genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.111.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   

This is table  111  of  195  ( 23297 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19487990--19491333	895	3.8	897	83	4	4096	25	25	24	24	2.00
19491517--19491569	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
19491930--19491982	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
19491956--19495358	862	3.9	866	84	3	4136	26	24	23	25	2.00
19494569--19494619	26	2.0	26	96	0	93	23	27	21	27	1.99
19496141--19496192	26	2.0	26	92	0	86	30	26	17	25	1.97
19498814--19498864	26	2.0	26	84	0	66	29	23	15	31	1.95
19499768--19499820	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
19500563--19500901	185	1.8	185	86	1	491	20	30	28	21	1.98
19502585--19502638	26	2.1	26	85	0	72	27	20	20	31	1.97
19505242--19505293	25	2.0	26	92	3	88	28	25	19	26	1.98
19501329--19506029	898	5.3	889	83	6	5476	25	25	23	25	2.00
19507747--19507820	26	2.8	26	95	0	139	25	22	20	31	1.98
19509174--19509226	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
19511665--19511717	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
19512589--19512641	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
19510855--19513379	924	2.7	922	92	0	4088	26	25	22	24	2.00
19512699--19514817	709	3.0	711	88	3	3131	27	24	22	25	2.00
19514954--19516436	716	2.1	718	86	1	2103	26	24	23	25	2.00
19515676--19522514	889	7.8	882	84	6	7947	25	24	24	25	2.00
19520026--19520076	26	2.0	26	96	0	93	29	29	13	27	1.94
19521790--19521840	26	2.0	26	92	0	84	29	23	15	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19524344--19525812	712	2.1	711	89	2	2252	26	23	23	26	2.00
19525925--19525977	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
19525058--19526715	883	1.9	889	86	4	2392	25	23	24	26	2.00
19527567--19527619	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
19528402--19528454	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
19527389--19529032	835	2.0	834	88	2	2489	27	23	24	25	2.00
19531079--19531131	26	2.0	26	96	0	97	28	26	20	24	1.99
19532136--19532288	75	2.0	75	94	0	270	23	30	19	26	1.98
19532902--19537478	877	5.2	869	83	4	5537	26	24	23	25	2.00
19536551--19536601	26	2.0	26	100	0	102	25	27	19	27	1.99
19537256--19537559	163	1.9	163	85	2	423	19	29	27	22	1.98
19537256--19537663	163	2.5	162	78	5	416	19	28	28	23	1.98
19539330--19539382	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
19539525--19539677	75	2.0	75	93	0	261	24	28	19	26	1.99
19539617--19539830	107	2.0	107	94	0	374	23	28	18	29	1.97
19540397--19540449	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
19541293--19541374	26	3.2	26	91	0	137	29	28	17	25	1.97
19539727--19542056	899	2.6	896	85	5	3010	26	25	23	24	2.00
19543416--19543466	26	2.0	26	92	0	84	29	23	17	29	1.97
19545007--19545056	26	1.9	26	95	0	91	28	26	18	28	1.98
19545911--19545961	26	2.0	26	92	0	84	29	23	17	29	1.97
19547657--19547709	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19548493--19549558	544	1.9	546	88	3	1588	24	24	24	27	2.00
19549910--19549962	26	2.0	26	92	0	88	24	24	20	30	1.99
19550990--19551184	92	2.1	92	99	0	381	19	23	31	26	1.98
19551140--19553598	896	2.7	898	87	2	3567	25	24	24	25	2.00
19552799--19552851	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
19552825--19554361	716	2.1	718	86	2	2136	26	23	23	27	2.00
19554396--19554449	26	2.1	26	96	0	99	24	24	22	29	1.99
19555305--19555357	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
19553553--19556902	882	3.9	867	81	8	3316	25	24	23	26	2.00
19556117--19556169	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
19560366--19560421	26	2.2	26	90	0	85	28	23	19	28	1.98
19556856--19562042	899	5.9	884	84	5	6465	25	25	24	25	2.00
19561255--19561307	26	2.0	26	92	0	88	26	22	22	28	1.99
19562871--19562922	26	2.0	26	88	3	79	28	21	19	30	1.97
19563769--19563818	26	1.9	26	88	8	75	28	26	16	30	1.96
