genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18483923--18483960	18	2.1	19	85	5	51	7	21	10	60	1.54
18490410--18490484	29	2.6	29	78	0	87	50	16	13	20	1.77
18496864--18496942	37	2.1	37	85	0	104	26	31	16	25	1.96
18497060--18497471	47	8.7	47	96	2	720	29	29	8	31	1.88
18497306--18497386	22	3.5	23	67	11	67	28	29	11	30	1.91
18511006--18511177	74	2.3	74	83	6	242	27	16	19	37	1.93
18511290--18511475	78	2.4	77	83	8	220	29	19	18	33	1.95
18511796--18511827	6	5.3	6	100	0	64	18	0	0	81	0.70
18511796--18511836	18	2.3	18	86	0	55	24	0	0	75	0.80
18511885--18512030	30	4.9	31	74	9	133	32	21	4	41	1.72
18512476--18512504	13	2.1	14	93	6	51	75	0	24	0	0.80
18512473--18512516	20	2.2	20	88	12	63	72	0	27	0	0.85
18512597--18512644	14	3.5	14	80	5	53	70	0	29	0	0.87
18512920--18512958	19	2.1	19	90	0	60	25	2	0	71	0.98
18513471--18513519	17	2.9	17	84	3	73	22	14	10	53	1.71
18513584--18514110	17	30.6	17	64	19	84	30	14	11	43	1.81
18513540--18513666	50	2.5	50	79	6	132	33	12	11	43	1.78
18513642--18513915	17	15.9	17	68	17	124	31	16	10	41	1.82
18513642--18513907	35	7.7	33	68	15	105	32	16	9	40	1.81
18513693--18513814	50	2.4	50	75	20	121	31	17	9	40	1.82
18513738--18513849	16	6.7	15	69	14	53	32	16	8	43	1.76
18513811--18513912	37	2.8	36	77	14	109	35	14	9	40	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18513953--18514022	35	1.9	36	82	5	88	37	14	11	37	1.82
18513987--18514091	16	6.2	16	77	10	102	28	12	13	45	1.79
18515683--18515785	9	11.4	9	89	0	143	43	25	8	22	1.81
18518242--18518274	12	2.8	12	95	0	57	15	21	39	24	1.91
18522578--18522613	17	2.1	17	100	0	72	47	27	8	16	1.75
18524575--18525132	75	7.3	75	85	6	638	29	16	19	34	1.94
18524575--18525097	233	2.3	227	85	4	674	29	15	19	34	1.93
18525376--18525476	30	3.4	29	86	5	132	36	23	2	36	1.70
18525654--18525728	24	3.0	25	81	11	75	72	5	18	4	1.20
18528311--18528344	15	2.5	13	90	9	50	17	0	2	79	0.86
18530457--18530491	14	2.5	14	95	0	61	62	0	2	34	1.10
18531277--18531301	13	1.9	13	100	0	50	96	4	0	0	0.24
18531276--18531307	14	2.3	14	94	0	55	93	3	0	3	0.40
18531508--18531567	24	2.4	25	81	13	70	43	3	0	53	1.17
18531500--18531712	67	3.1	67	64	25	154	47	2	3	46	1.33
18531637--18531708	27	2.7	27	74	10	67	51	2	0	45	1.15
18531679--18531712	17	2.0	17	88	0	50	52	0	0	47	1.00
18535482--18535758	108	2.6	108	86	4	380	34	18	16	30	1.93
18536383--18536422	3	13.3	3	94	0	71	65	2	0	32	1.06
18537130--18537163	17	1.9	17	94	5	59	82	2	0	14	0.79
18537129--18537162	11	2.9	11	91	8	50	82	2	0	14	0.79
18537129--18537163	6	5.8	6	87	12	54	82	2	0	14	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18538064--18538742	44	15.6	44	66	13	291	30	21	17	30	1.96
18537950--18538392	129	3.4	129	89	0	652	30	20	18	30	1.96
18538232--18538742	175	2.9	175	92	0	842	29	21	17	30	1.96
18538360--18538655	87	3.4	87	70	12	282	30	21	17	30	1.97
18538790--18539046	87	2.9	87	82	2	302	26	23	21	28	1.99
18539005--18539090	45	1.9	45	85	4	120	24	20	24	30	1.99
18540177--18540223	21	2.2	21	84	0	58	25	36	10	27	1.89
18541247--18541343	47	2.1	47	84	7	126	8	13	6	72	1.27
18541318--18541378	6	9.7	6	84	7	59	14	4	9	70	1.31
18543343--18543391	19	2.5	20	80	6	57	42	12	18	26	1.85
18544772--18545050	110	2.6	110	92	2	458	33	19	17	29	1.95
18545672--18545741	3	23.3	3	97	0	131	65	0	1	32	1.01
18546447--18546482	6	5.8	6	93	6	63	83	2	0	13	0.76
18549583--18549610	13	2.2	13	100	0	56	53	0	14	32	1.41
18553723--18553930	27	7.7	26	84	4	227	25	24	9	40	1.85
18553719--18553929	81	2.6	81	82	2	271	25	24	9	41	1.85
18556355--18556439	25	3.4	25	71	10	77	22	25	18	32	1.97
