genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23412888--23412971	42	2.0	42	85	0	114	46	11	11	29	1.77
23413009--23413054	19	2.5	19	89	10	69	45	8	4	41	1.55
23417650--23417733	42	2.0	42	97	0	159	46	14	10	28	1.78
23417771--23417816	19	2.5	19	89	10	69	45	8	4	41	1.55
23425975--23426012	18	2.1	18	90	0	58	18	34	36	10	1.85
23430522--23430555	12	3.0	12	87	12	54	79	0	14	5	0.91
23432370--23432645	40	6.9	40	98	0	516	24	21	30	23	1.99
23434880--23434958	37	2.1	37	97	0	149	24	10	25	40	1.86
23438420--23438478	26	2.3	26	88	2	93	15	22	23	38	1.92
23438489--23438577	25	3.6	25	87	3	117	17	26	19	35	1.94
23438560--23438651	24	3.8	24	76	15	89	16	25	22	35	1.94
23448870--23448906	18	2.0	19	89	5	58	51	0	2	45	1.15
23456013--23456045	6	5.5	6	92	0	57	18	0	12	69	1.18
23458145--23458250	5	21.6	5	86	11	157	42	0	0	57	0.98
23460528--23460553	5	5.2	5	100	0	52	42	19	19	19	1.90
23461578--23461614	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
23466731--23466780	24	2.2	22	82	13	57	28	10	14	48	1.75
23470137--23470589	50	9.1	48	70	10	221	25	20	21	32	1.98
23470288--23470461	49	3.5	49	75	4	170	26	18	21	33	1.96
23470109--23470589	99	4.8	99	84	2	554	26	20	21	32	1.97
23470109--23470589	199	2.4	200	85	2	619	26	20	21	32	1.97
23470109--23470561	149	3.0	147	72	7	371	26	19	20	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23470929--23471081	44	3.5	44	72	4	130	20	28	26	24	1.99
23470900--23471170	88	3.1	88	85	0	344	22	26	24	26	2.00
23472494--23472537	21	2.1	21	86	0	61	15	13	0	70	1.17
23472494--23472527	13	2.5	14	90	4	52	14	14	0	70	1.17
23473334--23473442	15	7.1	15	73	20	66	8	7	6	77	1.11
23473340--23473396	9	6.8	8	79	15	53	5	10	1	82	0.90
23473334--23473429	15	6.6	14	75	11	70	8	6	6	79	1.07
23473376--23473437	14	4.2	16	75	22	57	11	3	8	77	1.09
23478952--23479014	19	3.2	19	89	8	99	39	9	12	38	1.76
23478952--23479027	21	3.7	21	92	3	120	40	10	11	36	1.76
23486918--23487114	44	4.5	43	67	13	123	27	20	26	25	1.99
23486956--23488324	44	31.2	44	62	10	186	30	19	24	25	1.98
23486910--23488360	263	5.5	264	92	0	2365	30	19	24	24	1.98
23486910--23488360	658	2.2	658	93	1	2460	30	19	24	24	1.98
23488341--23488442	44	2.3	45	86	5	136	29	20	25	24	1.99
23486910--23488360	132	11.0	132	92	0	2363	30	19	24	24	1.98
23488646--23488742	21	4.7	21	92	2	153	40	9	12	38	1.75
23488734--23488778	21	2.0	23	83	8	58	37	4	13	44	1.64
23493933--23493986	17	3.4	16	72	27	53	11	27	29	31	1.91
23493923--23494044	30	4.1	30	84	4	165	13	29	26	30	1.94
23495652--23495715	6	10.2	6	83	9	56	79	9	0	10	0.93
23495667--23495711	18	2.5	19	85	10	67	80	13	0	6	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23498424--23498458	12	2.9	12	95	0	61	34	42	14	8	1.76
23507856--23507932	35	2.2	35	90	4	120	41	33	11	12	1.80
23512165--23512211	24	1.9	24	86	4	67	72	2	0	25	0.96
23523664--23523693	16	1.9	15	93	6	51	50	0	3	46	1.18
23539737--23540070	171	1.9	172	84	4	442	32	19	10	37	1.86
23540449--23540496	24	2.0	24	87	0	69	31	12	2	54	1.49
23547354--23547387	15	2.3	15	95	5	61	58	0	0	41	0.98
23547667--23547709	21	2.0	21	90	0	68	53	4	2	39	1.34
23547687--23547737	26	2.0	26	92	7	86	47	3	0	49	1.20
23548944--23548969	10	2.6	10	100	0	52	11	0	0	88	0.52
23566552--23566576	4	6.2	4	100	0	50	24	0	76	0	0.80
23571549--23571812	103	2.5	104	90	3	406	29	29	20	20	1.97
23576797--23576839	19	2.3	18	80	4	50	6	4	13	74	1.19
23577450--23577907	89	5.2	89	90	0	659	24	24	23	27	2.00
23577504--23577907	45	9.1	45	66	14	203	24	23	23	28	1.99
23577457--23577907	177	2.5	178	88	1	663	24	24	23	27	2.00
23591179--23591214	19	1.9	18	88	5	54	8	2	13	75	1.15