19563962--19565817	894	2.1	894	89	1	2794	25	24	24	24	2.00
19565725--19565776	25	2.0	26	89	10	81	28	23	17	30	1.97
19566787--19566839	26	2.0	26	88	0	79	32	26	16	24	1.97
19565917--19569719	889	4.3	888	86	2	4659	25	24	24	25	2.00
19568568--19568620	26	2.0	26	92	7	90	30	22	16	30	1.96
19570629--19570681	26	2.0	26	100	0	106	30	26	16	26	1.97
19571532--19571582	26	2.0	26	92	0	84	29	21	19	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19571989--19572040	26	2.0	26	84	0	68	53	15	7	23	1.67
19573317--19573369	26	2.0	26	88	0	79	30	22	20	26	1.98
19575060--19575112	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
19577632--19577684	26	2.0	26	88	0	79	26	20	22	30	1.98
19582108--19582160	26	2.0	26	92	0	88	30	22	20	26	1.98
19583014--19583066	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
19577273--19587174	903	11.1	901	83	4	11816	26	24	23	25	2.00
19585663--19585715	26	2.0	26	100	0	106	26	22	24	26	2.00
19586566--19586618	26	2.0	26	96	0	97	28	24	20	26	1.99
19589025--19589076	26	2.0	26	100	0	104	26	26	19	26	1.99
19588872--19589291	185	2.3	185	83	0	509	22	25	29	23	1.99
19589210--19589262	26	2.0	26	81	0	61	30	20	20	28	1.98
19595611--19595663	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
19596439--19596491	26	2.0	26	88	0	79	26	20	20	32	1.98
19597241--19597291	25	2.0	26	92	3	86	35	19	17	27	1.94
19601627--19601676	26	1.9	26	91	0	82	24	28	20	28	1.99
19602524--19602576	26	2.0	26	88	0	79	28	22	20	28	1.99
19600718--19606927	900	7.1	869	83	6	7505	25	24	24	25	2.00
19605168--19605219	26	2.0	25	85	3	68	30	25	17	26	1.97
19606901--19606953	26	2.0	26	88	0	79	32	22	20	24	1.98
19609082--19609134	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
19609729--19609781	26	2.0	26	92	0	88	30	20	20	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19610628--19610680	26	2.0	26	89	7	81	30	24	16	28	1.97
19611525--19611577	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
19612425--19612477	26	2.0	26	92	7	90	26	22	18	32	1.97
19609611--19613897	900	4.8	900	85	3	5448	25	24	24	25	2.00
19614588--19614666	26	3.0	26	94	0	131	26	25	21	26	1.99
19615514--19615566	26	2.0	26	96	0	97	26	24	22	26	2.00
19617252--19617304	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
19618155--19618207	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
19619055--19619107	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
19619946--19619998	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
19620828--19620883	26	2.2	26	96	0	103	28	23	19	28	1.98
19613907--19624379	885	11.8	885	83	6	11807	25	24	23	25	2.00
19626011--19626063	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
19626903--19626955	26	2.0	26	85	0	70	30	18	20	30	1.97
19624390--19627712	893	3.7	893	87	2	4651	26	25	23	25	2.00
19629488--19629540	26	2.0	26	96	0	97	28	24	20	26	1.99
19630391--19630443	26	2.0	26	96	0	97	28	22	18	30	1.98
19628626--19637369	900	9.7	899	85	3	10947	25	24	24	25	2.00
19633941--19633993	26	2.0	26	92	7	90	30	26	16	26	1.97
19633069--19637367	908	4.7	903	86	3	5720	25	25	23	25	2.00
19637406--19637458	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
19636602--19638155	724	2.1	722	87	2	2222	26	23	23	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19639171--19639223	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
19637333--19647118	903	10.9	902	83	5	11083	25	24	24	25	2.00
19641867--19641919	26	2.0	26	92	0	88	24	24	20	30	1.99
19642750--19642800	26	2.0	26	92	0	84	27	21	17	33	1.96
19643634--19643686	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
19644427--19644479	26	2.0	26	88	0	79	28	22	18	30	1.98
19644612--19644663	26	2.0	26	96	3	97	26	25	21	26	1.99
19645511--19645563	26	2.0	26	89	7	81	30	22	20	26	1.98
19648099--19648151	26	2.0	26	100	0	106	26	22	24	26	2.00
19649658--19649687	4	7.5	4	92	0	51	0	70	30	0	0.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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