genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24467114--24467172	29	2.0	29	100	0	118	38	6	10	44	1.65
24467662--24467807	66	2.2	66	100	0	292	21	10	27	40	1.86
24468860--24468927	35	2.0	34	82	2	82	25	23	22	29	1.99
24472104--24472175	31	2.3	31	86	9	94	26	11	11	51	1.71
24476061--24476471	125	3.3	124	90	2	621	31	17	20	30	1.96
24477366--24477394	14	2.1	14	100	0	58	20	51	13	13	1.75
24479669--24479838	49	3.5	49	95	0	304	45	7	2	43	1.47
24480257--24480299	18	2.4	18	88	0	59	44	9	27	18	1.80
24482533--24482599	31	2.2	29	86	5	89	38	0	4	56	1.19
24482550--24482608	29	2.1	29	81	9	68	35	0	6	57	1.25
24482559--24482616	30	2.0	29	86	3	80	36	0	5	58	1.20
24484488--24484581	45	2.1	45	100	0	188	35	2	30	31	1.70
24486694--24486756	16	3.9	16	82	0	72	33	22	17	26	1.96
24486839--24486889	24	2.1	24	88	0	75	37	21	11	29	1.89
24500696--24500738	22	1.9	23	86	13	63	81	6	6	4	0.98
24503279--24503329	22	2.3	23	83	6	70	27	19	19	33	1.96
24509361--24509423	29	2.2	29	82	0	72	38	11	14	36	1.81
24515594--24515782	51	3.7	50	77	6	186	24	16	26	32	1.96
24518305--24518349	22	2.0	22	100	0	90	37	4	22	35	1.74
24522590--24522774	101	1.8	102	89	3	293	23	17	27	31	1.97
24522589--24522782	51	3.9	49	80	10	205	23	17	28	30	1.97
24525451--24525755	76	4.0	76	87	3	405	37	12	17	33	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24525451--24525755	77	4.0	77	88	2	425	37	12	17	33	1.86
24536097--24536245	17	8.7	16	67	20	79	51	4	3	40	1.39
24536544--24536591	20	2.4	20	75	6	53	14	18	16	50	1.79
24537102--24537136	17	2.1	17	100	0	70	11	22	22	42	1.85
24539498--24539568	13	5.2	14	72	24	71	49	4	14	32	1.62
24540564--24540607	15	2.9	15	89	0	61	63	18	13	4	1.46
24571137--24571169	17	1.9	18	88	11	52	42	15	0	42	1.46
24579782--24579820	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
24582081--24582107	11	2.5	11	100	0	54	25	7	48	18	1.74
24585708--24585736	3	9.7	3	100	0	58	68	0	31	0	0.89
24586159--24586219	32	1.9	31	90	9	97	42	9	6	40	1.64
24588422--24588503	43	1.9	42	82	7	103	51	3	8	36	1.50
24588484--24588571	43	2.0	44	86	2	124	53	1	10	35	1.42
24589515--24589567	22	2.4	22	83	0	70	30	13	26	30	1.94
24591426--24591609	73	2.5	72	76	7	181	33	19	26	20	1.97
24591426--24591620	25	7.9	25	69	13	111	33	19	26	20	1.96
24591563--24591642	26	3.2	25	78	8	83	40	21	21	17	1.92
24593653--24593766	29	3.9	28	76	11	106	36	22	15	24	1.94
24593655--24593845	58	3.3	58	77	11	180	35	21	15	27	1.93
24593671--24593862	29	6.8	29	74	6	135	35	20	15	28	1.93
24597791--24597947	45	3.5	44	84	5	188	35	29	14	21	1.92
24610117--24610186	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24610117--24610214	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
24610661--24610687	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30
24614717--24614772	20	2.8	21	74	17	64	35	8	12	42	1.74
24625925--24625970	21	2.2	21	88	0	65	32	26	6	34	1.82
24644393--24644431	13	2.9	13	84	3	51	25	2	0	71	0.98
24649441--24649864	27	15.7	27	83	1	474	36	19	21	22	1.95
24650082--24650293	64	3.3	62	80	5	244	18	20	23	36	1.95
24650082--24650293	32	6.6	32	74	1	156	18	20	23	36	1.95
24650082--24650299	96	2.3	96	78	3	233	19	20	22	36	1.95
24658073--24658130	24	2.5	23	81	16	66	62	0	5	32	1.18
24658401--24658558	49	3.2	48	95	2	273	31	7	31	30	1.85
24658676--24658754	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
24662759--24662790	16	2.1	16	94	5	57	6	12	0	81	0.87
24662764--24662798	16	2.2	16	89	0	52	5	11	2	80	1.00
24664334--24664382	24	2.0	24	96	0	89	30	14	26	28	1.95
24665729--24665762	16	2.1	16	100	0	68	29	0	5	64	1.17
24665745--24665784	21	1.9	21	84	0	53	25	7	7	60	1.50
