genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.185.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   

This is table  185  of  222  ( 26535 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59071115--59071173	14	3.9	16	85	12	72	18	45	0	35	1.50
59077763--59077800	20	1.9	20	89	10	60	34	0	5	60	1.19
59100042--59100075	16	2.1	16	94	0	59	11	35	0	52	1.38
59100673--59100712	18	2.2	18	90	0	62	22	5	15	57	1.57
59100968--59101000	11	3.0	11	90	0	57	30	9	9	51	1.64
59102190--59102256	34	1.9	35	87	3	100	46	8	8	35	1.67
59105010--59105042	14	2.4	14	94	0	57	48	15	18	18	1.81
59108114--59108208	49	1.9	49	97	0	181	24	26	10	38	1.87
59111752--59111838	42	2.1	42	97	0	165	47	19	0	33	1.50
59112929--59112977	20	2.3	21	89	6	73	42	0	0	57	0.99
59115459--59115516	17	3.4	17	65	25	50	44	29	8	17	1.78
59116492--59116532	14	3.0	14	76	16	50	39	0	0	60	0.96
59121681--59121735	21	2.6	21	85	0	74	27	38	10	23	1.88
59123846--59124040	42	4.6	42	82	2	230	45	16	20	17	1.85
59123846--59124040	21	9.3	21	74	4	133	45	16	20	17	1.85
59123874--59124040	63	2.7	63	76	9	178	45	16	20	17	1.85
59127353--59127633	147	1.9	147	92	0	472	34	8	18	39	1.80
59146825--59146886	2	31.0	2	93	0	106	51	46	0	1	1.10
59147512--59147618	40	2.7	40	75	8	101	39	14	28	17	1.90
59153532--59153646	45	2.6	45	80	6	117	24	23	10	41	1.85
59164938--59164980	19	2.3	19	88	4	61	9	9	2	79	1.03
59164938--59165004	12	5.6	11	76	16	55	7	8	2	80	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59165625--59165948	144	2.2	144	92	2	535	20	21	28	28	1.98
59174807--59174865	14	4.2	14	71	16	59	38	0	0	61	0.96
59174815--59174863	25	1.9	25	88	12	73	34	0	0	65	0.93
59175476--59175511	3	11.7	3	94	5	63	33	0	0	66	0.92
59178162--59178250	45	2.0	45	90	0	142	33	23	16	25	1.96
59178252--59178447	51	3.9	50	82	4	232	30	28	17	23	1.97
59178259--59178443	101	1.8	101	91	3	309	30	28	17	23	1.97
59181531--59181579	19	2.5	19	80	9	55	55	6	0	38	1.25
59181531--59181569	18	2.1	19	85	4	53	56	5	0	38	1.22
59181561--59181609	25	1.9	26	83	4	64	55	4	0	40	1.19
59190399--59190810	204	2.0	201	82	3	506	23	19	13	43	1.86
59191253--59191308	13	4.3	13	93	6	96	28	1	28	41	1.66
59191227--59191308	26	3.1	25	86	8	94	30	2	26	40	1.69
59201202--59201236	12	3.0	12	87	4	54	91	8	0	0	0.42
59207370--59207430	18	3.4	17	84	8	68	37	22	22	16	1.93
59213643--59213690	18	2.6	20	78	18	59	35	22	22	18	1.96
59214633--59214690	29	2.0	29	96	0	107	37	8	17	36	1.80
59220917--59221076	50	3.1	50	81	4	151	40	8	10	40	1.70
59220973--59221097	50	2.5	50	83	3	137	44	8	5	41	1.57
59221171--59221200	14	2.1	14	93	0	51	56	0	0	43	0.99
59221607--59221654	14	3.3	14	78	16	53	47	0	2	50	1.12
59224322--59224382	27	2.3	27	85	5	79	29	27	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59224375--59224502	27	4.7	27	74	3	78	25	22	14	37	1.92
59224348--59224501	54	2.8	55	77	8	147	25	23	14	36	1.93
59228238--59228265	6	4.7	6	100	0	56	0	17	14	67	1.22
59228599--59228660	29	2.1	29	79	8	72	24	14	17	43	1.86
59230094--59230219	63	2.0	63	85	1	171	42	18	10	29	1.83
59231818--59231893	30	2.6	29	72	10	73	48	6	2	42	1.43
59238895--59238935	20	2.0	20	95	0	73	12	9	12	65	1.46
59243173--59243426	45	5.6	45	85	3	334	20	18	16	45	1.86
59251592--59251698	42	2.5	42	84	3	135	24	23	27	25	2.00
59254189--59254261	34	2.0	34	84	10	92	31	12	5	50	1.62
59254339--59254402	27	2.4	27	89	2	94	51	7	4	35	1.52
59256540--59256663	45	2.7	46	80	2	135	20	16	14	48	1.81
59257495--59257529	17	2.1	17	100	0	70	48	17	0	34	1.47
59266420--59266559	69	2.0	69	94	2	246	36	17	12	32	1.88
59269550--59269811	128	2.0	129	97	0	499	34	6	25	33	1.81
59273179--59273208	14	2.1	14	100	0	60	80	0	0	20	0.72
