genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.142.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   

This is table  142  of  195  ( 23297 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23969852--23969890	19	2.1	19	85	0	51	25	33	17	23	1.96
23970511--23970562	8	6.5	8	77	0	50	48	28	1	21	1.61
23970511--23970562	16	3.2	16	88	0	77	48	28	1	21	1.61
23970590--23970639	19	2.6	19	96	0	91	40	36	4	20	1.71
23972073--23972146	21	3.5	21	68	14	53	32	25	22	18	1.97
23972198--23972247	20	2.5	20	96	0	91	46	18	16	20	1.85
23976823--23976864	18	2.3	19	91	8	77	50	4	9	35	1.56
23977119--23977593	237	2.0	236	95	0	851	38	14	16	30	1.89
23985412--23985494	9	8.9	9	72	17	71	83	1	14	1	0.78
23985412--23985503	11	8.5	11	75	16	77	82	1	15	1	0.78
23985430--23985493	14	4.8	14	83	9	64	82	1	15	0	0.74
23985411--23985503	38	2.4	38	82	10	109	82	1	15	1	0.78
23985406--23985503	10	9.0	10	79	16	81	82	1	14	2	0.81
23985448--23985496	1	49.0	1	79	0	53	89	2	8	0	0.55
23985406--23985506	48	2.1	48	83	3	125	82	0	14	1	0.82
23987428--23987466	17	2.3	17	90	0	60	82	0	15	2	0.79
23988160--23988273	31	3.7	31	77	4	113	35	20	19	25	1.96
23988257--23988344	33	2.7	33	78	5	99	34	14	17	34	1.90
23988818--23988923	35	3.0	34	80	12	99	22	16	8	52	1.70
23988994--23989133	33	4.2	33	81	7	129	24	19	11	45	1.83
23989282--23989360	33	2.4	33	95	0	122	21	20	13	44	1.86
23988946--23989475	269	2.0	269	91	0	855	23	20	10	45	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23989382--23989807	33	12.6	33	68	12	143	21	19	11	46	1.82
23988946--23989665	269	2.7	269	83	3	689	22	20	10	46	1.81
23989732--23989816	33	2.6	33	77	7	100	23	18	12	44	1.85
23989701--23989992	136	2.2	135	80	6	322	19	20	16	44	1.87
23989870--23990017	33	4.5	33	77	6	138	20	20	16	43	1.88
23990130--23990458	35	9.5	34	68	11	143	20	17	12	49	1.79
23990262--23990530	105	2.6	104	74	7	240	20	18	13	47	1.82
23995047--23995081	10	3.5	10	96	0	61	14	22	11	51	1.74
23995046--23995088	10	4.3	10	90	0	59	11	27	9	51	1.69
23999020--23999057	20	1.9	20	88	0	58	23	21	15	39	1.92
24000633--24000821	70	2.7	69	75	5	166	22	22	11	43	1.85
24000634--24000850	35	6.2	35	75	6	122	22	21	11	44	1.84
24000715--24000951	105	2.2	107	78	1	235	20	20	12	46	1.83
24002759--24002785	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
24003974--24004062	15	6.1	15	73	10	76	39	31	4	24	1.75
24003992--24004056	22	3.0	22	86	8	87	41	30	3	24	1.70
24003966--24004093	7	17.3	7	68	15	62	41	31	3	24	1.70
24003966--24004101	59	2.3	58	80	6	141	41	32	2	23	1.69
24005307--24005467	22	7.3	22	75	2	117	37	8	9	45	1.66
24005449--24005489	21	2.0	21	95	0	73	34	7	7	51	1.58
24005500--24005598	44	2.3	43	80	13	100	37	9	7	46	1.63
24005626--24005715	22	4.3	22	75	13	82	40	7	3	48	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24005626--24005703	19	3.8	19	81	11	84	41	7	3	47	1.50
24005852--24005896	22	2.0	22	83	8	56	40	15	4	40	1.67
24005906--24005976	22	3.2	22	72	7	56	38	8	1	52	1.41
24005906--24006383	44	11.2	44	68	11	176	39	8	2	50	1.46
24005932--24006353	22	19.6	22	68	13	164	38	8	2	49	1.48
24005934--24006087	83	1.9	83	84	5	213	39	7	1	50	1.42
24005935--24006082	11	12.9	11	68	18	61	39	7	2	50	1.42
24006198--24006247	11	4.5	11	82	5	57	34	4	0	62	1.14
24007634--24007666	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
24007677--24007712	14	2.6	14	86	4	56	69	2	0	27	1.02
24009006--24009045	16	2.6	15	84	4	53	52	0	0	47	1.00
24009586--24009634	25	1.9	26	91	4	82	40	10	2	46	1.49
24010155--24010249	39	2.4	39	85	3	120	22	58	1	17	1.44
24011496--24011604	27	4.0	27	98	0	209	36	7	14	41	1.74
24013372--24013414	2	21.5	2	95	0	77	2	0	46	51	1.13
