genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.125.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   

This is table  125  of  195  ( 23297 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21391343--21391399	18	3.2	18	85	2	80	12	3	1	82	0.87
21391447--21391535	27	3.2	27	62	20	65	42	5	14	37	1.69
21391421--21391943	57	9.0	58	86	9	676	44	7	12	34	1.72
21391421--21391943	117	4.5	117	85	7	728	44	7	12	34	1.72
21391421--21391943	233	2.2	230	89	7	797	44	7	12	34	1.72
21391977--21392005	6	4.8	6	100	0	58	17	0	13	68	1.20
21392755--21392816	23	2.7	23	94	2	106	12	8	25	53	1.66
21393300--21393324	11	2.3	11	100	0	50	92	0	0	8	0.40
21393646--21393688	20	2.3	18	84	11	59	74	0	18	6	1.04
21393662--21393712	24	2.1	25	88	3	77	78	0	13	7	0.96
21394961--21395096	42	3.3	42	95	1	247	23	18	22	35	1.96
21395076--21395117	21	2.0	21	100	0	84	28	14	19	38	1.90
21395035--21395158	62	2.0	62	91	0	203	25	17	20	35	1.95
21395097--21395194	41	2.4	41	91	0	160	25	18	22	33	1.96
21394993--21395194	103	2.0	104	93	1	352	24	18	22	35	1.96
21395198--21395227	12	2.5	12	100	0	60	93	6	0	0	0.35
21395314--21395348	13	2.7	13	91	8	54	80	2	17	0	0.84
21395341--21395371	9	3.6	9	91	8	55	90	0	0	9	0.46
21395342--21395371	8	3.6	8	91	8	51	90	0	0	10	0.47
21395514--21395650	6	22.7	6	82	12	165	16	1	0	81	0.80
21395514--21395651	11	12.5	11	77	15	142	16	1	0	81	0.82
21395514--21395650	17	7.9	17	84	8	161	16	1	0	81	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21396344--21396380	16	2.2	17	90	4	58	62	0	37	0	0.96
21396703--21396742	17	2.4	16	84	8	53	22	5	0	72	1.04
21396730--21396798	27	2.6	25	82	13	75	14	4	1	79	0.95
21396729--21396798	17	4.1	17	83	7	81	14	4	1	80	0.94
21396831--21396919	27	3.2	27	62	20	65	42	5	14	37	1.69
21396806--21397158	57	6.0	58	83	10	432	45	8	12	33	1.73
21401018--21401060	20	2.3	18	84	11	59	74	0	18	6	1.04
21401014--21401086	27	2.7	25	81	12	65	71	0	20	8	1.11
21402325--21402594	41	6.5	41	87	0	378	24	15	22	38	1.92
21402325--21402594	82	3.3	82	90	1	432	24	15	22	38	1.92
21402573--21402614	20	2.1	20	100	0	84	35	14	16	33	1.89
21402532--21402656	61	2.0	62	95	1	225	27	17	20	34	1.95
21402593--21402681	42	2.1	42	95	2	162	23	17	24	33	1.96
21402788--21402823	13	2.6	14	91	4	56	83	2	13	0	0.76
21402991--21403122	6	22.2	6	78	8	83	22	2	0	74	0.98
21402991--21403083	17	5.3	17	83	8	98	23	2	1	73	1.01
21403404--21403470	12	5.7	12	83	3	73	16	5	1	76	1.06
21403398--21403476	6	13.3	6	85	6	63	16	5	1	77	1.01
21403454--21403568	3	36.7	3	77	11	69	29	2	1	66	1.15
21403416--21403568	12	12.7	12	71	14	52	27	3	1	67	1.16
21403452--21403585	44	3.1	44	72	17	127	28	2	2	67	1.15
21402926--21403727	395	2.0	401	89	6	1236	23	8	9	58	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21405701--21405753	26	2.0	26	88	0	79	28	16	24	30	1.97
21403902--21420903	877	19.1	874	78	8	15287	25	24	24	25	2.00
21410994--21411046	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
21412454--21412504	26	2.0	26	96	0	93	27	15	27	29	1.96
21412937--21412989	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
21413805--21413857	26	2.0	26	88	0	79	28	18	22	30	1.98
21414705--21414755	26	2.0	26	88	0	75	31	19	23	25	1.98
21416463--21416515	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
21417364--21417423	26	2.3	27	79	2	68	26	20	25	28	1.99
21423376--21423425	26	1.9	26	84	8	66	30	18	24	28	1.97
21423495--21423553	26	2.3	26	100	0	118	10	33	25	30	1.89
21425156--21425208	26	2.0	26	88	0	79	24	20	26	28	1.99
21420910--21426080	870	5.8	889	83	6	6328	25	24	24	25	2.00
21426760--21426812	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
21427662--21427714	26	2.0	26	92	0	88	30	18	24	26	1.98
21428564--21428616	26	2.0	26	96	0	97	26	18	28	26	1.98
21429459--21429511	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
