genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   

This is table  67  of  222  ( 26535 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20472455--20472867	44	9.8	43	74	10	264	30	19	22	28	1.98
20472457--20472694	128	1.9	128	83	7	313	28	20	21	28	1.98
20472455--20472872	163	2.5	168	86	5	564	30	19	21	28	1.97
20478793--20478904	34	3.1	36	76	13	115	56	1	1	40	1.20
20488639--20488663	9	2.8	9	100	0	50	32	0	20	48	1.50
20491982--20492015	9	3.8	9	100	0	68	23	23	20	32	1.98
20511300--20511385	42	2.0	43	93	2	147	17	38	20	23	1.93
20511301--20511525	105	2.1	104	76	7	222	24	31	21	22	1.98
20514643--20514700	26	2.2	27	79	14	68	36	27	8	27	1.86
20514650--20514698	25	1.9	26	84	12	66	36	28	10	24	1.88
20522149--20522725	50	11.6	49	68	8	286	23	19	23	33	1.97
20522066--20522736	100	6.7	100	87	0	842	23	19	23	33	1.97
20525280--20525315	16	2.3	16	95	4	65	0	16	0	83	0.65
20525305--20525364	30	1.9	31	83	6	77	11	3	6	78	1.06
20526041--20526119	35	2.3	35	93	2	142	43	5	12	39	1.65
20545505--20545534	6	5.0	6	95	0	51	0	63	0	36	0.95
20548526--20548576	24	2.2	24	77	22	56	33	0	5	60	1.21
20548704--20548780	14	5.0	15	71	20	52	42	15	9	32	1.78
20548720--20548759	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
20548708--20548774	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
20548743--20548782	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
20554998--20555083	27	3.2	27	88	3	129	33	15	27	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20555173--20555258	27	3.2	27	86	0	109	38	17	20	23	1.93
20574666--20574709	23	2.0	23	86	13	65	36	22	0	40	1.54
20575373--20575430	28	2.1	28	90	0	89	44	6	15	32	1.73
20581533--20581562	6	5.0	6	100	0	60	83	0	16	0	0.65
20594371--20594404	6	5.7	6	100	0	68	35	0	14	50	1.44
20594361--20594402	18	2.3	19	80	12	52	38	0	14	47	1.44
20594505--20594537	14	2.5	13	90	9	50	57	0	0	42	0.98
20596215--20597140	45	20.7	45	81	2	925	28	25	17	28	1.98
20596212--20597120	179	5.1	178	83	3	984	28	25	17	28	1.98
20596215--20597120	313	2.9	312	87	2	1199	28	25	17	28	1.98
20596258--20597230	89	10.9	88	83	3	601	27	25	17	28	1.98
20598549--20598636	44	2.0	44	88	0	131	12	25	18	44	1.84
20606393--20606444	16	3.2	16	94	0	86	28	0	36	34	1.58
20606425--20606515	45	2.0	44	87	2	128	31	5	28	34	1.80
20606668--20606704	15	2.6	15	87	8	51	51	0	0	48	1.00
20606968--20607020	27	2.1	27	82	10	67	43	0	0	56	0.99
20618235--20618264	5	6.0	5	100	0	60	80	0	0	20	0.72
20619057--20619124	30	2.3	29	82	5	91	33	14	27	23	1.94
20628755--20628821	26	2.6	26	80	0	71	32	25	16	25	1.96
20639067--20639137	27	2.6	27	80	6	81	28	14	26	30	1.95
20646651--20646985	27	12.5	27	77	5	313	24	17	16	41	1.90
20653815--20653925	28	4.0	28	90	0	159	28	24	25	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20654257--20654674	27	15.5	27	80	3	324	21	18	18	41	1.90
20654258--20654674	54	7.7	54	82	3	457	21	18	18	41	1.90
20654258--20654674	81	5.2	81	85	2	527	21	18	18	41	1.90
20660107--20660213	19	5.6	19	84	4	153	39	10	14	36	1.80
20660114--20660213	38	2.6	38	93	3	175	40	10	13	37	1.77
20663090--20663135	24	1.9	24	86	0	65	45	17	26	10	1.81
20667067--20667961	132	6.8	132	93	0	1481	28	18	24	28	1.98
20668287--20668378	19	4.8	19	86	0	130	40	8	13	38	1.75
20668287--20668378	38	2.4	38	98	0	175	40	8	13	38	1.75
20675200--20675335	50	2.7	50	90	3	211	27	16	27	28	1.97
20675258--20675339	26	3.2	26	61	22	64	28	14	26	30	1.95
20685742--20685766	12	2.1	12	100	0	50	40	36	16	8	1.77
20707127--20707467	27	12.7	27	79	3	337	21	16	20	42	1.89
20707138--20707467	54	6.1	54	83	2	371	20	16	20	43	1.88
20707136--20707467	81	4.1	80	84	3	398	20	16	19	42	1.89
