genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   

This is table  70  of  222  ( 26535 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21482112--21482296	25	6.9	25	72	17	140	27	4	11	56	1.55
21482131--21482334	30	7.2	30	75	12	191	27	4	11	56	1.53
21482185--21482286	15	7.1	15	67	27	62	30	2	12	53	1.53
21482112--21482334	55	4.0	55	80	11	235	27	4	11	56	1.53
21482184--21482334	21	7.8	19	67	19	73	29	3	11	54	1.54
21482105--21482334	25	8.5	25	73	17	133	26	4	11	57	1.52
21496808--21496847	20	2.0	21	90	5	64	57	22	5	15	1.57
21497067--21497127	29	2.2	27	83	16	72	50	6	0	42	1.28
21497093--21497152	31	1.9	31	83	6	77	48	11	1	38	1.50
21497824--21497884	31	2.0	29	84	6	77	32	6	1	59	1.33
21503590--21503673	42	2.0	42	86	9	118	38	19	15	27	1.91
21510791--21510884	17	5.1	19	67	19	72	34	3	13	48	1.59
21510772--21510883	37	3.0	36	88	5	161	33	3	15	47	1.62
21510881--21510970	9	9.6	9	74	9	72	24	7	25	42	1.81
21510897--21510972	20	3.9	20	79	6	84	23	7	25	43	1.80
21512151--21512265	51	2.3	51	95	0	203	27	29	0	42	1.56
21514360--21514409	21	2.4	21	79	0	55	40	28	24	8	1.83
21514505--21514573	25	2.7	25	84	2	93	46	2	10	40	1.53
21514570--21515007	18	26.7	18	62	25	134	46	25	0	27	1.56
21514611--21514901	29	10.7	29	76	16	223	45	27	0	27	1.57
21514611--21514901	58	5.4	56	78	18	321	45	27	0	27	1.57
21514698--21514739	17	2.4	18	96	4	77	45	26	0	28	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21514797--21514994	23	8.5	23	69	17	122	46	24	0	28	1.56
21514915--21515018	47	2.2	48	87	3	156	48	25	0	25	1.52
21514998--21515031	6	5.7	6	89	0	50	38	47	0	14	1.45
21514758--21515024	83	3.2	82	75	14	260	46	26	0	26	1.56
21514853--21515034	65	2.8	63	75	11	170	46	27	0	25	1.57
21514997--21515037	18	2.3	19	79	12	50	41	43	0	14	1.45
21516271--21516616	122	2.8	122	92	2	597	30	21	17	30	1.96
21530170--21530263	17	5.1	19	67	19	72	34	3	13	48	1.59
21530151--21530262	37	3.0	36	88	5	161	33	3	15	47	1.62
21530260--21530349	9	9.6	9	74	9	72	24	7	25	42	1.81
21530276--21530351	20	3.9	20	79	6	84	23	7	25	43	1.80
21531528--21531642	51	2.3	51	95	0	203	27	29	0	42	1.56
21533736--21533785	21	2.4	21	79	0	55	40	28	24	8	1.83
21533881--21533949	25	2.7	25	84	2	93	46	2	10	40	1.53
21533945--21534384	18	26.8	18	62	25	138	46	25	0	27	1.56
21533988--21534279	29	10.7	29	75	16	232	45	27	0	27	1.57
21533988--21534279	58	5.4	56	79	17	330	45	27	0	27	1.57
21534140--21534208	35	2.0	34	91	2	111	43	27	0	28	1.55
21534175--21534371	23	8.5	23	68	18	113	46	24	0	28	1.56
21534251--21534389	41	3.4	40	75	22	144	47	25	0	26	1.57
21534120--21534389	58	4.5	57	77	18	180	46	25	0	27	1.56
21534260--21534329	35	2.0	36	88	2	106	47	21	1	30	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21534231--21534382	82	1.9	82	91	0	250	48	24	0	26	1.56
21534293--21534395	47	2.2	47	85	5	145	47	26	0	26	1.52
21534375--21534408	6	5.7	6	89	0	50	38	47	0	14	1.45
21534374--21534414	18	2.3	19	79	12	50	41	43	0	14	1.45
21535647--21535993	123	2.8	123	93	1	608	30	21	17	30	1.96
21541004--21541079	40	1.9	40	100	0	152	46	11	9	32	1.72
21542050--21542112	31	2.0	31	90	0	99	38	4	7	49	1.53
21546301--21546339	2	19.5	2	100	0	78	51	0	48	0	1.00
21562857--21563027	43	4.0	44	78	6	145	32	26	16	24	1.96
21574005--21574042	20	1.9	20	89	10	60	60	5	0	34	1.19
21579610--21579819	39	5.3	39	91	2	316	25	22	27	24	2.00
21579559--21579819	39	6.6	39	85	8	236	26	22	27	23	2.00
21588139--21588184	20	2.3	20	88	7	67	15	23	4	56	1.57
21588387--21588581	50	3.9	50	78	2	187	23	27	21	28	1.99
21594430--21594591	43	3.8	42	73	16	120	32	27	17	22	1.96
21596730--21596775	24	1.9	24	82	8	58	60	2	2	34	1.21
