genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.38.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   

This is table  38  of  195  ( 23297 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8098522--8098683	69	2.3	69	81	2	182	30	17	11	40	1.86
8098558--8098732	17	10.2	17	68	9	95	29	18	12	40	1.86
8098605--8098704	52	1.9	52	81	4	121	29	17	14	40	1.88
8098720--8098800	17	4.8	17	71	0	63	33	9	7	49	1.64
8098678--8098800	34	3.6	34	85	4	151	32	13	8	45	1.73
8098678--8098820	34	4.2	34	83	5	148	32	12	9	46	1.73
8098805--8098888	41	2.0	41	86	0	114	28	11	14	45	1.80
8099167--8099230	31	2.0	33	84	6	87	23	25	14	37	1.92
8099180--8099746	86	6.9	78	71	16	255	22	19	14	43	1.87
8099180--8099420	79	2.9	82	77	8	258	21	20	14	43	1.86
8099339--8099633	155	1.9	155	83	0	383	22	18	15	43	1.87
8101200--8101334	59	2.3	60	79	7	177	51	7	8	32	1.61
8103836--8103924	32	2.8	32	80	0	97	25	28	16	29	1.97
8110075--8110134	24	2.5	25	79	12	65	31	0	8	60	1.27
8110718--8110780	22	2.9	22	80	0	72	47	1	12	38	1.51
8110946--8110999	11	4.9	11	75	8	56	55	3	3	37	1.35
8110795--8110999	22	9.3	22	72	5	76	51	5	7	36	1.53
8111026--8111076	22	2.3	22	86	6	68	47	3	13	35	1.62
8111042--8111166	65	1.9	66	83	8	166	49	5	9	35	1.59
8111143--8111189	22	2.2	22	85	11	62	48	4	6	40	1.48
8111042--8111188	65	2.2	64	79	11	156	48	5	8	36	1.57
8111173--8111270	44	2.3	43	80	3	106	41	1	12	44	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8111310--8111390	41	2.0	41	85	0	108	50	7	6	35	1.55
8111310--8111426	22	5.5	22	72	10	82	49	6	7	35	1.58
8111517--8111557	21	2.0	21	85	0	55	51	21	2	24	1.60
8111532--8111595	23	2.8	23	80	4	67	48	14	4	32	1.64
8111547--8111654	22	4.9	22	76	5	74	50	6	6	37	1.54
8111990--8112133	22	6.5	22	71	6	76	48	4	7	38	1.53
8112189--8112222	16	2.2	15	89	5	50	55	2	5	35	1.39
8112218--8112275	20	2.8	21	92	5	100	43	0	8	48	1.34
8112218--8112308	22	4.3	22	76	9	64	42	3	10	42	1.56
8112362--8112404	22	2.0	22	86	9	61	60	6	2	30	1.35
8112426--8112479	22	2.5	22	81	0	72	42	5	11	40	1.64
8112944--8113220	58	4.8	58	86	4	389	35	12	6	44	1.70
8112943--8113220	118	2.4	116	89	3	416	35	13	6	44	1.70
8113237--8113346	5	20.8	5	69	22	57	75	0	5	18	1.04
8113237--8113261	13	1.9	13	100	0	50	80	0	0	20	0.72
8113237--8113331	6	15.5	6	73	17	63	76	1	5	16	1.02
8114188--8114292	20	5.2	21	71	18	71	71	4	2	20	1.17
8114196--8114295	5	19.6	5	67	19	55	72	4	3	21	1.15
8114228--8114295	20	3.4	20	78	13	77	73	4	2	19	1.13
8114256--8114324	32	2.2	32	84	5	86	68	5	2	23	1.25
8114664--8114834	42	4.1	41	82	3	191	36	21	15	26	1.94
8114664--8114834	83	2.1	83	83	4	211	36	21	15	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8115848--8115910	17	3.9	16	80	17	76	11	7	0	80	0.89
8115848--8115915	8	8.4	8	83	16	79	11	8	0	79	0.94
8115842--8115915	22	3.0	25	84	11	82	12	10	0	77	1.01
8115835--8115922	14	6.2	14	74	17	74	12	10	0	77	1.00
8126308--8126926	57	10.8	57	83	6	723	36	12	6	44	1.69
8126307--8126927	174	3.6	172	83	5	770	35	12	6	44	1.69
8126308--8126929	117	5.4	115	86	5	792	35	12	6	44	1.69
8126945--8127072	5	25.0	5	68	21	61	76	1	7	14	1.07
8126958--8127049	17	5.5	16	80	13	71	78	2	8	10	1.05
8126945--8127016	34	2.2	32	87	7	99	80	1	5	12	0.94
8127000--8127044	17	2.6	17	92	0	72	75	4	13	6	1.15
8127977--8128028	21	2.5	20	87	9	68	63	7	5	23	1.43
8127991--8128030	11	3.5	12	75	25	50	62	5	5	27	1.37
8127968--8128030	22	2.9	21	86	9	74	65	6	4	23	1.36
8128173--8128211	17	2.2	19	90	9	64	71	0	5	23	1.05