59273676--59273704	7	4.1	7	100	0	58	86	0	0	13	0.58
59273664--59273704	13	3.1	13	86	6	55	80	2	0	17	0.82
59282025--59282207	40	4.6	40	77	13	182	25	27	21	25	2.00
59282025--59282208	79	2.3	81	82	11	222	25	27	21	25	2.00
59289973--59290155	40	4.6	40	75	13	173	25	26	21	26	2.00
59289973--59290156	79	2.3	82	81	11	215	25	26	21	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59314150--59314188	18	2.1	19	85	4	53	43	15	12	28	1.83
59317510--59317563	25	2.2	25	89	0	81	16	29	38	14	1.89
59318863--59318907	25	1.9	22	86	13	63	37	28	13	20	1.90
59318864--59318913	23	2.2	23	82	13	59	38	30	12	20	1.88
59319379--59319433	27	2.0	27	86	6	76	23	27	1	47	1.62
59319399--59319448	18	2.6	19	81	6	57	24	28	0	48	1.52
59319422--59319504	43	1.9	43	90	0	130	24	25	2	48	1.63
59328804--59328834	13	2.3	14	94	5	55	32	16	16	35	1.91
59328902--59328975	30	2.4	32	84	13	102	40	6	6	45	1.57
59328924--59328982	31	2.0	29	86	6	82	45	8	3	42	1.51
59337217--59337275	29	2.0	30	83	3	75	27	6	16	49	1.71
59344006--59344046	20	2.0	21	85	4	57	26	4	9	58	1.50
59347953--59347989	3	11.7	3	88	11	56	0	35	0	64	0.94
59351871--59351922	24	2.2	24	89	0	77	36	3	9	50	1.54
59354365--59354553	23	8.0	24	75	13	135	54	4	7	33	1.49
59354365--59354553	46	4.0	46	76	11	168	54	4	7	33	1.49
59362092--59362143	24	2.2	24	89	0	77	36	3	9	50	1.54
59366568--59366601	12	2.8	12	86	4	50	32	0	0	67	0.91
59366568--59366605	13	3.0	13	80	7	51	31	0	0	68	0.90
59366667--59366704	10	3.9	10	89	6	60	44	0	5	50	1.24
59366667--59366706	19	2.1	19	95	0	71	42	0	5	52	1.23
59367789--59368071	120	2.4	120	76	6	288	30	12	22	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59385631--59385677	23	2.0	25	87	8	71	40	2	4	53	1.32
59385738--59385792	21	2.5	22	85	5	67	70	1	0	27	0.97
59387440--59387499	30	2.0	30	83	3	75	43	0	38	18	1.50
59387713--59387749	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
59393996--59394035	20	2.0	20	90	0	62	50	0	10	40	1.36
59404393--59404530	56	2.4	56	88	4	206	25	7	15	52	1.68
59405425--59405476	26	2.0	26	88	3	79	50	3	1	44	1.31
59405624--59405678	16	3.4	16	79	0	65	32	21	5	40	1.76
59410374--59410455	32	2.6	32	90	3	121	51	17	2	29	1.58
59410409--59410455	16	2.9	16	69	12	51	53	14	4	27	1.60
59414005--59414040	5	7.2	5	100	0	72	19	38	0	41	1.52
59417594--59417874	125	2.3	126	88	5	412	29	16	21	32	1.95
59420262--59420295	15	2.3	15	90	5	52	67	5	0	26	1.13
59420386--59420437	10	5.3	10	75	11	54	65	0	0	34	0.93
59420393--59420457	33	2.0	32	85	11	89	58	1	1	38	1.17
59420489--59420588	52	1.9	52	85	0	137	35	2	31	32	1.69
59420541--59420609	22	3.1	22	87	0	93	39	1	27	31	1.66
59430203--59430233	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
59435052--59435221	75	2.2	75	95	2	304	50	0	8	41	1.32
59443352--59443392	21	2.0	21	85	9	57	26	2	4	65	1.25
59449574--59449616	20	2.1	21	86	4	61	60	9	2	27	1.40
59450214--59450245	15	2.0	17	88	11	50	56	9	0	34	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59454364--59454477	44	2.6	44	79	8	124	26	22	21	29	1.99
59454495--59454603	45	2.5	44	82	7	123	29	20	20	30	1.97
59454746--59454866	44	2.8	44	85	7	165	29	28	16	25	1.97
59454927--59455069	43	3.3	43	67	3	124	17	25	28	27	1.98
59454943--59455262	44	7.3	44	62	6	146	19	23	29	28	1.98
59454867--59455355	88	5.6	88	90	0	764	20	23	28	28	1.99
59468628--59468658	14	2.2	14	94	0	53	64	3	6	25	1.33
59478762--59478829	31	2.2	31	83	0	91	39	8	17	33	1.81
59480902--59480971	8	8.8	8	72	17	56	61	0	1	37	1.05
59483803--59483850	19	2.5	19	86	6	62	47	0	27	25	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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