genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   

This is table  71  of  195  ( 23297 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14164809--14165235	223	1.9	223	90	2	680	24	28	25	22	2.00
14166231--14166283	26	2.0	26	92	0	88	26	18	24	30	1.98
14165036--14172681	896	8.4	895	73	12	5430	24	24	25	25	2.00
14168873--14168925	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
14169128--14169201	37	2.0	37	94	5	132	24	27	43	5	1.76
14170363--14170431	26	2.7	26	93	0	111	23	5	17	53	1.65
14170857--14170909	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
14169230--14172681	902	3.8	892	85	6	4399	25	24	24	26	2.00
14171755--14171807	26	2.0	26	92	0	88	30	20	22	26	1.98
14171911--14177821	714	8.1	713	72	13	4119	25	23	23	26	2.00
14174294--14177821	718	5.0	717	84	4	4628	26	22	23	27	2.00
14177795--14177847	26	2.0	26	88	0	79	28	20	22	28	1.99
14178700--14178777	26	3.0	26	92	3	122	28	21	24	25	1.99
14180327--14180379	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
14179587--14181497	895	2.1	893	88	2	2843	26	24	24	24	2.00
14191610--14191659	26	1.9	26	91	0	82	28	22	26	24	1.99
14192505--14192557	26	2.0	26	92	0	88	28	18	26	26	1.98
14190870--14197856	887	7.8	890	84	5	8528	25	24	24	25	2.00
14194265--14194317	26	2.0	26	92	7	90	26	16	26	30	1.97
14195151--14195203	26	2.0	26	92	0	88	28	20	22	28	1.99
14196038--14196089	26	2.0	26	84	0	68	28	21	25	25	1.99
14196945--14196997	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14197989--14198038	26	1.9	26	91	0	82	32	18	24	26	1.97
14197830--14198163	185	1.8	185	84	2	465	21	28	29	20	1.98
14200652--14200703	26	2.0	26	96	0	95	26	17	26	28	1.97
14202232--14202282	26	2.0	26	96	0	93	31	15	25	27	1.96
14201573--14203080	731	2.1	731	91	1	2452	27	22	23	26	2.00
14202963--14203013	26	2.0	26	96	0	93	33	13	23	29	1.93
14204697--14204749	26	2.0	26	96	0	97	28	16	24	30	1.97
14205598--14205650	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
14206500--14211661	871	5.8	894	84	4	6313	26	23	23	26	2.00
14209831--14209883	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
14210735--14210787	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
14209829--14211661	900	2.0	902	88	2	2682	26	23	24	25	2.00
14212328--14212380	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
14213212--14213264	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
14213439--14213473	8	4.4	8	96	0	61	8	25	65	0	1.21
14216575--14216627	26	2.0	26	89	7	81	32	18	22	26	1.97
14214963--14219287	877	4.9	855	83	7	4633	25	24	24	25	2.00
14216994--14217046	27	2.0	27	88	3	81	24	9	13	52	1.69
14220812--14220864	26	2.0	26	89	7	81	26	16	28	28	1.97
14219210--14222272	893	3.5	886	85	4	3897	25	23	24	26	2.00
14221706--14221759	26	2.0	27	96	3	101	25	16	25	31	1.97
14222269--14224663	717	3.3	711	83	6	2811	26	24	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14224637--14224689	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
14225535--14225587	26	2.0	26	88	0	79	33	15	18	32	1.92
14223862--14227340	898	3.8	901	84	5	4198	26	23	24	25	2.00
14226436--14226514	26	3.0	26	92	3	124	29	18	25	26	1.98
14229628--14229680	26	2.0	26	85	0	70	32	18	20	28	1.97
14228325--14231435	904	3.5	892	85	4	3995	25	24	24	25	2.00
14230686--14232510	703	2.6	691	85	5	2302	26	22	23	28	1.99
14233381--14233439	26	2.3	26	88	5	95	25	18	27	28	1.98
14233567--14235768	729	3.0	716	86	4	3018	26	23	24	25	2.00
14235744--14235794	26	2.0	26	96	0	93	25	21	27	25	1.99
14236639--14236707	26	2.7	26	95	0	120	31	15	21	30	1.95
14234995--14237588	923	2.8	923	85	3	3269	25	23	24	26	2.00
14239219--14239271	26	2.0	26	96	0	97	26	22	24	26	2.00
14240102--14240154	26	2.0	26	92	0	88	28	15	24	32	1.95
14241005--14241057	26	2.0	26	88	0	79	26	16	24	32	1.97
14241897--14241949	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