23592016--23592047	16	2.0	16	93	0	55	40	12	6	40	1.68
23597418--23597500	41	2.0	41	95	0	148	30	12	14	43	1.82
23599565--23599643	22	3.6	22	74	16	92	17	17	45	18	1.86
23599588--23599665	21	3.7	21	74	16	88	17	15	47	19	1.83
23599566--23599664	43	2.3	43	96	0	189	18	16	46	19	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23602023--23602069	24	2.0	24	82	0	58	21	27	21	29	1.98
23602986--23603028	18	2.3	18	84	11	52	53	0	4	41	1.21
23611141--23611247	23	4.6	23	85	8	112	57	0	19	22	1.47
23611141--23611242	17	5.9	17	81	7	93	57	0	19	22	1.40
23611141--23611242	6	17.5	6	81	6	102	57	0	19	22	1.40
23611142--23611242	29	3.5	29	83	5	107	57	0	19	22	1.41
23611905--23611931	4	6.8	4	100	0	54	25	0	22	51	1.48
23613188--23613223	19	1.9	19	88	5	56	30	25	22	22	1.99
23613218--23613317	34	2.9	33	78	10	112	28	20	22	30	1.98
23613244--23613294	18	2.9	19	72	27	58	31	15	21	31	1.95
23622081--23622174	42	2.2	42	86	0	134	18	17	17	47	1.82
23622096--23622215	42	2.9	42	82	5	127	20	20	15	44	1.87
23627382--23627441	31	1.9	31	89	0	93	38	13	11	36	1.81
23629031--23629140	42	2.6	43	82	2	141	26	15	25	32	1.95
23631186--23631235	21	2.4	21	79	0	55	32	2	30	36	1.69
23633691--23633720	3	9.7	3	92	7	51	66	0	3	30	1.07
23635185--23635214	12	2.5	12	94	0	51	36	3	20	40	1.69
23635495--23635550	24	2.4	23	80	11	60	64	16	7	12	1.48
23641409--23641463	28	2.0	28	81	0	65	56	1	3	38	1.28
23641716--23641751	18	1.9	19	88	5	56	63	2	2	30	1.22
23646558--23646587	16	1.9	15	93	6	51	50	0	0	50	1.00
23647014--23647050	13	2.8	14	84	12	51	43	0	5	51	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23647226--23647316	35	2.6	36	82	7	114	50	0	5	43	1.25
23647358--23647414	14	3.8	15	75	13	55	73	5	21	0	1.02
23648076--23648122	24	2.0	24	84	16	62	31	0	17	51	1.46
23648280--23648415	37	3.5	40	76	7	143	25	14	25	34	1.94
23653165--23653256	4	22.5	4	72	16	64	72	2	21	3	1.09
23653211--23653264	21	2.6	21	75	16	58	72	0	25	1	0.95
23653773--23653819	24	2.0	24	84	16	62	31	0	17	51	1.46
23653972--23654099	41	3.2	40	73	11	122	28	14	21	35	1.93
23653975--23654078	37	2.7	40	79	7	115	26	15	23	34	1.94
23654254--23654293	20	2.0	20	90	0	62	42	7	17	32	1.77
23658087--23658124	17	2.2	19	86	13	55	42	10	2	44	1.52
23665249--23665570	161	2.0	161	99	0	635	43	14	18	24	1.87
23669747--23669800	19	2.8	19	91	0	90	38	9	14	37	1.79
23670007--23670051	23	2.0	23	81	0	54	22	0	15	62	1.33
23670280--23670323	3	14.7	3	95	0	79	31	0	0	68	0.90
23675392--23675424	14	2.3	15	89	5	50	27	12	33	27	1.92
23676751--23676969	88	2.5	88	92	0	348	27	26	24	21	1.99
23676980--23677101	44	2.8	44	87	5	167	27	18	26	27	1.98
23680993--23681025	15	2.3	15	89	5	50	33	12	12	42	1.79
23684669--23684804	51	2.7	51	82	2	148	26	17	26	29	1.98
23684799--23684893	45	2.1	45	86	0	136	28	17	22	31	1.97
23685025--23685049	8	3.1	8	100	0	50	64	0	24	12	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23690353--23690539	51	3.7	49	75	5	178	26	16	26	31	1.96
23695526--23695555	14	2.1	14	93	0	51	53	23	10	13	1.69
23701857--23701951	32	3.1	31	76	7	95	30	5	16	47	1.69
23701946--23702081	48	2.9	48	88	1	184	31	14	22	30	1.94
23717189--23717236	25	1.9	25	83	8	62	18	6	10	64	1.45
23736245--23736285	20	2.1	19	86	4	55	60	0	9	29	1.28
23737311--23737590	51	5.4	51	88	7	402	30	25	12	31	1.93
23737409--23737445	7	5.3	7	90	0	56	27	29	5	37	1.79
23737314--23737590	108	2.6	108	89	5	417	30	25	12	31	1.93
23737664--23737696	17	1.9	17	88	11	50	45	21	0	33	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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