genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.42.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   

This is table  42  of  195  ( 23297 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8782679--8782726	23	2.1	23	96	0	87	43	25	14	16	1.86
8783812--8783855	19	2.3	19	88	4	61	34	0	2	63	1.07
8798065--8798102	14	2.8	14	88	4	60	60	0	0	39	0.97
8799061--8799165	39	2.7	39	77	2	104	35	23	13	27	1.92
8800463--8801042	159	3.7	157	78	5	515	35	6	18	40	1.75
8801049--8801099	22	2.4	22	86	3	68	27	3	31	37	1.75
8801555--8801608	20	2.6	21	85	14	85	22	0	25	51	1.48
8801859--8801897	20	1.9	21	84	5	53	28	2	17	51	1.59
8804501--8804534	17	2.0	17	88	11	52	23	14	20	41	1.89
8813653--8813717	33	1.9	34	81	9	80	41	7	0	50	1.31
8813889--8813933	23	1.9	24	82	13	58	37	2	2	57	1.23
8817419--8817454	6	6.2	6	87	6	56	69	0	0	30	0.89
8817423--8817453	11	2.8	11	95	0	53	70	0	0	29	0.87
8818817--8818863	14	3.2	14	82	14	51	51	2	8	38	1.45
8820267--8820320	27	2.0	28	88	3	83	64	3	0	31	1.11
8820989--8821037	22	2.2	23	92	3	82	40	4	14	40	1.64
8827929--8827968	21	1.9	21	90	10	64	42	0	0	57	0.98
8828429--8828463	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
8828612--8828643	17	1.9	17	93	6	57	37	0	0	62	0.95
8829866--8829915	23	2.3	22	77	16	59	62	0	6	32	1.20
8833386--8833433	24	1.9	25	87	8	71	60	2	6	31	1.33
8840979--8841003	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8843470--8843506	13	2.9	14	84	15	53	89	5	5	0	0.60
8843471--8843506	12	3.1	12	88	4	56	91	2	5	0	0.49
8847347--8847387	20	2.0	20	90	9	66	9	12	19	58	1.61
8867931--8868059	41	3.2	41	85	2	179	28	12	14	44	1.82
8868191--8868593	39	10.3	39	78	4	373	26	9	20	43	1.82
8868152--8868593	78	5.6	78	86	2	598	26	9	20	43	1.83
8868145--8868593	157	2.9	156	89	1	659	26	9	20	43	1.82
8869742--8869812	23	3.0	23	77	10	63	77	5	1	15	1.02
8869742--8869816	13	5.6	14	70	16	52	77	5	1	16	1.02
8869929--8869966	10	3.9	10	83	16	53	73	0	0	26	0.83
8869929--8869966	19	2.0	20	84	5	51	73	0	0	26	0.83
8871031--8871083	24	2.1	26	86	6	74	79	3	9	7	1.05
8872358--8872391	16	2.2	16	89	5	52	32	8	8	50	1.64
8872590--8872811	32	6.8	33	70	13	145	24	14	10	50	1.74
8872564--8872813	65	3.8	66	75	8	226	24	14	10	50	1.73
8872985--8873103	34	3.4	34	77	11	112	22	13	9	54	1.67
8873018--8873094	39	2.0	40	92	2	129	25	10	10	53	1.67
8873058--8873122	33	2.0	33	81	6	78	27	12	10	49	1.73
8873512--8873543	17	1.9	17	93	6	57	31	9	0	59	1.29
8875410--8875535	57	2.2	58	84	10	170	50	7	7	34	1.57
8880791--8880834	2	21.5	2	95	4	79	2	47	0	50	1.13
8883952--8883984	4	8.2	4	100	0	66	24	0	24	51	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8885369--8885537	84	2.0	84	91	0	275	30	10	27	31	1.89
8894520--8894558	20	1.9	21	89	5	62	56	12	2	28	1.50
8894533--8894587	23	2.3	24	84	6	67	56	10	1	30	1.44
8895688--8895716	9	3.3	9	90	9	51	93	0	6	0	0.36
8897586--8897632	22	2.1	23	84	11	62	53	0	2	44	1.12
8904840--8905209	132	2.8	130	78	2	355	48	11	18	21	1.79
8914660--8914713	25	2.3	22	73	17	54	66	3	7	22	1.33
8917422--8917589	46	3.7	45	73	8	144	34	8	17	38	1.81
8917760--8917913	52	3.0	52	80	8	172	32	10	13	43	1.78
8917853--8917903	17	3.0	17	76	0	57	29	9	15	45	1.79
8917818--8917951	69	1.9	69	84	3	180	29	9	13	47	1.74
8917934--8917966	17	1.9	17	93	0	57	45	6	6	42	1.53
8918090--8918210	17	7.1	17	69	4	64	36	15	14	33	1.88
8918477--8918734	43	6.0	43	78	3	259	25	12	16	44	1.83
8918476--8918709	87	2.7	86	77	3	245	25	12	16	46	1.82
8919223--8919248	11	2.4	11	100	0	52	73	7	11	7	1.26
