genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.122.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   

This is table  122  of  195  ( 23297 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21033739--21033791	26	2.0	26	92	0	88	26	22	22	28	1.99
21031797--21033982	894	2.4	891	86	3	3024	24	25	25	24	2.00
21033983--21034061	26	3.0	26	94	0	140	29	26	20	24	1.99
21035695--21035747	26	2.0	26	85	0	70	30	20	20	28	1.98
21036172--21036229	26	2.2	26	81	3	62	55	8	10	25	1.62
21034076--21036453	887	2.7	883	88	3	3435	26	24	23	25	2.00
21036427--21036479	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
21035673--21037179	721	2.1	727	88	3	2208	27	24	22	26	2.00
21037468--21042287	893	5.5	880	86	5	6150	26	24	23	25	2.00
21039922--21039974	26	2.0	26	96	0	97	28	24	20	26	1.99
21040815--21040867	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
21042384--21042436	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
21045028--21045080	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
21045931--21045983	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
21044154--21053813	893	10.9	891	84	4	11462	25	24	24	25	2.00
21048534--21048586	26	2.0	26	96	0	97	26	20	20	32	1.98
21050293--21050345	26	2.0	26	88	0	79	28	22	20	28	1.99
21051175--21051227	26	2.0	26	88	0	79	28	26	20	24	1.99
21047666--21053812	892	6.9	899	85	4	7681	25	24	24	25	2.00
21049421--21053811	905	4.9	898	86	3	5891	25	24	24	25	2.00
21062849--21062901	26	2.0	26	92	0	88	32	24	15	28	1.95
21063573--21063934	159	2.3	157	79	5	361	20	26	29	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21063908--21063960	26	2.0	26	88	0	79	26	28	18	26	1.98
21063727--21069273	898	6.3	894	82	8	6280	25	25	23	25	2.00
21065707--21065759	26	2.0	26	88	0	79	28	24	20	26	1.99
21067487--21067539	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
21068333--21068385	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
21069224--21069273	26	1.9	26	88	8	75	28	24	18	30	1.97
21070371--21072603	863	2.6	857	86	6	3008	26	24	22	26	2.00
21072457--21073559	553	2.0	554	82	3	1362	20	26	28	23	1.99
21074248--21074298	26	2.0	26	96	0	93	27	27	17	27	1.98
21075140--21075191	26	2.0	26	88	0	77	30	25	15	28	1.96
21073010--21080679	904	8.6	900	82	5	8991	25	24	24	25	2.00
21076946--21076996	26	2.0	26	96	0	93	27	31	13	27	1.94
21079545--21079598	26	2.0	27	85	3	74	25	24	24	25	2.00
21080454--21080506	26	2.0	26	92	0	88	28	24	20	26	1.99
21081198--21081250	26	2.0	26	88	0	79	22	24	22	30	1.99
21081224--21084494	863	3.8	867	87	2	4625	25	25	24	25	2.00
21085936--21085962	4	6.8	4	100	0	54	0	74	25	0	0.83
21086130--21086181	26	2.0	25	96	3	95	30	26	15	26	1.96
21087034--21094904	903	8.9	891	84	5	9578	25	24	23	25	2.00
21089651--21089703	26	2.0	26	92	0	88	24	24	22	28	2.00
21090544--21090596	26	2.0	26	96	0	97	24	26	22	26	2.00
21091447--21091499	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21092353--21092402	26	1.9	26	95	0	91	24	26	20	30	1.98
21093252--21093304	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
21094118--21094170	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
21095728--21095779	26	2.0	26	92	0	86	28	25	17	28	1.97
21096617--21096669	26	2.0	26	88	0	79	30	24	16	28	1.97
21094857--21098275	895	3.8	896	86	5	4424	26	24	22	26	2.00
21097510--21097560	26	2.0	26	88	0	75	29	25	13	31	1.94
21098855--21098907	26	2.0	26	92	7	90	30	26	16	26	1.97
21099751--21099803	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
21098528--21101078	910	2.8	886	83	7	3163	24	24	24	25	2.00
21100786--21101370	291	2.0	291	88	4	867	24	21	24	29	1.99
21101832--21101885	26	2.1	26	92	0	90	25	22	22	29	1.99
21101076--21105280	928	4.7	872	84	4	4772	26	24	23	25	2.00
21104486--21104563	26	3.0	26	96	0	138	30	24	17	26	1.97
