genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.110.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   

This is table  110  of  195  ( 23297 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19328580--19334987	882	7.2	886	84	6	7233	25	24	24	25	2.00
19333980--19334032	26	2.0	26	92	7	90	28	22	20	28	1.99
19334889--19334941	26	2.0	26	92	0	88	26	24	22	26	2.00
19337080--19337132	26	2.0	26	100	0	106	26	22	20	30	1.98
19336225--19338899	889	3.0	889	85	4	3487	25	24	24	25	2.00
19338342--19339490	591	1.9	595	86	3	1630	28	25	21	25	1.99
19342091--19342143	26	2.0	26	92	7	90	26	28	18	26	1.98
19338945--19343650	904	5.3	889	83	6	5106	26	24	23	25	2.00
19343695--19343747	26	2.0	26	85	0	70	26	22	18	32	1.97
19343658--19346393	898	3.0	895	88	1	3972	25	24	24	25	2.00
19345492--19345544	26	2.0	26	92	0	88	28	24	20	26	1.99
19346202--19346616	223	1.9	223	85	3	575	17	31	29	21	1.96
19347350--19347402	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
19346554--19348028	732	2.0	731	88	2	2185	27	23	22	26	1.99
19348962--19349376	223	1.9	223	85	3	584	17	31	29	21	1.96
19350100--19350152	26	2.0	26	92	0	88	30	24	18	26	1.98
19351857--19351909	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
19352754--19352805	26	2.0	26	92	0	86	30	26	15	26	1.96
19353653--19353705	26	2.0	26	88	0	79	28	24	20	26	1.99
19354555--19354605	26	2.0	26	96	0	93	27	27	17	27	1.98
19351524--19361543	902	11.3	894	85	4	12439	25	24	24	25	2.00
19355457--19355509	26	2.0	26	88	0	79	26	26	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19357223--19357274	25	2.0	26	92	3	88	26	26	21	25	1.99
19358116--19358168	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
19356351--19361543	893	5.9	893	84	4	6474	26	24	24	25	2.00
19359009--19359061	26	2.0	26	92	0	88	24	26	20	28	1.99
19360740--19360792	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
19360881--19360905	11	2.3	11	100	0	50	28	32	32	8	1.86
19361488--19365791	902	4.8	900	85	4	5609	25	24	23	25	2.00
19363266--19363318	26	2.0	26	85	0	70	32	24	16	26	1.97
19363962--19364007	16	2.9	16	90	6	67	0	58	19	21	1.39
19364185--19364236	26	2.0	25	92	3	86	30	25	15	28	1.96
19365080--19365132	26	2.0	26	92	0	88	26	22	22	28	1.99
19366795--19366847	26	2.0	26	96	0	97	26	24	22	26	2.00
19366928--19366956	11	2.6	11	100	0	58	17	41	31	10	1.83
19367705--19367758	26	2.1	26	89	6	83	27	22	20	29	1.98
19368612--19368664	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
19365879--19377764	903	13.3	900	84	3	14762	25	24	24	25	2.00
19373964--19374016	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
19374866--19374918	26	2.0	26	92	0	88	26	26	18	28	1.98
19376663--19376713	26	2.0	26	96	0	93	27	27	17	27	1.98
19377546--19377599	27	2.0	26	89	3	81	27	22	18	31	1.97
19379435--19379487	26	2.0	26	88	0	79	28	22	18	30	1.98
19381219--19381271	26	2.0	26	92	0	88	24	24	20	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19382122--19382172	26	2.0	26	92	0	84	29	27	15	27	1.96
19378765--19385569	892	7.6	899	87	4	8817	26	24	23	25	2.00
19383869--19383921	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
19386388--19386440	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
19389173--19389225	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
19390075--19390127	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
19388495--19390798	902	2.6	898	88	2	3328	26	25	22	25	2.00
19392272--19392302	4	7.8	4	92	0	53	3	74	22	0	0.96
19392483--19392535	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
19393382--19393434	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
19391605--19393620	899	2.2	896	84	4	2473	25	24	24	25	2.00
19396126--19396178	26	2.0	26	96	0	97	32	26	15	26	1.95
19397182--19397213	12	2.7	12	95	0	55	12	34	18	34	1.89
19398040--19398960	468	2.0	467	90	1	1463	28	24	23	23	2.00
19401649--19401701	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
