genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.35.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   

This is table  35  of  195  ( 23297 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7632647--7632685	21	1.9	21	89	5	62	51	0	0	48	1.00
7632858--7632901	22	2.0	22	86	8	63	45	0	2	52	1.13
7632858--7632918	20	3.0	21	80	9	72	44	0	3	52	1.17
7633043--7633095	21	2.5	21	87	9	72	50	3	0	45	1.19
7633833--7633905	34	2.0	37	84	10	98	49	0	0	50	1.00
7633841--7633921	34	2.3	35	78	14	87	53	0	0	46	1.00
7654433--7654462	11	2.7	11	89	0	51	0	13	0	86	0.57
7660382--7660415	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
7661250--7661333	24	3.6	24	80	13	104	38	3	4	53	1.39
7661253--7661327	24	3.1	25	84	7	111	37	4	5	53	1.43
7661398--7661467	31	2.3	31	82	9	81	54	2	1	41	1.24
7661809--7661897	20	4.3	21	75	13	78	58	0	1	40	1.05
7661846--7661907	6	10.7	6	75	16	51	64	0	1	33	1.03
7661846--7661903	12	4.8	13	77	14	61	63	0	1	34	1.04
7662406--7662435	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
7664841--7664978	62	2.2	62	84	3	181	41	7	9	42	1.65
7666534--7666589	25	2.2	25	87	0	76	42	10	3	42	1.56
7668385--7668471	45	2.0	45	90	4	142	39	4	14	41	1.67
7668586--7668645	28	2.1	28	82	11	70	56	8	3	31	1.45
7669141--7669192	25	2.1	24	85	3	68	38	1	1	57	1.21
7669113--7669211	52	1.9	52	84	12	132	37	3	1	58	1.20
7671806--7672089	59	4.8	57	81	9	279	40	11	5	42	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7671810--7672089	57	4.8	58	81	7	282	40	11	5	43	1.62
7672103--7672141	5	7.4	5	94	5	60	82	0	0	17	0.68
7672104--7672147	22	2.0	23	95	4	81	79	0	2	18	0.83
7672103--7672147	17	2.8	16	90	10	65	80	0	2	17	0.82
7672104--7672208	10	10.6	10	69	23	53	70	3	0	24	1.10
7672169--7672220	15	3.6	15	82	10	56	76	0	1	21	0.87
7673083--7673171	21	4.2	21	78	7	90	64	0	5	30	1.17
7673060--7673166	43	2.6	43	83	4	121	67	0	6	26	1.15
7673107--7673168	20	3.4	17	77	16	52	66	0	4	29	1.12
7673128--7673234	3	33.7	3	70	17	65	61	0	4	32	1.23
7673121--7673242	17	7.6	16	72	14	99	63	0	4	31	1.18
7673129--7673242	49	2.4	49	82	8	146	62	0	4	32	1.21
7673217--7673290	4	18.5	4	70	25	50	74	2	2	20	1.07
7673227--7673291	15	4.5	15	75	14	57	76	3	1	18	0.99
7673227--7673291	14	4.5	14	72	18	53	76	3	1	18	0.99
7673254--7673286	13	2.6	13	90	4	50	81	3	0	15	0.80
7673486--7673627	64	2.2	64	76	13	141	38	9	11	40	1.74
7673978--7674057	35	2.2	35	84	4	97	41	12	6	40	1.68
7674212--7674610	64	6.3	63	77	9	314	40	12	12	35	1.79
7674383--7674631	127	2.0	128	83	4	324	40	11	12	35	1.79
7680179--7680228	25	2.0	25	96	0	91	34	30	12	24	1.91
7685828--7685855	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7688604--7688651	18	2.7	18	76	0	60	29	6	25	39	1.80
7688640--7688698	18	3.1	18	78	7	64	30	3	33	32	1.74
7689041--7689084	6	7.3	6	86	0	61	31	45	2	20	1.64
7689044--7689084	18	2.3	18	95	0	73	31	43	2	21	1.66
7692060--7693002	496	1.9	493	90	3	1493	47	9	2	40	1.50
7693860--7694536	58	11.7	57	81	8	703	36	13	7	42	1.73
7693860--7694536	116	5.9	115	85	5	796	36	13	7	42	1.73
7693860--7694528	174	3.9	172	83	6	778	36	13	7	42	1.73
7694555--7694644	6	15.5	6	79	10	98	78	0	5	15	0.92
7694555--7694644	23	3.9	23	82	7	112	78	0	5	15	0.92
7694555--7694644	29	3.1	28	82	9	110	78	0	5	15	0.92
7695374--7695422	1	49.0	1	79	0	53	2	0	8	89	0.55
7695374--7695423	17	2.9	17	86	13	68	2	0	10	88	0.61
7695376--7695423	22	2.2	21	89	10	71	2	0	10	87	0.62
7695442--7695693	42	5.9	42	82	11	214	38	20	17	24	1.93
7695442--7695629	44	4.4	43	85	8	217	37	21	17	23	1.94
