genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.163.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   

This is table  163  of  195  ( 23297 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27164668--27164752	15	5.1	16	72	20	59	38	15	11	34	1.84
27164627--27164732	33	3.1	33	82	4	122	36	15	11	36	1.83
27164628--27164727	18	5.7	18	73	11	82	37	15	11	37	1.82
27164808--27164868	21	2.9	20	75	4	59	42	18	4	34	1.71
27165185--27165265	14	6.1	14	83	11	80	39	12	3	44	1.60
27165165--27165261	38	2.6	38	84	0	131	40	12	3	44	1.58
27165199--27165247	24	2.0	24	92	0	80	42	10	2	44	1.49
27166294--27166331	17	2.2	17	86	9	51	13	15	0	71	1.16
27166300--27166384	19	4.7	19	80	15	60	11	12	0	75	1.05
27166300--27166362	19	3.2	20	80	17	62	11	14	0	74	1.07
27166294--27166392	19	5.6	17	74	18	53	12	13	0	74	1.07
27166310--27166404	9	10.4	9	79	17	99	12	12	0	74	1.07
27166329--27166403	33	2.1	35	90	9	118	12	12	0	76	1.04
27166310--27166404	19	5.2	19	80	14	94	12	12	0	74	1.07
27166340--27166396	24	2.3	24	96	3	105	12	12	0	75	1.05
27168782--27168827	18	2.6	18	92	0	74	30	15	26	28	1.96
27170439--27170533	48	2.0	48	89	2	145	26	11	6	55	1.59
27170702--27170744	22	2.0	21	81	4	50	25	0	2	72	0.97
27170702--27170756	24	2.4	21	75	18	56	23	0	3	72	1.00
27177002--27177063	6	10.2	6	75	3	52	62	8	3	25	1.38
27177621--27177674	18	3.1	18	78	5	65	37	7	11	44	1.68
27177662--27177714	27	2.0	27	84	0	70	54	9	5	30	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27177705--27177738	17	2.0	17	88	0	50	38	11	11	38	1.79
27177809--27177859	17	3.1	16	83	8	66	41	13	13	31	1.84
27178083--27178122	17	2.4	17	82	0	53	50	12	2	35	1.54
27178165--27178198	16	2.1	16	94	0	59	50	11	5	32	1.63
27178334--27178368	18	1.9	18	88	0	52	34	17	11	37	1.85
27178355--27178389	18	2.0	18	94	5	63	40	5	20	34	1.76
27178629--27178746	45	2.6	44	88	6	166	42	16	5	36	1.70
27180917--27180978	31	2.0	31	100	0	124	48	9	6	35	1.62
27184530--27184580	13	4.0	13	80	7	52	17	5	17	58	1.57
27184692--27184771	6	13.2	6	74	2	70	63	8	2	25	1.35
27184692--27184769	30	2.6	30	91	2	129	65	8	2	23	1.34
27185559--27185591	15	2.1	16	88	5	50	48	27	3	21	1.64
27192328--27192358	15	2.1	15	93	0	53	70	0	6	22	1.09
27192392--27192432	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
27192928--27192967	12	3.0	14	78	14	57	50	20	7	22	1.73
27192923--27192985	26	2.4	26	89	0	90	50	23	6	19	1.70
27192925--27192985	14	4.7	13	76	13	63	52	22	6	18	1.68
27198471--27198592	49	2.5	51	82	7	146	35	10	11	42	1.76
27198475--27198684	50	4.3	48	75	8	147	31	10	13	43	1.79
27198524--27198687	50	3.3	48	76	7	159	32	10	15	42	1.80
27198676--27198792	44	2.6	45	89	2	175	26	11	22	40	1.87
27198754--27198894	49	3.0	46	73	11	131	28	5	16	49	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27199236--27199340	44	2.4	44	88	3	151	27	14	19	39	1.90
27199622--27199660	20	2.0	20	85	14	55	20	20	12	46	1.83
27200004--27200057	23	2.4	23	84	9	67	79	11	1	7	1.00
27201830--27201867	10	4.0	10	83	13	53	47	0	0	52	1.00
27206721--27206820	35	2.9	35	76	0	92	21	17	13	49	1.79
27207575--27207632	3	19.3	3	92	7	100	67	1	0	31	1.01
27207655--27207744	22	3.8	25	73	19	68	65	2	0	32	1.05
27207691--27207733	20	2.0	21	86	8	61	65	0	0	34	0.93
27207654--27207757	15	6.8	16	72	15	60	66	1	0	31	1.03
27207762--27207791	9	3.2	9	95	4	51	40	20	36	3	1.69
27208854--27208892	20	2.0	20	84	0	51	2	15	0	82	0.79
27209414--27209444	15	2.1	15	94	5	55	80	0	0	19	0.71
27209413--27209451	14	2.7	14	85	14	53	74	0	2	23	0.94
27209655--27209758	13	7.8	14	69	16	51	53	15	5	25	1.63
27209667--27209759	26	3.6	24	78	16	87	51	18	6	23	1.69
