genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.100.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   

This is table  100  of  195  ( 23297 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18027344--18027560	60	3.7	57	90	6	328	46	7	12	34	1.70
18027344--18027560	58	3.7	57	89	7	330	46	7	12	34	1.70
18028399--18028451	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
18029302--18029354	26	2.0	26	88	0	79	28	22	20	28	1.99
18030213--18030265	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
18031114--18031166	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
18028205--18034822	911	7.4	902	85	4	8498	25	25	24	25	2.00
18032902--18032952	26	2.0	26	96	0	93	31	27	13	27	1.94
18028215--18034804	899	7.3	897	85	4	8365	25	25	24	25	2.00
18034683--18034735	26	2.0	26	92	0	88	26	26	18	28	1.98
18038674--18038726	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
18038808--18038841	11	2.9	12	91	8	61	17	26	38	17	1.92
18040175--18040231	26	2.2	25	84	9	80	24	0	3	71	1.01
18040186--18040254	30	2.5	27	82	15	79	21	0	4	73	1.00
18040186--18040232	14	3.3	14	78	21	53	23	0	2	74	0.93
18041194--18041374	9	20.0	8	67	22	58	16	5	3	75	1.13
18041288--18041364	10	7.7	10	78	17	54	14	6	1	77	1.02
18041273--18041370	22	4.7	21	73	18	55	16	7	1	75	1.07
18041192--18041369	27	6.1	27	67	16	88	15	5	3	75	1.10
18041317--18041359	14	3.2	13	80	9	50	13	4	0	81	0.84
18041328--18041374	17	3.0	16	84	9	53	17	4	0	78	0.90
18047385--18047433	9	4.9	9	77	22	53	81	0	14	4	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18047376--18047441	20	3.7	18	74	20	59	77	0	16	6	0.96
18048673--18048716	21	2.1	21	100	0	88	11	18	34	36	1.86
18048653--18048830	74	2.7	62	79	19	223	20	17	26	34	1.95
18048694--18048877	41	4.7	40	83	13	240	21	17	26	34	1.95
18048728--18048793	33	2.0	33	100	0	132	18	18	30	33	1.94
18048694--18048833	74	1.9	73	95	1	253	20	17	27	34	1.95
18048884--18048941	1	58.0	1	82	0	71	91	8	0	0	0.42
18048884--18048941	7	7.8	8	84	11	79	91	8	0	0	0.42
18048884--18048941	22	2.6	23	91	8	102	91	8	0	0	0.42
18050130--18050198	15	4.7	14	79	10	59	10	4	2	82	0.91
18050130--18050294	10	15.2	10	68	20	50	15	4	3	76	1.10
18050249--18050291	9	4.9	8	81	18	50	13	4	0	81	0.84
18050249--18050296	18	2.7	18	86	0	69	14	6	0	79	0.92
18051234--18051286	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
18052966--18053017	25	2.0	26	92	3	88	28	25	19	26	1.98
18053810--18053862	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
18054698--18054750	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
18053104--18056345	876	3.6	897	88	4	4432	26	24	23	25	2.00
18056319--18056371	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
18056289--18060671	902	4.9	899	87	3	6182	25	25	23	25	2.00
18058112--18058164	26	2.0	26	85	7	72	30	22	16	30	1.96
18058999--18059051	26	2.0	26	92	0	88	28	26	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18061505--18061557	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
18061539--18063712	705	3.1	703	86	3	3035	27	23	22	26	2.00
18064699--18064751	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
18063829--18066500	885	3.0	886	87	3	3724	26	24	23	25	2.00
18065584--18065636	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
18066630--18072221	870	6.4	868	85	5	6974	26	24	23	25	2.00
18068881--18068933	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
18071531--18071583	26	2.0	26	88	0	79	28	24	20	26	1.99
18069777--18072221	888	2.7	889	85	5	3341	26	24	23	25	2.00
18071751--18072710	491	2.0	491	90	1	1541	31	22	18	28	1.97
18072254--18074813	701	3.6	699	90	2	3764	27	22	21	27	1.99
18075030--18075082	26	2.0	26	100	0	106	30	26	16	26	1.97
18076662--18076712	26	2.0	26	96	0	93	25	29	15	29	1.96
18077563--18077615	26	2.0	26	88	0	79	28	22	18	30	1.98
18078302--18078360	31	1.9	31	96	0	109	30	27	20	22	1.98
