genome.fa.s112.2.7.7.80.10.50.1000.108.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167937.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35885061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   

This is table  108  of  195  ( 23297 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19063138--19063190	26	2.0	26	88	0	79	28	24	16	30	1.97
19065638--19065687	26	1.9	26	88	8	75	28	20	20	32	1.97
19064916--19066404	742	2.0	743	89	2	2260	26	23	23	26	2.00
19066537--19066589	26	2.0	26	92	0	88	26	22	22	28	1.99
19068651--19068700	26	1.9	26	95	0	91	22	32	20	26	1.98
19072176--19072226	26	2.0	26	100	0	102	25	27	19	27	1.99
19068319--19078239	900	11.2	892	84	5	11574	25	24	24	25	2.00
19073968--19074018	26	2.0	26	88	0	75	35	23	13	27	1.93
19071311--19078239	878	7.8	899	85	4	8780	25	24	24	25	2.00
19075723--19075775	26	2.0	26	88	0	79	28	24	16	30	1.97
19078216--19078265	26	1.9	26	88	8	75	28	20	20	32	1.97
19077490--19078984	745	2.0	746	89	2	2315	26	23	23	26	2.00
19079117--19079169	26	2.0	26	92	0	88	26	22	22	28	1.99
19080889--19080941	26	2.0	26	89	7	81	30	24	18	26	1.98
19081758--19081810	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
19082663--19082715	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
19083569--19083621	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
19081000--19086033	894	5.6	894	87	1	7002	25	24	23	25	2.00
19084463--19084515	26	2.0	26	92	0	88	28	24	16	30	1.97
19085353--19085405	26	2.0	26	92	0	88	24	26	20	28	1.99
19086842--19086894	26	2.0	26	92	0	88	24	26	20	28	1.99
19088605--19088657	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19089496--19089548	26	2.0	26	92	0	88	30	24	18	26	1.98
19086036--19090470	899	5.0	890	85	5	5534	25	24	24	26	2.00
19090395--19090447	26	2.0	26	100	0	106	26	22	20	30	1.98
19090236--19090643	185	2.2	185	86	0	548	22	27	27	22	1.99
19091477--19091529	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
19090421--19092449	900	2.3	897	85	2	2768	25	24	24	25	2.00
19092377--19092429	26	2.0	26	100	0	106	26	22	20	30	1.98
19092218--19092630	184	2.2	185	86	2	553	21	27	27	23	1.99
19099371--19099423	26	2.0	26	88	0	79	32	20	16	30	1.95
19101346--19101398	26	2.0	26	88	0	79	28	24	20	26	1.99
19102232--19102284	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
19103136--19103188	26	2.1	25	85	3	70	26	22	22	28	1.99
19099514--19105836	900	7.0	904	85	3	8038	25	24	24	25	2.00
19104947--19104997	26	2.0	26	96	0	93	27	23	19	29	1.98
19099514--19105836	892	7.0	890	84	5	7580	25	24	24	25	2.00
19106675--19106725	26	2.0	26	96	0	93	29	27	13	29	1.94
19105835--19121808	901	17.8	893	81	7	16515	25	25	24	25	2.00
19108468--19108520	26	2.0	26	85	7	72	28	22	16	32	1.96
19112881--19112933	26	2.0	26	88	0	79	30	26	15	28	1.96
19113777--19113829	26	2.0	26	92	0	88	28	26	16	28	1.97
19114800--19114851	26	2.0	26	100	0	104	26	26	19	26	1.99
19115679--19115731	26	2.0	26	92	0	88	30	18	20	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19116551--19116602	26	2.0	26	96	0	95	28	26	17	26	1.97
19118361--19118413	26	2.0	26	96	0	97	26	24	22	26	2.00
19120124--19120176	26	2.0	26	92	0	88	28	22	20	28	1.99
19121054--19123258	729	3.1	726	90	3	3297	26	24	23	25	2.00
19123361--19123413	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
19124268--19124344	26	3.0	26	92	0	118	31	27	12	28	1.93
19125189--19125238	25	2.0	26	96	4	93	28	24	20	28	1.99
19126088--19126166	26	3.0	26	90	0	122	27	25	17	29	1.98
19122609--19132265	932	10.7	909	82	7	10732	25	24	23	25	2.00
19127931--19127983	26	2.1	26	89	10	83	26	24	20	28	1.99
19129746--19129796	26	2.0	26	88	0	75	27	25	15	31	1.96
19130609--19130661	26	2.0	26	92	0	88	28	28	16	26	1.97
19130487--19132291	903	2.0	882	86	4	2500	25	25	24	25	2.00
19131525--19133009	718	2.1	715	89	2	2280	25	23	24	26	2.00
19133113--19133165	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
