genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1365--1463	31	3.2	31	86	0	135	28	26	25	20	1.99
1642--1725	31	2.7	31	88	0	132	38	9	14	38	1.78
3132--3783	218	3.0	218	97	1	1249	41	19	10	28	1.85
7236--7286	24	2.1	25	92	3	86	52	15	13	17	1.74
28284--28382	47	2.1	47	88	5	148	33	26	5	35	1.78
30219--30509	23	12.7	23	72	7	173	38	25	5	30	1.78
30213--30489	46	6.0	46	77	7	233	39	25	5	29	1.78
30393--30509	24	5.0	24	76	8	105	38	22	5	33	1.78
42130--42213	40	2.1	40	100	0	168	38	38	11	11	1.79
43493--43528	15	2.4	15	90	0	54	16	22	2	58	1.51
56825--56855	2	15.5	2	100	0	62	0	51	0	48	1.00
64346--64405	28	2.1	28	87	6	84	56	1	0	41	1.09
66225--66258	17	2.0	17	88	0	50	35	0	0	64	0.94
69296--69348	25	2.1	25	96	0	97	24	18	24	32	1.97
69712--69761	17	3.0	17	77	8	50	22	6	24	48	1.73
79569--79593	12	2.1	12	100	0	50	0	8	32	60	1.26
81935--82562	211	3.0	207	87	3	911	31	18	16	33	1.93
86802--86998	95	2.0	97	89	5	301	34	10	7	47	1.67
89666--89709	19	2.3	19	92	4	70	61	0	0	38	0.96
89677--89712	10	3.7	10	85	7	56	66	0	0	33	0.92
89673--89718	19	2.4	19	88	0	74	60	0	0	39	0.97
91236--91302	34	2.0	34	93	0	116	40	29	10	19	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99253--99307	19	2.8	20	78	15	62	63	14	5	16	1.48
100577--100615	14	2.7	15	92	4	62	46	0	7	46	1.31
100644--100683	15	2.7	15	84	7	55	42	0	12	45	1.42
102684--102726	22	2.0	22	100	0	86	32	4	23	39	1.75
110273--110313	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
113546--113595	6	8.3	6	90	0	82	4	16	64	16	1.44
119693--119717	4	6.2	4	100	0	50	0	52	24	24	1.48
126096--126204	36	3.0	36	89	6	166	16	19	40	23	1.91
133569--133611	18	2.4	18	84	0	59	41	0	44	13	1.44
136749--136892	4	35.5	4	92	2	180	45	29	4	20	1.70
140005--140058	26	2.1	26	93	3	92	51	16	16	14	1.76
154006--154046	21	1.9	21	90	5	64	58	4	14	21	1.55
167787--168188	127	3.2	126	87	3	569	40	11	18	29	1.85
168971--169019	21	2.3	21	96	0	89	22	22	22	32	1.98
174422--174458	4	9.2	4	100	0	74	51	24	0	24	1.49
179328--179380	26	2.0	26	82	7	63	24	5	0	69	1.09
188960--189005	23	2.0	23	87	8	67	47	4	0	47	1.21
189221--189246	13	2.0	13	100	0	52	46	7	7	38	1.61
189401--189448	14	3.3	15	80	11	55	39	4	6	50	1.47
191034--191078	6	7.5	6	90	7	65	82	15	2	0	0.77
192854--192924	36	2.0	36	94	0	124	23	36	7	32	1.82
205942--205999	25	2.5	22	76	17	55	48	5	0	46	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
214585--214610	12	2.2	12	100	0	52	69	0	0	30	0.89
221994--222039	19	2.4	19	85	7	58	39	13	2	45	1.55
223061--223138	19	4.1	19	91	3	122	58	3	0	37	1.16
232443--232484	20	2.0	22	90	9	70	45	0	2	52	1.13
232455--232498	20	2.3	19	80	7	52	40	0	0	59	0.98
236075--236099	7	3.6	7	100	0	50	44	0	40	16	1.47
241600--241631	16	2.0	16	93	0	55	43	9	25	21	1.82
243154--243178	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
243286--243343	9	6.4	9	89	0	80	24	12	25	37	1.90
243286--243343	27	2.1	27	93	0	98	24	12	25	37	1.90
243286--243343	18	3.2	18	87	0	89	24	12	25	37	1.90
252574--252614	19	2.1	20	86	4	57	48	4	9	36	1.58
253332--253410	24	3.2	24	80	1	68	15	24	21	39	1.91
253426--253487	25	2.5	25	100	0	124	22	29	11	37	1.89
254842--254886	24	1.9	23	86	4	63	44	4	13	37	1.64
284718--284761	19	2.2	20	88	8	63	34	4	6	54	1.47
285408--285453	24	1.9	24	90	0	74	43	6	10	39	1.66
290928--290968	18	2.2	20	82	8	50	14	2	12	70	1.26
