genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.36.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   

This is table  36  of  195  ( 23297 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7758932--7759503	73	7.8	73	76	5	417	15	19	18	46	1.84
7758263--7759098	389	2.1	388	85	2	1122	18	18	17	45	1.86
7758927--7759521	110	5.4	109	78	5	491	14	19	18	46	1.84
7758920--7759531	37	16.7	36	76	9	375	14	19	18	46	1.84
7759739--7759780	16	2.6	17	82	17	54	54	0	0	45	0.99
7761405--7761487	14	5.9	14	73	7	69	50	31	1	16	1.53
7761496--7761600	30	3.6	30	82	5	99	51	27	0	20	1.48
7768173--7768220	20	2.3	22	85	7	64	52	0	0	47	1.00
7768555--7768587	14	2.4	14	100	0	66	30	0	0	69	0.88
7770836--7770901	29	2.3	28	82	7	78	31	3	4	60	1.32
7779589--7779617	15	1.9	15	100	0	58	6	13	34	44	1.71
7779734--7779771	18	2.1	18	100	0	76	36	0	23	39	1.55
7780148--7780180	16	2.1	16	94	0	57	27	33	18	21	1.96
7788582--7788665	41	2.0	41	97	0	159	36	10	19	33	1.86
7788885--7788944	7	8.7	7	75	3	59	51	1	0	46	1.10
7792035--7792074	21	1.9	21	84	0	53	40	2	0	57	1.12
7792065--7792105	14	2.8	15	79	13	50	58	0	0	41	0.98
7801307--7801346	18	2.3	18	87	12	57	27	0	0	72	0.85
7802709--7802746	20	2.0	18	90	10	58	15	5	0	78	0.91
7802900--7803147	82	3.0	82	85	4	315	42	15	16	25	1.88
7802912--7803158	41	6.1	41	81	4	259	43	14	17	25	1.86
7803145--7803172	14	2.0	14	100	0	56	35	21	7	35	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7803099--7803259	53	3.0	53	81	7	191	40	18	13	26	1.88
7803208--7803536	41	8.0	41	85	2	410	43	14	17	24	1.87
7803208--7803536	124	2.7	123	84	3	403	43	14	17	24	1.87
7803233--7803536	165	1.9	163	86	4	441	43	14	17	25	1.86
7804911--7804967	16	3.5	17	80	7	64	19	8	0	71	1.11
7804949--7805017	21	3.3	20	88	9	95	13	11	2	72	1.23
7804945--7805006	21	3.0	21	95	0	106	16	11	3	69	1.31
7805910--7805960	23	2.4	21	81	15	61	45	23	7	23	1.79
7811381--7811731	184	1.9	184	80	8	410	35	9	7	47	1.64
7813818--7813846	12	2.4	12	100	0	58	44	17	13	24	1.85
7818427--7818816	193	2.0	195	91	3	635	35	13	12	38	1.82
7819282--7819340	26	2.2	27	82	8	68	28	0	5	66	1.13
7824594--7824650	7	7.9	7	80	9	53	56	1	1	40	1.20
7826179--7826361	93	2.0	91	82	7	219	37	7	6	48	1.58
7827498--7827524	12	2.2	12	100	0	54	14	0	14	70	1.17
7827702--7827770	31	2.2	32	85	10	90	55	13	4	27	1.57
7827754--7827792	20	1.9	19	85	10	51	61	5	0	33	1.18
7846077--7846115	8	4.6	8	81	12	51	82	5	2	10	0.93
7846077--7846115	18	2.3	18	86	8	55	82	5	2	10	0.93
7847352--7847468	21	5.3	22	75	10	103	35	10	15	39	1.81
7847936--7848339	43	9.5	42	78	8	228	27	11	15	45	1.80
7848015--7848372	87	4.2	83	80	6	281	26	12	16	44	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7847936--7848381	86	5.2	86	78	8	349	27	12	15	45	1.82
7847940--7848349	213	1.9	214	81	4	497	27	12	15	45	1.82
7848441--7848483	12	3.6	12	84	9	61	83	4	0	11	0.78
7848659--7848720	4	15.8	4	87	12	85	27	0	0	72	0.85
7849575--7849617	21	2.0	21	82	8	52	27	0	4	67	1.10
7850070--7850116	24	1.9	25	83	12	62	53	8	8	29	1.61
7853241--7853275	2	17.5	2	100	0	70	0	48	0	51	1.00
7861498--7861555	7	7.9	7	75	17	55	25	1	1	70	1.06
7861495--7861555	18	3.5	17	85	12	81	26	1	1	70	1.06
7861495--7861554	11	5.1	12	78	13	63	26	1	1	70	1.07
7862550--7862598	25	2.0	26	92	8	84	46	4	6	42	1.47
7862558--7862612	26	2.2	24	83	6	65	43	3	9	43	1.53
7864207--7864249	16	2.8	15	75	6	50	25	13	11	48	1.77
7864253--7864301	21	2.3	21	100	0	98	36	18	8	36	1.81
7865435--7865528	47	2.0	47	97	0	179	56	7	19	17	1.64