18078446--18078498	26	2.0	26	88	0	79	30	24	16	28	1.97
18079343--18079395	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
18080479--18080530	26	2.0	26	88	0	77	30	25	17	26	1.97
18080664--18080716	26	2.0	26	88	0	79	30	26	15	28	1.96
18081533--18081583	26	2.0	26	100	0	102	27	25	19	27	1.99
18082276--18086923	898	5.2	894	85	3	6028	25	24	23	25	2.00
18086754--18086804	26	2.0	26	92	0	84	27	29	17	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18087273--18087354	26	3.2	26	94	0	137	29	25	17	28	1.97
18087750--18087779	13	2.3	13	100	0	60	23	50	6	20	1.71
18088016--18088065	26	1.9	26	100	0	100	22	30	20	28	1.98
18088911--18088963	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
18089631--18089683	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
18088874--18090310	733	2.0	720	89	2	2228	27	23	22	25	2.00
18091396--18091448	26	2.0	26	96	0	97	32	24	16	26	1.97
18090535--18093477	897	3.3	895	86	3	3960	24	24	24	25	2.00
18093181--18093233	26	2.0	26	92	0	88	28	24	20	26	1.99
18093476--18093524	26	1.9	25	91	4	80	26	26	18	28	1.98
18093184--18094046	281	3.0	287	89	2	1261	20	26	28	24	1.99
18094648--18094700	26	2.0	26	92	0	88	30	24	18	26	1.98
18095556--18095608	26	2.0	26	92	0	88	28	24	20	26	1.99
18093764--18099164	898	6.0	894	88	3	7032	25	25	23	25	2.00
18097341--18097393	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98
18098232--18098284	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
18099252--18099283	13	2.5	13	100	0	64	18	15	34	31	1.93
18100848--18100897	26	1.9	26	95	0	91	24	22	24	30	1.99
18101751--18101803	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
18102454--18102478	4	6.2	4	100	0	50	0	72	28	0	0.86
18099266--18102908	909	4.0	902	85	3	4815	25	24	24	25	2.00
18102662--18102713	26	2.0	26	92	0	86	32	25	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18102409--18103403	496	2.0	497	83	2	1266	18	27	29	25	1.98
18109728--18109803	25	3.0	25	82	3	98	28	22	15	32	1.95
18109736--18109805	26	2.7	26	86	2	97	28	22	15	32	1.95
18111007--18117799	892	7.6	893	84	4	8245	25	24	23	25	2.00
18112912--18112964	26	2.0	26	96	0	97	30	24	16	28	1.97
18114656--18114706	26	2.0	26	100	0	102	29	27	15	27	1.96
18115547--18115599	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
18116449--18116501	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
18113794--18117799	902	4.5	897	86	3	5279	25	24	23	25	2.00
18117351--18117403	26	2.0	26	88	0	79	28	22	18	30	1.98
18117374--18118210	411	2.0	416	89	3	1281	23	24	25	26	2.00
18118665--18118717	26	2.0	26	92	0	88	24	24	20	30	1.99
18119405--18119820	184	2.3	185	85	2	550	21	26	27	24	1.99
18119748--18119800	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
18120639--18120688	26	1.9	26	87	0	73	30	26	16	28	1.96
18121233--18121285	26	2.0	26	96	0	97	24	28	20	26	1.99
18120153--18121326	594	2.0	587	85	3	1579	28	24	22	23	1.99
18122124--18122173	26	1.9	26	95	0	91	26	28	18	28	1.98
18122326--18124063	691	2.5	690	89	2	2594	27	25	22	24	2.00
18124092--18124142	26	2.0	26	92	0	84	29	23	17	29	1.97
18125015--18125067	26	2.0	26	82	13	65	30	22	20	26	1.98
18123385--18126714	903	3.7	889	84	6	4318	26	24	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18125955--18127402	711	2.0	713	87	1	2116	26	23	23	26	2.00
18127533--18127585	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
18126659--18128506	899	2.1	900	87	1	2609	25	24	24	25	2.00
18128280--18128618	184	1.8	184	82	3	441	20	27	28	23	1.99
18130231--18130526	59	5.0	58	85	8	384	33	11	8	46	1.70
18130231--18130526	120	2.5	116	90	7	456	33	11	8	46	1.70
18130534--18130616	5	15.6	5	72	18	53	75	1	7	15	1.07
18130533--18130574	22	1.9	22	90	9	68	73	0	9	16	1.08
18130529--18130666	17	8.2	16	67	18	68	71	2	5	21	1.18
18130534--18130618	39	2.2	39	81	10	93	75	1	7	16	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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