291671--291719	25	1.9	25	87	4	71	32	2	10	55	1.45
306197--306240	20	2.2	20	83	4	52	34	0	2	63	1.07
306279--306336	9	6.4	9	77	16	50	25	3	1	68	1.14
306304--306358	11	5.2	11	76	10	53	20	1	5	72	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
307907--307942	17	2.1	17	90	10	56	58	0	0	41	0.98
307910--307950	20	2.1	19	86	4	55	60	0	0	39	0.96
311251--311309	29	2.0	29	100	0	118	27	20	10	42	1.84
319328--319427	49	2.0	49	94	0	173	23	17	22	38	1.93
326082--326198	55	2.1	55	98	0	225	63	20	9	6	1.47
345035--345123	17	4.8	19	68	18	62	35	3	0	60	1.13
345035--345123	18	4.8	18	67	22	51	35	3	0	60	1.13
345038--345120	37	2.3	36	81	12	98	34	3	0	61	1.13
345057--345123	20	3.5	20	67	19	61	37	2	0	59	1.13
345092--345130	20	2.0	20	89	0	60	38	2	0	58	1.12
345091--345148	20	2.8	20	80	17	57	41	1	3	53	1.28
347864--347889	13	2.0	13	100	0	52	46	0	7	46	1.31
348435--348487	27	2.0	25	85	7	70	64	5	1	28	1.27
351918--351968	24	2.1	24	89	7	77	58	0	3	37	1.16
361204--361250	24	2.0	24	95	0	85	36	12	2	48	1.53
382375--382425	15	3.5	15	69	15	52	27	7	9	54	1.60
383227--383264	12	2.9	14	76	15	53	52	13	5	28	1.61
417065--417100	17	2.1	17	90	10	56	75	0	11	13	1.06
417053--417100	16	2.9	18	82	14	59	70	0	12	16	1.16
423331--423369	20	2.0	20	89	0	60	53	5	0	41	1.23
426486--426518	15	2.1	17	88	11	52	36	12	24	27	1.91
446854--447041	69	2.7	70	80	5	227	42	20	10	26	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
450849--450889	22	1.9	22	85	5	57	65	0	0	34	0.93
454585--454617	11	3.0	11	100	0	66	63	18	9	9	1.49
456051--456109	31	1.9	31	92	0	100	32	10	13	44	1.77
461075--461141	31	2.2	30	79	7	73	37	11	5	44	1.66
464812--464856	21	2.3	19	84	7	54	37	0	8	53	1.32
467625--467683	31	1.9	31	92	0	100	32	10	13	44	1.77
472330--472541	43	5.0	42	79	10	236	34	24	17	23	1.96
472330--472541	85	2.5	85	94	0	372	34	24	17	23	1.96
472553--472743	51	3.8	51	78	8	210	30	27	17	23	1.97
472551--472735	101	1.8	102	88	3	284	31	27	18	23	1.97
479437--479476	22	1.9	21	90	10	64	50	0	22	27	1.50
481850--481926	39	2.0	40	80	14	90	35	2	1	61	1.18
481880--481938	28	2.1	28	84	3	75	25	3	6	64	1.34
481887--481945	27	2.2	28	81	6	68	33	3	6	55	1.43
488663--488696	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
491495--491535	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
493441--493474	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
496102--496183	26	3.2	26	63	16	71	17	20	29	32	1.95
496117--496196	25	3.2	25	63	16	65	16	25	27	31	1.96
496088--496380	50	5.7	51	88	3	342	19	28	24	26	1.99
496128--496208	25	3.2	25	63	16	67	18	27	27	27	1.98
496475--496506	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
496718--496775	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
498275--498460	73	2.5	73	98	0	354	28	6	24	40	1.79
502677--502705	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
502706--502891	73	2.5	73	99	0	363	27	6	24	40	1.80
504493--504530	11	3.4	11	96	3	67	39	2	0	57	1.12
504512--504578	27	2.5	27	85	0	80	34	1	5	58	1.32
504795--504836	9	4.8	9	88	5	68	61	0	0	38	0.96
504791--504853	13	5.0	13	77	11	69	60	1	0	38	1.07
504789--504827	17	2.3	17	100	0	78	66	0	0	33	0.92
506940--506978	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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