21431229--21431281	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
21426032--21443524	895	19.7	895	83	6	20645	25	24	24	25	2.00
21433025--21433075	26	2.0	26	100	0	102	27	19	25	27	1.99
21435674--21435730	27	2.1	27	96	3	107	26	17	24	31	1.97
21437397--21437449	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21438286--21438338	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
21439161--21439213	26	2.0	26	85	0	70	30	16	24	28	1.97
21440960--21441012	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
21442695--21442747	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
21444295--21444347	26	2.0	26	96	0	97	26	20	24	28	1.99
21446985--21447037	26	2.0	26	92	7	90	26	16	26	30	1.97
21443525--21468890	895	28.1	901	73	11	14918	25	23	24	25	2.00
21447883--21447935	26	2.0	26	96	0	97	26	20	24	28	1.99
21448770--21448848	26	3.0	26	92	0	131	26	18	24	30	1.98
21443542--21455559	890	13.3	890	80	7	12434	25	23	24	26	2.00
21452450--21452502	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
21454217--21454269	26	2.0	26	88	0	79	30	20	20	28	1.98
21455151--21455988	428	2.0	415	87	5	1191	23	24	26	25	2.00
21456436--21456507	26	2.8	26	91	0	117	30	20	22	26	1.98
21456441--21456517	26	3.0	26	88	0	109	29	20	22	27	1.98
21456904--21459179	901	2.5	875	83	6	2862	26	24	24	25	2.00
21458228--21458280	26	2.0	26	88	0	79	32	20	20	26	1.98
21461581--21461633	26	2.0	26	92	0	88	26	20	24	28	1.99
21462469--21462521	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
21460705--21468935	888	9.3	898	85	4	10253	25	24	24	25	2.00
21463372--21463424	26	2.0	26	85	0	70	28	16	26	28	1.97
21464274--21464326	26	2.0	26	96	0	97	26	22	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21466907--21466959	26	2.0	26	96	0	97	26	15	30	28	1.96
21467800--21467852	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
21465151--21468935	894	4.3	892	86	3	5090	25	24	24	25	2.00
21477472--21477524	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
21477120--21479256	776	2.8	758	80	6	2264	26	24	24	23	2.00
21479021--21479073	26	2.0	26	85	0	70	30	18	24	26	1.98
21479935--21479986	26	2.0	26	92	3	88	26	19	25	28	1.98
21480119--21480171	26	2.0	26	85	0	70	30	18	20	30	1.97
21480901--21480953	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
21482372--21482424	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
21483254--21483306	26	2.0	26	85	0	70	30	20	20	28	1.98
21481666--21485427	874	4.3	870	84	6	4420	25	24	24	25	2.00
21485001--21485053	26	2.0	26	89	7	81	30	24	18	26	1.98
21485640--21485690	26	2.0	26	96	0	93	27	17	27	27	1.98
21484809--21486716	647	3.0	640	84	7	2423	23	28	25	22	1.99
21486288--21486338	26	2.0	26	92	0	84	29	17	25	27	1.98
21486312--21489059	881	3.1	862	82	7	3230	24	24	25	25	2.00
21488057--21488109	26	2.0	26	96	0	97	26	20	24	28	1.99
21491835--21491886	26	2.0	25	92	3	86	28	17	23	30	1.97
21494246--21494298	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
21496886--21496938	26	2.0	26	89	7	81	30	24	18	26	1.98
21497526--21497576	26	2.0	26	92	0	84	27	15	27	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21498176--21498225	26	1.9	26	87	0	73	32	18	24	26	1.97
21496693--21498603	638	3.0	637	87	3	2728	24	28	25	21	1.99
21498199--21502636	880	5.1	868	83	7	5261	24	24	25	25	2.00
21499945--21499997	26	2.0	26	96	0	97	26	20	24	28	1.99
21503298--21503376	26	3.0	26	87	3	106	24	18	27	29	1.98
21505994--21506046	26	2.0	26	88	0	79	30	18	22	28	1.98
21506893--21506945	26	2.0	26	88	0	79	28	20	22	28	1.99
21502578--21510466	893	8.8	891	84	4	9756	25	24	24	25	2.00
21507771--21507823	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
21508674--21508723	26	1.9	26	87	0	73	30	20	28	22	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195