genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.179.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  179  of  222  ( 26535 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57231137--57231167	14	2.2	14	94	0	53	12	0	9	77	0.99
57234086--57234248	24	6.6	25	69	12	106	38	21	24	15	1.93
57241395--57241433	20	2.0	20	85	5	53	56	5	7	30	1.49
57241906--57241944	20	2.0	20	89	0	60	43	2	2	51	1.29
57244917--57244956	20	2.0	20	90	0	62	25	10	2	62	1.39
57247232--57247266	13	2.8	12	87	12	52	80	0	0	20	0.72
57247232--57247266	6	5.5	6	90	10	52	80	0	0	20	0.72
57248573--57248616	23	1.9	23	85	0	61	13	22	36	27	1.92
57254494--57254533	14	2.9	14	88	3	55	20	2	0	77	0.88
57267713--57267767	24	2.3	24	96	0	101	30	12	29	27	1.93
57268112--57268566	51	9.2	50	77	12	415	28	17	25	29	1.97
57268058--57268566	97	5.2	97	78	11	475	28	16	24	29	1.97
57268211--57268564	147	2.4	147	91	0	564	27	17	25	29	1.97
57268307--57268539	96	2.4	97	81	7	256	27	19	25	27	1.99
57273622--57273713	47	2.0	47	89	4	141	58	16	17	7	1.60
57275005--57275148	71	2.0	71	84	0	189	25	23	20	30	1.98
57275384--57275522	48	2.9	48	89	2	217	36	20	5	37	1.76
57275774--57275897	49	2.5	48	80	7	126	30	29	12	26	1.93
57282782--57282820	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
57289583--57289633	23	2.3	23	86	10	70	45	0	0	54	0.99
57293504--57293544	19	2.0	19	86	13	55	43	0	0	56	0.99
57300926--57301427	47	10.6	47	92	1	788	33	8	29	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57300926--57301427	96	5.3	96	90	3	795	33	8	29	29	1.87
57310260--57310330	28	2.5	28	75	4	72	18	21	22	38	1.94
57314486--57314560	38	2.0	38	100	0	150	34	20	21	24	1.96
57316570--57316604	18	1.9	18	88	0	52	37	2	11	48	1.54
57330092--57330142	25	2.0	25	88	0	75	19	1	17	60	1.45
57342814--57343037	72	3.1	72	84	7	276	50	10	2	36	1.49
57342981--57343018	20	2.0	20	89	5	60	57	2	0	39	1.12
57343874--57343932	21	2.7	22	82	12	61	54	3	6	35	1.44
57346463--57346515	18	2.9	17	76	13	52	49	3	3	43	1.38
57346463--57346504	19	2.3	18	84	12	50	47	4	4	42	1.45
57350889--57350943	20	2.4	25	77	22	68	58	5	5	30	1.44
57350992--57351025	12	2.8	12	90	0	50	58	5	2	32	1.37
57350992--57351028	15	2.5	15	90	0	56	59	5	2	32	1.34
57356839--57356900	30	2.1	30	100	0	124	50	19	11	19	1.77
57373679--57373718	21	1.9	21	94	0	71	35	20	7	37	1.81
57374548--57374585	20	1.9	20	84	10	51	44	5	36	13	1.66
57374606--57374656	22	2.4	22	86	3	68	64	3	0	31	1.11
57374931--57375071	70	2.0	70	100	0	282	45	5	26	21	1.74
57378680--57378731	21	2.5	21	93	0	86	38	11	34	15	1.83
57382248--57382376	64	2.0	64	98	0	249	38	17	10	33	1.84
57383573--57383680	53	2.0	53	98	0	207	31	12	5	50	1.62
57385494--57385590	49	2.0	49	85	0	131	22	16	29	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57387224--57387278	19	2.9	18	75	17	58	72	10	3	12	1.24
57387224--57387278	20	2.8	19	76	15	60	72	10	3	12	1.24
57410406--57410610	39	5.3	38	84	2	223	26	13	25	34	1.93
57410406--57410610	78	2.6	78	83	0	268	26	13	25	34	1.93
57418780--57419145	184	2.0	184	90	1	572	31	13	16	38	1.87
57420040--57420088	23	2.1	25	85	11	68	30	2	20	46	1.62
57432441--57432481	20	2.0	20	100	0	82	31	19	4	43	1.72
57432443--57432487	20	2.5	17	86	13	56	26	20	4	48	1.68
57435015--57435157	71	2.0	71	98	0	277	37	13	23	25	1.92
57441226--57441279	25	2.2	25	96	0	99	24	27	27	20	1.99
57442977--57443022	9	5.1	9	91	0	74	47	13	8	30	1.72
57443236--57443295	30	2.0	31	83	3	77	20	38	0	41	1.52
57446462--57446611	41	3.7	40	85	7	185	20	23	26	30	1.99
57447033--57447188	82	1.9	81	81	6	190	28	1	28	41	1.64
57447169--57447250	14	5.8	14	74	7	58	21	0	40	37	1.54
57451081--57451171	43	2.1	43	86	6	123	34	12	8	45	1.72