21610655--21610700	20	2.3	20	88	7	67	15	23	4	56	1.57
21610907--21611089	49	3.8	50	75	7	146	22	26	21	28	1.99
21610970--21611084	46	2.4	47	82	7	135	21	26	24	26	1.99
21616920--21617081	43	3.8	42	73	16	120	32	27	17	22	1.96
21619222--21619267	24	1.9	24	82	8	58	60	2	2	34	1.21
21625708--21625749	20	2.1	21	86	8	61	35	0	4	59	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21645213--21645237	4	6.2	4	100	0	50	24	0	24	52	1.48
21647900--21647935	17	2.1	17	89	0	54	36	22	2	38	1.69
21648682--21648714	6	5.7	6	96	3	59	12	0	0	87	0.53
21649817--21649958	60	2.4	60	78	11	150	40	14	17	28	1.88
21651553--21651596	19	2.3	20	80	7	56	43	0	4	52	1.22
21662945--21662986	17	2.5	17	84	3	59	35	0	0	64	0.94
21663337--21663389	5	10.4	5	82	11	63	41	15	22	20	1.89
21663536--21663579	19	2.3	19	92	0	70	56	29	0	13	1.38
21666586--21666644	29	2.0	29	93	0	100	49	0	11	38	1.40
21666650--21666686	9	4.1	9	89	0	56	29	8	13	48	1.71
21667047--21667529	101	4.7	104	79	8	444	27	1	14	57	1.44
21667084--21667515	101	4.2	101	81	7	514	27	1	14	57	1.45
21673891--21673939	26	2.0	26	88	8	75	61	10	0	28	1.29
21677227--21677266	6	6.7	6	100	0	80	67	17	0	15	1.23
21677315--21677342	6	4.7	6	100	0	56	85	0	14	0	0.59
21677702--21677731	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
21679104--21679160	23	2.5	23	97	0	105	14	7	31	47	1.70
21679187--21679535	124	2.8	124	92	0	601	29	15	21	33	1.94
21681831--21681907	23	3.1	23	88	11	100	28	0	25	45	1.54
21681807--21681892	29	3.0	29	98	0	163	27	0	27	44	1.55
21681862--21681914	23	2.7	18	85	14	61	28	0	20	50	1.48
21681953--21682067	36	3.2	36	65	11	92	46	15	4	33	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21681985--21682095	25	4.6	25	68	20	83	45	14	2	37	1.59
21681913--21682097	71	2.6	71	94	0	325	44	14	3	36	1.63
21683184--21683208	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
21684334--21684420	40	2.2	40	97	0	165	41	0	26	32	1.56
21684407--21684432	12	2.2	12	100	0	52	38	0	30	30	1.58
21685338--21685369	13	2.5	13	94	0	55	50	0	12	37	1.41
21686213--21686385	86	2.0	86	100	0	346	37	11	16	34	1.85
21687991--21688101	54	2.1	54	100	0	222	34	6	12	46	1.67
21691350--21691557	46	4.6	46	95	2	368	28	22	15	33	1.95
21691350--21691557	91	2.3	92	95	2	377	28	22	15	33	1.95
21697613--21697656	20	2.2	20	100	0	88	43	9	13	34	1.76
21697613--21697663	20	2.5	20	93	0	75	43	7	17	31	1.78
21706552--21706581	15	1.9	16	93	6	53	26	3	0	70	1.03
21715292--21715333	17	2.5	17	96	0	75	42	0	23	33	1.55
21715477--21715525	24	2.0	24	96	0	89	53	4	14	28	1.59
21716502--21716550	21	2.3	21	89	0	80	34	20	18	26	1.95
21718266--21718557	145	2.0	145	91	0	476	37	14	14	33	1.87
21722490--21722531	20	2.1	20	86	8	59	38	2	11	47	1.53
21722661--21722725	3	21.7	3	84	6	87	63	3	1	32	1.19
21725025--21725119	32	2.9	32	92	1	163	29	4	14	51	1.61
21733545--21733691	73	2.0	72	93	1	249	38	12	14	35	1.83
21734266--21734302	18	2.0	19	94	5	67	62	10	5	21	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21741940--21742036	48	2.0	48	95	0	176	28	30	6	34	1.82
21746502--21746615	39	2.9	39	80	2	122	43	21	6	28	1.76
21749072--21749114	20	2.2	19	87	4	59	74	6	4	13	1.19
21749319--21749343	11	2.3	11	100	0	50	76	16	0	8	1.02
21749313--21749402	34	2.6	34	77	6	85	62	28	2	6	1.33
21749331--21749372	22	1.9	22	85	0	57	64	23	4	7	1.38
21752440--21752477	20	1.9	20	94	0	67	31	13	0	55	1.38
21752428--21752568	41	3.2	41	66	19	111	33	10	3	52	1.53
21752382--21752618	24	10.4	23	68	12	125	34	8	3	53	1.49
21752382--21752627	93	2.7	91	92	3	406	34	8	4	52	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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