8920156--8920206	4	12.8	4	75	8	50	27	3	0	68	1.07
8924250--8924388	60	2.3	61	81	6	158	46	2	11	39	1.52
8924250--8924448	60	3.3	60	75	8	147	46	4	12	37	1.60
8924340--8924467	60	2.2	58	81	13	138	44	6	12	36	1.68
8924925--8925350	219	1.9	219	89	0	654	34	10	15	38	1.83
8926631--8926661	16	2.0	15	93	6	53	51	6	22	19	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8930619--8930674	29	1.9	29	85	7	78	44	7	12	35	1.70
8934665--8934705	21	2.0	21	90	9	66	51	0	0	48	1.00
8938951--8938978	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
8940916--8940974	24	2.5	25	81	8	70	35	0	1	62	1.05
8940929--8940988	25	2.3	25	75	11	59	41	1	0	56	1.09
8943310--8943338	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
8945276--8945324	24	2.1	24	84	3	64	42	4	10	42	1.57
8946638--8946672	18	1.9	18	88	11	54	11	5	0	82	0.82
8954296--8954701	137	3.0	136	82	2	501	26	17	17	38	1.91
8967348--8967398	14	3.7	14	76	10	52	13	1	7	76	1.09
8967389--8967479	16	5.5	17	68	22	61	30	4	1	63	1.21
8967389--8967527	32	4.3	32	79	11	135	30	5	0	62	1.24
8967426--8967526	16	6.4	16	71	21	79	29	6	0	62	1.28
8968349--8968374	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
8968499--8968718	58	3.8	58	90	0	341	44	6	11	37	1.67
8979206--8979230	13	1.9	13	100	0	50	72	0	16	12	1.13
8979215--8979287	10	7.7	9	78	21	62	72	1	15	10	1.18
8979194--8979270	33	2.3	32	80	8	91	75	1	14	9	1.10
8979194--8979287	20	4.7	19	75	22	77	72	1	15	10	1.17
8979222--8979270	25	1.9	26	84	12	66	77	2	12	8	1.07
8980290--8980433	41	3.5	41	80	5	139	30	14	17	37	1.90
8980319--8980459	42	3.4	42	79	8	128	29	16	19	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8980430--8980587	42	3.8	42	78	10	164	22	14	22	39	1.91
8980753--8980858	7	14.1	7	70	15	52	20	1	3	73	1.08
8980782--8980953	4	42.8	4	69	18	83	27	4	1	67	1.16
8980752--8980851	21	4.8	21	71	20	59	21	2	4	73	1.10
8980805--8980855	17	2.9	17	83	13	68	29	1	0	68	1.00
8980798--8980891	38	2.5	37	83	13	113	29	3	1	65	1.14
8980815--8980945	63	2.1	62	83	11	160	29	5	0	64	1.21
8981811--8981867	5	11.4	5	81	10	64	17	5	0	77	0.95
8981805--8981859	20	2.5	22	82	11	78	18	7	0	74	1.04
8981864--8982112	58	4.3	58	84	6	283	45	4	10	39	1.60
8981920--8982014	29	3.2	30	64	23	74	44	5	7	43	1.54
8981881--8982110	116	2.0	116	89	2	354	45	4	11	38	1.61
8990988--8991055	20	3.3	20	70	24	61	48	7	11	32	1.67
8990975--8991062	41	2.1	42	89	4	135	46	5	10	37	1.62
8991715--8991751	18	2.1	17	90	5	56	54	2	0	43	1.14
8991728--8991783	22	2.6	21	83	13	69	58	0	0	41	0.98
8992734--8992758	11	2.3	11	100	0	50	88	0	12	0	0.53
8995627--8995654	9	3.1	9	100	0	56	32	0	14	53	1.41
8999434--8999508	27	2.9	26	70	9	64	49	2	0	48	1.15
8999487--8999525	19	2.0	20	85	5	53	48	2	0	48	1.15
9005435--9005470	17	2.1	18	89	5	56	25	27	0	47	1.52
9005646--9005703	27	2.2	27	96	3	109	58	13	10	17	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9005714--9006491	161	4.8	161	80	4	746	42	14	9	33	1.78
9010992--9011360	184	2.0	184	93	0	630	31	16	15	36	1.90
9011646--9011670	13	1.9	13	100	0	50	64	0	0	36	0.94
9013596--9013740	62	2.3	62	75	8	143	36	8	14	40	1.78
9023759--9023783	7	3.6	7	100	0	50	88	0	0	12	0.53
9023984--9024022	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
9025281--9025321	22	1.9	22	85	5	57	36	7	2	53	1.42
9026312--9026341	10	3.1	10	95	4	53	43	16	20	20	1.88
9029347--9029422	39	2.0	38	87	7	109	48	13	3	34	1.60
9029884--9029931	3	16.3	3	91	4	80	29	0	0	70	0.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195