genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.188.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   

This is table  188  of  222  ( 26535 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60096542--60096622	30	2.7	30	83	5	101	29	23	7	39	1.82
60097191--60097251	26	2.3	26	81	13	72	77	1	21	0	0.86
60097188--60097251	13	4.8	12	74	22	56	76	1	21	0	0.87
60097194--60097251	27	2.2	26	84	9	73	77	1	20	0	0.86
60097182--60097251	15	5.1	14	72	17	58	75	1	22	0	0.88
60097905--60097948	20	2.2	20	87	0	61	36	9	11	43	1.72
60098221--60098533	18	16.7	18	66	20	144	29	14	10	45	1.78
60098275--60098457	35	5.1	37	76	14	163	28	14	10	46	1.78
60098294--60098425	53	2.5	53	82	6	144	29	15	9	45	1.77
60098622--60098732	35	3.1	35	76	13	102	34	8	10	46	1.68
60098593--60098735	20	7.6	19	67	14	73	36	7	10	45	1.67
60098638--60098727	37	2.5	37	80	8	105	32	6	11	50	1.64
60106851--60106929	9	8.4	9	77	15	72	84	8	3	2	0.82
60106851--60106929	19	4.3	18	80	4	77	84	8	3	2	0.82
60106851--60106929	29	2.8	29	81	7	90	84	8	3	2	0.82
60106851--60106929	1	79.0	1	69	0	50	84	8	3	2	0.82
60107796--60108815	78	13.0	78	80	10	1016	29	17	18	34	1.95
60107796--60108819	240	4.4	231	78	12	1004	29	17	18	34	1.94
60107809--60108815	393	2.6	393	94	2	1720	29	17	19	33	1.95
60108990--60109048	30	2.0	30	83	3	75	35	13	3	47	1.60
60109663--60109730	12	5.7	13	79	19	69	79	0	20	0	0.73
60109669--60109728	14	4.3	14	79	12	61	78	0	21	0	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60109657--60109730	25	3.0	23	81	14	78	78	0	21	0	0.75
60109657--60109730	36	2.1	36	87	10	107	78	0	21	0	0.75
60110381--60110424	20	2.1	21	91	4	72	36	11	9	43	1.72
60110697--60110747	15	3.1	15	82	17	66	25	13	11	49	1.76
60110697--60111060	18	20.1	17	67	19	159	31	13	10	44	1.79
60110697--60110876	66	2.9	62	83	8	206	30	13	11	45	1.79
60110825--60111060	35	6.5	35	73	12	154	31	14	10	43	1.79
60110927--60111077	38	3.9	37	72	15	121	33	13	10	42	1.78
60111133--60111179	19	2.4	19	80	16	51	38	10	12	38	1.78
60115861--60115911	23	2.2	23	89	0	75	25	9	23	41	1.85
60119755--60119940	93	2.0	93	95	0	336	43	9	13	33	1.77
60127580--60127607	6	4.7	6	100	0	56	32	0	0	67	0.91
60134161--60134204	21	2.1	21	83	8	54	25	9	2	63	1.35
60134646--60134700	27	2.0	27	100	0	110	29	10	7	52	1.63
60137995--60138023	3	9.7	3	100	0	58	0	31	0	68	0.89
60142423--60142506	37	2.2	37	82	4	96	60	1	2	35	1.17
60142393--60142556	10	17.3	9	69	17	57	63	1	4	30	1.23
60142423--60142547	10	12.8	10	73	9	64	62	0	3	33	1.17
60142456--60142506	18	2.7	19	75	6	59	62	1	3	31	1.24
60142456--60142529	28	2.5	29	75	16	80	62	1	4	32	1.22
60142495--60142548	22	2.6	22	82	11	69	66	0	3	29	1.09
60142733--60142860	29	4.4	29	78	7	116	35	2	0	61	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60142734--60142863	9	13.4	9	75	12	107	33	2	0	63	1.13
60142733--60142864	19	6.8	19	73	10	97	34	2	0	62	1.13
60142734--60142864	10	13.4	10	74	10	94	33	2	0	63	1.12
60143484--60143523	21	2.0	21	90	5	64	12	35	5	47	1.63
60153549--60153607	27	2.2	28	78	9	68	47	28	0	23	1.52
60153843--60153899	29	2.0	29	100	0	114	35	17	0	47	1.48
60153884--60153930	24	2.0	23	84	12	60	29	14	4	51	1.62
60154166--60154209	22	1.9	24	86	9	65	29	15	0	54	1.42
60156731--60156895	46	3.2	52	80	11	216	36	13	22	27	1.92
60156859--60156967	37	3.0	37	90	2	177	35	16	22	24	1.95
60157643--60157719	5	15.4	5	94	5	138	59	0	0	40	0.97
60160620--60160688	5	13.8	5	100	0	138	40	20	0	39	1.52
60171538--60171594	27	2.1	28	83	9	73	57	7	12	22	1.58
60189553--60189697	27	5.4	27	76	9	136	31	13	26	28	1.93
60192030--60192057	14	2.0	14	100	0	56	50	21	0	28	1.49
