genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17475209--17475260	22	2.3	22	87	9	70	55	1	0	42	1.10
17477571--17477613	22	2.0	22	85	0	59	62	9	16	11	1.53
17486520--17486545	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
17486552--17486658	40	2.7	40	79	1	117	36	18	20	24	1.95
17486725--17487046	41	7.9	41	91	0	500	18	20	29	31	1.96
17487214--17487325	14	7.4	14	69	20	64	20	1	29	48	1.60
17487277--17487325	14	3.4	14	88	5	71	20	0	32	46	1.51
17487272--17487325	7	7.6	7	77	4	54	22	0	29	48	1.51
17487272--17487412	64	2.2	64	79	10	155	19	1	34	44	1.59
17487434--17487466	16	2.1	16	88	11	50	39	0	0	60	0.97
17487569--17487623	18	2.9	18	79	12	56	14	18	16	50	1.77
17488080--17488127	24	2.0	25	87	4	71	35	4	0	60	1.16
17492092--17492258	43	3.9	43	86	1	201	26	17	29	25	1.98
17495972--17496070	19	5.3	18	69	17	60	41	2	4	52	1.32
17497809--17497861	20	2.7	19	80	13	54	39	0	0	60	0.97
17497781--17497850	27	2.5	27	78	21	65	41	0	0	58	0.98
17497787--17497861	13	5.4	14	73	10	66	41	0	0	58	0.98
17507293--17507372	40	2.0	40	90	0	124	33	16	18	31	1.93
17508108--17508153	23	2.0	23	87	4	67	30	2	2	65	1.16
17509192--17509242	26	2.0	26	84	0	66	41	19	19	19	1.91
17509250--17509301	22	2.4	22	80	0	59	44	19	19	17	1.87
17509291--17509559	32	8.4	33	79	5	225	37	21	20	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17509293--17509528	96	2.5	94	83	4	276	38	21	19	20	1.94
17509319--17509559	96	2.5	96	81	4	263	36	22	20	19	1.95
17509565--17509616	26	2.0	26	96	0	95	44	19	19	17	1.87
17509730--17509817	24	3.7	23	81	4	86	47	23	6	21	1.74
17509833--17509966	53	2.5	53	85	7	175	25	24	20	29	1.99
17509833--17509963	26	5.0	27	84	6	164	25	24	20	29	1.99
17511199--17511276	39	2.0	39	100	0	156	30	17	20	30	1.96
17517081--17517110	13	2.3	13	94	0	51	46	3	0	50	1.18
17518297--17518346	15	3.3	15	72	25	50	20	24	10	46	1.81
17519125--17519184	29	2.1	29	87	0	84	46	15	8	30	1.74
17522041--17522235	45	4.3	45	88	0	273	24	18	15	41	1.89
17522575--17522621	20	2.3	20	92	0	76	31	17	29	21	1.96
17526478--17526602	58	2.2	57	98	1	241	13	22	16	48	1.81
17527225--17527419	45	4.3	45	90	0	291	24	18	15	41	1.90
17527759--17527805	20	2.3	20	92	0	76	31	17	29	21	1.96
17543328--17543381	22	2.5	21	71	14	56	64	1	7	25	1.30
17547079--17547117	16	2.4	16	86	0	51	51	2	5	41	1.38
17547050--17547105	22	2.5	23	85	2	78	55	1	0	42	1.10
17551004--17551062	27	2.1	28	81	3	66	27	8	1	62	1.33
17552489--17552532	13	3.3	14	75	12	56	38	0	6	54	1.27
17557030--17557069	18	2.2	19	86	4	55	20	30	5	45	1.72
17561065--17561115	23	2.2	23	85	0	66	29	7	19	43	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17564016--17564071	21	2.7	21	88	0	85	26	8	35	28	1.87
17564651--17564878	113	2.0	113	94	0	402	35	17	14	33	1.90
17567456--17567508	21	2.5	22	78	9	65	81	1	11	5	0.94
17568383--17568417	15	2.3	15	95	0	61	20	5	11	62	1.48
17570778--17570890	44	2.6	44	97	0	208	28	23	22	25	1.99
17570770--17570980	44	4.9	44	77	5	169	28	20	21	28	1.98
17570994--17571610	50	12.4	50	72	3	404	25	21	22	30	1.98
17570996--17571319	99	3.3	98	85	3	434	26	20	21	30	1.98
17571056--17571573	249	2.1	248	84	4	668	26	20	22	30	1.98
17571895--17571952	24	2.4	24	79	0	71	27	25	13	32	1.94
17586026--17586124	23	4.3	23	90	0	162	23	20	24	32	1.98
17590701--17590755	20	2.8	19	78	13	58	63	7	1	27	1.31
17590763--17590796	17	1.9	18	88	5	52	26	2	14	55	1.53
17590817--17590877	20	3.0	20	78	0	68	26	3	13	57	1.51
17591134--17591158	9	2.8	9	100	0	50	40	0	0	60	0.97
17594076--17594114	21	2.0	20	85	14	55	41	5	5	48	1.47
17598472--17598509	13	2.9	13	85	14	60	47	10	10	31	1.72