20711022--20711097	33	2.3	32	80	12	84	11	25	3	59	1.50
20719220--20719286	30	2.2	30	81	2	80	25	5	32	35	1.80
20728483--20728519	11	3.5	11	85	14	60	64	0	0	35	0.94
20729802--20729891	29	3.0	30	78	15	96	56	0	5	37	1.23
20730495--20730540	17	2.7	17	82	0	65	54	2	0	43	1.12
20730424--20730552	46	2.8	43	80	13	127	55	0	3	40	1.21
20730538--20730627	9	9.0	9	72	17	54	33	4	1	61	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20730574--20730621	21	2.3	20	85	7	60	31	6	0	62	1.20
20730574--20730627	20	2.6	21	85	2	65	35	5	0	59	1.21
20732552--20732596	25	1.9	24	86	13	67	66	2	6	24	1.27
20736640--20736817	27	6.6	27	82	5	180	29	27	15	27	1.96
20736661--20736816	82	1.9	81	87	6	226	29	27	15	27	1.96
20744696--20744872	27	6.6	27	81	5	169	29	27	15	27	1.96
20744696--20744872	55	3.3	54	81	4	196	29	27	15	27	1.96
20744717--20744871	82	1.9	80	85	5	213	29	27	16	27	1.97
20750584--20750617	13	2.6	13	100	0	68	41	0	44	14	1.45
20750584--20750617	7	5.1	7	86	13	54	41	0	44	14	1.45
20750584--20750719	60	2.3	58	83	11	161	38	2	47	11	1.55
20750735--20750974	29	8.1	29	94	2	408	52	0	8	38	1.39
20750735--20750974	59	4.1	59	95	1	419	52	0	8	38	1.39
20751778--20751834	16	3.6	16	75	17	64	38	12	1	47	1.51
20751772--20751836	32	2.0	32	100	0	130	41	12	3	43	1.58
20751918--20751973	21	2.7	21	91	0	85	30	42	8	17	1.80
20752276--20752317	20	2.1	20	90	0	66	45	2	7	45	1.44
20753918--20753954	6	6.2	6	100	0	74	35	16	32	16	1.91
20754998--20755030	17	1.9	17	93	0	57	75	6	6	12	1.16
20755108--20755141	4	8.5	4	93	0	59	73	0	2	23	0.97
20758405--20758477	5	14.4	5	78	18	80	57	0	0	42	0.98
20758404--20758472	36	1.9	36	85	5	95	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20758405--20758487	14	6.2	13	76	13	62	57	2	0	39	1.12
20759476--20759631	43	3.7	41	77	11	147	34	25	14	25	1.94
20759744--20759793	26	1.9	26	91	0	82	30	32	22	16	1.95
20759708--20759865	67	2.3	67	91	1	244	32	28	16	22	1.96
20766955--20766989	7	4.7	7	86	13	52	0	11	2	85	0.69
20766957--20766986	16	1.9	16	93	6	53	0	13	3	83	0.77
20769843--20770031	59	3.2	57	68	19	152	41	3	4	50	1.37
20769870--20770068	66	3.2	64	68	19	186	41	3	6	49	1.42
20769832--20770129	120	2.5	120	91	2	483	42	3	4	50	1.38
20769905--20770092	61	3.1	61	69	17	183	42	2	6	49	1.40
20769957--20770008	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
20770343--20770394	16	3.2	16	94	0	95	40	34	0	25	1.56
20771164--20771230	17	3.9	17	96	0	107	35	29	11	22	1.90
20775385--20775435	22	2.3	23	83	10	61	50	9	5	33	1.59
20775394--20775443	22	2.3	21	80	10	55	50	16	6	28	1.68
20776967--20777247	50	5.5	50	79	3	269	23	27	20	28	1.99
20779806--20779909	28	3.8	28	67	8	88	50	22	0	25	1.55
20779861--20779921	28	2.2	28	82	5	70	55	22	1	19	1.52
20781561--20781597	19	1.9	19	88	0	56	59	2	2	35	1.26
20786374--20786439	30	2.2	30	81	2	89	37	4	10	46	1.59
20787363--20787409	18	2.6	19	78	18	55	51	4	2	42	1.33
20787360--20787399	19	2.1	19	90	9	64	55	5	0	40	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20789403--20789448	13	3.5	13	85	5	58	10	10	2	76	1.12
20795806--20795863	11	5.6	11	71	22	54	56	0	3	39	1.16
20795850--20795935	16	5.6	16	65	17	56	61	0	1	37	1.04
20796965--20797031	9	7.3	9	70	21	50	22	2	1	73	1.06
20798350--20798385	7	5.1	7	100	0	72	13	30	0	55	1.39
20811688--20811726	18	2.1	19	85	4	53	48	7	2	41	1.45
20814372--20814405	18	2.0	18	88	11	54	17	26	17	38	1.92
20829688--20829712	13	1.9	13	100	0	50	16	20	0	64	1.30
20830782--20831046	44	5.8	44	69	13	140	32	18	20	28	1.96
20830814--20831120	142	2.2	142	91	2	492	33	17	19	28	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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