genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.113.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   

This is table  113  of  195  ( 23297 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19783058--19783110	26	2.0	26	92	0	88	28	24	20	26	1.99
19783951--19784003	26	2.0	26	88	0	79	28	22	20	28	1.99
19782207--19785530	893	3.7	893	90	1	4584	26	24	23	25	2.00
19784847--19784899	26	2.0	26	92	7	90	30	28	15	26	1.96
19785294--19785777	247	2.0	247	89	1	747	37	22	16	23	1.93
19785993--19786045	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
19786892--19786943	26	2.0	26	92	0	86	38	21	13	26	1.90
19785544--19798537	892	14.5	899	84	4	15476	25	24	24	25	2.00
19787770--19787822	26	2.0	26	88	0	79	26	26	18	28	1.98
19791374--19791426	26	2.0	26	92	0	88	26	20	22	30	1.98
19794942--19794994	26	2.0	26	96	0	97	26	24	22	26	2.00
19792270--19798537	898	7.0	897	84	4	7781	25	24	24	25	2.00
19801025--19801077	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
19799383--19801848	907	2.7	905	86	1	3329	27	24	23	25	2.00
19804415--19804467	26	2.0	26	92	0	88	26	24	20	28	1.99
19805275--19805327	26	2.0	26	82	7	63	32	22	16	28	1.96
19806155--19806204	25	2.0	26	88	4	75	32	20	18	30	1.96
19807147--19807183	19	1.9	19	88	0	56	54	5	10	29	1.57
19808038--19808093	26	2.2	26	100	0	112	32	25	16	26	1.96
19808923--19808985	26	2.4	26	94	0	108	28	22	17	31	1.96
19807184--19811624	901	5.0	892	84	4	5402	25	24	24	25	2.00
19809828--19809883	26	2.2	26	96	0	103	30	25	17	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19811629--19813796	863	2.5	860	87	2	3008	26	25	23	24	2.00
19813391--19814249	453	1.9	453	84	3	1165	26	26	23	23	2.00
19815078--19815128	26	2.0	26	100	0	102	27	23	19	29	1.98
19814231--19824045	902	11.0	893	84	6	12358	25	24	23	25	2.00
19815551--19815607	26	2.2	26	83	0	69	59	10	5	24	1.51
19815977--19816026	26	1.9	26	95	0	91	22	30	18	30	1.97
19816871--19816921	26	2.0	26	92	0	84	29	25	15	29	1.96
19817334--19817390	26	2.2	26	83	0	69	59	8	3	28	1.44
19819547--19819599	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
19820443--19820493	26	2.0	26	96	0	93	29	23	17	29	1.97
19821333--19821385	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
19822232--19822283	26	2.0	26	92	0	86	26	26	19	26	1.99
19823855--19824377	262	2.0	262	89	0	805	19	27	29	22	1.98
19824283--19827518	877	3.7	884	85	4	4103	25	23	24	25	2.00
19826902--19826953	26	2.0	26	96	0	95	26	25	19	28	1.98
19829044--19829096	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
19830813--19830865	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
19831697--19831749	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
19832592--19832644	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
19833494--19833545	26	2.0	26	100	0	104	30	23	19	26	1.98
19834400--19834458	26	2.3	26	96	0	109	27	25	22	25	2.00
19836201--19836256	26	2.2	26	96	0	103	30	21	16	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19828522--19840875	899	13.9	899	85	4	14872	25	24	24	25	2.00
19838871--19838923	26	2.0	26	92	0	88	26	26	18	28	1.98
19841440--19841492	26	2.0	26	92	0	88	24	24	22	28	2.00
19841584--19844057	898	2.8	882	84	5	3115	27	24	23	25	2.00
19843220--19843272	26	2.0	26	85	7	72	30	20	18	30	1.97
19844982--19845034	26	2.0	26	92	0	88	32	24	15	28	1.95
19845078--19845262	93	2.0	93	97	0	352	18	25	29	26	1.98
19845927--19845979	26	2.0	26	86	13	74	28	24	16	30	1.97
19846819--19846870	26	2.0	26	85	7	70	25	21	17	36	1.94
19845759--19849783	901	4.5	887	84	4	4761	25	24	23	26	2.00
19847713--19847763	26	2.0	26	100	0	102	29	27	15	27	1.96
19848615--19848665	26	2.0	26	96	0	93	29	23	19	27	1.98
19851599--19851652	26	2.0	27	89	3	83	27	24	18	29	1.98
19852488--19852544	26	2.1	29	90	9	93	26	24	24	24	2.00
19853421--19853472	26	2.0	26	100	0	104	30	23	19	26	1.98