19398494--19405757	892	8.2	894	84	6	8785	25	24	24	25	2.00
19402356--19407439	896	5.8	892	78	9	4840	25	24	24	25	2.00
19406049--19406101	26	2.0	26	85	0	70	30	20	18	30	1.97
19406983--19407909	470	2.0	470	88	1	1392	26	21	23	27	1.99
19416595--19416647	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
19418373--19418432	26	2.4	26	86	5	88	26	23	20	30	1.98
19419255--19419307	26	2.0	26	88	0	79	32	24	15	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19416368--19433694	887	19.1	885	74	12	11772	25	24	24	25	2.00
19421030--19421082	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
19420154--19423751	888	4.0	887	82	8	4157	25	23	24	26	2.00
19421918--19421970	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
19422051--19422091	11	3.7	11	100	0	82	17	29	26	26	1.97
19423879--19423931	26	2.0	26	92	7	90	30	22	18	28	1.98
19426519--19426569	26	2.0	26	92	0	84	27	27	15	29	1.96
19427422--19427474	26	2.0	26	92	0	88	28	20	18	32	1.97
19425644--19430118	907	5.0	899	85	5	5541	26	24	24	25	2.00
19429902--19430298	158	2.5	158	95	0	697	18	29	29	22	1.97
19430060--19433778	931	4.2	875	81	7	4127	25	25	24	24	2.00
19432007--19432085	26	3.0	26	100	0	158	30	26	16	26	1.97
19434506--19434557	25	2.1	25	92	0	86	28	23	17	30	1.97
19436069--19436121	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
19434728--19438630	896	4.5	873	84	5	4922	26	24	24	25	2.00
19438761--19438813	26	2.0	26	89	7	81	30	26	18	24	1.98
19440229--19440287	29	2.0	29	86	0	82	20	23	23	32	1.98
19440991--19441043	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
19441885--19441937	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
19447059--19447111	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
19448795--19448850	26	2.2	26	93	0	94	26	23	19	30	1.98
19449692--19449744	26	2.0	26	92	0	88	28	20	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19447515--19471433	902	26.3	900	72	13	13193	25	25	24	25	2.00
19451492--19451547	26	2.2	26	96	0	103	30	25	17	26	1.97
19452386--19452435	26	1.9	26	88	8	75	30	20	20	30	1.97
19453275--19453327	26	2.0	26	100	0	106	30	26	16	26	1.97
19454178--19454228	26	2.0	26	96	0	93	29	29	13	27	1.94
19455771--19455823	26	2.0	26	92	0	88	26	26	18	28	1.98
19456661--19456713	26	2.0	26	96	0	97	28	24	20	26	1.99
19456846--19456898	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
19456502--19456927	185	2.3	183	86	2	600	23	30	26	19	1.98
19457417--19457469	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
19459181--19459233	26	2.0	26	85	7	72	32	24	15	28	1.95
19460077--19471433	886	12.8	887	80	9	11208	25	24	23	25	2.00
19463968--19464123	82	1.9	82	87	0	231	36	18	17	26	1.94
19464505--19464556	25	2.0	26	92	3	88	25	25	23	26	2.00
19465388--19465439	26	2.0	27	96	3	97	23	26	21	28	1.99
19466240--19466292	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
19457247--19471433	877	16.1	886	80	8	13863	25	24	23	25	2.00
19470655--19470707	26	2.0	26	92	7	90	30	26	16	26	1.97
19473154--19473206	26	2.0	26	92	0	88	24	24	20	30	1.99
19471390--19473877	903	2.8	900	87	3	3539	26	24	23	25	2.00
19475535--19475586	26	1.9	28	88	7	81	26	25	17	30	1.97
19477102--19477153	26	2.0	26	88	0	77	26	25	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19478903--19478955	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
19479806--19479858	26	2.0	26	92	0	88	30	24	18	26	1.98
19476226--19481499	901	5.9	900	87	2	7211	25	24	24	25	2.00
19482311--19482363	26	2.0	26	88	0	79	24	22	22	30	1.99
19483209--19483260	26	2.0	25	85	3	68	30	21	19	28	1.97
19481444--19495358	903	15.8	894	79	7	13442	25	24	24	25	2.00
19486681--19486733	26	2.0	26	96	0	97	26	26	18	28	1.98
19487569--19487621	26	2.0	26	92	0	88	28	24	16	30	1.97
19488437--19488489	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
19489337--19489389	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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