19136658--19136710	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
19135781--19143773	903	9.0	891	84	5	9734	25	24	24	25	2.00
19137557--19137609	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
19140228--19140280	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
19141109--19141161	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
19141995--19142047	26	2.0	26	92	0	88	26	18	22	32	1.97
19145905--19145957	26	2.0	26	92	0	88	26	26	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19145831--19147356	735	2.1	737	87	2	2172	26	24	22	26	2.00
19147529--19147581	26	2.0	26	88	0	79	28	24	16	30	1.97
19151870--19151922	26	2.0	26	92	0	88	28	26	16	28	1.97
19152761--19152813	26	2.0	26	88	0	79	30	24	16	28	1.97
19153855--19154487	60	10.7	60	86	5	828	33	13	7	44	1.72
19153855--19154468	118	5.2	118	88	5	824	34	14	7	44	1.72
19154491--19154533	12	3.3	12	84	12	50	79	0	4	16	0.90
19155467--19155534	28	2.5	26	82	15	84	66	1	7	25	1.26
19155467--19155579	28	4.3	27	75	21	82	68	1	4	25	1.18
19155539--19155596	7	7.4	8	75	16	50	70	0	0	29	0.87
19155541--19155595	28	2.0	28	92	0	92	69	0	0	30	0.89
19155499--19155622	22	5.8	22	76	15	84	66	3	0	29	1.12
19155878--19155908	10	3.2	10	95	4	55	0	0	6	93	0.35
19155915--19156249	41	8.1	41	91	4	507	36	23	17	22	1.95
19155915--19156249	162	2.0	166	89	5	511	36	23	17	22	1.95
19155915--19156249	124	2.7	120	90	4	501	36	23	17	22	1.95
19157493--19157535	16	2.8	14	80	19	50	4	11	0	83	0.78
19157495--19157535	11	3.5	11	83	9	55	4	9	0	85	0.73
19160723--19161301	119	4.9	119	89	4	886	34	13	7	43	1.73
19160723--19161301	60	9.8	60	86	4	795	34	13	7	43	1.73
19161317--19161363	17	3.0	16	84	9	53	78	0	4	17	0.90
19161896--19161963	31	2.2	31	83	0	82	39	23	8	27	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19162331--19162396	28	2.4	27	82	9	80	63	1	9	25	1.33
19162392--19162480	25	3.7	23	75	17	74	68	2	0	29	1.02
19162409--19162536	22	6.3	21	68	23	71	67	3	0	27	1.13
19162450--19162555	38	2.8	39	75	5	110	66	6	0	25	1.21
19162557--19162606	22	2.3	22	85	0	64	86	0	12	2	0.67
19162557--19162606	12	4.1	12	80	12	57	86	0	12	2	0.67
19162557--19162609	19	2.9	18	81	13	56	84	0	11	3	0.73
19162643--19162681	21	1.9	21	89	5	62	20	28	30	20	1.98
19162957--19163009	26	2.0	26	88	0	79	28	22	20	28	1.99
19163854--19163906	26	2.0	26	82	7	63	24	22	20	32	1.98
19162691--19165444	891	3.1	888	87	3	3872	25	25	24	25	2.00
19166348--19166400	26	2.0	26	82	7	63	24	22	20	32	1.98
19168845--19168897	26	2.0	26	82	7	63	24	22	20	32	1.98
19168033--19170436	888	2.7	893	85	6	3081	26	24	23	25	2.00
19171345--19171397	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
19172242--19172294	26	2.0	26	89	7	81	32	26	15	26	1.95
19173121--19173173	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
19170528--19174978	903	5.0	900	86	4	5945	25	25	24	25	2.00
19174921--19174973	26	2.0	26	88	0	79	28	26	16	28	1.97
19177455--19177507	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
19180187--19180239	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
19176436--19180909	899	4.9	896	83	5	5490	25	24	24	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19180936--19180985	26	1.9	26	87	0	73	28	22	20	30	1.98
19181831--19181883	26	2.0	26	88	0	79	30	24	16	28	1.97
19182731--19182781	26	2.0	26	100	0	102	25	27	19	27	1.99
19180914--19183501	899	2.9	894	87	1	3676	25	24	23	25	2.00
19182700--19184237	745	2.1	735	86	4	2183	26	23	22	26	2.00
19183443--19201273	897	19.9	894	77	9	16203	25	24	24	25	2.00
19185975--19186350	159	2.4	159	83	0	457	20	27	28	23	1.99
19186324--19186373	26	1.9	26	87	0	73	26	24	18	32	1.97
19188106--19188157	26	2.0	26	92	0	86	28	23	21	26	1.99
19193341--19193393	26	2.0	26	96	0	97	26	20	24	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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