genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.137.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   

This is table  137  of  195  ( 23297 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23008392--23008502	20	5.6	20	75	13	95	19	0	33	45	1.57
23008391--23008515	20	6.3	20	73	7	58	19	0	34	45	1.56
23009857--23010180	142	2.3	143	79	7	338	42	11	13	32	1.81
23010094--23010353	142	1.8	143	81	0	324	40	14	14	31	1.86
23013247--23013299	17	3.2	16	83	2	61	43	28	1	26	1.65
23013309--23013343	15	2.3	15	90	0	52	51	25	0	22	1.48
23013284--23013335	22	2.3	23	78	12	56	44	30	1	23	1.64
23013284--23013341	23	2.7	21	74	12	55	44	29	1	24	1.63
23013326--23013368	19	2.3	18	80	11	50	46	39	0	13	1.44
23015908--23015954	15	3.1	15	77	20	53	44	2	0	53	1.12
23018694--23018773	40	2.0	40	97	0	151	28	15	2	53	1.54
23021726--23021754	6	4.8	6	100	0	58	0	34	13	51	1.42
23022604--23022637	2	17.5	2	87	6	52	44	0	0	55	0.99
23030837--23030874	15	2.5	16	83	12	53	44	0	0	55	0.99
23033509--23034301	160	5.0	161	77	4	681	40	15	11	32	1.83
23034275--23034331	29	2.0	29	92	0	96	45	10	15	28	1.79
23034277--23034338	29	2.1	29	87	0	88	45	12	12	29	1.80
23039621--23039659	16	2.5	16	83	4	53	84	0	15	0	0.62
23039621--23039668	24	2.0	24	88	8	71	81	0	18	0	0.70
23039620--23039668	20	2.5	20	84	15	66	79	0	20	0	0.73
23043787--23043887	32	3.2	32	92	0	166	38	18	14	27	1.91
23043833--23043890	17	3.5	17	71	17	59	37	18	15	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23051172--23051207	13	2.8	13	91	0	54	22	25	13	38	1.91
23051387--23051504	43	2.8	43	86	1	166	26	11	20	42	1.85
23051486--23051647	47	3.4	47	70	17	129	32	9	17	40	1.82
23051626--23051776	47	3.2	46	84	4	205	28	8	18	44	1.79
23051794--23051836	22	1.9	23	90	4	70	83	11	2	2	0.83
23051793--23051848	22	2.5	22	82	2	67	83	8	5	1	0.85
23051801--23051843	10	4.1	10	82	11	50	86	6	4	2	0.79
23052794--23052841	25	1.9	25	95	0	87	25	10	18	45	1.81
23053944--23053984	17	2.3	18	88	12	59	73	0	2	24	0.96
23060706--23060896	46	4.2	45	78	5	195	31	6	16	45	1.74
23060706--23060896	92	2.1	92	84	2	240	31	6	16	45	1.74
23060726--23060925	92	2.2	92	80	5	208	34	7	16	42	1.76
23060946--23061011	6	10.5	6	79	12	53	83	4	1	10	0.86
23060956--23060999	7	6.4	7	89	5	72	86	2	0	11	0.66
23060956--23061018	20	3.2	20	90	2	92	85	6	0	7	0.73
23060956--23061052	20	4.7	19	80	15	88	83	5	5	6	0.91
23060956--23061052	13	7.1	13	78	12	79	83	5	5	6	0.91
23060956--23061060	1	105.0	1	70	0	57	83	4	5	5	0.89
23062075--23062142	25	2.7	26	82	8	88	67	13	8	10	1.41
23063119--23063155	14	2.7	14	80	19	51	78	0	0	21	0.75
23069760--23069815	21	2.7	20	76	18	51	57	5	30	7	1.48
23071003--23071043	21	2.0	21	85	9	57	53	9	9	26	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23072085--23072167	10	8.2	10	77	2	67	48	19	9	22	1.78
23072097--23072167	20	3.5	20	80	10	83	46	19	11	22	1.81
23072108--23072164	30	1.9	30	85	0	78	49	17	10	22	1.77
23077705--23077744	15	2.7	15	85	14	57	70	10	5	15	1.32
23077923--23077961	20	2.0	20	85	10	53	58	10	7	23	1.56
23078071--23078128	31	1.9	30	82	10	73	63	8	6	20	1.45
23079019--23079079	10	6.0	10	75	11	52	49	16	11	22	1.78
23082427--23082457	15	2.1	15	93	0	53	29	12	25	32	1.93
23083163--23083201	18	2.1	19	90	4	62	28	0	0	71	0.86
23084795--23084837	15	3.0	15	80	10	54	44	20	6	27	1.77
23086397--23086540	59	2.4	59	84	2	182	57	20	3	18	1.54
23087078--23087123	22	2.1	22	87	0	65	34	19	8	36	1.83
23087799--23088445	321	2.0	321	98	0	1242	38	14	18	28	1.90
23088536--23088601	30	2.2	29	84	7	80	75	0	15	9	1.03
23088554--23088601	14	3.2	15	79	8	53	75	0	12	12	1.06
23088550--23088615	30	2.1	29	83	10	78	74	4	10	10	1.21
