genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   

This is table  93  of  195  ( 23297 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17089140--17089332	42	4.6	42	93	1	327	22	17	24	36	1.95
17088998--17089276	141	2.0	142	93	0	479	22	16	23	37	1.93
17089142--17089332	83	2.3	83	93	1	321	21	17	24	36	1.94
17089339--17089398	8	7.9	8	80	10	56	85	11	0	3	0.72
17089340--17089391	10	5.4	10	86	9	63	86	9	0	3	0.69
17089340--17089398	19	3.2	19	85	7	77	86	10	0	3	0.68
17089340--17089398	18	3.2	18	87	2	82	86	10	0	3	0.68
17090245--17090300	20	2.9	19	76	5	58	32	25	14	28	1.94
17090700--17090755	16	3.5	15	78	9	58	12	7	1	78	1.02
17090725--17090766	22	1.9	22	85	9	59	14	11	2	71	1.24
17090777--17091221	57	7.7	58	89	6	665	45	7	11	34	1.69
17090777--17091221	113	3.9	114	91	4	682	45	7	11	34	1.69
17091720--17091772	26	2.0	26	96	0	97	24	20	26	28	1.99
17092615--17092664	26	1.9	26	95	0	91	30	22	24	24	1.99
17093045--17093100	27	2.1	27	83	6	71	25	7	14	53	1.66
17093505--17093557	26	2.0	26	89	7	81	24	22	24	28	2.00
17091714--17094527	895	3.1	890	87	3	3988	25	24	24	25	2.00
17095251--17095303	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
17096151--17096203	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
17096177--17096542	159	2.3	159	88	2	531	22	30	28	18	1.97
17096316--17099063	872	3.2	863	87	3	3807	25	24	24	25	2.00
17100267--17100318	26	2.0	26	100	0	104	26	19	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17100267--17100662	185	2.1	185	80	5	453	21	25	29	23	1.99
17101340--17101392	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
17100448--17103147	889	3.0	886	87	3	3685	25	24	24	26	2.00
17102232--17102284	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
17103784--17103834	26	2.0	26	92	7	88	27	15	25	31	1.96
17105682--17105920	55	4.2	57	83	10	294	45	8	10	35	1.69
17105682--17105917	117	2.1	111	85	10	316	46	7	10	35	1.67
17106414--17106466	26	2.0	26	96	0	97	24	20	26	28	1.99
17107304--17107353	26	1.9	26	95	0	91	30	22	24	24	1.99
17107735--17107790	27	2.2	26	81	12	62	25	5	14	55	1.60
17108200--17108278	26	3.0	26	96	0	140	24	20	27	27	1.99
17109988--17110040	26	2.0	26	100	0	106	26	16	26	30	1.97
17110882--17111255	159	2.4	159	88	2	538	22	29	28	18	1.97
17112794--17112846	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
17111925--17113717	897	2.0	895	88	3	2691	25	24	23	25	2.00
17115006--17115057	26	2.0	26	100	0	104	26	19	26	26	1.99
17116076--17116128	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
17116972--17117024	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
17115186--17117912	896	3.0	888	86	4	3633	25	24	24	26	2.00
17117370--17117409	20	2.0	20	100	0	80	30	15	20	35	1.93
17118550--17118602	26	2.0	26	96	0	97	26	15	26	32	1.95
17117996--17120411	896	2.7	894	86	3	3293	26	24	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17120342--17120391	26	1.9	26	91	0	82	32	18	20	30	1.96
17120431--17120486	26	2.2	26	100	0	112	17	25	53	3	1.60
17122083--17122138	26	2.2	26	96	0	103	28	19	23	28	1.98
17122971--17123026	26	2.2	26	100	0	112	26	19	25	28	1.99
17123860--17123912	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
17124763--17124815	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
17125660--17125712	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
17126544--17126595	26	2.0	26	100	0	104	26	19	26	26	1.99
17126105--17130768	901	5.2	896	87	5	6766	25	24	24	25	2.00
17127445--17127497	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
17128341--17128393	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
17130102--17130154	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
17130555--17130980	212	2.0	212	98	0	816	30	17	16	35	1.92
17131220--17131272	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
17132123--17132175	26	2.0	26	92	0	88	22	22	26	28	1.99