57451391--57451422	16	2.0	16	93	0	55	59	0	6	34	1.23
57451438--57451793	43	8.3	43	82	1	401	24	17	30	28	1.97
57451857--57451897	21	2.0	21	95	0	73	39	29	21	9	1.86
57465029--57465053	13	1.9	13	100	0	50	40	16	0	44	1.47
57466896--57466921	13	2.0	13	100	0	52	38	0	7	53	1.30
57468725--57468876	23	6.6	23	75	0	133	43	20	20	15	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57468717--57468875	46	3.5	46	90	0	255	44	19	20	16	1.87
57470396--57470886	50	9.8	50	86	2	612	21	29	21	26	1.99
57474693--57474742	26	2.0	26	84	4	66	50	14	8	28	1.70
57482332--57482442	41	2.7	41	87	0	159	18	30	16	34	1.93
57483942--57483980	13	2.9	13	82	17	53	76	0	12	10	1.01
57492523--57492552	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
57495669--57495736	30	2.3	30	85	12	95	41	19	22	17	1.91
57496554--57496593	19	2.1	19	100	0	80	42	25	5	27	1.75
57506659--57507061	202	2.0	201	97	0	752	38	13	6	40	1.72
57510001--57510846	423	2.0	423	96	0	1548	36	14	12	36	1.84
57521177--57521358	28	6.5	28	95	0	303	32	28	13	26	1.93
57521831--57521860	14	2.1	14	93	0	51	40	0	10	50	1.36
57523231--57523291	22	2.7	22	87	7	79	31	1	6	60	1.32
57526468--57526606	41	3.4	41	83	4	163	18	22	30	28	1.97
57540326--57540424	41	2.4	41	89	1	146	39	12	24	24	1.89
57548195--57548290	41	2.4	41	87	5	133	36	12	26	25	1.91
57558371--57558440	34	1.9	38	86	11	103	7	17	2	72	1.19
57559090--57559114	9	2.8	9	100	0	50	88	0	0	12	0.53
57563269--57563314	18	2.5	19	82	10	60	67	8	0	23	1.18
57563389--57563481	30	3.1	30	96	0	168	56	12	3	26	1.51
57566250--57566405	42	3.7	41	75	17	158	24	18	26	30	1.98
57573675--57573756	28	2.9	28	81	1	101	41	14	21	21	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57577797--57577876	42	1.9	42	82	2	99	33	20	17	28	1.95
57578129--57578172	23	1.9	23	85	0	61	43	4	13	38	1.65
57589998--57590040	15	2.9	14	86	6	50	13	13	0	72	1.13
57589982--57590041	19	3.1	19	75	15	52	15	11	1	71	1.22
57602856--57603043	94	2.0	94	100	0	376	29	22	9	38	1.86
57604215--57604284	36	2.1	35	86	10	101	41	0	1	57	1.08
57606651--57606711	30	2.1	29	84	3	77	32	11	18	37	1.86
57613251--57613294	23	2.0	22	86	8	63	68	6	4	20	1.31
57613295--57613326	17	1.9	16	93	6	55	56	6	3	34	1.40
57615031--57615324	45	6.7	45	75	12	191	24	22	21	31	1.98
57615116--57615320	44	4.8	42	78	10	173	25	22	21	30	1.99
57615612--57615717	50	2.1	49	79	5	113	25	24	22	27	2.00
57615738--57615875	45	3.1	45	73	4	145	27	28	18	24	1.98
57615767--57615897	44	3.0	43	71	4	127	27	25	19	27	1.99
57615721--57615897	88	2.0	88	87	0	255	27	25	19	27	1.99
57628016--57628047	17	1.9	16	93	6	55	56	6	3	34	1.40
57629390--57629421	9	3.4	10	87	12	50	68	12	0	18	1.20
57629445--57629534	28	3.2	27	78	7	90	58	4	3	33	1.34
57629468--57629518	20	2.6	20	73	11	52	60	1	0	37	1.08
57629507--57629541	17	2.2	16	90	10	54	60	5	0	34	1.21
57629682--57629728	11	4.2	11	78	13	51	61	2	0	36	1.08
57629682--57629787	23	4.6	23	65	17	60	64	2	0	32	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57631502--57631542	20	2.0	20	85	0	55	31	0	21	46	1.52
57638069--57638182	34	3.3	33	86	3	102	31	22	18	27	1.97
57638104--57638197	34	2.8	34	90	0	143	35	20	20	24	1.96
57638644--57638669	13	2.0	13	100	0	52	38	7	7	46	1.61
57641016--57641110	26	3.7	26	80	5	102	31	13	22	32	1.93
57644761--57644798	7	5.4	7	96	0	67	71	0	26	2	1.00
57646486--57646584	46	2.2	43	81	12	110	23	19	24	33	1.97
57653219--57653275	21	2.7	22	86	8	82	28	5	35	31	1.79
57661916--57661952	17	2.1	18	90	5	58	10	5	8	75	1.17
57662348--57662383	19	1.9	18	94	5	63	19	2	0	77	0.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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