genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.166.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   

This is table  166  of  195  ( 23297 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27479929--27479957	12	2.3	13	94	5	51	72	0	0	27	0.85
27486821--27486861	16	2.6	16	82	17	50	17	24	4	53	1.63
27487709--27487855	8	18.8	8	82	11	132	69	1	16	12	1.26
27487699--27487794	8	11.4	9	84	10	91	73	2	13	10	1.17
27487709--27487855	17	9.4	16	80	12	132	69	1	16	12	1.26
27487709--27487854	58	2.5	56	83	9	179	69	1	16	13	1.26
27487785--27487826	12	3.3	12	93	6	66	69	0	16	14	1.20
27487710--27487844	20	6.2	22	73	22	117	68	1	16	13	1.27
27487718--27487862	42	3.5	38	76	19	123	68	1	17	12	1.27
27489033--27489105	23	3.3	21	75	11	65	36	8	16	38	1.79
27489475--27489566	46	2.0	46	89	0	139	36	11	11	39	1.79
27489789--27489826	17	2.2	17	90	0	58	42	15	10	31	1.81
27489817--27489893	31	2.5	31	91	0	118	44	10	10	35	1.73
27489909--27489960	18	2.9	18	85	2	70	46	9	7	36	1.66
27492913--27492938	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
27494749--27494777	9	3.3	9	95	4	51	17	0	0	82	0.66
27494695--27494779	16	5.1	16	68	20	57	23	2	7	67	1.28
27494932--27495358	123	3.5	123	75	5	310	40	16	8	33	1.80
27499815--27499849	1	35.0	1	100	0	70	0	0	0	100	0.00
27500378--27500543	46	3.6	46	73	5	147	40	18	12	28	1.87
27500750--27500838	31	2.8	32	76	10	101	38	19	13	29	1.89
27500797--27501065	33	8.5	33	73	9	184	31	18	16	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27500809--27501060	98	2.6	96	77	6	242	31	18	17	32	1.94
27501220--27501266	13	3.8	13	83	16	57	2	19	0	78	0.85
27501218--27501265	23	2.1	23	88	7	71	2	18	0	79	0.84
27501220--27501264	15	3.2	14	87	6	56	2	15	0	82	0.77
27501424--27501450	11	2.5	11	100	0	54	0	11	0	88	0.50
27503231--27503300	9	7.6	9	72	22	56	14	11	1	72	1.18
27503815--27503880	10	6.7	10	75	15	57	6	16	0	77	0.96
27503816--27503859	18	2.4	18	84	0	52	4	20	0	75	0.98
27504539--27504581	12	3.7	12	78	3	52	4	20	0	74	1.00
27509347--27509516	43	3.8	43	86	3	205	42	14	14	28	1.84
27509377--27509533	43	3.6	43	84	4	172	42	14	14	28	1.84
27510605--27510640	8	4.5	8	100	0	72	11	11	0	77	0.99
27517386--27517762	202	1.9	201	81	7	460	36	8	6	49	1.58
27517804--27517852	18	2.7	18	84	9	55	75	8	0	16	1.03
27517804--27517842	19	2.1	19	86	13	55	76	5	0	17	0.96
27518734--27518797	19	3.3	19	76	10	58	40	23	12	23	1.88
27520208--27520257	25	2.0	25	84	11	66	2	16	0	82	0.77
27526442--27526887	33	14.0	33	71	10	234	38	19	13	27	1.90
27526414--27526694	98	2.9	98	79	4	289	38	19	14	28	1.91
27526445--27526887	32	13.8	33	70	9	224	38	19	13	27	1.90
27526452--27526683	65	3.5	66	75	8	188	37	19	14	28	1.91
27526709--27526795	30	2.8	32	77	7	79	47	17	11	24	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27529432--27529489	26	2.2	26	87	6	91	55	17	3	24	1.57
27529452--27529488	12	2.8	14	76	16	51	59	10	2	27	1.44
27529440--27529502	26	2.4	26	82	12	76	57	14	3	25	1.52
27532211--27532256	21	2.2	21	88	0	65	58	4	15	21	1.54
27532433--27532486	18	2.9	18	78	19	58	24	9	1	64	1.32
27532433--27532490	20	3.0	20	83	14	68	24	8	1	65	1.30
27534961--27535018	31	1.9	32	86	10	86	53	3	8	34	1.49
27535378--27535420	21	2.0	22	86	4	61	48	0	2	48	1.14
27537527--27537559	6	5.5	6	100	0	66	0	15	0	84	0.61
27542183--27542208	11	2.4	11	100	0	52	15	46	0	38	1.46
27547383--27547421	21	1.9	20	84	5	51	33	7	5	53	1.51
27548610--27548701	46	2.0	46	95	0	166	50	7	6	35	1.57
27552937--27552971	2	17.5	2	93	0	52	5	0	42	51	1.25
27552936--27552973	12	3.2	12	88	0	58	10	0	39	50	1.37
27574706--27574735	15	1.9	16	93	6	53	23	0	3	73	0.98
27575046--27575110	21	3.1	23	81	18	88	50	0	0	49	1.00
