genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.147.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   

This is table  147  of  195  ( 23297 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24709960--24710216	127	2.0	127	93	0	442	36	8	17	36	1.80
24712734--24712772	15	2.6	15	100	0	78	48	10	23	17	1.78
24718458--24718493	3	12.0	3	87	0	54	66	5	0	27	1.13
24718458--24718493	12	3.0	12	95	0	63	66	5	0	27	1.13
24718495--24718534	3	12.7	3	84	10	53	30	0	2	67	1.04
24719956--24720004	17	2.9	17	79	8	55	71	8	2	18	1.21
24720853--24720888	16	2.3	16	90	4	56	75	2	19	2	1.06
24721151--24721723	120	4.8	120	76	7	423	45	13	21	19	1.84
24721164--24721727	240	2.3	241	80	5	606	45	13	21	20	1.84
24722030--24722075	23	2.2	20	84	11	56	67	6	10	15	1.40
24722349--24722521	95	1.8	96	84	3	242	17	20	13	47	1.82
24727679--24727715	17	2.2	17	90	0	56	29	0	10	59	1.31
24727821--24727872	5	9.6	5	79	20	52	78	0	5	15	0.92
24727821--24727873	12	4.7	12	93	6	85	79	0	5	15	0.91
24728250--24728275	12	2.2	12	100	0	52	76	15	0	7	0.99
24728703--24728764	3	21.7	3	77	9	67	61	4	1	32	1.27
24728709--24728834	15	7.9	15	69	19	69	54	4	4	35	1.42
24729335--24729742	118	3.4	119	77	5	396	44	14	20	20	1.86
24740274--24740358	37	2.3	37	80	6	93	60	4	14	21	1.52
24741214--24741260	5	9.0	5	97	2	76	76	0	4	19	0.95
24742106--24742137	3	10.7	3	100	0	64	68	31	0	0	0.90
24742216--24742276	18	3.4	18	75	22	58	50	6	3	39	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24742136--24742248	47	2.4	47	75	11	115	53	2	7	37	1.43
24747537--24747627	43	2.1	44	83	2	112	61	4	15	18	1.50
24749357--24749391	18	1.9	18	88	0	52	60	2	0	37	1.12
24750899--24750944	18	2.4	20	86	13	62	19	8	0	71	1.11
24753429--24753471	20	2.2	20	86	0	59	44	0	4	51	1.22
24754248--24754298	18	2.9	17	85	2	57	39	3	9	47	1.55
24756986--24757027	20	2.2	20	83	12	52	16	9	0	73	1.08
24757001--24757040	15	2.5	17	80	19	50	10	12	0	77	0.99
24757380--24757436	22	2.5	24	80	16	75	24	7	12	56	1.61
24758638--24758685	24	2.0	24	87	0	69	22	12	14	50	1.77
24759481--24759544	20	3.2	19	77	20	60	17	3	7	71	1.22
24761167--24761191	13	1.9	13	100	0	50	84	0	0	16	0.63
24771577--24771736	8	20.4	8	80	9	120	19	3	26	51	1.62
24771566--24771754	32	5.7	31	78	15	177	17	3	28	50	1.61
24771560--24771720	16	9.8	16	74	11	130	18	3	27	50	1.62
24774284--24774317	16	2.2	16	89	5	52	55	23	2	17	1.55
24780349--24781180	357	2.3	357	89	1	1269	35	12	16	35	1.86
24789937--24789973	18	2.1	18	89	0	56	32	24	2	40	1.69
24790324--24790436	44	2.6	44	84	5	140	32	10	12	44	1.76
24790704--24790738	13	2.8	12	87	12	52	28	0	2	68	1.04
24790704--24790738	6	5.5	6	90	6	52	28	0	2	68	1.04
24791663--24791731	18	3.9	18	76	16	63	20	8	0	71	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24792033--24792070	15	2.5	15	83	8	51	31	5	10	52	1.58
24792055--24792102	20	2.4	20	89	0	69	31	8	14	45	1.74
24792052--24792210	20	7.6	20	68	15	65	30	6	11	50	1.65
24795392--24795418	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
24796556--24796582	14	1.9	14	100	0	54	59	0	0	40	0.98
24797344--24797402	30	2.0	30	89	0	91	47	18	0	33	1.49
24798601--24798625	13	1.9	13	100	0	50	24	0	4	72	1.02
24803126--24803165	21	1.9	21	94	0	71	72	0	20	7	1.08
24803154--24803193	11	3.5	11	84	15	55	82	0	12	5	0.82
24803089--24803193	36	3.1	34	74	13	99	76	1	17	4	1.05
24803648--24803695	21	2.3	20	79	10	51	66	2	14	16	1.34
24804341--24804520	21	8.5	21	80	8	177	37	8	17	36	1.80
24804332--24804527	42	4.6	42	85	1	230	35	7	18	38	1.79
24804380--24804527	63	2.3	64	87	3	201	35	8	18	37	1.80
24805126--24805240	43	2.7	43	86	1	149	25	13	15	46	1.82