23089789--23089909	42	2.9	41	81	6	125	29	9	19	42	1.82
23089870--23090098	47	4.9	47	80	9	186	34	7	13	43	1.73
23089877--23090341	46	10.0	46	78	7	406	35	7	12	44	1.71
23090393--23090430	11	3.5	11	89	7	60	84	7	5	2	0.86
23090403--23090476	13	5.9	13	69	15	57	79	5	10	4	1.02
23090400--23090478	24	3.2	23	74	13	77	81	5	10	3	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23092163--23092195	6	5.7	6	92	7	50	81	0	0	18	0.68
23093684--23093764	36	2.3	36	85	4	112	29	13	7	49	1.69
23095042--23095311	134	2.0	134	94	0	468	37	18	17	27	1.93
23097012--23097045	17	2.0	17	94	0	59	47	2	11	38	1.55
23097559--23097589	16	2.0	15	93	6	53	67	0	32	0	0.91
23097885--23097919	18	1.9	18	88	11	54	20	0	0	80	0.72
23101725--23101774	26	1.9	26	95	0	91	30	18	10	42	1.82
23102163--23102216	28	1.9	28	82	14	67	22	7	0	70	1.12
23105241--23105396	78	2.0	78	97	0	294	37	13	22	26	1.91
23113412--23113461	23	2.2	23	92	0	82	36	6	22	36	1.79
23113475--23114261	357	2.2	357	86	3	1082	36	14	12	36	1.84
23114902--23114938	18	2.1	18	89	0	56	21	0	24	54	1.45
23116131--23116556	214	2.0	212	93	0	735	36	22	19	22	1.95
23132487--23132543	27	2.1	27	83	0	69	28	21	8	42	1.82
23132804--23132849	22	2.0	23	83	4	58	30	26	13	30	1.93
23133233--23133289	22	2.6	21	81	10	62	35	19	3	42	1.68
23137337--23137619	54	5.2	54	77	8	272	51	9	7	31	1.62
23138284--23138371	3	30.3	3	77	11	94	32	3	2	61	1.25
23138284--23138368	29	2.7	31	82	14	104	32	3	2	61	1.26
23138371--23138409	9	4.6	8	93	3	51	7	2	0	89	0.56
23138367--23138403	9	4.1	9	100	0	74	10	0	0	89	0.49
23139441--23139498	15	3.6	15	74	17	53	55	13	0	31	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23142861--23142885	5	5.0	5	100	0	50	0	20	0	80	0.72
23146512--23146816	153	2.0	153	92	1	513	40	11	15	32	1.83
23150118--23150244	46	2.8	46	86	0	173	41	16	23	18	1.89
23150156--23150263	46	2.4	45	85	6	137	45	14	21	18	1.85
23150912--23151531	119	5.2	118	75	5	403	18	24	15	41	1.89
23151027--23151461	236	1.8	236	78	4	493	17	25	16	40	1.90
23152655--23152690	18	1.9	18	94	5	63	16	0	2	80	0.83
23152775--23152821	25	1.9	24	87	12	69	57	8	6	27	1.53
23152884--23152913	15	2.0	15	100	0	60	53	13	0	33	1.40
23157022--23157084	27	2.4	26	84	7	74	36	11	1	50	1.47
23158703--23158750	19	2.5	19	86	0	60	62	0	8	29	1.24
23159353--23159577	114	2.0	114	83	4	283	34	13	9	42	1.77
23165609--23165633	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
23169673--23169719	18	2.5	20	77	16	57	63	2	4	29	1.25
23170059--23170114	26	2.2	26	84	9	71	17	10	0	71	1.14
23173849--23173879	16	2.0	16	93	6	55	41	0	12	45	1.42
23178509--23178544	15	2.3	15	90	4	54	77	0	11	11	0.99
23179948--23180001	18	3.1	16	75	17	54	79	3	11	5	1.02
23180387--23180472	32	2.7	31	87	7	129	32	25	16	25	1.96
23180564--23180722	77	2.1	78	83	5	198	33	16	11	38	1.84
23180478--23180826	182	1.9	183	81	5	420	35	15	13	35	1.87
23180661--23180859	105	1.9	105	87	2	292	37	13	13	35	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23180778--23181031	83	3.1	82	79	9	275	35	13	15	35	1.86
23181001--23181348	105	3.3	105	75	5	305	34	15	17	32	1.92
23182066--23182108	17	2.5	18	85	11	63	6	4	11	76	1.13
23182271--23182327	28	2.0	28	100	0	114	42	14	17	26	1.87
23187386--23187450	6	10.8	6	94	0	67	67	20	0	12	1.22
23187389--23187435	3	15.7	3	90	0	76	68	27	0	4	1.08
23187434--23187598	82	2.0	82	88	2	242	47	17	10	24	1.80
23193826--23193854	15	2.0	15	93	6	51	20	20	6	51	1.70
23198504--23198550	13	3.5	13	82	2	58	53	8	8	29	1.61
23216458--23216491	11	3.2	11	87	4	52	67	0	0	32	0.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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