18586783--18586868	43	2.0	43	95	2	156	24	17	15	43	1.87
18589416--18589509	42	2.2	42	92	0	152	26	26	9	37	1.87
18590346--18590379	4	8.5	4	100	0	68	23	0	0	76	0.79
18591190--18591236	9	5.0	9	76	19	51	25	2	0	72	0.96
18596083--18596134	21	2.5	21	76	17	54	7	3	9	78	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18597312--18597373	11	5.6	11	82	0	79	37	51	0	11	1.38
18602785--18602857	32	2.3	31	79	13	76	72	1	16	9	1.17
18606645--18606680	17	2.1	18	89	5	56	38	19	33	8	1.82
18611593--18611622	14	2.1	14	93	0	51	40	0	43	16	1.48
18612235--18612277	18	2.3	19	80	8	52	46	2	0	51	1.13
18613548--18613577	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
18616763--18616841	26	3.0	26	81	3	97	43	25	16	15	1.87
18617022--18617136	27	4.3	27	85	4	151	19	16	21	42	1.89
18624149--18624199	26	2.0	26	96	0	93	39	27	21	11	1.88
18625439--18625579	25	5.6	25	72	11	119	37	19	12	30	1.88
18625454--18625578	50	2.5	51	85	5	166	38	20	12	28	1.89
18625694--18625720	5	5.4	5	100	0	54	37	0	0	62	0.95
18630067--18630128	24	2.5	25	89	7	92	35	22	25	16	1.94
18636031--18636215	101	1.8	102	90	3	302	24	18	27	30	1.98
18636137--18636217	26	3.2	26	64	22	71	24	16	27	32	1.96
18636027--18636217	51	3.8	50	80	6	233	24	17	27	30	1.97
18640340--18641039	75	9.3	75	79	4	581	25	23	13	37	1.91
18640336--18641048	150	4.7	151	80	2	684	25	23	13	37	1.91
18640346--18641071	225	3.2	223	81	3	790	25	22	13	37	1.91
18649243--18649463	41	5.4	41	84	4	277	34	19	28	17	1.94
18649394--18649454	20	3.1	19	68	13	59	34	19	32	13	1.90
18650223--18650266	16	2.8	15	83	10	52	25	9	0	65	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18652541--18652591	23	2.2	23	89	0	75	43	21	7	27	1.80
18668774--18668812	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
18669016--18669151	49	2.8	49	79	5	150	22	24	22	30	1.99
18669023--18669210	50	3.8	50	78	4	166	21	26	21	30	1.99
18674605--18674691	30	2.9	30	88	6	115	28	25	27	18	1.98
18674798--18674899	26	3.9	26	89	0	123	37	22	22	17	1.94
18674798--18674899	52	2.0	52	86	3	143	37	22	22	17	1.94
18674826--18674925	52	1.9	52	81	4	121	36	22	22	20	1.96
18675065--18675381	27	11.7	27	85	4	347	20	20	19	40	1.92
18676911--18677025	38	3.0	39	80	5	144	33	15	26	23	1.95
18676930--18676992	20	3.3	19	68	24	51	33	14	31	20	1.92
18681850--18681882	6	5.5	6	92	0	57	15	18	0	66	1.25
18690017--18690063	10	4.6	10	77	12	51	40	0	2	57	1.11
18690017--18690067	20	2.5	20	83	6	66	41	0	1	56	1.10
18693712--18693844	50	2.7	50	85	0	176	22	29	21	27	1.99
18696793--18696951	41	3.9	41	79	1	158	21	18	27	32	1.97
18697300--18697341	15	2.9	15	89	3	59	28	0	33	38	1.58
18697300--18697346	14	3.3	15	85	8	62	27	0	31	40	1.57
18697341--18697397	14	4.0	14	78	10	62	19	0	45	35	1.50
18697333--18697373	21	2.0	20	85	4	55	19	0	41	39	1.52
18697358--18697409	22	2.4	22	78	9	54	23	1	40	34	1.66
18697603--18697640	14	2.7	15	88	12	62	31	0	26	42	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18697627--18697704	21	3.7	21	71	10	61	26	1	35	35	1.65
18697659--18697692	14	2.4	14	90	9	52	23	2	44	29	1.68
18697236--18697804	294	2.0	289	86	6	780	29	2	27	40	1.69
18699603--18699641	20	1.9	21	84	5	53	30	15	10	43	1.80
18702109--18702146	14	2.8	13	92	7	67	36	10	5	47	1.61
18709274--18709484	34	6.1	34	82	4	244	41	15	22	19	1.89
18709286--18709485	69	2.9	68	83	3	240	41	16	22	19	1.90
18709274--18709484	103	2.0	103	92	0	350	41	15	22	19	1.89
18709722--18709759	14	2.8	13	84	7	58	34	10	7	47	1.67
18711884--18712112	43	5.3	43	85	1	271	22	17	27	32	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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