17601801--17601848	20	2.3	22	82	10	64	68	2	6	22	1.23
17602142--17602216	3	24.7	3	72	12	55	66	2	5	25	1.26
17603180--17603226	20	2.3	21	78	10	53	10	4	23	61	1.46
17607924--17608125	99	2.0	99	92	1	334	39	35	9	16	1.81
17608513--17608591	32	2.5	32	78	10	90	41	0	2	55	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17613752--17613803	27	2.0	25	85	10	70	32	1	1	63	1.16
17621387--17621916	61	8.6	61	75	7	412	43	16	7	32	1.75
17621387--17621916	31	17.3	31	76	6	452	43	16	7	32	1.75
17621425--17621961	92	5.8	92	89	0	734	43	17	7	32	1.77
17621442--17621970	61	8.6	60	73	12	364	43	17	6	31	1.76
17624259--17624367	23	5.0	22	81	6	116	36	22	21	20	1.95
17624563--17624639	36	2.1	37	85	7	104	32	22	1	44	1.61
17625338--17625366	10	2.7	11	89	10	51	0	17	0	82	0.66
17626113--17626143	16	1.9	16	93	0	53	61	3	0	35	1.12
17626208--17626246	13	3.1	13	89	10	55	51	2	0	46	1.14
17626312--17626344	13	2.8	12	90	9	50	63	0	0	36	0.95
17626332--17626406	24	3.3	21	76	14	53	68	8	0	24	1.16
17626331--17626404	23	3.2	22	79	9	60	68	8	0	22	1.15
17626373--17626467	4	23.5	4	72	16	54	74	4	5	15	1.15
17627200--17627226	7	3.9	7	100	0	54	59	0	0	40	0.98
17627253--17627294	15	2.8	15	85	7	59	71	2	4	21	1.16
17627433--17627478	18	2.5	19	83	13	60	21	0	6	71	1.08
17627431--17627475	19	2.5	19	82	7	58	22	0	6	71	1.09
17634554--17634764	29	7.2	29	73	10	171	36	12	27	24	1.91
17634554--17634857	59	5.2	59	86	2	425	37	11	26	24	1.90
17634554--17634856	116	2.6	117	89	2	439	37	11	26	24	1.90
17635129--17635167	20	1.9	20	89	5	60	38	20	0	41	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17637931--17637967	18	2.1	18	89	0	56	24	10	5	59	1.52
17637950--17638005	27	2.1	27	96	0	103	30	7	8	53	1.59
17637958--17638028	5	13.2	6	80	14	59	33	2	14	49	1.58
17637986--17638032	11	4.5	11	87	12	73	34	0	19	46	1.50
17637987--17638032	20	2.2	21	92	7	85	32	0	19	47	1.50
17642282--17642577	29	10.1	28	73	10	193	35	11	28	24	1.91
17642273--17642505	88	2.7	87	89	4	360	35	11	28	24	1.90
17642260--17642564	59	5.2	58	75	11	248	35	11	28	24	1.90
17642273--17642576	88	3.5	87	81	7	330	34	12	27	24	1.92
17649539--17649572	13	2.5	14	85	9	52	58	23	0	17	1.38
17652393--17652431	18	2.1	18	90	4	60	30	17	0	51	1.46
17652935--17653076	43	3.0	47	74	19	134	58	16	1	23	1.46
17652915--17653182	60	4.7	56	72	16	178	58	18	1	22	1.47
17652998--17653304	37	8.7	35	78	14	246	58	19	1	21	1.47
17652991--17653294	70	4.3	71	80	10	304	58	19	1	20	1.46
17653045--17653241	107	1.8	110	90	3	319	57	20	2	19	1.50
17653203--17653294	40	2.2	40	82	7	103	59	17	1	21	1.43
17653914--17653960	16	2.9	16	90	0	76	36	2	27	34	1.69
17657756--17657946	105	1.8	105	85	7	271	42	2	5	48	1.40
17667555--17667664	49	2.3	50	85	7	147	43	4	1	50	1.33
17680931--17680978	25	1.9	25	82	0	60	33	20	29	16	1.95
17681313--17681361	21	2.4	20	86	3	62	42	18	2	36	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17681334--17681366	15	2.1	16	88	5	50	39	24	0	36	1.56
17688214--17688290	29	2.6	31	80	9	83	24	23	19	32	1.97
17688331--17688469	61	2.3	61	87	0	188	30	26	13	28	1.94
17698232--17698404	74	2.3	74	89	2	258	33	13	21	30	1.93
17698870--17698922	26	1.9	27	88	11	81	67	0	1	30	1.01
17698931--17698955	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
17700596--17700654	27	2.2	27	93	0	100	49	5	15	30	1.66
17701701--17701753	24	2.2	25	86	3	72	32	5	13	49	1.65
17710637--17710680	21	2.1	21	82	0	52	63	4	4	27	1.33
17712200--17712384	101	1.8	102	92	3	320	23	18	28	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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