17130767--17133247	903	2.7	900	87	2	3491	25	24	24	25	2.00
17133777--17133828	25	2.0	26	92	3	88	28	19	25	26	1.98
17135554--17135606	26	2.0	26	92	0	88	28	22	24	24	2.00
17136449--17136501	26	2.0	26	88	0	79	32	18	20	28	1.97
17133400--17138671	894	5.9	894	87	3	7114	25	23	24	26	2.00
17138212--17138264	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
17139145--17139362	58	3.8	58	90	4	332	33	11	7	47	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17139145--17139360	117	1.9	115	91	3	353	34	11	7	46	1.68
17139402--17139458	18	3.2	18	82	2	71	80	0	5	14	0.87
17139395--17139566	22	7.5	22	66	16	73	75	3	4	16	1.11
17139401--17139462	10	6.2	10	73	14	56	80	0	4	14	0.87
17139383--17139475	23	4.1	22	72	17	66	76	1	7	15	1.06
17139398--17139469	10	7.2	10	74	22	55	79	0	5	15	0.91
17139410--17139484	23	3.3	22	77	18	66	76	0	6	17	1.00
17140514--17140597	27	3.1	27	80	13	86	72	5	1	20	1.12
17140499--17140581	26	3.0	27	77	10	87	71	4	2	21	1.17
17140544--17140597	23	2.4	21	77	19	56	70	7	0	22	1.12
17141139--17141190	26	2.0	26	96	0	95	28	21	23	26	1.99
17141165--17143944	902	3.1	897	87	2	3965	25	24	24	24	2.00
17143681--17143733	26	2.0	26	92	0	88	28	18	26	26	1.98
17145452--17145504	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
17146333--17146384	26	2.0	26	92	0	86	30	19	21	28	1.97
17147233--17147283	26	2.0	26	84	7	68	25	15	29	29	1.96
17145450--17154204	899	9.8	891	84	5	10160	25	23	25	25	2.00
17148125--17148179	26	2.1	26	86	6	76	30	14	20	34	1.92
17149865--17149923	26	2.4	25	86	8	84	28	18	22	30	1.97
17152560--17152612	26	2.0	26	92	0	88	33	20	18	26	1.96
17153463--17153515	26	2.0	26	96	0	97	28	20	26	24	1.99
17148926--17154204	898	5.9	896	86	2	7056	25	23	25	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17155759--17155812	26	2.0	27	89	10	85	27	18	27	25	1.98
17156509--17156561	26	2.0	26	92	0	88	26	15	24	33	1.95
17157412--17157464	26	2.0	26	92	0	88	26	18	24	30	1.98
17155785--17163070	903	8.2	898	86	3	9105	25	24	24	25	2.00
17159959--17159988	14	2.1	14	100	0	60	16	33	36	13	1.88
17160958--17161010	26	2.0	26	88	0	79	28	16	24	30	1.97
17158307--17163070	899	5.3	893	84	4	5861	25	24	24	25	2.00
17162743--17162795	26	2.0	26	92	0	88	28	16	26	28	1.97
17163556--17163605	26	1.9	26	91	0	82	32	22	22	24	1.98
17165191--17165243	26	2.0	26	96	0	97	28	18	26	26	1.98
17166082--17166134	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
17164537--17178797	888	15.9	890	78	9	9779	25	24	24	25	2.00
17167865--17167916	26	2.0	26	84	0	68	25	17	25	32	1.97
17168767--17168818	26	2.0	26	96	0	95	26	19	25	28	1.98
17169899--17169949	26	2.0	26	92	0	84	27	19	25	27	1.99
17170792--17170844	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
17171521--17171573	26	2.0	26	96	0	97	26	22	24	26	2.00
17171751--17171775	12	2.1	12	100	0	50	8	28	64	0	1.22
17170818--17178797	888	8.9	887	90	1	11450	25	24	24	25	2.00
17175979--17176031	26	2.0	26	92	0	88	30	18	24	26	1.98
17179954--17180006	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
17179172--17183519	898	4.9	898	85	6	5208	25	23	24	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17180852--17180904	26	2.0	26	88	0	79	32	18	22	26	1.97
17182613--17182665	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
17184210--17184262	26	2.0	26	96	0	97	28	18	26	26	1.98
17185112--17185161	26	1.9	26	95	0	91	28	18	28	26	1.98
17183491--17187556	892	4.5	895	86	3	5249	25	23	24	26	2.00
17186001--17186053	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
17186898--17186968	26	2.7	26	88	0	106	32	16	22	28	1.96
17186898--17186976	26	3.0	26	75	14	81	31	17	22	27	1.97
17187678--17187730	26	2.0	26	92	0	88	30	16	22	30	1.96
17190395--17190444	25	2.0	26	92	4	84	30	20	22	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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