24673174--24673294	58	2.1	59	90	1	190	44	0	2	52	1.20
24673197--24673268	26	2.7	27	73	14	71	44	1	1	52	1.18
24676638--24676725	29	3.0	29	83	6	124	25	11	30	32	1.91
24676828--24676874	24	2.0	24	86	0	67	38	4	10	46	1.58
24677299--24677338	18	2.2	18	86	8	55	37	0	0	62	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24684794--24684913	40	3.0	40	83	0	150	40	14	18	27	1.89
24686538--24686592	25	2.2	25	83	3	65	67	12	9	10	1.43
24689593--24689617	11	2.3	11	100	0	50	48	8	20	24	1.76
24690578--24690638	32	1.9	32	89	0	95	39	8	26	26	1.84
24690610--24690708	39	2.5	40	81	1	110	40	12	20	27	1.87
24690845--24690930	27	3.2	27	77	9	86	44	6	20	27	1.77
24694568--24694690	43	2.9	43	83	2	149	25	13	21	39	1.89
24697182--24697213	5	6.2	5	96	3	55	56	0	0	43	0.99
24697182--24697277	39	2.4	41	78	13	121	45	2	1	51	1.20
24697182--24697275	25	3.6	25	72	17	68	46	2	1	50	1.20
24704832--24704979	69	2.1	69	81	7	176	56	6	28	8	1.53
24713568--24713823	39	6.5	39	87	0	350	19	32	17	30	1.95
24713706--24713766	19	3.2	19	66	13	52	16	32	19	31	1.94
24717378--24717408	11	2.8	11	90	0	53	54	12	0	32	1.38
24723509--24723558	25	2.0	25	88	7	75	40	10	10	40	1.72
24728951--24728976	11	2.4	11	100	0	52	61	7	7	23	1.49
24729451--24729485	17	2.0	17	88	5	52	77	0	5	17	0.96
24730618--24730668	19	2.7	18	80	14	50	58	1	3	35	1.28
24731017--24731074	24	2.4	24	94	0	98	15	25	25	32	1.95
24731592--24731654	24	2.5	25	80	12	58	34	3	1	60	1.22
24743676--24743965	44	6.6	44	89	0	429	30	12	16	40	1.86
24743676--24743965	88	3.3	88	92	0	481	30	12	16	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24743679--24743966	22	13.1	22	81	1	344	29	12	17	40	1.86
24750919--24751275	22	16.2	22	83	1	428	29	10	18	41	1.83
24750916--24751275	44	8.2	44	88	1	524	29	10	18	41	1.83
24750916--24751275	88	4.1	88	92	1	578	29	10	18	41	1.83
24751234--24751275	11	3.8	11	75	12	50	33	7	16	42	1.75
24762626--24762688	20	3.2	20	83	0	72	14	34	19	31	1.91
24763742--24763788	24	2.0	24	95	0	85	31	8	14	44	1.76
24767808--24767849	22	1.9	22	90	0	66	33	16	19	30	1.94
24772215--24772258	11	3.9	11	82	5	52	34	2	2	61	1.21
24784899--24784926	14	2.0	14	100	0	56	35	7	0	57	1.26
24792289--24792367	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
24792487--24792908	47	8.9	47	95	2	684	29	30	8	31	1.87
24797057--24797207	43	3.5	43	80	2	153	28	13	23	34	1.93
24797497--24797630	66	2.0	65	81	5	153	14	25	17	41	1.88
24814026--24814210	40	4.7	40	80	6	198	25	27	21	25	2.00
24826286--24826310	12	2.1	12	100	0	50	8	40	0	52	1.31
24834274--24834352	37	2.1	37	86	4	106	26	30	17	25	1.97
24834471--24834630	47	3.4	47	98	0	311	30	30	7	31	1.85
24843763--24843955	50	3.7	51	83	5	228	25	21	28	24	1.99
24846838--24847054	27	8.0	27	81	2	238	41	22	17	18	1.91
24846838--24847054	54	4.0	53	81	3	263	41	22	17	18	1.91
24846845--24847071	81	2.8	82	80	4	271	40	23	17	19	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24859398--24859450	26	2.0	26	85	0	70	35	11	30	22	1.89
24859562--24859730	32	5.3	32	83	4	198	39	21	18	19	1.92
24859516--24860015	64	7.9	63	73	9	324	38	21	20	20	1.94
24859516--24859730	96	2.2	96	84	4	265	38	21	20	20	1.93
24859769--24860015	32	7.7	32	76	4	205	36	21	21	21	1.95
24859590--24860015	96	4.5	96	76	10	333	38	21	19	20	1.94
24859493--24859983	253	1.9	254	88	1	743	38	20	19	20	1.93
24860186--24860268	24	3.5	23	75	4	76	48	24	7	20	1.74
24860316--24860594	27	10.4	27	80	3	267	24	21	18	36	1.95
24860287--24860540	54	4.8	54	83	3	309	25	22	17	33	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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