genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          193   194   195   

This is table  12  of  195  ( 23297 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2616722--2616762	21	2.0	21	85	9	57	31	2	2	63	1.20
2616786--2616823	18	2.1	19	85	5	51	55	0	0	44	0.99
2618624--2618705	41	2.0	41	100	0	164	29	21	17	31	1.96
2620343--2620384	21	2.0	22	85	4	59	23	4	23	47	1.70
2620564--2620621	3	18.3	3	83	13	64	29	5	0	65	1.14
2620912--2620956	19	2.3	20	88	7	67	77	0	0	22	0.76
2622431--2622724	106	2.8	105	85	2	376	46	9	22	21	1.79
2622696--2622757	19	3.4	18	73	13	56	46	8	20	24	1.77
2622688--2622759	35	2.1	35	86	5	101	44	8	25	22	1.80
2629788--2629837	25	2.0	25	84	11	66	36	2	0	62	1.07
2631661--2631726	24	2.7	26	86	9	93	18	22	13	45	1.84
2644920--2644963	22	2.0	21	83	16	54	50	0	6	43	1.29
2645411--2645455	20	2.2	20	88	8	63	35	8	15	40	1.79
2645478--2645509	15	2.1	15	94	0	55	62	0	0	37	0.95
2645618--2645647	16	1.9	16	93	6	53	13	13	0	73	1.10
2648044--2648082	15	2.6	16	84	12	55	56	5	0	38	1.22
2650541--2650599	29	2.0	29	96	0	109	25	15	15	44	1.85
2659169--2659263	22	4.3	22	72	5	68	31	5	8	54	1.53
2669881--2669921	21	2.0	21	85	0	55	51	0	2	46	1.14
2687176--2687215	6	6.7	6	97	0	71	0	12	35	52	1.39
2690404--2690478	20	3.8	20	73	21	77	34	0	0	65	0.93
2690405--2690479	12	7.0	12	70	25	53	36	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2691798--2691841	20	2.2	20	92	4	72	52	0	0	47	1.00
2691794--2691844	19	2.8	18	82	11	68	49	0	0	50	1.00
2691832--2691891	16	4.0	16	72	28	60	63	0	0	36	0.95
2691836--2691887	26	2.0	26	100	0	104	61	0	0	38	0.96
2691855--2691906	17	2.9	18	71	5	52	61	0	0	38	0.96
2716025--2716088	27	2.3	26	81	7	65	46	3	1	48	1.27
2727287--2727335	17	2.8	17	77	19	55	55	2	0	42	1.11
2727287--2727326	20	2.2	20	86	13	59	57	2	0	40	1.12
2728645--2728684	20	2.0	20	85	0	53	15	5	12	67	1.38
2731570--2731599	10	3.1	10	95	4	53	36	0	0	63	0.95
2733030--2733063	1	34.0	1	100	0	68	0	0	0	100	0.00
2733738--2733772	12	2.9	12	86	0	52	42	2	0	54	1.15
2733786--2733834	21	2.3	22	85	3	64	48	0	2	48	1.12
2735911--2735967	27	2.2	25	81	9	60	33	5	0	61	1.18
2751394--2751425	2	16.0	2	93	0	55	3	50	0	46	1.17
2753524--2753578	27	2.0	27	86	6	76	49	0	0	50	1.00
2753528--2753578	26	2.0	27	84	7	70	50	0	0	49	1.00
2754158--2754204	2	23.5	2	100	0	94	0	48	0	51	1.00
2755277--2755302	6	4.3	6	100	0	52	46	38	15	0	1.46
2756350--2756433	41	2.0	41	95	0	150	42	11	2	42	1.54
2758611--2758703	16	5.9	16	75	13	68	55	1	1	41	1.14
2758645--2758695	16	2.8	19	77	17	72	52	0	1	45	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2758645--2758713	35	2.0	35	85	5	95	56	0	2	40	1.14
2758790--2758830	16	2.7	15	85	7	55	48	2	0	48	1.14
2758804--2758862	25	2.4	25	86	8	84	47	3	0	49	1.18
2764271--2764299	3	9.7	3	100	0	58	0	34	0	65	0.93
2773593--2773681	3	29.3	3	70	6	54	37	1	0	61	1.03
2773616--2773674	15	3.8	16	80	6	68	37	1	0	61	1.07
2774018--2774060	21	2.0	21	86	0	59	32	13	23	30	1.93
2773920--2774271	109	3.2	110	90	3	512	41	17	19	21	1.90
2774256--2774311	22	2.5	23	83	11	64	35	17	19	26	1.94
2774296--2774466	88	2.0	87	84	5	229	46	15	16	22	1.84
2774460--2774502	22	2.0	22	90	0	68	32	18	20	27	1.96
2774373--2774772	131	3.0	133	82	2	518	39	17	20	23	1.92
2774161--2774613	221	2.0	221	82	4	547	40	16	19	22	1.91
2774593--2774656	22	3.0	22	81	2	76	32	20	20	26	1.97
2774642--2774945	161	1.9	161	86	1	439	37	16	20	25	1.93
2774802--2775044	110	2.2	110	80	0	270	39	17	18	23	1.92
2775056--2775104	22	2.2	23	78	10	57	22	12	26	38	1.89