21105254--21105332	26	3.0	26	96	0	140	29	25	18	26	1.98
21106024--21106102	26	3.0	26	98	0	149	27	25	20	26	1.99
21104480--21106769	770	3.0	770	97	0	4314	27	23	22	26	2.00
21106754--21106781	12	2.3	12	100	0	56	7	67	17	7	1.37
21106965--21107024	26	2.4	26	86	5	79	30	25	15	30	1.95
21106050--21107815	915	1.9	903	86	2	2480	26	24	23	25	2.00
21107223--21108349	588	1.9	588	87	2	1656	31	23	19	25	1.98
21110176--21110228	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21109300--21111186	902	2.1	902	94	0	3258	26	25	23	24	2.00
21111080--21111130	26	2.0	26	88	0	75	31	23	15	29	1.95
21110359--21112571	840	2.6	842	83	6	2517	27	23	23	26	2.00
21117640--21117692	26	2.0	26	92	0	88	28	28	16	26	1.97
21119169--21119221	26	2.0	26	96	0	97	24	22	20	32	1.98
21119264--21120711	715	2.0	706	89	2	2175	27	23	22	26	2.00
21120752--21120805	26	2.1	26	89	0	81	24	24	22	29	1.99
21121626--21121675	26	1.9	26	100	0	100	24	22	22	32	1.98
21122479--21122531	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
21123392--21123439	25	1.9	25	95	0	87	25	27	20	27	1.99
21125197--21125275	26	3.0	26	98	0	149	30	26	13	29	1.94
21125953--21126320	159	2.3	159	85	0	486	20	27	28	22	1.99
21126378--21126410	11	3.0	11	95	0	57	18	30	36	15	1.91
21126088--21132513	902	7.2	873	83	6	7475	25	24	24	25	2.00
21128021--21128072	26	2.0	26	100	0	104	26	26	19	26	1.99
21128923--21128975	26	2.0	26	88	0	79	26	28	18	26	1.98
21129820--21129870	26	2.0	26	96	0	93	27	23	19	29	1.98
21130732--21130784	26	2.0	26	88	0	79	28	24	18	28	1.98
21132487--21132539	26	2.0	26	96	0	97	26	26	18	28	1.98
21132541--21132728	94	2.0	94	100	0	376	21	26	31	20	1.98
21135153--21135205	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
21134985--21135348	194	1.9	194	82	0	458	20	23	31	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21136049--21136101	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
21137003--21142045	856	5.8	860	79	10	4788	26	25	23	25	2.00
21141113--21141168	26	2.2	26	93	0	94	26	19	19	33	1.96
21142019--21142071	26	2.0	26	92	0	88	28	20	18	32	1.97
21141861--21142257	185	2.2	184	85	1	544	21	28	27	22	1.99
21142204--21142256	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
21144014--21144066	26	2.0	26	92	0	88	30	22	16	30	1.96
21142045--21146464	904	5.0	901	83	5	5295	25	24	23	25	2.00
21144872--21144922	26	2.0	26	100	0	102	27	29	15	27	1.96
21145761--21145813	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
21146735--21146786	26	2.0	26	92	3	88	26	23	21	28	1.99
21147858--21148439	57	10.0	57	87	6	794	34	12	8	43	1.74
21147858--21148439	116	5.0	114	86	6	810	34	12	8	43	1.74
21148485--21148524	17	2.4	16	84	8	53	72	0	5	22	1.04
21149457--21149695	18	12.4	18	69	20	64	72	2	2	23	1.08
21149506--21149690	6	30.3	6	80	15	82	71	1	2	24	1.05
21149492--21149622	43	3.1	42	73	18	119	67	2	2	28	1.15
21149604--21149698	6	16.3	6	91	5	151	82	0	2	15	0.77
21149974--21150078	5	19.0	5	79	14	59	75	0	1	22	0.90
21149974--21150082	11	9.3	11	75	15	87	75	0	1	22	0.90
21149975--21150082	35	3.0	35	78	8	112	75	0	1	22	0.89
21149975--21150082	6	18.2	6	81	9	96	75	0	1	22	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21150369--21150394	11	2.4	11	100	0	52	0	0	7	92	0.39
21150398--21150735	41	8.1	42	90	2	531	37	24	15	22	1.93
21151983--21152056	27	2.6	29	81	10	91	8	20	0	71	1.11
21152010--21152052	20	2.3	18	84	11	59	6	18	0	74	1.04
21151983--21152056	29	2.6	28	79	8	71	8	20	0	71	1.11
21155879--21156267	57	6.7	57	87	6	534	34	12	7	44	1.72
21156103--21156191	30	3.1	30	61	26	73	34	11	7	46	1.69
21156332--21156371	17	2.4	16	84	8	53	72	0	5	22	1.04
21157339--21157555	7	27.5	8	65	26	51	73	2	2	20	1.08
21157387--21157523	6	22.8	6	76	16	63	72	1	2	23	1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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