19854322--19854379	26	2.2	26	87	0	89	29	24	18	27	1.98
19856101--19856156	26	2.2	26	93	0	94	30	23	16	30	1.96
19850790--19862523	898	13.2	899	83	6	13369	25	24	24	25	2.00
19858773--19858825	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
19860522--19860574	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
19863091--19863143	26	2.0	26	96	0	97	24	26	22	26	2.00
19864870--19864922	26	2.0	26	88	0	79	30	22	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19865785--19865837	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
19866639--19866691	26	2.0	26	100	0	106	30	26	16	26	1.97
19867490--19867542	26	2.0	26	86	13	74	28	24	16	30	1.97
19867304--19872101	893	5.4	894	84	5	5899	25	25	23	25	2.00
19870152--19870202	26	2.0	26	92	0	84	31	23	17	27	1.97
19871055--19871107	26	2.0	26	85	7	72	30	22	16	30	1.96
19869268--19872110	906	3.1	902	86	2	3801	25	25	23	25	2.00
19872215--19872267	26	2.0	26	88	0	79	30	24	16	28	1.97
19873117--19873169	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
19873282--19874690	617	2.3	602	89	2	2075	22	25	24	27	2.00
19875193--19875263	26	2.7	26	93	0	124	26	25	15	32	1.95
19877022--19877071	26	1.9	26	100	0	100	26	26	20	28	1.99
19874338--19878002	904	4.1	894	84	5	4635	25	24	23	25	2.00
19877926--19877975	26	1.9	26	84	8	66	28	28	18	26	1.98
19877764--19878134	185	2.0	185	82	2	449	19	29	27	22	1.98
19879866--19879918	26	2.0	26	92	0	88	26	20	22	30	1.98
19883087--19883143	26	2.2	26	83	0	69	59	10	5	24	1.51
19883514--19883566	26	2.0	26	92	0	88	28	22	22	26	1.99
19881752--19895336	903	15.4	900	83	5	15700	25	24	24	25	2.00
19885278--19885330	26	2.0	26	96	0	97	26	24	22	26	2.00
19889636--19889688	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
19890530--19890581	26	2.0	26	96	0	95	26	25	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19888619--19895336	894	7.5	887	84	4	8115	25	25	24	25	2.00
19892301--19892351	26	2.0	26	96	0	93	27	27	19	25	1.99
19891420--19895336	897	4.4	898	86	2	5204	25	24	24	25	2.00
19894099--19894151	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
19895414--19895456	17	2.5	17	76	0	50	4	11	4	79	1.04
19895522--19895589	15	4.1	17	75	23	56	30	1	2	64	1.17
19895535--19895577	17	2.3	19	84	11	54	32	2	2	62	1.20
19895693--19895749	18	3.1	19	73	16	66	22	7	0	70	1.11
19896215--19896253	20	2.0	20	89	0	60	41	28	17	12	1.87
19896682--19896739	17	3.4	17	72	13	57	13	5	1	79	0.98
19896694--19896762	26	2.6	25	70	20	52	14	4	1	79	0.95
19896694--19896748	17	3.2	17	84	5	76	12	3	1	81	0.89
19896864--19897288	59	7.1	59	85	8	558	44	9	12	33	1.75
19901128--19901165	20	1.9	19	94	5	67	73	0	18	7	1.06
19901152--19901190	11	3.6	11	82	6	53	84	0	12	2	0.72
19901154--19901190	10	3.6	10	89	7	56	86	0	10	2	0.67
19902415--19902921	42	12.1	41	92	4	795	22	18	23	35	1.95
19902929--19902972	10	4.5	10	86	13	65	88	11	0	0	0.51
19902929--19902966	18	2.1	18	100	0	76	89	10	0	0	0.49
19902928--19902973	23	2.0	24	91	4	76	86	13	0	0	0.56
19902929--19902973	14	3.1	15	84	9	67	88	11	0	0	0.50
19903174--19903206	16	2.1	16	88	11	50	27	0	3	69	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19903229--19903279	15	3.4	16	79	10	56	35	0	5	58	1.22
19903361--19903395	17	2.0	18	88	5	54	20	8	5	65	1.40
19904253--19904322	4	16.8	4	80	11	61	25	1	4	68	1.16
19904252--19904367	13	9.1	12	69	17	58	20	3	3	72	1.14
19904253--19904322	29	2.4	28	76	9	77	25	1	4	68	1.16
19904305--19904367	17	3.6	17	74	20	58	15	6	1	76	1.07
19904305--19904389	39	2.2	39	81	10	93	16	8	1	74	1.12
19904349--19904390	22	1.9	22	90	9	68	16	11	0	71	1.14
19904397--19904575	59	3.0	59	91	3	288	46	7	11	34	1.68
19904776--19904835	27	2.3	27	97	2	113	45	10	13	31	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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