genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.153.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   

This is table  153  of  195  ( 23297 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25625263--25625318	15	3.5	16	78	21	64	19	3	0	76	0.93
25625261--25625308	6	7.5	6	84	13	53	18	2	0	79	0.84
25625261--25625306	13	3.5	13	83	13	51	19	2	0	78	0.86
25625261--25625308	20	2.5	18	78	21	53	18	2	0	79	0.84
25625266--25625334	17	4.1	17	78	14	56	20	4	1	73	1.07
25625445--25625907	117	3.9	120	83	4	591	49	6	7	36	1.56
25625445--25625999	117	4.7	118	80	6	586	48	6	8	36	1.61
25626928--25626961	16	2.1	16	88	0	50	47	5	5	41	1.52
25627622--25627678	27	2.2	26	83	3	69	63	0	5	31	1.17
25631276--25631493	109	2.0	109	96	0	400	34	21	19	25	1.96
25632473--25632532	27	2.1	29	85	11	81	73	1	5	20	1.11
25632704--25632737	17	2.0	17	100	0	68	35	5	17	41	1.74
25633255--25633288	14	2.4	14	90	0	50	55	8	0	35	1.31
25634223--25634611	160	2.4	160	78	6	401	34	9	13	42	1.77
25639565--25639667	45	2.3	46	86	6	147	44	2	33	18	1.65
25639565--25639689	45	2.8	45	75	17	132	44	2	34	19	1.64
25639880--25639952	3	24.3	3	73	15	53	35	1	30	32	1.66
25639880--25639945	30	2.2	30	88	0	96	36	1	28	33	1.67
25639880--25639945	15	4.4	15	77	12	64	36	1	28	33	1.67
25645963--25645997	18	1.9	18	88	0	52	77	0	8	14	0.99
25654128--25654160	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
25655533--25655619	3	29.0	3	85	0	84	43	34	21	0	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25655530--25655619	30	3.0	30	95	0	153	44	34	21	0	1.52
25655530--25655609	6	13.3	6	86	0	97	46	33	20	0	1.51
25670348--25670375	13	2.2	13	100	0	56	64	14	0	21	1.29
25670724--25670765	13	3.5	12	84	9	59	76	14	0	9	1.02
25671550--25671668	44	2.7	44	84	5	134	49	16	6	26	1.71
25671558--25671771	43	4.9	43	76	8	146	45	18	7	28	1.76
25671690--25671800	43	2.6	42	83	8	125	47	18	7	27	1.74
25671558--25671800	44	5.6	43	74	9	127	45	17	7	28	1.76
25672598--25672644	24	1.9	24	82	4	58	48	0	10	40	1.38
25672734--25672782	15	3.4	14	83	8	53	83	0	10	6	0.80
25677446--25677493	24	2.0	24	87	0	69	68	2	25	4	1.18
25677855--25677902	9	5.0	9	80	12	51	83	0	10	6	0.81
25677865--25677902	15	2.5	15	86	0	58	84	0	7	7	0.79
25677855--25677923	30	2.3	30	80	11	79	79	0	13	7	0.92
25678625--25678810	79	2.4	79	82	1	212	35	10	24	29	1.89
25679201--25679327	21	5.7	21	89	7	155	36	10	16	37	1.83
25679195--25679380	25	7.9	25	85	8	225	37	10	15	37	1.82
25679198--25679671	46	10.3	46	70	22	245	36	10	14	38	1.81
25679390--25679671	21	13.0	22	72	16	173	35	10	14	38	1.81
25679390--25679637	129	2.0	131	81	12	295	35	10	14	39	1.81
25679290--25679487	104	1.9	108	89	4	314	36	10	14	39	1.79
25679218--25679671	150	3.0	148	76	10	403	36	10	14	38	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25679511--25679671	22	7.2	22	81	13	179	37	11	13	37	1.81
25679437--25679595	82	1.9	83	89	1	248	34	11	14	39	1.82
25679511--25679676	47	3.7	44	81	12	171	37	10	13	37	1.80
25679589--25679630	13	3.3	13	77	16	52	42	14	7	35	1.73
25679791--25679874	42	2.0	44	85	4	118	35	11	15	36	1.84
25680151--25680334	83	2.2	82	84	5	237	24	13	19	43	1.86
25680184--25680355	83	2.1	83	86	6	242	25	12	18	43	1.85
25680177--25680357	41	4.4	42	81	6	199	23	13	19	43	1.87
25680177--25680378	41	4.9	42	81	8	121	24	12	19	43	1.86
25682072--25682265	43	4.5	43	79	5	185	41	17	12	28	1.86
25682111--25682271	44	3.7	44	80	6	166	42	18	10	28	1.84
25691795--25691870	36	2.1	37	83	11	95	34	10	15	39	1.82
25694717--25694774	25	2.3	25	80	11	66	74	8	5	12	1.21
25695757--25695794	9	4.1	9	89	3	58	84	2	0	13	0.73
25696093--25696137	22	2.2	20	84	8	54	20	6	6	66	1.38
