genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.106.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   

This is table  106  of  195  ( 23297 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18786762--18786803	12	3.6	12	77	6	50	2	9	0	88	0.61
18786826--18786959	31	4.2	32	73	15	107	28	0	4	66	1.16
18786935--18786975	18	2.2	19	87	12	59	24	0	2	73	0.96
18786967--18787032	28	2.4	26	85	9	87	25	9	1	63	1.33
18787408--18787466	31	1.9	31	85	0	82	28	11	20	38	1.88
18787883--18787930	12	4.0	11	82	15	51	12	0	6	81	0.87
18787879--18787925	24	2.0	24	82	0	58	8	0	8	82	0.83
18787958--18788031	29	2.7	27	87	4	94	13	5	2	78	1.03
18788052--18788335	60	4.8	60	91	1	455	44	7	13	34	1.71
18788185--18788482	150	2.0	147	92	1	488	42	7	14	35	1.73
18788305--18788365	30	2.0	30	93	0	104	37	4	18	39	1.72
18788311--18788374	30	2.2	29	86	5	85	39	7	20	32	1.81
18788252--18788424	90	1.9	90	96	1	321	43	7	13	34	1.73
18788335--18788602	117	2.3	118	90	3	416	42	8	14	34	1.76
18788335--18788602	58	4.6	59	85	4	355	42	8	14	34	1.76
18791790--18791830	21	2.0	21	85	0	55	78	0	14	7	0.96
18793074--18793371	42	7.1	41	91	4	456	22	17	24	35	1.95
18793074--18793371	124	2.4	124	90	5	465	22	17	24	35	1.95
18793378--18793409	10	3.3	10	95	4	57	93	6	0	0	0.34
18793692--18793745	3	18.7	3	78	17	53	31	0	0	68	0.90
18793689--18793734	22	2.0	23	91	4	76	32	0	0	67	0.91
18793612--18793749	31	4.3	33	74	10	99	28	1	3	66	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18793756--18793821	28	2.4	28	85	11	93	25	9	1	63	1.33
18794768--18794824	10	5.9	10	79	8	64	14	3	0	82	0.80
18794762--18794829	20	3.1	22	74	21	72	14	5	0	79	0.91
18794777--18794820	18	2.4	18	88	3	61	13	4	0	81	0.83
18794761--18794834	28	2.7	28	83	8	89	16	5	0	78	0.93
18794764--18794834	14	5.1	14	78	11	76	15	4	0	80	0.86
18794861--18795435	60	9.7	59	87	3	782	44	7	13	34	1.73
18794861--18795435	118	4.9	117	89	4	893	44	7	13	34	1.73
18797358--18797410	26	2.0	26	89	7	81	28	15	26	30	1.96
18795909--18801010	899	5.7	869	80	8	5046	26	23	23	26	2.00
18799135--18799235	26	3.9	26	98	0	184	28	19	25	25	1.99
18800981--18801033	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
18801725--18801777	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
18802611--18802663	26	2.0	26	96	0	97	28	18	26	26	1.98
18801007--18803310	888	2.6	888	86	5	3129	25	22	24	26	2.00
18805043--18809766	861	5.4	872	82	7	5345	25	23	25	26	2.00
18807967--18808017	26	2.0	26	88	0	75	27	15	23	33	1.95
18809737--18809789	26	2.0	26	89	7	81	26	15	26	32	1.95
18810478--18810530	26	2.0	26	85	7	72	30	20	20	28	1.98
18812260--18812312	26	2.0	26	92	7	90	26	16	26	30	1.97
18813163--18813241	26	3.0	25	81	7	104	29	18	24	27	1.98
18809763--18820507	876	12.0	877	83	6	11906	25	24	24	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18818505--18818555	26	2.0	24	92	7	84	29	11	29	29	1.92
18819404--18819456	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
18820279--18820331	26	2.0	26	92	0	88	30	20	22	26	1.98
18821123--18821175	26	2.0	26	92	0	88	24	18	26	30	1.98
18821370--18822229	429	2.0	428	88	1	1267	27	18	21	32	1.96
18822457--18822508	26	2.0	26	92	0	86	28	17	25	28	1.97
18826180--18826231	26	2.0	26	92	0	86	28	17	25	28	1.97
18827771--18827823	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
18830259--18830311	26	2.0	26	85	0	70	30	20	22	26	1.98
18831986--18832038	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
18831140--18835011	913	4.3	891	85	4	4896	25	24	25	24	2.00
18828647--18835011	892	7.2	891	84	5	7345	25	23	24	25	2.00
18834688--18834740	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
18836027--18839247	862	3.7	845	81	9	3154	25	23	24	26	2.00
18838644--18840108	706	2.1	706	80	11	1604	25	23	24	27	2.00
18840082--18840134	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
