genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28111478--28111550	35	2.1	35	92	5	121	26	19	21	32	1.97
28122770--28122884	37	3.1	36	88	2	167	35	26	14	22	1.93
28124139--28124198	25	2.3	26	91	2	95	28	8	13	50	1.70
28125775--28125803	8	3.6	8	100	0	58	24	0	10	65	1.23
28132732--28132816	45	1.9	44	83	7	109	29	21	12	36	1.91
28133668--28133698	15	2.1	15	93	0	53	45	6	3	45	1.45
28139044--28139110	34	1.9	35	87	3	100	32	5	11	49	1.64
28140428--28140496	35	1.9	36	94	2	122	52	17	4	26	1.63
28140464--28140533	27	2.5	28	81	6	81	52	20	4	22	1.63
28143607--28143672	33	2.0	33	87	0	96	40	3	43	12	1.57
28144802--28144854	13	4.1	13	80	0	70	35	24	7	32	1.84
28144999--28145036	18	2.1	18	100	0	76	55	5	0	39	1.23
28146091--28146163	36	2.0	36	83	0	92	52	23	13	10	1.72
28148870--28149085	46	4.7	46	83	2	265	29	22	21	26	1.99
28157744--28157790	15	3.1	15	93	3	76	38	6	27	27	1.81
28159205--28159242	20	1.9	20	89	10	60	18	21	5	55	1.62
28163448--28163491	21	2.1	21	95	0	79	38	20	4	36	1.73
28164956--28164996	21	2.0	21	90	0	64	34	7	17	41	1.77
28164957--28165008	21	2.5	21	84	3	61	38	7	13	40	1.73
28166666--28166739	38	2.0	37	86	2	103	32	29	22	14	1.94
28176454--28176523	27	2.6	28	79	6	81	22	21	17	38	1.93
28179746--28179959	38	5.6	38	83	3	225	15	18	28	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28179728--28179950	76	2.9	75	83	4	277	16	18	27	37	1.92
28183297--28183333	9	4.2	9	93	6	67	45	0	0	54	1.00
28183299--28183333	17	2.1	17	100	0	70	45	0	0	54	0.99
28192649--28192764	24	4.8	24	78	6	119	17	42	5	35	1.71
28196310--28196339	15	2.0	15	100	0	60	6	26	20	46	1.75
28199158--28199346	59	3.2	57	68	19	152	41	3	4	50	1.37
28199185--28199383	66	3.2	64	68	19	186	41	3	6	49	1.42
28199147--28199444	120	2.5	120	93	1	508	42	2	4	50	1.36
28199220--28199407	61	3.1	61	69	17	192	42	1	6	49	1.38
28199272--28199323	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
28199401--28199442	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
28199392--28199433	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
28199619--28199686	16	4.2	16	94	0	118	39	33	0	26	1.57
28200075--28200109	15	2.3	15	90	5	52	31	8	0	60	1.27
28204486--28204519	16	2.1	16	88	0	50	35	20	2	41	1.68
28210312--28210387	38	2.0	38	82	7	93	25	25	22	27	2.00
28212202--28212230	15	1.9	15	100	0	58	27	27	13	31	1.94
28214886--28214924	17	2.3	17	82	8	53	41	10	0	48	1.37
28219676--28219725	14	3.7	14	79	15	61	76	6	4	14	1.13
28219672--28219712	12	3.2	12	83	12	55	70	9	2	17	1.25
28219705--28219757	16	3.3	16	82	10	63	79	7	5	7	1.06
28219672--28219725	26	2.1	26	89	6	83	74	7	3	14	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28219672--28219755	26	3.2	27	80	8	77	75	8	4	11	1.18
28219787--28219821	13	2.8	13	91	4	54	82	0	14	2	0.77
28221918--28222087	88	1.9	88	81	7	202	26	25	25	21	2.00
28222046--28222161	44	2.7	44	78	5	121	27	20	22	29	1.99
28222105--28222725	131	4.7	131	89	1	951	30	21	23	24	1.99
28222413--28222729	44	7.3	43	64	14	130	29	21	23	24	1.99
28222843--28223143	44	6.9	44	68	8	150	25	20	26	26	1.99
28222693--28223533	218	3.9	218	89	1	1215	28	19	24	26	1.99
28222724--28223533	434	1.9	436	89	1	1266	28	20	24	27	1.99
28223328--28223612	89	3.2	88	68	6	238	28	20	23	27	1.99
28223324--28223707	174	2.2	174	91	0	617	27	20	23	27	1.99
28223412--28223797	174	2.2	174	80	6	372	30	20	22	26	1.98
28223790--28223971	50	3.7	50	77	0	186	34	23	19	23	1.97
28223760--28223972	100	2.1	99	92	0	345	33	23	18	24	1.97
28224244--28224292	22	2.1	23	81	7	55	77	6	2	14	1.05
28224800--28224842	23	2.0	23	86	9	63	20	46	16	16	1.84
28224579--28224996	208	2.0	208	98	0	809	27	28	15	27	1.96