7866393--7866428	15	2.5	15	86	4	56	11	22	5	61	1.50
7867226--7867262	16	2.2	17	90	9	58	83	0	5	10	0.79
7868500--7868553	21	2.6	20	83	13	65	40	9	9	40	1.69
7868572--7868623	21	2.4	22	83	6	70	36	7	13	42	1.73
7869093--7869432	43	7.9	43	75	7	136	28	12	14	43	1.82
7869089--7869432	87	4.0	87	78	9	337	28	12	14	44	1.82
7869092--7869400	170	1.8	171	83	4	410	28	12	14	44	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7869781--7869834	4	13.8	4	85	14	69	27	0	0	72	0.85
7869781--7869834	18	3.2	17	82	17	76	27	0	0	72	0.85
7869914--7869945	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
7870725--7870767	21	2.0	21	82	8	52	27	0	4	67	1.10
7870847--7870894	25	1.9	25	84	16	64	47	6	6	39	1.54
7874864--7874910	2	23.5	2	100	0	94	0	48	0	51	1.00
7874910--7874950	2	20.5	2	94	0	73	51	0	0	48	1.00
7885128--7885418	153	1.9	154	84	3	390	38	14	5	41	1.70
7885698--7885889	61	3.2	58	76	16	167	44	16	1	37	1.58
7885906--7886229	130	2.5	129	79	5	334	41	10	5	43	1.61
7886475--7886512	19	2.0	19	94	0	67	47	18	5	28	1.70
7887729--7887767	20	2.0	20	94	0	69	30	15	12	41	1.85
7887902--7887961	18	3.5	16	77	4	57	38	3	1	56	1.26
7887960--7887993	13	2.6	13	95	0	59	41	8	0	50	1.34
7888990--7889117	6	21.8	6	81	8	122	26	0	7	66	1.17
7888987--7889024	17	2.2	17	95	0	67	28	0	7	63	1.23
7890331--7890423	21	4.8	21	71	20	76	36	4	5	53	1.43
7890354--7890423	35	1.9	37	88	5	108	35	4	4	55	1.39
7890504--7890549	15	2.8	17	75	18	53	28	6	10	54	1.60
7890653--7890739	25	3.6	24	73	13	81	25	4	2	67	1.21
7890768--7890877	24	4.9	23	74	15	97	26	5	2	65	1.28
7890762--7890907	41	3.6	39	74	13	116	23	4	2	68	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7890620--7890815	105	1.9	103	80	12	229	21	5	2	70	1.18
7890777--7890908	20	6.3	19	72	20	77	23	5	2	68	1.21
7891364--7891412	19	2.5	20	83	9	57	40	18	16	24	1.90
7891746--7891877	5	25.4	5	69	23	62	19	3	3	74	1.09
7891756--7891790	13	2.8	12	87	8	52	17	2	0	80	0.84
7891743--7891790	4	11.8	4	78	12	53	18	2	0	79	0.84
7891815--7891887	23	3.1	23	78	9	85	17	4	1	76	1.01
7891902--7892298	60	6.7	59	84	4	469	47	6	10	35	1.65
7891903--7892301	119	3.4	116	88	4	548	46	6	10	35	1.65
7891903--7892298	58	6.7	58	86	4	533	46	6	10	35	1.65
7892329--7892361	6	5.7	6	96	3	59	12	0	0	87	0.53
7892780--7892845	18	3.7	18	72	22	59	33	7	12	46	1.69
7896844--7896887	23	1.9	23	90	0	70	18	18	15	47	1.83
7897217--7897380	38	4.3	38	76	6	127	32	12	15	39	1.85
7897217--7897380	75	2.2	76	83	6	199	32	12	15	39	1.85
7897285--7897398	37	3.1	36	77	9	88	33	11	17	37	1.86
7897683--7897762	6	13.5	6	85	5	74	22	0	6	71	1.08
7898755--7898826	12	6.2	11	76	19	58	8	5	2	83	0.89
7898768--7898800	17	1.9	17	93	0	57	9	3	3	84	0.82
7898762--7898844	23	3.6	22	75	12	69	12	4	2	80	0.96
7898755--7898823	22	3.1	21	82	10	75	7	5	2	84	0.87
7898761--7898800	6	6.8	6	85	5	55	10	2	2	85	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7898962--7899098	20	6.6	20	71	22	104	35	4	8	51	1.51
7899016--7899113	25	4.1	25	74	16	82	33	2	10	54	1.46
7899016--7899103	25	3.7	24	75	17	85	35	2	9	53	1.45
7899024--7899114	45	2.2	40	75	19	103	32	2	9	54	1.45
7899035--7899132	45	2.2	46	88	1	144	33	3	10	53	1.50
7899122--7899171	26	2.0	25	84	4	64	24	10	16	50	1.75
7899148--7899223	34	2.3	34	82	11	95	28	5	10	55	1.56
7899148--7899241	18	5.6	16	75	15	75	29	5	10	54	1.57
7899148--7899246	34	2.9	32	80	12	94	29	5	10	55	1.54
7899739--7899815	31	2.5	32	80	6	86	42	3	14	38	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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