14242801--14242853	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
14238449--14245077	891	7.5	897	83	5	7699	25	24	24	25	2.00
14243653--14243705	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
14244544--14244601	26	2.2	27	93	3	100	25	18	25	29	1.98
14247878--14248021	45	3.2	45	72	11	141	15	29	31	22	1.95
14253757--14254564	45	18.0	45	75	4	475	19	32	28	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14253757--14254569	135	6.0	135	76	4	629	19	32	28	20	1.97
14253777--14254559	180	4.3	181	75	5	575	19	32	28	19	1.97
14254690--14254793	45	2.3	45	83	6	122	21	38	23	17	1.93
14264448--14265094	345	1.9	345	83	4	849	23	27	26	22	1.99
14264866--14264918	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
14264382--14264970	174	3.4	173	70	9	453	23	27	28	21	1.99
14265868--14266266	45	8.9	45	83	1	422	14	30	34	21	1.93
14265870--14266264	135	2.9	135	86	1	504	14	30	34	21	1.93
14265810--14266266	90	5.1	90	85	0	466	15	30	33	20	1.94
14266242--14266288	22	2.1	22	96	0	85	17	34	29	19	1.94
14266268--14266409	45	3.2	44	76	5	140	16	32	28	21	1.96
14266152--14266356	112	1.8	112	87	0	302	14	33	33	18	1.91
14266107--14266410	157	1.9	157	85	0	410	15	32	32	19	1.93
14271251--14271322	6	12.3	6	77	12	53	20	1	1	76	0.94
14271252--14271293	15	2.7	16	85	7	59	23	0	0	76	0.79
14271255--14271372	48	2.5	46	76	17	116	22	3	2	71	1.14
14272307--14272357	27	2.0	26	84	7	68	7	1	5	84	0.85
14272392--14272448	6	9.7	6	75	21	50	14	1	1	82	0.83
14272391--14272450	11	5.8	10	81	13	68	15	1	1	81	0.85
14272392--14272453	14	4.5	13	73	15	54	14	1	1	82	0.83
14272391--14272460	19	3.5	19	75	22	72	15	2	1	80	0.91
14272393--14272460	11	6.8	10	75	20	54	14	2	1	80	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14272487--14272873	57	6.7	57	87	6	525	44	8	12	34	1.72
14277789--14277841	26	2.0	26	92	0	88	30	20	22	26	1.98
14278688--14278740	26	2.0	26	88	0	79	30	18	22	28	1.98
14276917--14279558	902	2.9	897	86	3	3591	26	24	23	25	2.00
14279871--14279923	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
14281590--14281640	26	1.9	27	92	4	86	31	19	25	23	1.98
14282485--14282537	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
14280729--14285300	889	5.2	895	85	4	6118	25	24	24	25	2.00
14284256--14284308	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
14285140--14285192	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
14285864--14285916	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
14284600--14285942	724	1.9	714	89	2	2116	26	24	22	27	2.00
14286764--14286816	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
14285314--14286986	900	1.9	899	89	1	2604	24	25	23	25	2.00
14293336--14293386	26	2.0	26	96	0	93	29	13	27	29	1.94
14294215--14294266	26	2.0	26	96	0	95	28	19	25	26	1.98
14296866--14296918	26	2.0	26	85	7	72	26	16	26	30	1.97
14298658--14298710	26	2.0	26	96	0	97	28	16	26	28	1.97
14300367--14300632	141	1.9	141	84	3	356	24	29	25	20	1.99
14303521--14303573	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
14303087--14304117	521	2.0	513	87	2	1474	28	24	22	24	2.00
14304562--14304614	26	2.0	26	89	7	81	28	16	24	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14305425--14305477	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
14306327--14306379	26	2.0	26	92	0	88	28	20	24	26	1.99
14307252--14307302	26	2.0	26	96	0	93	27	17	27	27	1.98
14308134--14308186	26	2.0	26	92	0	88	30	20	22	26	1.98
14305134--14315268	903	11.4	899	79	8	9765	25	24	24	25	2.00
14309157--14315300	870	7.1	864	83	5	7353	25	24	24	25	2.00
14313462--14313512	26	2.0	26	88	0	75	25	15	25	33	1.95
14314339--14314397	26	2.3	26	88	5	86	27	20	23	28	1.99
14314523--14316692	710	3.0	713	90	1	3315	25	23	24	26	2.00
14316666--14316718	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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