24024616--24024661	22	2.1	22	100	0	92	23	17	13	45	1.83
24025182--24025516	145	2.3	146	83	6	414	36	12	8	42	1.74
24026226--24026264	20	2.0	20	90	10	62	46	5	25	23	1.73
24029667--24029726	28	2.2	28	82	14	72	55	3	6	35	1.43
24033217--24033253	15	2.4	15	90	4	56	81	16	2	0	0.81
24034101--24034138	11	3.5	11	89	7	51	86	0	10	2	0.66
24034613--24034665	17	3.3	16	79	7	63	83	0	11	5	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24035533--24035788	65	3.8	66	78	11	263	35	19	16	28	1.94
24035902--24036077	73	2.4	73	84	0	226	37	17	11	34	1.85
24036068--24036118	21	2.4	21	90	0	75	19	21	15	43	1.88
24036034--24036153	62	1.9	62	88	3	179	29	18	15	37	1.91
24036011--24036199	103	1.8	103	83	6	249	31	17	13	37	1.89
24036089--24036199	41	2.7	41	77	13	129	29	19	13	36	1.90
24036980--24037235	69	3.7	69	84	2	336	33	9	18	38	1.84
24037082--24037118	19	1.9	19	94	0	65	51	5	5	37	1.48
24037200--24037267	32	2.1	32	100	0	136	29	5	27	36	1.80
24037234--24037393	67	2.4	67	94	0	275	33	9	19	37	1.84
24037133--24037334	99	2.0	100	95	3	363	31	9	22	36	1.86
24038600--24038651	26	2.0	27	92	3	88	76	11	5	5	1.13
24042971--24042999	13	2.2	13	100	0	58	48	6	27	17	1.72
24047121--24047220	42	2.4	43	79	12	118	45	4	3	48	1.36
24047824--24047889	26	2.7	23	77	15	60	45	3	1	50	1.26
24053528--24053561	15	2.5	13	82	17	50	55	0	20	23	1.43
24053532--24053564	15	2.2	15	100	0	66	54	0	18	27	1.44
24056316--24056676	9	37.6	9	69	14	161	54	5	2	37	1.37
24056304--24056676	10	38.4	10	68	10	136	54	5	2	37	1.36
24056304--24056330	12	2.2	12	100	0	54	70	0	0	29	0.88
24056347--24056439	19	4.7	19	72	16	66	52	8	1	37	1.39
24056316--24056676	29	12.5	27	71	13	161	54	5	2	37	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24056445--24056656	19	11.1	19	69	15	82	57	4	2	35	1.32
24059341--24059399	30	2.0	30	82	0	73	35	16	20	27	1.94
24059426--24059622	39	5.1	39	84	3	263	27	21	24	25	1.99
24061054--24061130	34	2.2	35	86	6	104	42	2	9	45	1.49
24061209--24061302	36	2.6	37	74	5	93	21	6	4	68	1.30
24061391--24061431	18	2.3	18	86	0	55	31	0	7	60	1.24
24061706--24061765	26	2.3	27	80	11	70	26	5	1	66	1.21
24061747--24061807	28	2.1	30	85	11	83	45	0	0	54	1.00
24061764--24061821	28	2.0	28	83	3	71	48	1	0	50	1.11
24061937--24061967	15	2.1	15	93	0	53	25	0	0	74	0.82
24065674--24065733	25	2.4	25	83	2	68	43	11	20	25	1.85
24070185--24070232	25	1.9	25	95	0	87	39	10	20	29	1.86
24078068--24078417	174	2.0	174	99	0	691	54	10	3	31	1.51
24082893--24082963	25	2.8	25	79	8	74	35	16	23	23	1.95
24085248--24086031	203	3.8	201	78	5	700	34	12	11	41	1.79
24085261--24085996	406	1.8	404	80	5	883	34	12	11	41	1.80
24086062--24086102	19	2.2	19	95	0	73	26	17	9	46	1.79
24087543--24087568	8	3.2	8	100	0	52	50	23	0	26	1.50
24092112--24092173	22	2.9	21	77	15	56	64	12	4	17	1.44
24092241--24092409	20	8.8	19	75	14	127	47	10	8	34	1.67
24092276--24092399	39	3.2	39	91	2	205	46	10	8	33	1.69
24092274--24092413	20	7.2	20	80	4	151	47	9	7	35	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24092276--24092452	78	2.3	77	84	8	218	48	9	7	34	1.64
24092536--24092606	20	3.5	20	77	13	65	74	5	5	14	1.18
24093734--24093854	6	21.0	6	72	8	65	65	10	0	23	1.29
24093754--24093782	14	2.0	15	93	6	51	75	3	0	20	0.94
24093768--24093854	30	2.9	29	86	5	120	63	11	1	24	1.35
24094104--24094432	38	8.5	38	76	5	237	38	17	12	31	1.87
24094104--24094392	39	7.4	40	74	8	213	38	18	11	31	1.87
24094720--24094795	23	3.3	23	77	1	80	42	11	19	26	1.86
24094820--24094893	35	2.1	36	87	7	107	47	17	12	22	1.81
24094832--24094971	53	2.6	53	79	5	156	42	17	12	28	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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