27209682--27209780	14	7.5	13	72	17	71	49	17	8	25	1.73
27209649--27209759	14	8.3	14	73	9	79	53	17	5	24	1.64
27210000--27210035	17	2.1	18	89	5	56	77	0	0	22	0.76
27210739--27211230	15	33.2	15	68	21	140	48	1	1	48	1.23
27210717--27210868	13	11.8	13	69	23	92	42	1	1	55	1.16
27210716--27210871	18	9.6	16	74	18	112	41	1	1	55	1.16
27210720--27210889	94	2.0	82	80	16	184	44	1	1	53	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27210851--27210911	10	6.4	10	73	22	51	59	0	1	39	1.08
27210856--27211079	60	3.5	63	75	14	192	56	2	1	38	1.24
27210856--27210963	34	3.3	33	80	13	132	57	0	2	38	1.20
27210851--27211039	48	4.1	47	77	15	157	56	2	1	39	1.23
27210748--27211058	31	10.3	31	70	17	120	51	2	1	45	1.23
27210715--27211084	44	8.2	45	69	19	123	50	2	1	45	1.23
27210851--27211084	44	5.3	43	71	18	133	56	2	1	39	1.23
27210994--27211087	40	2.5	37	86	10	120	57	3	1	38	1.22
27210992--27211086	21	4.8	20	79	11	97	57	3	1	37	1.21
27211085--27211188	18	5.7	18	74	20	92	41	0	1	56	1.10
27211080--27211228	78	1.9	77	83	14	191	40	0	2	56	1.16
27215456--27215689	115	2.0	115	84	3	301	26	14	21	37	1.92
27223203--27224849	357	4.5	357	75	9	1432	36	14	11	37	1.83
27225613--27225675	25	2.5	25	81	0	72	19	9	36	34	1.84
27228836--27228903	36	1.9	35	81	3	82	38	16	13	32	1.87
27229086--27229235	65	2.3	65	95	1	266	39	20	12	27	1.89
27239800--27239844	21	2.2	20	88	4	63	22	8	0	68	1.16
27242290--27242346	15	3.9	14	78	15	53	22	7	1	68	1.23
27242966--27243001	14	2.5	14	90	4	54	63	27	2	5	1.30
27249395--27249460	18	3.7	18	72	0	60	27	19	10	42	1.84
27249618--27249682	23	2.9	23	86	9	89	30	18	12	38	1.88
27249801--27249851	22	2.3	22	75	0	57	43	19	7	29	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27251763--27251814	15	3.5	16	80	15	58	26	1	3	67	1.18
27254650--27254680	2	15.5	2	93	0	53	45	0	3	51	1.17
27255628--27255694	2	33.5	2	87	0	98	47	1	1	49	1.19
27257126--27257271	9	14.6	9	70	18	58	56	5	0	38	1.23
27257125--27257277	11	15.0	10	67	16	64	55	5	0	39	1.22
27257126--27257261	42	3.3	42	79	9	131	55	5	0	38	1.24
27257183--27257252	33	2.2	33	84	7	90	57	7	0	35	1.26
27257183--27257280	31	3.1	31	76	15	83	55	5	0	39	1.22
27257123--27257280	21	7.8	20	70	12	81	55	5	0	39	1.22
27257300--27257350	25	2.1	24	85	3	66	41	7	0	50	1.31
27257348--27257421	10	7.4	10	79	15	82	58	9	0	32	1.30
27257324--27257431	19	5.6	19	75	14	89	54	8	0	37	1.31
27257660--27257712	21	2.6	21	82	11	58	64	7	0	28	1.21
27257644--27257726	20	4.3	18	72	17	60	61	4	0	33	1.17
27257980--27258035	20	2.8	20	83	5	69	41	3	5	50	1.43
27257972--27258039	28	2.4	27	81	11	75	36	4	4	54	1.41
27257986--27258036	19	2.6	20	81	6	59	43	3	3	49	1.39
27257989--27258120	20	6.8	19	74	14	92	35	3	3	57	1.32
27258028--27258100	30	2.5	30	78	8	80	32	1	4	61	1.23
27258061--27258121	11	6.0	11	71	22	53	37	1	1	59	1.17
27257987--27258121	38	3.5	37	75	10	119	36	2	3	57	1.32
27257987--27258118	29	4.6	28	72	16	92	35	3	3	57	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27258024--27258177	9	15.8	9	67	15	74	32	2	4	60	1.31
27258332--27258405	10	7.5	10	78	7	71	28	2	9	59	1.42
27258332--27258404	19	3.7	20	80	7	78	27	2	9	60	1.42
27265022--27265066	22	2.0	24	86	8	67	60	0	2	37	1.09
27265357--27265470	59	1.9	59	94	0	201	28	10	14	47	1.76
27267435--27267497	25	2.5	25	97	0	117	26	11	23	38	1.89
27267485--27267616	71	1.9	71	89	7	207	44	15	12	27	1.82
27267485--27267633	71	2.1	70	86	6	203	44	16	12	26	1.83
27267598--27267732	50	2.8	50	85	3	168	42	15	11	29	1.83
27269060--27269106	22	2.0	23	88	8	69	38	12	8	40	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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