2775068--2775110	22	2.0	22	90	0	68	20	13	30	34	1.92
2775421--2775520	41	2.4	41	82	9	107	40	12	14	34	1.82
2775845--2775874	15	2.0	15	93	0	51	36	13	30	20	1.90
2782661--2782694	15	2.2	16	89	5	52	20	0	23	55	1.43
2783727--2783762	14	2.6	14	90	0	54	2	5	16	75	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2784082--2784138	27	2.1	27	81	9	64	10	5	5	78	1.06
2784127--2784196	34	2.1	34	81	5	79	37	1	0	61	1.05
2795603--2795675	31	2.3	31	81	11	78	50	4	0	45	1.20
2802554--2802613	27	2.2	27	85	5	77	50	1	3	45	1.28
2803279--2803320	17	2.5	17	85	11	59	47	9	7	35	1.64
2808587--2808623	11	3.4	11	100	0	74	37	8	0	54	1.30
2811377--2811408	2	15.5	2	93	6	55	46	3	0	50	1.17
2814011--2814096	42	2.0	42	100	0	172	24	30	9	36	1.87
2816641--2816833	96	2.0	96	96	0	359	22	13	29	34	1.92
2818219--2818250	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
2822078--2822134	25	2.3	26	77	20	75	33	1	0	64	1.04
2822084--2822132	24	2.0	24	88	7	73	32	2	0	65	1.04
2824024--2824049	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2829755--2829809	23	2.3	24	84	3	67	56	0	7	36	1.27
2830648--2830705	21	2.8	21	84	2	73	36	3	1	58	1.25
2830701--2830725	12	2.1	12	100	0	50	32	0	0	68	0.90
2831154--2831183	14	2.1	14	93	0	51	36	0	0	63	0.95
2831404--2831437	14	2.5	14	90	4	52	64	2	0	32	1.08
2831426--2831482	31	1.9	30	86	10	82	56	1	1	40	1.20
2834585--2834620	15	2.4	15	85	0	54	47	19	2	30	1.64
2840026--2841313	161	8.0	160	79	6	1075	42	13	9	34	1.77
2840021--2841314	322	4.0	324	80	6	1227	42	13	9	34	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2840021--2841314	646	2.0	644	80	5	1461	42	13	9	34	1.77
2848718--2848815	42	2.3	42	83	0	115	45	16	13	24	1.83
2849118--2849148	1	31.0	1	100	0	62	0	0	100	0	0.00
2853417--2853444	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2859694--2859731	19	2.1	19	95	5	69	65	0	0	34	0.93
2859699--2859746	19	2.7	18	87	6	62	66	2	0	31	1.03
2859841--2859879	20	2.0	20	100	0	78	15	58	10	15	1.62
2860807--2860856	17	2.8	18	74	17	50	26	0	4	70	1.05
2869056--2869120	22	3.0	22	81	18	75	47	0	0	52	1.00
2869064--2869120	21	2.6	22	89	10	82	50	0	0	49	1.00
2869280--2869314	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
2874836--2874945	40	2.8	40	81	1	141	46	1	12	39	1.53
2875934--2875972	21	1.9	20	84	5	51	41	7	2	48	1.45
2875985--2876022	19	2.0	20	84	5	51	21	7	5	65	1.38
2875985--2876022	20	1.9	20	84	10	51	21	7	5	65	1.38
2878861--2878887	9	3.0	9	100	0	54	77	0	0	22	0.76
2879244--2879312	29	2.4	29	97	2	131	30	2	2	63	1.23
2890081--2890231	77	2.0	77	97	0	284	29	12	17	40	1.86
2899628--2899690	14	4.5	14	73	13	58	42	0	1	55	1.09
2899591--2899682	41	2.2	41	83	12	109	44	0	2	53	1.12
2901657--2901847	95	2.0	95	95	2	348	31	6	22	38	1.80
2905618--2905661	23	1.9	23	90	9	72	29	2	0	68	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2909783--2909815	15	2.1	17	88	11	52	51	0	0	48	1.00
2910125--2910157	16	2.0	17	88	5	50	30	0	0	69	0.88
2910669--2910716	25	1.9	25	87	8	71	52	0	0	47	1.00
2910816--2910886	12	5.9	12	77	12	58	66	0	1	32	1.01
2910855--2910887	3	11.0	3	87	12	50	69	0	0	30	0.88
2916178--2916208	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
2924770--2924820	23	2.2	24	85	3	68	50	1	5	41	1.37
2925047--2925073	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2925443--2925470	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2939201--2939235	2	17.0	2	88	5	52	45	0	5	48	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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