27575053--27575110	19	2.9	21	87	10	93	48	0	0	51	1.00
27575790--27575829	14	2.8	15	75	24	50	40	0	2	57	1.12
27575973--27576065	43	2.1	45	80	7	102	47	5	2	45	1.37
27576100--27576164	19	3.5	20	74	21	61	47	1	0	50	1.10
27577907--27578020	59	1.9	59	87	3	167	33	19	9	37	1.84
27581047--27581078	15	2.1	16	94	5	57	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27582919--27583563	250	2.7	236	83	7	772	47	4	9	38	1.57
27585408--27585440	11	2.8	12	86	13	50	27	0	9	63	1.24
27585712--27585753	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
27588754--27588807	27	2.1	25	90	10	83	48	14	14	22	1.81
27589878--27589915	20	2.0	20	84	5	51	65	2	5	26	1.27
27600287--27600351	31	2.1	32	88	2	96	36	0	7	55	1.29
27601169--27601193	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
27601753--27601796	22	1.9	23	86	9	63	27	6	2	63	1.31
27604777--27604824	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
27621031--27623247	547	4.0	547	94	1	3718	32	11	13	42	1.80
27623090--27623142	19	2.8	19	88	2	81	43	26	3	26	1.72
27623245--27623283	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
27623373--27623420	3	16.0	3	82	8	62	27	2	2	68	1.11
27623374--27623417	16	2.9	15	90	6	63	25	2	2	70	1.10
27623373--27623421	19	2.5	20	90	3	73	26	2	2	69	1.10
27624999--27625147	37	4.1	36	70	4	102	45	16	19	18	1.85
27625168--27625255	22	4.0	21	79	8	95	37	10	18	34	1.84
27625226--27626025	132	6.1	131	81	5	790	40	16	18	25	1.90
27625469--27625526	22	2.6	22	80	0	71	39	15	15	29	1.88
27625722--27625764	22	2.0	22	86	9	61	34	11	20	32	1.89
27625732--27625783	22	2.4	21	81	12	61	30	15	23	30	1.95
27625226--27626025	263	3.0	259	81	5	883	40	16	18	25	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27626090--27626163	22	3.3	22	78	1	85	40	12	14	32	1.83
27625929--27626135	110	1.9	110	82	2	263	43	15	14	25	1.86
27626329--27626377	22	2.2	22	85	0	62	38	14	12	34	1.83
27626238--27626814	132	4.4	132	77	4	400	44	15	15	24	1.85
27626055--27626465	220	1.9	221	80	4	490	44	16	15	23	1.85
27626725--27626777	22	2.4	22	77	0	61	32	16	18	32	1.94
27626238--27626812	264	2.2	263	78	5	606	44	15	14	25	1.85
27633529--27633567	19	2.0	19	85	5	51	51	2	12	33	1.54
27638136--27638174	10	3.9	10	83	10	53	30	0	0	69	0.89
27638136--27638174	19	2.0	19	90	5	60	30	0	0	69	0.89
27638505--27638556	24	2.2	22	83	16	61	63	13	1	21	1.39
27642016--27642045	13	2.2	14	94	5	53	13	0	23	63	1.29
27649503--27649530	11	2.5	11	100	0	56	28	7	21	42	1.79
27663597--27663643	24	2.0	24	100	0	94	46	4	12	36	1.62
27666339--27666371	2	16.5	2	93	0	57	48	0	3	48	1.17
27667080--27667108	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
27669379--27669404	5	5.2	5	100	0	52	42	57	0	0	0.98
27673462--27673493	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
27675198--27675235	14	2.5	16	87	8	53	44	0	0	55	0.99
27675220--27675270	20	2.5	21	87	9	70	49	0	0	50	1.00
27685658--27685827	84	2.0	84	80	2	189	31	30	8	29	1.88
27689383--27689430	21	2.4	19	80	13	51	66	0	2	31	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27689415--27689455	21	2.0	21	85	0	55	53	0	0	46	1.00
27689465--27689531	26	2.6	25	79	11	82	58	0	1	40	1.07
27689383--27689531	52	2.9	51	77	11	137	56	0	1	42	1.07
27689488--27689571	29	2.7	31	82	8	100	47	0	2	50	1.14
27689488--27689596	29	3.7	30	75	12	91	48	0	1	49	1.11
27689580--27689613	17	2.0	17	100	0	68	47	0	0	52	1.00
27689574--27689635	24	2.6	24	75	10	72	53	0	1	45	1.10
27689617--27689674	30	1.9	30	89	0	89	60	1	3	34	1.24
27689839--27689889	27	2.0	25	84	7	66	33	0	0	66	0.92
27692345--27692404	17	3.5	17	73	8	59	38	13	10	38	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195