18840985--18841037	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
18842785--18842836	26	2.0	26	96	0	95	26	17	26	28	1.97
18843655--18843707	26	2.0	26	92	0	88	30	22	18	28	1.98
18845529--18845581	26	2.0	26	92	0	88	30	18	24	26	1.98
18839347--18854429	903	16.8	893	75	11	10959	25	24	24	25	2.00
18847325--18847377	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18850002--18850054	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
18850805--18850831	11	2.5	11	100	0	54	11	33	37	18	1.86
18853561--18853612	26	2.0	26	96	0	95	28	13	26	30	1.94
18856197--18856247	26	2.0	26	92	0	84	29	17	23	29	1.97
18854453--18863467	901	10.0	898	87	2	11773	25	24	24	25	2.00
18860693--18860745	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
18861581--18861633	26	2.0	26	88	0	79	26	22	24	26	2.00
18863559--18863611	26	2.0	26	85	7	72	28	16	22	32	1.96
18870560--18870610	26	2.0	26	100	0	102	33	19	23	23	1.97
18870356--18870769	185	2.2	184	85	2	535	22	26	27	22	1.99
18871459--18871510	26	2.0	26	96	0	95	26	17	26	28	1.97
18872365--18872417	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
18870529--18876252	907	6.4	892	85	4	7202	25	24	25	25	2.00
18875029--18875078	26	1.9	26	95	0	91	30	20	26	24	1.98
18875923--18875975	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
18876763--18876815	26	2.0	26	85	7	72	30	20	22	26	1.98
18877630--18877682	26	2.0	26	89	7	81	26	18	24	30	1.98
18876786--18880307	903	4.0	864	84	5	4198	25	24	24	25	2.00
18879390--18879442	26	2.0	26	92	0	88	28	22	22	26	1.99
18879822--18879871	26	1.9	26	84	8	66	28	10	8	54	1.62
18880319--18889201	877	10.1	891	84	6	10436	25	24	24	25	2.00
18884562--18884612	26	2.0	26	88	0	75	27	13	23	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18882682--18889203	893	7.4	887	84	5	8063	25	24	24	25	2.00
18888081--18888133	26	2.0	26	85	7	72	32	20	18	28	1.97
18896222--18896274	26	2.0	26	88	0	79	30	20	20	28	1.98
18897125--18897177	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
18898039--18898091	26	2.0	26	88	0	79	32	20	20	26	1.98
18898927--18898977	26	2.0	26	92	0	84	25	13	31	29	1.94
18896184--18900279	912	4.6	880	85	5	5158	25	24	24	25	2.00
18901190--18901241	26	2.0	26	96	0	95	25	19	26	28	1.98
18903420--18903470	26	2.0	26	88	0	75	27	9	11	50	1.70
18900926--18906557	904	6.3	902	85	4	7292	24	23	25	25	2.00
18904760--18904812	26	2.0	26	92	0	88	26	18	24	30	1.98
18907345--18907397	26	2.0	26	92	0	88	28	15	24	32	1.95
18909115--18909167	26	2.0	26	96	0	97	26	22	24	26	2.00
18910792--18910843	26	2.0	26	96	3	97	26	21	25	26	1.99
18910586--18910999	184	2.2	185	86	2	571	20	28	29	22	1.98
18911689--18911741	26	2.0	26	85	0	70	30	16	22	30	1.96
18911862--18911914	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
18911687--18912011	173	1.9	173	90	0	524	22	26	30	21	1.99
18911888--18912234	158	2.2	158	81	2	392	20	27	28	22	1.99
18912908--18912957	26	1.9	26	95	0	91	30	22	24	24	1.99
18913809--18913861	26	2.0	26	92	0	88	28	20	22	28	1.99
18914513--18914565	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18915412--18915464	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
18916300--18916352	26	2.0	26	92	0	88	24	18	26	30	1.98
18917193--18917219	13	2.1	13	100	0	54	29	18	29	22	1.97
18918070--18918122	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
18914089--18929971	877	17.9	891	85	5	19075	25	24	24	25	2.00
18919840--18919892	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
18922688--18922717	4	7.5	4	92	0	51	0	23	73	3	0.98
18923347--18923399	26	2.0	26	85	0	70	26	15	24	33	1.95
18922481--18929971	878	8.4	883	85	4	8971	25	24	25	25	2.00
18926880--18926932	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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