7695557--7695826	42	6.5	41	88	5	332	37	19	15	27	1.93
7695567--7695826	83	3.1	83	87	6	334	36	20	16	27	1.93
7697382--7697407	9	2.9	9	100	0	52	7	0	0	92	0.39
7697400--7697432	16	2.2	15	89	10	50	9	15	0	75	1.03
7702043--7702716	58	11.7	57	81	7	677	35	11	7	44	1.70
7702043--7702717	117	5.8	113	83	6	732	35	11	7	44	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7702735--7702801	13	5.6	12	75	18	68	79	0	4	16	0.90
7702735--7702795	6	9.5	6	75	18	52	80	0	3	16	0.84
7702729--7702809	34	2.2	36	83	14	105	76	0	6	17	0.98
7702731--7702810	22	3.8	20	76	16	74	77	0	6	16	0.96
7702740--7702805	28	2.4	29	78	14	77	78	0	4	16	0.90
7703183--7703295	24	4.7	23	70	21	74	67	1	5	25	1.22
7703180--7703292	36	3.2	37	72	14	103	69	1	5	23	1.19
7703202--7703267	27	2.4	27	82	9	82	69	3	6	21	1.24
7703216--7703309	27	4.0	23	68	26	54	67	1	4	27	1.16
7703260--7703320	29	2.1	28	82	8	70	68	1	1	27	1.08
7707493--7707521	14	2.0	15	93	6	51	55	0	10	34	1.34
7707816--7707842	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
7709929--7710179	125	2.0	125	92	0	412	37	9	17	35	1.83
7714910--7715111	60	3.4	58	76	11	157	41	5	13	39	1.69
7715236--7715504	129	2.1	128	82	6	321	41	4	11	42	1.62
7716728--7716799	34	2.1	34	84	5	92	33	5	13	47	1.67
7717259--7717385	60	2.1	60	84	5	159	37	2	16	44	1.61
7717354--7717678	180	1.8	180	80	7	401	39	5	12	42	1.67
7717944--7717980	17	2.1	18	85	14	51	45	0	0	54	1.00
7720349--7720402	28	1.9	28	92	0	90	51	22	3	22	1.63
7727443--7727494	27	1.9	27	96	0	95	59	32	3	3	1.33
7728042--7728079	19	2.0	19	89	0	58	44	23	2	28	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7728142--7728174	15	2.1	17	88	11	52	72	6	15	6	1.24
7730072--7730110	20	2.0	20	85	5	53	35	0	2	61	1.10
7731146--7731239	30	3.2	30	67	10	77	54	7	3	35	1.45
7732300--7732385	43	2.0	43	97	0	163	26	25	9	38	1.86
7733941--7734004	30	2.1	30	94	5	112	17	29	14	39	1.88
7734168--7734197	16	1.9	16	93	6	53	20	3	0	76	0.92
7735447--7735514	24	2.9	24	82	2	75	52	17	20	8	1.71
7735504--7735609	24	3.8	28	77	21	114	50	21	19	8	1.74
7735494--7735623	30	4.4	30	78	15	119	50	21	20	7	1.72
7737176--7737216	18	2.3	18	91	8	66	70	0	0	29	0.87
7737170--7737231	13	4.7	13	76	15	56	67	0	0	32	0.91
7738082--7738129	21	2.4	19	78	18	53	75	8	2	14	1.13
7747204--7747252	15	3.3	15	82	0	71	32	16	12	38	1.86
7748709--7748748	21	1.9	21	84	0	53	40	2	0	57	1.12
7748715--7748777	27	2.3	27	83	5	74	49	0	0	50	1.00
7754661--7754694	16	2.2	15	89	5	50	8	8	0	82	0.85
7754659--7754697	21	1.9	20	89	5	60	7	12	0	79	0.93
7757370--7757427	8	7.5	8	71	21	52	17	1	32	48	1.57
7757328--7757429	37	2.8	37	78	15	115	17	3	30	48	1.66
7757370--7757428	16	3.9	15	78	17	68	18	1	32	47	1.59
7757593--7757655	21	3.0	22	77	15	78	14	1	33	50	1.52
7757590--7757656	7	9.4	7	75	8	64	13	1	31	53	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7757678--7757726	14	3.4	14	76	15	55	14	4	32	48	1.62
7757371--7757786	29	14.4	29	72	8	188	20	3	29	47	1.66
7758043--7758096	18	3.0	18	75	5	56	29	1	0	68	1.00
7758264--7758467	37	5.5	37	76	5	144	17	17	16	49	1.81
7758252--7758419	73	2.3	73	76	8	187	16	17	17	49	1.80
7758252--7758438	73	2.5	71	74	8	178	16	16	16	50	1.78
7758469--7758534	22	3.0	21	81	14	80	27	21	18	33	1.96
7758531--7758856	37	8.9	36	72	11	207	16	17	17	48	1.81
7758528--7758784	73	3.5	73	82	8	263	17	17	17	47	1.83
7758528--7758856	146	2.2	146	77	7	310	16	17	17	48	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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