7	75	81	0	14	4	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28421635--28421686	18	2.9	18	82	0	68	84	0	11	3	0.74
28422961--28423450	40	12.0	40	84	14	587	22	19	21	36	1.95
28422961--28423450	121	4.0	120	86	10	626	22	19	21	36	1.95
28423457--28423559	1	103.0	1	88	0	152	94	5	0	0	0.32
28423457--28423559	27	3.9	26	92	6	172	94	5	0	0	0.32
28429571--28429737	54	3.1	54	82	10	180	29	9	31	29	1.89
28429595--28429742	27	5.5	26	78	6	125	29	8	31	31	1.87
28433916--28433998	32	2.5	33	84	5	98	38	6	8	46	1.59
28433920--28433998	33	2.5	32	83	4	97	39	6	8	45	1.61
28436917--28436958	9	4.7	9	91	5	59	21	0	9	69	1.17
28436917--28436970	19	2.9	19	83	10	67	24	0	9	66	1.20
28437393--28437446	25	2.2	24	83	6	63	35	5	18	40	1.74
28437455--28437523	31	2.2	31	84	0	93	24	23	24	27	2.00
28437587--28437624	20	1.9	20	94	0	67	31	26	18	23	1.97
28437904--28437951	25	1.9	25	86	0	69	10	6	4	79	1.05
28437930--28437973	16	2.8	16	80	10	54	18	2	2	77	0.98
28438050--28438395	61	5.7	59	83	10	400	45	7	14	32	1.73
28438042--28438408	124	3.0	120	83	9	415	46	7	13	32	1.72
28442208--28442255	10	4.9	10	84	5	71	87	0	10	2	0.62
28442209--28442254	19	2.4	19	92	0	74	86	0	10	2	0.64
28442222--28442284	25	2.5	25	85	10	92	79	0	15	4	0.90
28442206--28442284	33	2.5	31	82	11	90	81	0	15	3	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28442211--28442288	8	9.1	9	72	19	60	79	0	16	3	0.87
28443515--28443773	41	6.4	40	93	3	398	23	17	20	38	1.93
28443755--28443790	17	2.1	17	100	0	72	36	16	8	38	1.79
28443715--28443831	58	2.0	57	95	4	209	26	17	17	38	1.92
28443674--28443870	98	2.0	97	97	1	367	25	17	19	38	1.93
28443772--28444056	40	7.1	40	85	9	377	23	18	21	36	1.95
28443772--28444056	79	3.5	81	86	10	406	23	18	21	36	1.95
28444064--28444092	13	2.2	13	100	0	58	93	6	0	0	0.36
28444255--28444296	9	4.7	9	91	5	59	21	0	9	69	1.17
28444255--28444308	19	2.9	19	83	10	67	24	0	9	66	1.20
28444793--28444861	31	2.2	31	81	0	84	26	23	23	27	2.00
28445285--28445360	27	2.8	27	80	4	82	13	3	3	78	1.02
28445439--28445784	59	5.7	58	85	9	437	46	8	12	33	1.71
28445420--28445796	125	3.1	123	84	7	525	48	8	11	31	1.69
28447471--28447511	14	2.9	14	100	0	82	34	0	21	43	1.53
28450719--28450744	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
28453883--28454123	27	8.9	27	76	11	104	30	7	31	31	1.84
28453883--28454123	54	4.5	53	72	15	181	30	7	31	31	1.84
28453991--28454039	16	3.4	16	73	26	63	30	4	30	34	1.76
28453967--28454125	27	5.9	27	85	4	205	29	6	32	32	1.82
28457274--28457374	50	2.0	50	84	3	132	35	16	7	39	1.78
28466853--28466918	24	2.6	25	85	7	80	27	7	31	33	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28466826--28466952	27	4.8	26	77	7	105	29	9	30	30	1.89
28475678--28475733	25	2.3	25	79	11	62	53	8	0	37	1.32
28475939--28475979	2	20.5	2	94	0	73	0	46	2	51	1.14
28478952--28478988	18	2.1	18	89	0	56	83	0	16	0	0.64
28481147--28481395	138	1.8	138	84	3	349	20	22	17	39	1.92
28487730--28487770	20	2.0	20	86	9	57	34	0	0	65	0.93
28487726--28487779	24	2.2	24	84	9	74	33	0	0	66	0.92
28487735--28487777	20	2.1	21	82	4	52	37	0	0	62	0.95
28488992--28489058	31	2.2	31	83	5	82	46	2	4	46	1.38
28489866--28489923	26	2.2	27	78	3	64	56	0	1	41	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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