25699074--25699120	19	2.5	19	100	0	94	14	4	38	42	1.66
25702045--25702095	24	2.0	24	88	7	75	54	5	11	27	1.59
25702235--25702278	22	2.0	22	90	0	70	45	13	9	31	1.75
25708412--25708439	6	4.7	6	100	0	56	71	14	0	14	1.15
25708530--25708618	25	3.2	28	65	25	80	38	14	5	41	1.70
25708469--25708785	55	5.7	55	87	10	436	35	11	7	45	1.68
25708470--25708804	106	3.1	108	86	6	462	36	10	7	45	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25708800--25708858	21	2.9	21	87	7	77	77	0	6	15	0.96
25708828--25708873	13	3.6	13	86	13	69	80	0	4	15	0.86
25708814--25708881	17	3.6	19	76	21	63	79	0	5	14	0.91
25709734--25709806	28	2.6	28	80	2	83	75	4	4	16	1.11
25709729--25709802	38	1.9	37	84	10	96	77	4	4	14	1.07
25710161--25710231	1	71.0	1	74	0	61	4	1	7	87	0.72
25710168--25710232	19	3.5	18	83	12	87	4	1	7	86	0.77
25710168--25710228	31	2.0	31	87	6	88	3	1	8	86	0.73
25710239--25710451	41	5.1	41	89	3	302	36	24	15	23	1.94
25711434--25711516	8	10.8	8	73	17	77	10	13	0	75	1.04
25711432--25711477	15	3.1	14	84	9	56	8	15	0	76	1.02
25711434--25711517	30	2.7	31	81	3	116	11	13	0	75	1.06
25711435--25711477	22	2.0	22	85	0	59	9	13	0	76	1.01
25711434--25711516	9	9.6	9	74	20	79	10	13	0	75	1.04
25711434--25711516	21	4.3	19	77	17	73	10	13	0	75	1.04
25719856--25720071	58	3.7	57	85	9	265	35	12	7	43	1.72
25720091--25720164	13	5.5	13	75	12	60	81	1	4	13	0.91
25720094--25720175	5	16.4	5	71	18	64	80	1	4	13	0.93
25720084--25720151	23	3.0	23	81	12	61	77	1	5	14	1.02
25720102--25720176	6	12.7	6	72	20	52	81	0	5	13	0.86
25720094--25720247	8	18.2	8	67	20	66	76	2	3	17	1.03
25720114--25720247	12	11.4	11	68	11	61	76	2	2	17	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25720102--25720190	26	3.6	24	78	19	78	78	0	5	15	0.93
25720122--25720190	27	2.6	26	82	13	79	78	0	5	15	0.94
25720199--25720243	4	11.5	4	85	4	65	80	0	0	20	0.72
25720199--25720247	12	4.2	12	89	5	82	81	0	0	18	0.69
25720091--25720243	15	10.1	15	69	18	63	75	2	3	18	1.05
25720094--25720244	32	4.8	31	71	16	107	76	2	3	17	1.04
25721193--25721258	25	2.8	25	79	18	70	65	3	0	31	1.08
25721195--25721242	22	2.2	22	85	7	62	62	2	0	35	1.07
25728058--25728131	29	2.6	28	81	12	80	50	0	1	48	1.09
25729024--25729049	12	2.2	12	100	0	52	84	0	0	15	0.62
25728983--25729018	8	4.4	8	89	6	54	80	0	5	13	0.88
25729376--25729409	18	1.9	17	88	5	50	67	2	20	8	1.31
25731159--25731674	159	3.3	160	84	4	670	34	6	19	39	1.78
25732209--25732243	9	3.9	9	92	0	61	25	0	31	42	1.55
25733591--25733644	25	2.1	27	86	10	78	72	1	0	25	0.95
25735466--25735520	28	2.0	28	96	0	101	25	14	14	45	1.83
25737428--25737608	67	2.7	68	77	11	180	28	9	6	56	1.55
25742103--25742141	19	2.1	19	90	0	60	74	0	2	23	0.94
25742633--25742657	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
25744161--25744200	20	1.9	20	85	10	53	5	15	5	75	1.15
25756061--25756101	3	13.7	3	94	0	73	34	29	0	36	1.58
25757060--25757138	4	18.5	4	70	17	52	24	6	1	68	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25757240--25757309	4	16.5	4	72	16	52	24	4	1	70	1.14
25757221--25757302	35	2.3	35	81	8	94	24	4	1	69	1.15
25757066--25757392	171	1.9	171	98	0	627	32	7	7	53	1.56
25757724--25758469	202	3.7	201	81	2	805	43	11	11	33	1.77
25758659--25758892	118	2.0	118	94	0	414	38	15	13	32	1.86
25762596--25763349	237	3.2	232	77	6	707	44	11	9	33	1.74
25765282--25765317	14	2.5	15	90	4	56	16	0	2	80	0.83
25765282--25765318	15	2.5	15	84	16	51	18	0	2	78	0.87
25765634--25765686	3	17.7	3	92	0	88	35	0	1	62	1.06
25766272--25766298	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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