24805259--24805292	16	2.1	16	89	10	52	79	8	0	11	0.94
24806817--24806848	12	2.6	13	90	9	50	68	0	0	31	0.90
24806956--24806989	14	2.4	14	85	0	50	47	5	2	44	1.42
24809172--24809209	16	2.3	17	86	13	53	68	0	10	21	1.19
24815125--24815192	29	2.4	29	90	2	93	33	13	25	27	1.93
24815134--24815192	29	2.0	29	96	0	109	32	10	27	30	1.89
24821322--24821628	153	2.0	153	88	0	452	42	6	6	44	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24823078--24823112	17	2.1	17	100	0	70	37	22	0	40	1.55
24823577--24823612	2	18.5	2	88	5	56	47	2	0	50	1.15
24824702--24824930	114	2.0	114	95	1	415	50	4	9	35	1.54
24824862--24825057	65	3.0	63	76	8	164	54	3	8	33	1.47
24824883--24825054	22	7.9	22	71	11	95	53	2	8	35	1.45
24825363--24825426	22	3.0	22	73	11	60	48	3	10	37	1.54
24825505--24825897	22	17.9	22	69	8	199	49	6	8	35	1.58
24825799--24825840	19	2.3	19	84	12	52	59	7	4	28	1.44
24825921--24826009	22	4.1	22	80	7	101	43	4	8	42	1.56
24827667--24827739	38	1.9	38	88	0	110	32	35	5	26	1.79
24828269--24828303	16	2.2	16	94	0	61	42	11	14	31	1.81
24828437--24828501	21	3.0	22	81	4	69	41	3	13	41	1.60
24828523--24828571	22	2.2	22	82	7	55	51	8	2	38	1.43
24828543--24828634	11	8.5	10	72	13	67	51	4	4	40	1.42
24828545--24828606	32	1.9	32	96	0	115	50	1	4	43	1.33
24828532--24828573	22	1.9	22	90	0	66	52	4	2	40	1.35
24828571--24828681	22	5.0	22	81	6	109	45	8	5	41	1.57
24828573--24828691	44	2.7	44	84	5	143	46	7	6	39	1.59
24828470--24828647	76	2.4	74	77	11	173	47	6	6	40	1.54
24828587--24828682	22	4.4	22	85	0	120	45	9	4	40	1.56
24828561--24828682	66	1.9	64	84	3	163	46	7	4	40	1.53
24828609--24828711	44	2.3	44	83	3	118	47	6	7	37	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24828587--24828711	66	1.9	66	81	6	155	47	7	6	39	1.57
24828958--24829329	22	16.8	22	68	13	86	46	6	8	38	1.60
24828970--24829023	23	2.4	22	87	3	81	46	7	7	38	1.60
24829207--24829344	66	2.1	66	81	8	156	49	6	4	39	1.49
24829207--24829344	22	6.3	22	80	6	120	49	6	4	39	1.49
24831381--24831416	2	18.0	2	94	0	63	52	0	0	47	1.00
24838847--24838886	14	2.9	14	84	0	62	72	0	10	17	1.11
24838847--24838900	28	1.9	28	88	0	81	74	1	9	14	1.15
24838841--24838901	14	4.4	14	79	4	52	75	3	8	13	1.15
24840052--24840476	210	2.0	210	94	0	751	48	13	8	29	1.73
24844330--24844387	29	2.0	29	96	3	109	24	6	10	58	1.55
24850303--24850354	21	2.4	21	80	3	59	28	5	3	61	1.37
24850469--24850523	3	18.7	3	78	10	51	70	1	1	25	1.06
24850457--24850535	33	2.4	33	85	4	97	67	1	2	29	1.12
24850791--24850828	20	1.9	20	89	10	60	44	28	5	21	1.73
24850999--24851032	15	2.4	14	90	9	52	70	0	0	29	0.87
24853540--24853579	20	2.0	20	95	0	71	22	2	30	45	1.66
24853653--24853850	67	3.0	67	78	10	201	34	19	14	31	1.92
24853678--24853854	32	5.4	32	73	9	144	35	18	15	31	1.92
24853678--24853850	65	2.6	66	77	10	192	34	18	15	31	1.92
24853923--24854006	22	3.9	21	76	7	69	34	15	20	29	1.93
24853968--24854017	22	2.3	22	85	0	73	38	18	16	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24854467--24854514	10	4.6	11	82	10	57	68	2	0	29	1.01
24854457--24854514	21	2.8	20	72	15	55	70	1	0	27	0.97
24854467--24854530	10	6.2	10	74	17	51	67	1	3	28	1.15
24857899--24857933	7	5.0	7	85	0	52	80	0	17	2	0.84
24859582--24859608	14	1.9	14	100	0	54	88	0	3	7	0.61
24860201--24860270	33	2.2	32	81	2	77	32	27	14	25	1.94
24860375--24860418	22	2.0	22	86	0	61	29	13	22	34	1.93
24860653--24860737	34	2.5	34	94	1	145	40	15	10	34	1.82
24860911--24861015	32	3.3	32	82	4	133	38	14	16	31	1.88
24860866--24861032	64	2.6	64	80	7	180	37	17	15	29	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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