genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.30.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  30  of  222  ( 26535 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9104145--9104225	30	2.7	30	88	0	117	44	7	20	27	1.78
9104140--9104220	15	5.3	16	68	11	53	44	6	20	28	1.76
9114178--9114211	17	1.9	18	88	5	52	55	17	0	26	1.42
9114178--9114222	17	2.6	18	80	16	51	57	13	0	28	1.36
9115816--9115937	55	2.2	57	83	12	148	31	14	6	47	1.70
9123414--9123537	34	3.6	34	88	0	176	41	14	10	33	1.80
9124685--9124740	14	3.9	14	74	21	53	71	0	25	3	1.02
9126940--9126987	22	2.2	22	96	0	87	12	4	27	56	1.54
9128091--9128147	21	2.5	23	80	13	64	36	3	1	57	1.26
9131254--9131308	18	3.1	18	91	0	83	50	18	5	25	1.67
9134655--9134711	18	3.3	18	80	7	66	21	45	10	22	1.82
9135598--9135652	18	3.1	18	86	0	74	49	18	7	25	1.73
9140823--9140869	23	2.0	23	100	0	94	29	8	23	38	1.84
9142155--9142351	98	2.0	98	94	0	349	37	24	10	27	1.88
9143653--9143765	19	5.8	19	85	4	163	34	15	10	38	1.83
9143653--9143764	40	2.8	40	93	2	183	34	15	10	39	1.82
9143973--9144826	44	19.7	43	70	13	433	27	22	20	29	1.98
9143973--9144848	217	4.0	217	93	0	1414	27	22	20	29	1.98
9144880--9145083	44	4.6	44	65	9	110	24	25	19	31	1.98
9144841--9145325	132	3.7	131	92	1	781	25	23	18	31	1.98
9146531--9146575	6	7.2	6	82	9	54	2	22	0	75	0.91
9146532--9146587	20	2.9	19	84	7	69	1	19	0	78	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9146539--9146586	12	3.8	12	84	13	53	0	20	0	79	0.74
9146539--9146587	13	3.8	13	82	15	57	0	20	0	79	0.73
9150674--9150870	98	2.0	98	92	0	331	37	23	10	28	1.88
9156439--9156931	99	4.8	99	76	15	427	39	14	16	29	1.89
9156917--9157159	108	2.2	111	88	2	348	30	15	12	41	1.83
9157758--9157818	22	2.7	22	87	2	77	49	1	1	47	1.21
9157794--9157833	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
9157836--9157955	59	2.1	59	90	1	197	41	5	9	44	1.58
9158021--9158065	24	2.0	24	91	8	76	60	2	0	37	1.09
9160315--9160381	31	2.2	31	86	0	89	43	13	10	32	1.78
9161148--9161177	6	5.0	6	95	0	51	20	16	30	33	1.94
9165097--9165136	14	2.9	14	85	10	55	85	2	12	0	0.71
9165099--9165137	19	2.0	20	90	5	62	82	2	15	0	0.79
9175273--9175321	16	3.1	16	93	0	80	34	4	36	24	1.75
9175549--9175606	16	3.7	15	86	6	80	51	0	0	48	1.00
9175554--9175616	18	3.8	18	74	23	57	50	1	0	47	1.10
9175582--9175726	47	3.2	46	72	16	156	49	3	2	44	1.30
9175580--9175702	44	2.7	43	71	17	106	48	2	2	46	1.28
9175704--9175737	16	2.1	16	89	10	52	50	5	0	44	1.26
9175978--9176108	66	2.0	66	92	0	217	35	19	10	33	1.87
9180550--9180628	40	2.0	40	100	0	158	44	12	10	32	1.76
9193309--9193351	21	2.0	21	100	0	86	53	9	13	23	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9194370--9194404	14	2.4	14	95	4	61	8	25	0	65	1.21
9194350--9194394	19	2.5	18	83	16	58	6	26	0	66	1.16
9195871--9195902	16	1.9	17	93	6	57	53	0	0	46	1.00
9195895--9196107	61	3.4	63	69	17	194	41	2	6	49	1.41
9195857--9196149	120	2.4	120	92	2	482	42	2	5	50	1.36
9195978--9196012	18	2.0	17	88	5	52	40	0	0	60	0.97
9196098--9196132	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
9196086--9196360	147	1.9	149	96	1	509	47	2	3	46	1.33
9196245--9196279	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
9196441--9196533	45	2.1	45	87	2	134	32	26	5	35	1.79
9197385--9197417	16	2.1	16	88	5	50	48	0	0	51	1.00
9198118--9198182	5	12.6	5	93	6	112	40	0	0	60	0.97
9199751--9199885	39	3.4	39	76	8	123	23	20	27	28	1.99
9201686--9201726	14	2.7	15	88	11	57	36	0	2	60	1.10
9205948--9205978	6	5.2	6	92	0	53	16	54	12	16	1.71