8128141--8128238	6	16.0	6	73	10	56	73	2	4	20	1.10
8128193--8128230	20	1.9	20	84	10	51	71	2	5	21	1.19
8128377--8128427	22	2.3	21	80	9	57	43	11	9	35	1.75
8128395--8128568	22	7.9	22	73	0	105	45	7	8	38	1.62
8129119--8129152	16	2.1	17	88	5	52	58	5	2	32	1.37
8129299--8129325	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
8131616--8131666	2	25.5	2	100	0	102	49	0	50	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8143136--8143160	11	2.3	11	100	0	50	8	8	20	64	1.46
8144729--8144780	3	17.3	3	95	0	95	65	1	0	32	1.04
8154622--8154825	70	2.9	70	94	0	363	43	12	13	30	1.81
8157733--8157798	18	3.7	18	72	11	55	27	4	30	37	1.77
8157700--8157799	33	2.9	34	71	11	96	31	4	28	37	1.75
8157771--8157826	18	2.9	18	78	14	67	30	3	37	28	1.74
8157780--8157822	21	2.0	21	90	0	68	30	2	41	25	1.68
8158169--8158229	6	10.2	6	90	0	95	31	47	0	21	1.51
8161644--8161692	25	1.9	26	91	4	82	40	10	2	46	1.49
8161918--8161955	20	2.0	20	89	5	60	60	5	0	34	1.19
8162190--8162281	39	2.4	39	89	5	134	22	59	1	16	1.43
8162218--8162291	19	3.8	19	67	15	53	24	62	1	12	1.38
8164224--8164277	22	2.4	23	78	12	67	55	3	5	35	1.41
8164394--8164443	15	3.3	15	86	5	73	56	2	0	42	1.11
8164394--8164456	31	2.1	30	84	3	81	60	1	0	38	1.07
8164537--8164591	16	3.8	16	71	26	59	52	0	1	45	1.11
8164535--8164601	26	2.7	24	88	11	107	49	0	1	49	1.10
8176594--8176689	50	1.9	50	91	0	156	37	4	10	47	1.57
8176747--8176978	128	1.8	126	87	3	349	55	12	9	22	1.65
8176743--8177006	128	2.1	126	81	4	334	53	11	8	26	1.66
8183902--8183949	21	2.3	21	81	0	60	22	10	35	31	1.88
8183932--8183977	21	2.2	22	80	11	60	30	15	19	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8190239--8190312	38	1.9	38	81	10	89	24	2	8	64	1.34
8191581--8191828	125	2.0	125	80	9	283	50	8	7	34	1.60
8196587--8196625	12	3.2	12	89	7	53	84	0	10	5	0.76
8198223--8198351	63	2.0	63	85	2	170	20	20	13	45	1.84
8198237--8198367	63	2.1	63	84	2	165	20	22	11	45	1.83
8199825--8199879	25	2.3	23	90	9	92	16	3	7	72	1.21
8199864--8199953	5	17.6	5	71	24	64	20	3	1	75	1.01
8199865--8199952	19	4.3	21	72	27	66	20	3	1	75	1.02
8199865--8200025	4	39.8	4	72	13	50	18	3	5	72	1.20
8200419--8200469	13	3.9	13	78	0	57	60	0	0	39	0.97
8200384--8200464	33	2.5	33	74	20	80	56	3	0	39	1.17
8200418--8200469	26	2.0	26	84	0	68	61	0	0	38	0.96
8200644--8200904	127	2.1	123	82	5	319	48	8	7	35	1.63
8200901--8201007	38	2.8	38	88	0	151	41	12	15	30	1.84
8201005--8201724	358	2.0	358	95	1	1311	36	9	14	38	1.80
8204546--8204609	23	2.8	22	81	13	76	31	3	9	56	1.47
8205575--8205608	16	2.1	17	88	5	52	61	0	0	38	0.96
8205714--8205770	3	19.0	3	100	0	114	66	0	0	33	0.92
8207399--8207463	3	21.7	3	100	0	130	66	0	0	33	0.92
8207658--8207700	22	2.0	22	85	0	59	39	18	16	25	1.91
8212821--8212854	14	2.4	14	90	9	52	82	5	11	0	0.83
8212810--8212856	21	2.2	21	88	7	69	82	4	10	2	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8212810--8212856	22	2.2	21	88	3	67	82	4	10	2	0.88
8213595--8213813	64	3.4	65	78	3	221	18	22	10	47	1.79
8213732--8214171	120	3.7	121	77	4	408	18	20	15	46	1.84
8214428--8214535	3	35.0	3	80	9	103	34	3	2	59	1.30
8214849--8214878	15	2.0	15	93	0	51	20	3	20	56	1.56
8215402--8215426	13	1.9	13	100	0	50	16	0	4	80	0.87
8216498--8216747	131	1.9	130	85	4	342	28	10	13	47	1.76
8216723--8216751	14	2.1	14	93	6	51	31	6	13	48	1.69
8220113--8220155	20	2.3	19	88	8	61	62	20	2	13	1.42
8220997--8221038	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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