28229290--28229363	25	3.0	25	87	0	103	17	25	18	37	1.93
28230400--28230432	12	2.6	13	85	9	50	12	24	36	27	1.91
28236211--28236284	36	2.0	37	82	7	89	48	0	1	50	1.09
28244980--28245022	9	5.1	9	83	16	65	44	11	11	32	1.77
28244976--28245012	15	2.5	15	100	0	74	37	13	13	35	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28245058--28245100	21	2.0	21	82	8	52	20	37	0	41	1.53
28247247--28247292	22	2.0	23	84	12	60	41	4	15	39	1.67
28247505--28247546	21	2.0	21	85	0	57	38	14	7	40	1.73
28250494--28250556	33	1.9	32	90	3	99	39	3	25	31	1.71
28250639--28250682	22	1.9	24	86	9	65	43	2	13	40	1.57
28251501--28251550	27	1.9	25	84	8	64	74	2	2	22	1.03
28254071--28254121	21	2.5	20	84	9	66	35	5	27	31	1.81
28271953--28271995	23	1.9	23	86	13	63	39	23	0	37	1.55
28276213--28276279	33	2.0	33	85	0	89	71	5	8	13	1.29
28277276--28277327	10	4.7	12	81	13	51	65	1	19	13	1.36
28281878--28281936	29	2.0	30	86	3	84	49	13	6	30	1.68
28282188--28282309	60	2.0	60	100	0	244	44	16	8	31	1.77
28284027--28284817	114	6.9	114	94	0	1357	32	15	26	25	1.96
28285576--28285627	25	2.0	26	92	3	88	26	1	21	50	1.59
28286637--28286677	17	2.3	19	83	8	59	29	46	2	21	1.64
28288465--28288698	9	25.8	9	75	6	204	49	16	2	31	1.59
28288540--28288652	37	3.1	37	84	2	122	49	18	1	30	1.58
28288520--28288719	91	2.2	91	89	1	276	50	18	2	30	1.58
28294457--28294619	42	3.9	42	92	3	274	22	19	23	34	1.96
28294457--28294620	85	1.9	85	96	2	303	21	19	23	35	1.96
28294709--28294752	22	2.0	22	90	0	70	45	27	18	9	1.79
28294837--28294871	15	2.4	14	90	4	52	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28300435--28300625	41	4.6	41	94	0	328	24	27	19	28	1.98
28308171--28308357	41	4.7	40	91	4	297	24	27	19	27	1.99
28315931--28316120	41	4.6	41	94	1	328	24	27	19	28	1.98
28323696--28323885	41	4.6	41	94	1	328	24	27	19	28	1.98
28331333--28331501	38	4.6	36	79	17	181	26	24	18	30	1.98
28332019--28332050	12	2.4	14	85	15	50	46	12	0	40	1.42
28339044--28339234	41	4.6	41	95	0	337	24	28	19	28	1.98
28341004--28341187	90	2.0	90	95	0	332	49	18	5	26	1.69
28342975--28343004	14	2.1	14	93	0	51	43	6	13	36	1.70
28343561--28343644	44	2.0	43	84	11	111	32	4	3	59	1.35
28344293--28344343	26	2.0	26	96	0	93	49	5	3	41	1.45
28348631--28348701	34	2.0	38	83	10	96	32	5	22	39	1.77
28348977--28350272	649	2.0	649	99	0	2565	31	14	25	28	1.95
28361605--28361885	135	2.1	137	91	2	458	46	5	7	39	1.56
28361835--28362405	288	2.0	287	94	0	989	33	12	15	37	1.86
28365069--28365213	75	1.9	75	87	0	209	32	13	9	44	1.77
28366344--28366528	51	3.6	53	77	10	181	24	17	27	30	1.97
28366344--28366528	101	1.8	102	90	3	302	24	17	27	30	1.97
28366346--28366536	102	1.9	100	87	3	258	24	17	28	29	1.97
28366754--28366785	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
28373262--28373330	16	4.3	16	96	0	129	26	0	36	37	1.57
28373564--28373598	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28373455--28373767	157	2.0	157	95	0	563	44	3	4	48	1.39
28373701--28373742	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
28373710--28373751	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
28373521--28373770	76	3.1	81	65	24	213	47	3	2	46	1.33
28373502--28373852	157	2.2	158	80	10	366	47	4	3	45	1.38
28376781--28376894	51	2.3	51	89	1	167	33	32	17	16	1.93
28384250--28384285	16	2.3	16	95	4	65	41	30	5	22	1.76
28410447--28410586	13	10.5	13	66	17	63	35	15	4	45	1.66
28410427--28410545	40	3.0	39	78	11	134	32	16	3	47	1.64
28410513--28410573	28	2.1	29	82	8	72	36	11	3	49	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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