9205942--9205978	12	3.1	12	88	0	56	18	54	10	16	1.71
9206300--9206331	9	3.6	9	91	0	55	12	56	18	12	1.67
9207549--9207631	41	2.0	41	100	0	166	12	44	4	38	1.63
9211094--9211133	19	2.0	19	85	9	53	65	5	0	30	1.14
9211156--9211193	13	3.0	13	88	3	51	76	0	0	23	0.79
9211163--9211196	14	2.4	14	90	0	50	79	0	0	20	0.73
9217926--9217951	13	2.0	13	100	0	52	38	0	15	46	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9219237--9219686	51	8.9	51	76	5	412	29	14	26	30	1.94
9219236--9219686	102	4.4	102	89	1	631	29	13	25	30	1.94
9230926--9230964	18	2.2	18	85	0	51	61	2	23	12	1.43
9236990--9237057	29	2.3	29	79	0	73	44	4	20	30	1.71
9237073--9237115	18	2.4	18	81	18	54	39	2	9	48	1.48
9241707--9242040	167	2.0	167	97	0	623	26	15	22	36	1.93
9242144--9242189	18	2.7	18	83	12	62	69	0	2	28	1.00
9242618--9242681	29	2.2	29	91	0	101	39	3	28	29	1.72
9249186--9249211	11	2.4	11	100	0	52	26	0	0	73	0.84
9250015--9250135	59	2.1	59	93	0	206	33	5	6	54	1.50
9251775--9251816	21	2.0	21	81	9	50	33	0	14	52	1.42
9255173--9255234	30	2.1	30	93	0	106	25	3	12	58	1.50
9255357--9255389	12	2.8	12	90	4	50	69	0	0	30	0.88
9259925--9259978	21	2.4	22	81	9	65	46	1	0	51	1.11
9259962--9260227	140	1.9	140	92	1	453	42	10	11	34	1.76
9262540--9262580	21	2.0	21	85	0	55	29	36	21	12	1.90
9264303--9264350	3	16.0	3	82	0	51	27	37	6	29	1.81
9264301--9264347	12	3.9	12	88	0	67	25	38	8	27	1.85
9265712--9265883	72	2.4	72	84	5	233	56	13	5	25	1.58
9266306--9266353	18	2.7	18	96	0	87	39	12	12	35	1.81
9267513--9267572	31	1.9	31	100	0	120	51	6	10	31	1.61
9269068--9269101	16	2.1	16	94	0	59	17	14	11	55	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9271007--9271047	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
9273904--9273928	11	2.3	11	100	0	50	52	28	12	8	1.66
9274587--9274860	97	2.8	97	87	6	387	39	15	2	42	1.59
9274948--9274990	14	3.0	15	83	10	54	55	32	0	11	1.36
9275352--9275395	18	2.6	16	83	16	61	36	0	2	61	1.09
9276563--9276597	18	1.9	18	94	0	61	28	22	11	37	1.89
9276599--9277078	186	2.8	165	80	12	530	36	18	11	33	1.86
9276725--9277125	186	2.2	183	86	5	558	31	18	11	37	1.87
9277797--9277957	17	9.2	16	73	11	106	47	12	11	29	1.76
9277796--9278511	18	39.5	18	68	14	273	44	10	11	32	1.76
9277709--9277851	70	2.0	71	81	8	164	42	9	13	33	1.78
9277796--9278518	35	20.0	35	66	13	268	45	10	11	32	1.76
9277796--9278072	53	5.2	51	71	14	184	46	11	10	31	1.74
9277978--9278518	17	30.0	17	66	14	133	45	10	12	31	1.76
9278287--9278333	19	2.5	19	86	10	62	42	6	12	38	1.69
9278421--9278525	18	5.9	19	72	15	75	48	11	9	30	1.71
9279131--9279227	13	7.6	12	80	13	79	0	17	0	82	0.67
9279140--9279211	7	10.0	7	81	15	85	0	15	0	84	0.62
9279131--9279224	28	3.2	31	76	17	101	0	17	0	82	0.66
9279141--9279203	1	63.0	1	74	0	54	0	12	0	87	0.55
9279131--9279225	29	3.1	30	80	11	97	0	16	0	83	0.65
9279431--9279474	21	2.1	21	87	4	63	9	27	43	20	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9279490--9279548	3	18.0	3	86	13	73	0	33	0	66	0.92
9279490--9279548	10	6.3	10	83	13	72	0	33	0	66	0.92
9279490--9279545	13	4.5	13	80	17	64	0	33	0	66	0.92
9279871--9280047	30	6.0	29	83	6	196	35	5	24	34	1.79
9279871--9280047	59	3.0	57	83	9	203	35	5	24	34	1.79
9280239--9281133	74	11.6	74	81	10	828	32	21	17	28	1.96
9280244--9281133	389	2.3	380	82	9	1038	33	21	17	28	1.96
9282021--9282094	8	9.1	8	88	8	114	0	1	12	86	0.63
9282021--9282101	17	4.9	17	89	8	114	0	3	11	85	0.73
9282021--9282092	1	72.0	1	74	0	63	0	1	11	87	0.61

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