60192197--60192341	47	2.9	48	83	8	166	35	23	16	24	1.95
60194402--60194485	21	4.0	21	82	4	80	35	25	23	15	1.94
60194400--60194464	21	3.1	21	88	2	96	33	26	24	15	1.95
60195757--60195783	4	6.8	4	100	0	54	25	0	0	74	0.83
60195789--60195830	11	3.5	11	82	17	57	54	2	0	42	1.13
60195788--60195823	14	2.6	14	90	0	63	55	2	0	41	1.14
60197431--60197458	12	2.3	12	100	0	56	35	25	0	39	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60201868--60201915	21	2.3	21	88	0	78	27	27	29	16	1.97
60203110--60203162	3	17.7	3	88	0	79	62	0	5	32	1.19
60203286--60203331	14	3.3	14	93	0	83	56	2	0	41	1.11
60204483--60204546	32	2.0	32	87	6	94	29	15	29	25	1.96
60211997--60212183	50	3.6	50	81	7	178	22	29	20	26	1.99
60221791--60221886	33	2.9	33	85	0	111	42	15	25	16	1.87
60222352--60222504	56	2.8	55	67	22	131	28	5	17	48	1.69
60223854--60223887	17	2.1	15	89	10	50	67	2	0	29	1.05
60236278--60236313	19	2.0	18	89	10	56	61	0	0	38	0.96
60260835--60260952	59	2.0	59	98	0	227	43	11	15	30	1.81
60264243--60264288	19	2.4	19	82	7	58	71	0	2	26	0.97
60264246--60264291	20	2.4	19	77	3	56	71	0	2	26	0.97
60264247--60264326	29	2.8	29	77	11	74	65	0	2	32	1.06
60264304--60264370	20	3.4	19	74	25	75	65	0	5	28	1.16
60266634--60266683	20	2.5	20	83	6	66	28	12	2	58	1.45
60267247--60267328	10	8.4	10	77	8	80	29	2	2	65	1.18
60267236--60267327	29	3.2	27	77	14	87	29	3	3	64	1.25
60267247--60267346	29	3.4	29	76	15	82	27	3	3	67	1.20
60267511--60267687	86	2.1	86	84	2	230	33	7	19	38	1.81
60268624--60268686	31	2.1	30	87	3	90	46	6	14	33	1.70
60268624--60268711	31	2.8	31	80	11	83	46	9	12	31	1.73
60270170--60270196	14	1.9	14	100	0	54	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60271945--60272076	44	3.0	43	89	2	192	39	7	17	35	1.78
60275025--60275320	27	11.0	27	80	5	260	19	18	20	41	1.91
60275055--60275327	81	3.4	81	82	2	325	18	18	21	42	1.90
60275052--60275294	107	2.3	108	87	0	344	18	19	20	40	1.91
60275027--60275327	54	5.6	53	80	4	291	18	18	21	41	1.90
60279910--60280029	30	4.0	29	88	7	170	45	6	21	25	1.76
60279908--60280030	59	2.0	61	89	6	189	44	6	22	26	1.77
60284606--60284713	15	7.2	15	69	12	87	43	7	23	25	1.79
60284599--60284713	30	3.8	30	97	0	203	44	6	23	25	1.78
60289715--60289813	42	2.4	42	87	3	137	26	19	17	37	1.93
60295155--60295201	24	2.0	23	91	4	76	70	2	21	6	1.20
60295169--60295207	17	2.2	18	86	4	53	74	0	15	10	1.07
60298486--60298591	5	21.2	5	100	0	212	60	0	0	39	0.97
60298728--60298759	17	1.9	16	93	6	55	50	6	0	43	1.27
60298710--60298813	44	2.3	44	77	4	111	49	3	10	36	1.56
60300321--60300350	11	2.7	11	100	0	60	83	0	0	16	0.65
60300471--60300512	16	2.5	17	82	14	52	45	0	4	50	1.23
60300484--60300538	20	2.8	20	89	5	78	36	1	7	54	1.39
60322314--60322367	27	2.0	27	85	0	72	20	16	16	46	1.84
60326615--60326712	48	2.0	48	100	0	196	20	12	22	44	1.84
60332964--60333004	6	6.8	6	97	0	73	34	12	0	53	1.38
60336741--60336831	45	2.0	45	100	0	182	27	17	19	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60339372--60339449	36	2.2	36	88	0	111	34	29	8	26	1.87
60340153--60340192	22	1.9	21	90	10	64	45	17	0	37	1.49
60341862--60341914	24	2.2	24	86	0	70	37	3	7	50	1.49
60343831--60343882	24	2.2	24	92	0	86	38	1	3	55	1.29
60343887--60343939	26	2.0	26	92	0	88	37	11	7	43	1.69
60351847--60351872	13	2.0	13	100	0	52	15	23	30	30	1.95
60358883--60358957	31	2.4	29	81	16	87	32	29	12	26	1.92
60358904--60358965	31	2.0	31	96	0	115	35	27	9	27	1.88
60359151--60359348	41	4.8	41	80	3	193	21	28	19	30	1.98
60359150--60359345	82	2.4	82	79	5	218	22	28	19	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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